Hướng dẫn vướng mắc trong việc thu nộp lệ phí hải quan

          Theo nội dung công văn hướng dẫn việc thu nộp lệ phí hải quan trong thực hiện thủ tục hải quan điện tử như sau:
          1. Việc áp dụng thời hạn ân hạn thuế.
            Trường hợp doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật hải quan và không còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền phạt mà chỉ nợ lệ phí hải quan tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan thì cơ quan hải quan không thực hiện các biện pháp cưỡng chế dừng làm thủ tục hải quan và doanh nghiệp được áp dụng thời hạn nộp thuế nếu đáp ứng quy định tại khoản 11 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 7 năm 2013 và khoản 5 Điều 3, Điều 18 Thông tư 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/2010.
          2. Việc áp dụng hình thức nộp lệ phí.
          Căn cứ điểm d, khoản 1 Điều 4 Nghị định 87/2012/NĐ-CP thì người khai hải quan điện tử “ Được lựa chọn hình thức nộp lệ phí hải quan và các loại lệ phí do cơ quan hải quan thu hộ các hiệp hội, tổ chức (nếu có) cho từng tờ khai hải quan hoặc nộp gộp theo tháng”. Theo đó, việc nộp lệ phí hải quan đối với người khai hải quan thực hiện thủ tục hải quan điện tử được thực hiện như sau:
          - Trường hợp người khai hải quan chọn nộp lệ phí theo tháng, thì người khai hải quan phải đăng ký bằng văn bản trước với cơ quan hải quan hình thức nộp lệ phí theo tháng.
          - Trường hợp người khai hải quan không nộp lệ phí theo tháng (chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp hoạt động xuất nhập khẩu không thường xuyên), thì công chức hải quan in thông báo lệ phí hải quan theo từng lần để người khai hải quan nộp theo từng lần phát sinh.
          3. Việc dùng tem lệ phí làm thủ tục hải quan.
          - Trường hợp người khai hải quan còn tem lệ phí nhưng không sử dụng và đề nghị trả lại, thì người khai hải quan thực hiện hoàn trả tại phòng Tài vụ - Quản trị (Cục Hải quan địa phương) hoặc Chi cục Hải quan do doanh nghiệp lựa chọn.
          - Trường hợp người khai hải quan còn tem lệ phí nhưng chuyển sang đăng ký nộp lệ phí hải quan theo tháng, thì người khai hải quan phải đăng ký trước với cơ quan hải quan hình thức nộp lệ phí theo tháng. Trong thời hạn 10 ngày đầu của tháng tiếp theo phải nộp lại số tem tương ứng với số tờ khai mở trong tháng trước, công chức hải quan vào sổ ghi nhận số series tem và hạch toán số lệ phí đã nộp trên chương trình KT559.