06:28 ICT Chủ nhật, 18/02/2018

 Chuyên nghiệp - Minh bạch - Hiệu quả
 

linh tây tower

Danh mục tin tức

TIN VẮN

  • Quy tắc ứng xử của công chức, viên chức, người hợp đồng lao động ngành Hải quan
    Ngày 18/02/2013 Tổng cục trưởng Nguyễn Ngọc Túc ký quyết định số 557/QĐ-TCHQ về việc ban hành quy tắc ứng xử của công chức, viên chức, người hợp đồng lao động ngành Hải quan
    http://haiquancamau.gov.vn/lawsmoi/view-60-557-QD-TCHQ/

LIÊN KẾT WEBSITE

TỶ GIÁ

Tháng Hai 18, 2018, 5:30 am
Mua Bán
AUD 17,439.63 18,159.55
CAD 17,539.15 18,391.89
CHF 23,662.81 24,763.31
DKK - 3,862.93
EUR 27,401.73 28,447.03
GBP 30,745.63 32,047.08
HKD 2,823.86 2,961.11
INR - 370.84
JPY 205.20 214.53
KRW 19.04 21.85
KWD - 79,447.32
MYR - 5,877.28
NOK - 2,957.68
RUB - 441.99
SAR - 6,355.45
SEK - 2,892.67
SGD 16,742.97 17,486.63
THB 697.61 745.53
USD 22,665.00 22,735.00
Tra cứu tỷ giá: Ngân hàng nhà nước Việt Nam

THĂM DÒ Ý KIẾN

Website này có hữu ích cho bạn không?

Rất hữu ích

Hữu ích

Đáp ứng yêu cầu

global ads

Trang nhất » Tin Tức » Thông báo

Đóng góp dự thảo Thông tư thay thế Thông tư 194

Thứ sáu - 03/05/2013 15:13
Dự thảo Thông tư thay thế Thông tư 194
Ý kiến tham gia gửi về Cục Hải quan tỉnh Cà Mau (Phòng Nghiệp vụ) trong ngày 7/5/2013 theo địa chỉ: số 103, đường Phan Ngọc Hiển, phường 5, thành phố Cà Mau; FAX: 07803.833231;  địa chỉ email: bangtm@customs.gov.vn

     
        BỘ TÀI CHÍNH

Số:  .........../2013/TT-BTC

Dự thảo ngày 05/04/2013
    CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM
                    Độc lập - Tự do - Hạnh phúc
à Nội, ngày       tháng       năm 2013

THÔNG TƯ

Hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan;
thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá
xuất khẩu, nhập khẩu

Căn cứ Luật Hải quan số 29/2001/QH10 ngày 29 tháng 6 năm 2001 và Luật số 42/2005/QH11 ngày 14 tháng 6 năm 2005 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan;

Căn cứ Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 45/2005/QH11 ngày 14 tháng 06 năm 2005;

- Căn cứ Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH10 ngày 29 tháng 11 năm 2006; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 ngày 20 tháng 11 năm 2012;

Căn cứ Luật Ngân sách Nhà nước số 01/2002/QH11 ngày 16 tháng 12 năm 2002;

Căn cứ Nghị định số 154/2005/NĐ-CP ngày 15 tháng 12 năm 2005 của Chính phủ quy định thủ tục hải quan, chế độ kiểm tra, giám sát hải quan;
Căn cứ Nghị định số 87/2010/NĐ-CP ngày 13 tháng 8 năm 2010 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số Điều của Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;
Căn cứ Nghị định số ...../2013/NĐ-CP ngày 23 tháng 01 năm 2006 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thương mại về hoạt động mua bán hàng hoá quốc tế và các hoạt động đại lý mua, bán, gia công và quá cảnh hàng hoá với nước ngoài;
Căn cứ Nghị định số  ... /2013/NĐ-CP ngày ... tháng ... năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế;
Căn cứ Nghị định số 66/2002/NĐ-CP ngày 1 tháng 7 năm 2002 của Chính phủ quy định về định mức hành lý của người xuất cảnh, nhập cảnh và quà biếu, tặng nhập khẩu được miễn thuế;
Căn cứ Nghị định số 23/2007/NĐ-CP ngày 12/02/2007 của Chính phủ ngày 12 tháng 02 năm 2007 của Chính phủ quy định chi tiết Luật thương mại về hoạt đọng mua bán hàng hoá và các hoạt động có liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hoá của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài
Căn cứ Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14 tháng 3 năm 2008 của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất, khu kinh tế;
Căn cứ Quyết định số 33/2009/QĐ-TTg ngày 2 tháng 3 năm 2009 của Thủ tướng Chính phủ ban hành cơ chế, chính sách tài chính đối với khu kinh tế cửa khẩu;
Căn cứ Nghị định số 118/2008/NĐ-CP ngày 27 tháng 11 năm 2008 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính;
Bộ Tài chính hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh; phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu như sau:
 
Phần I
HƯỚNG DẪN CHUNG
 
  • Phạm vi điều chỉnh
Thông tư này hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh; phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh và quy định về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
  • Đối tượng không chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu
Các loại hàng hóa quy định tại Điều 2 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP ngày 13 tháng 8 năm 2010 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
  • Nguyên tắc tiến hành thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, quản lý thuế
1. Thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, quản lý thuế được thực hiện theo nguyên tắc quy định tại Điều 3 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP ngày 15 tháng 12 năm 2005 của Chính phủ quy định thủ tục hải quan, chế độ kiểm tra, giám sát hải quan; Điều 4 Luật Quản lý thuế được bổ sung tại khoản 1 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế.
2. Cơ quan hải quan áp dụng quản lý rủi ro trong thủ tục hải quan, giám sát hải quan, quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh theo các quy định của pháp luật.
  • Kiểm tra sau thông quan
Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đã thông quan là đối tượng kiểm tra sau thông quan theo quy định tại Chương VI Nghị định số 154/2005/NĐ-CP và hướng dẫn tại Phần VI Thông tư này.
  • Quyền và nghĩa vụ của người khai hải quan, người nộp thuế; trách nhiệm và quyền hạn của cơ quan hải quan, công chức hải quan
“1. Người khai hải quan, người nộp thuế thực hiện các quyền và nghĩa vụ theo quy định tại Điều 23 Luật Hải quan; Điều 6, Điều 7, Điều 30 Luật Quản lý thuế được sửa đổi, bổ sung tại khoản 3, khoản 4, khoản 7 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế; .Điều 56 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP; Điều 5 Điều …   Nghị định số …/2013/NĐ-CP ngày … tháng … năm 20... của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế.
2. Việc kế thừa các quyền và hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của doanh nghiệp hình thành sau khi tổ chức lại thực hiện theo quy định tại Điều 55  Luật Quản lý thuế, được hướng dẫn cụ thể như sau:
a) Doanh nghiệp chuyển đổi có trách nhiệm kế thừa nghĩa vụ, quyền lợi trách nhiệm về thuế; các ưu đãi về thủ tục hải quan và thủ tục nộp thuế hàng nhập khẩu của doanh nghiệp cũ.
b) Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện được áp dụng thời hạn nộp thuế 275 ngày đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu mà hợp nhất, sáp nhập với doanh nghiệp đáp ứng điều kiện được áp dụng thời hạn nộp thuế 275 ngày đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu thì cũng được đánh giá là doanh nghiệp đáp ứng điều kiện được áp dụng thời hạn nộp thuế 275 ngày đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu.
Doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện được áp dụng thời hạn nộp thuế 275 ngày đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu mà hợp nhất, sáp nhập với doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện được áp dụng thời hạn nộp thuế 275 ngày đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu hì doanh nghiệp sau hợp nhất, sáp nhập được đánh giá là không đáp ứng điều kiện,  không được áp dụng thời hạn nộp thuế 275 ngày đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu.
 Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện được áp dụng thời hạn nộp thuế 275 ngày đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu mà hợp nhất, sáp nhập với doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện được áp dụng thời hạn nộp thuế 275 ngày đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu thì Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính   xem xét thực tế để quyết định việc cho áp dụng thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu và chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc đánh giá này.
c) Đối với doanh nghiệp mới hình thành từ doanh nghiệp bị chia thì Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính  xem xét thực tế để quyết định việc doanh nghiệp mới hình thành từ doanh nghiệp bị chia được hưởng các quyền và lợi ích hợp pháp về thuế và ưu đãi thủ tục nộp thuế như doanh nghiệp bị chia.
d) Doanh nghiệp mới hình thành từ doanh nghiệp bị tách được hưởng các quyền và lợi ích hợp pháp về thuế và ưu đãi thủ tục hải quan và thủ tục nộp thuế hàng nhập khẩu như doanh nghiệp bị tách nếu trong Quyết định tách doanh nghiệp có ghi rõ nội dung về quyền được chuyển từ doanh nghiệp bị tách sang doanh nghiệp được tách. Doanh nghiệp bị tách được kế thừa các quyền, nghĩa vụ, trách nhiệm, các ưu đãi về thủ tục hải quan, quản lý thuế.
3. Người khai hải quan, người nộp thuế phải xác nhận, ký tên, đóng dấu vào các chứng từ, tài liệu do mình lập thuộc hồ sơ hải quan, hồ sơ khai bổ sung, hồ sơ thanh khoản, hồ sơ đăng ký Danh mục hàng hoá miễn thuế, hồ sơ quyết toán hàng miễn thuế, hồ sơ xét miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, hồ sơ đề nghị xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, hồ sơ đề nghị gia hạn nộp thuế, hồ sơ nộp dần tiền thuế nợ, hồ sơ xác định trước mã số, hồ sơ xác định trước trị giá hải quan, hồ sơ xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế, hồ sơ đề nghị xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; các giấy tờ là bản sao (bản chụp từ bản chính), bản dịch, hồ sơ khác, các chứng từ do người nước ngoài phát hành bằng hình thức điện tử, fax, telex.... nộp cho cơ quan hải quan theo hướng dẫn tại Thông tư này và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực và hợp pháp của các giấy tờ đó. Trường hợp bản sao có nhiều trang thì người khai hải quan, người nộp thuế xác nhận, ký tên, đóng dấu lên trang đầu và đóng dấu giáp lai toàn bộ văn bản.
3. Người khai hải quan, người nộp thuế phải xác nhận, ký tên, đóng dấu vào các chứng từ, tài liệu do mình lập thuộc hồ sơ hải quan, hồ sơ khai bổ sung, hồ sơ thanh khoản, hồ sơ đăng ký Danh mục hàng hoá miễn thuế, hồ sơ quyết toán hàng miễn thuế, hồ sơ xét miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, hồ sơ đề nghị xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, hồ sơ đề nghị gia hạn nộp thuế, hồ sơ nộp dần tiền thuế nợ, hồ sơ xác định trước mã số, hồ sơ xác định trước trị giá hải quan, hồ sơ xác định trước xuất xứ, hồ sơ xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế, hồ sơ đề nghị xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; các giấy tờ là bản sao (bản chụp từ bản chính), bản dịch, hồ sơ khác, các chứng từ do người nước ngoài phát hành bằng hình thức điện tử, fax, telex.... nộp cho cơ quan hải quan theo hướng dẫn tại Thông tư này và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực và hợp pháp của các giấy tờ đó. Trường hợp bản sao có nhiều trang thì người khai hải quan, người nộp thuế xác nhận, ký tên, đóng dấu lên trang đầu và đóng dấu giáp lai toàn bộ văn bản.
4. Cơ quan hải quan, công chức hải quan thực hiện trách nhiệm và quyền hạn quy định tại Điều 27 Luật Hải quan; Điều 8  Luật Quản lý thuế được sửa đổi, bổ sung tại khoản 5 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế; Điều 9  Luật quản lý thuế được bổ sung tại khoản 6 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế; Điều 57 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP.
5. Cơ quan hải quan có thể xem xét, chấp thuận việc kiểm tra thực tế và thông quan hàng hoá ngoài giờ hành chính trên cơ sở đăng ký trước bằng văn bản (chấp nhận cả bản fax) của người khai hải quan và điều kiện thực tế của cơ quan hải quan. Trường hợp lô hàng đang kiểm tra thực tế hàng hóa mà hết giờ hành chính thì được thực hiện kiểm tra tiếp, không cần có văn bản đề nghị của người khai hải quan.
6. Phối hợp giữa cơ quan hải quan và người khai hải quan, người nộp thuế.
 a) Cơ quan hải quan có trách nhiệm hướng dẫn thủ tục hải quan, cung cấp thông tin, tài liệu, công khai các thủ tục hải quan, thủ tục thuế để người khai hải quan, người nộp thuế thực hiện đúng các quy định của pháp luật hải quan, pháp luật thuế, thực hiện quyền và nghĩa vụ của mình theo đúng quy định của pháp luật.
b) Người khai hải quan, người nộp thuế có trách nhiệm cung cấp kịp thời cho cơ quan hải quan những thông tin liên quan đến hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh, phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh, về vi phạm pháp luật hải quan nhằm góp phần bảo đảm môi trường cạnh tranh lành mạnh trong thương mại.
c) Việc phối hợp, trao đổi cung cấp thông tin giữa cơ quan hải quan với người khai hải quan, người nộp thuế có thể thực hiện thông qua biên bản ghi nhớ để bảo đảm tuân thủ nghĩa vụ, trách nhiệm của các bên tham gia ký kết.
 
Phần II
THỦ TỤC HẢI QUAN; KIỂM TRA, GIÁM SÁT HẢI QUAN;   QUẢN LÝ THUẾ ĐỐI VỚI HÀNG HOÁ XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU THƯƠNG MẠI
 
Chương I
HƯỚNG DẪN CHUNG VỀ THỦ TỤC HẢI QUAN,
QUẢN LÝ THUẾ
 
  • Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thương mại
Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thương mại quy định tại mục 1 Chương II Nghị định số 154/2005/NĐ-CP bao gồm:
1. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hoá;
2. Hàng hoá kinh doanh theo phương thức tạm nhập tái xuất;
3. Hàng hoá kinh doanh chuyển khẩu;
4. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo loại hình nhập nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu;
5. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu để thực hiện hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài;
6. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu để thực hiện các dự án đầu tư;
7. Hàng hoá xuất nhập khẩu qua biên giới theo quy định của Thủ tướng Chính phủ về việc quản lý hoạt động thương mại biên giới với các nước có chung biên giới;
8. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu nhằm mục đích thương mại của tổ chức, cá nhân không phải là thương nhân;
9. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất;
10. Hàng hoá đưa vào, đưa ra kho bảo thuế;
11. Hàng hóa tạm nhập-tái xuất, tạm xuất-tái nhập dự hội chợ, triển lãm;
12. Thiết bị, máy móc, phương tiện thi công, khuôn, mẫu tạm nhập-tái xuất, tạm xuất-tái nhập để sản xuất, thi công công trình, thử nghiệm, nghiên cứu.
  • Xác định trước mã số hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu (sau đây gọi là xác định trước mã số)
1. Trường hợp thực hiện xác định trước mã số 
Xác định trước mã số được thực hiện trong trường hợp đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau đây:
a) Hàng hoá chưa được chi tiết tên cụ thể trong Danh mục hàng hoá xuất nhập khẩu Việt Nam hoặc Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi;
b) Hàng hoá chưa có trong Cơ sở dữ liệu phân loại hàng hoá, áp dụng mức thuế công bố trên trang thông tin điện tử của Tổng cục Hải quan.
2. Hồ sơ xác định trước mã số:
a) Đơn  đề nghị xác định trước mã số, (theo mẫu số 01/XDMS/2013 ban hành kèm theo Thông tư này): 01 bản chính;
b) Hợp đồng mua bán với nước ngoài của hàng hóa đề nghị xác định trước mã số theo quy định hiện hành: 01 bản sao.
c) Tài liệu kỹ thuật mô tả chi tiết thành phần, tính chất, cấu tạo, công dụng, phương thức vận hành của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu cần xác định trước mã số: 01 bản chính.
d) Mẫu hàng hóa, đối với trường hợp phải có mẫu hàng hóa theo yêu cầu của cơ quan Hải quan; Catalogue/hoặc hình ảnh hàng hóa đề nghị xác định trước mã số;
đ) Các giấy tờ, tài liệu có liên quan đến hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu cần xác định trước mã số: 01 bản chính.
e) Bảng kê các tài liệu của hồ sơ xác định trước mã số: 01 bản chính.
3. Thủ tục xác định trước:
 a) Đối với tổ chức, cá nhân có đề nghị xác định trước mã số:
a.1. Điền đủ các thông tin vào đơn đề nghị theo mẫu số 01/XDTMS/2013 kèm theo Thông tư này.
a.2. Nộp đủ hồ sơ đề nghị xác định trước mã số theo quy định tại khoản 2 Điều này đến Tổng cục Hải quan.
a.3. Cung cấp, bổ sung hồ sơ, nhằm làm rõ nội dung đề nghị xác định trước mã số nếu Tổng cục Hải quan yêu cầu.
a.4. Thông báo bằng văn bản cho Tổng cục Hải quan trong thời hạn 10 (mười) ngày kể từ ngày có bất kỳ thay đổi nào về  hồ sơ đề nghị xác định trước mã số, trong đó nêu rõ ngày, tháng, năm có sự thay đổi. 
b) Đối với cơ quan hải quan:
Trên cơ sở quy định của pháp luật, cơ sở dữ liệu về phân loại hàng hóa, áp dụng mức thuế của cơ quan hải quan và hồ sơ đề nghị xác định trước mã số của tổ chức cá nhân, Tổng cục Hải quan kiểm tra hồ sơ xác định trước mã số:
b.1. Nếu không đáp ứng đủ các điều kiện khoản 1 Điều này: Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận Đơn đề nghị xác định trước mã số, Tổng cục Hải quan có văn bản thông báo từ chối xác định trước mã số;
b.2. Nếu đáp ứng đủ các điều kiện quy định tại khoản 1 Điều này nhưng hồ sơ xác định trước mã số không đầy đủ hoặc Đơn đề nghị không điền đủ các thông tin theo mẫu: Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận Đơn đề nghị, Tổng cục Hải quan có văn bản yêu cầu tổ chức, cá nhân bổ sung các thông tin, chứng từ, tài liệu, và trả lại hồ sơ xác định trước mã số;
b.3. Nếu đáp ứng đủ điều kiện, đầy đủ hồ sơ, Đơn đề nghị điền đủ thông tin: Trong thời hạn 30 (ba mươi) ngày làm việc kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ (đối với các hàng hóa thông thường) hoặc trong thời hạn 60 (sáu mươi) ngày làm việc kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ (đối với các hàng hóa phải phân tích phân loại), Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành văn bản xác định trước mã số (theo mẫu số 02/TBXĐTMS kèm theo Thông tư này), gửi cho tổ chức, cá nhân đề nghị xác định trước mã số và cập nhật vào cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan để quản lý. Trường hợp hàng hóa phức tạp thì thời hạn trả lời có thể kéo dài hơn nhưng không quá 90 (chín mươi) ngày làm việc kể từ ngày nhận được Đơn đề nghị.
b.4. Trong quá trình xử lý hồ sơ đề nghị xác định trước mã số, Tổng cục Hải quan được yêu cầu tổ chức, cá nhân cung cấp bổ sung hồ sơ (bao gồm cả chứng thư giám định đối với các trường hợp phải có kết quả giám định ) nhằm làm rõ các thông tin liên quan đến nội dung đề nghị xác định trước mã số.
Đối với trường hợp phải bổ sung chứng thư giám định, Tổng cục Hải quan có văn bản thông báo để tổ chức, cá nhân có đề nghị xác định trước mã số gửi mẫu đến tổ chức sự nghiệp hoạt động dịch vụ kỹ thuật của các Bộ quản lý chuyên ngành (sau đây gọi tắt là tổ chức kỹ thuật) hoặc tổ chức kinh doanh dịch vụ giám định (trong trường hợp tổ chức kỹ thuật có văn bản từ chối) để trưng cầu giám định .
Thời hạn xử lý hồ sơ đề nghị xác định trước mã số được tính từ ngày Tổng cục Hải quan nhận đủ hồ sơ (bao gồm cả chứng thư giám định) do tổ chức, cá nhân đề nghị xác định trước mã số cung cấp bổ sung.
4. Hiệu lực của văn bản xác định trước mã số
a) Văn bản xác định trước mã số có hiệu lực tối đa là 03 (ba) năm kể từ ngày Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ký ban hành.
b) Văn bản xác định trước mã số chấm dứt hiệu lực nếu thuộc một trong các trường hợp sau:
b.1. Văn bản quy phạm pháp luật là căn cứ để ban hành văn bản xác định trước mã số được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế. Thời gian chấm dứt hiệu lực kể từ ngày văn bản quy phạm pháp luật sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế bắt đầu có hiệu lực thi hành.
b.2. Nội dung văn bản xác định trước mã số có thay đổi. Thời gian chấm dứt hiệu lực kể từ ngày Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành văn bản chấm dứt hiệu lực của văn bản xác định trước mã số.
c) Văn bản xác định trước mã số không có hiệu lực áp dụng trong trường hợp hàng hóa hoặc hồ sơ thực tế nhập khẩu khác với hàng hóa hoặc hồ sơ đề nghị xác định trước mã số.
5. Sử dụng văn bản xác định trước mã số:
a) Văn bản xác định trước mã số là cơ sở để khai báo mã số trên tờ khai hải quan và được nộp cùng với hồ sơ hải quan (01 bản sao) khi làm thủ tục hải quan.
b) Kết quả xác định trước mã số, không thuộc đối tượng thanh tra, kiểm tra của cơ quan hải quan.
1. Trường hợp thực hiện xác định trước trị giá: 
a) Xác định điều kiện, phương pháp xác định trị giá tính thuế;
b) Xác định điều kiện các khoản điều chỉnh cộng hoặc các khoản được trừ khi xác định trị giá tính thuế.
2. Hồ sơ xác định trước trị giá::
a) Đơn đề nghị theo mẫu số 03/XDTGTT/2013 ban hành kèm theo Thông tư này: 01 bản chính.
b) Hợp đồng mua bán hàng hóa theo quy định tại khoản 1 Điều 2 Thông tư số 205/2010/TT-BTC ngày 15/12/2010: 01 bản sao.
c) Tài liệu kỹ thuật, hình ảnh hoặc catalogue hàng hóa: 01 bản sao.
d) Các chứng từ, tài liệu chứng minh nội dung đề nghị xác định trước trị giá, mỗi chứng từ, tài liệu 01 bản sao:
d.1. Đối với  đề nghị xác định trước trị giá về điều kiện áp dụng phương pháp trị giá giao dịch, điều kiện để cộng hoặc trừ các khoản điều chỉnh:
d.1.1. Chứng từ, tài liệu chứng minh mối quan hệ đặc biệt không ảnh hưởng đến trị giá giao dịch, nếu có mối quan hệ đặc biệt;
d.1.2. Chứng từ, tài liệu có liên quan đến các khoản tiền người mua phải trả nhưng chưa tính vào giá mua ghi trên hoá đơn thương mại, nếu có các khoản thanh toán khác ngoài giá mua ghi trên hóa đơn;
d.1.3. Chứng từ, tài liệu có liên quan đến các khoản điều chỉnh cộng, nếu có khoản điều chỉnh cộng;
d.1.4. Chứng từ, tài liệu có liên quan đến các khoản điều chỉnh trừ, nếu có khoản điều chỉnh trừ;
d.1.5. Chứng từ, tài liệu khác có liên quan đến việc xác định trị giá tính thuế theo trị giá giao dịch do người khai hải quan khai báo.
Ví dụ: trường hợp đề nghị xác định trước khoản phí bản quyền thì phải nộp hợp đồng hoặc thỏa thuận liên quan đến khoản phí bản quyền đó; trường hợp đề nghị xác định trước khoản trợ giúp thì phải nộp hợp đồng hoặc thỏa thuận liên quan đến khoản trợ giúp đó.
d.2. Đối với đề nghị xác định trước trị giá về điều kiện áp dụng phương pháp trị giá giao dịch của hàng hoá nhập khẩu giống hệt, tương tự:
d.2.1. Tờ khai hải quan và tờ khai trị giá của hàng hoá nhập khẩu giống hệt, tương tự;
d.2.2.  Hợp đồng vận tải của hàng hoá nhập khẩu giống hệt, tương tự, nếu có sự điều chỉnh chi phí vận tải;
d.2.3. Hợp đồng bảo hiểm của hàng hoá nhập khẩu giống hệt, tương tự, nếu có sự điều chỉnh chi phí bảo hiểm;
d.2.4. Bảng giá bán hàng xuất khẩu của nhà sản xuất hoặc người bán hàng ở nước ngoài, nếu có sự điều chỉnh về số lượng, cấp độ thương mại;
d.2.5. Các hồ sơ, chứng từ hợp pháp khác cần thiết và liên quan đến việc xác định trị giá tính thuế.
d.3. Đối với đề nghị xác định trước trị giá về điều kiện phương pháp trị giá khấu trừ:
d.3.1. Hoá đơn bán hàng do Bộ Tài chính phát hành hoặc cho phép sử dụng;
d.3.2. Hợp đồng đại lý bán hàng nếu người nhập khẩu là đại lý bán hàng của người xuất khẩu. Hợp đồng này phải quy định cụ thể khoản phí hoa hồng mà người đại lý được hưởng, các loại chi phí mà người đại lý phải trả;
d.3.3. Bản giải trình về doanh thu bán hàng và các chứng từ, sổ sách kế toán phản ánh các khoản chi phí nêu tại khoản 4 Điều 17 Thông tư số 205/2010/TT-BTC ngày 15/12/2010;
d.3.4. Tờ khai hải quan và tờ khai trị giá của lô hàng được lựa chọn để khấu trừ;
d.3.5. Các tài liệu cần thiết khác để kiểm tra, xác định trị giá tính thuế.
d.4. Đối với đề nghị xác định trước trị giá về điều kiện phương pháp trị giá tính toán:
d.4.1. Bản giải trình của người sản xuất về các chi phí nêu tại điểm 1.1 và 1.2 khoản 1 Điều 18 Thông tư số 205/2010/TT-BTC ngày 15/12/2010 kèm theo bản sao có xác nhận của người sản xuất về các chứng từ, số liệu kế toán phù hợp với bản giải trình này;
d.4.2. Hoá đơn bán hàng của người sản xuất;
d.4.3. Chứng từ về các chi phí như chi phí vận tải, bảo hiểm và các chi phí có liên quan đến việc vận tải hàng hoá nhập khẩu.
d.5. Đối với  đề nghị xác định trước trị giá về phương pháp suy luận:
Bao gồm đầy đủ các chứng từ, tài liệu có liên quan đến việc xác định trị giá tính thuế theo phương pháp này.
đ) Các chứng từ, tài liệu có liên quan đến nội dung đề nghị xác định trước trị giá của tổ chức, cá nhân: 01 bản sao.
e) Bảng kê các chứng từ, tài liệu thuộc hồ sơ xác định trước trị giá: 01 bản chính.
3. Thủ tục xác định trước trị giá:
a) Đối với tổ chức, cá nhân:
a.1. Điền đủ các thông tin vào Đơn đề nghị theo mẫu số 03/XDTGTT/2013 kèm theo Thông tư này.
a.2. Nộp đủ hồ sơ đề nghị xác định trước trị giá theo quy định tại khoản 2 Điều này đến Tổng cục Hải quan.
a.3. Cung cấp bổ sung hồ sơ, tham gia đối thoại nhằm làm rõ nội dung đề nghị xác định trước trị giá nếu Tổng cục Hải quan yêu cầu.
a.4. Thông báo bằng văn bản cho Tổng cục Hải quan trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày có bất kỳ thay đổi nào về hồ sơ nhập khẩu so với hồ sơ đề nghị xác định trước trị giá.
b) Đối với cơ quan hải quan:
Trên cơ sở quy định của pháp luật, cơ sở dữ liệu giá của cơ quan hải quan và hồ sơ yêu cầu của tổ chức, cá nhân, Tổng cục Hải quan kiểm tra hồ sơ đề nghị xác định trước trị giá:
b.1. Nếu không thuộc trường hợp thực hiện xác định trước trị giá quy định tại khoản 1 Điều này hoặc không đủ điều kiện theo điểm 1 Đơn đề nghị: Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận Đơn đề nghị, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành văn bản thông báo không xác định trước trị giá;
b.2. Nếu thuộc trường hợp thực hiện xác định trước trị giá quy định tại khoản 1 Điều này và đủ điều kiện theo điểm 1 Đơn đề nghị nhưng hồ sơ không đầy đủ hoặc Đơn đề nghị không điền đủ các tiêu chí: Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận Đơn đề nghị, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành văn bản thông báo cho tổ chức, cá nhân bổ sung các thông tin, chứng từ, tài liệu và trả lại hồ sơ xác định trước trị giá;
b.3. Nếu thuộc trường hợp thực hiện xác định trước trị giá quy định tại khoản 1 Điều này, đủ điều kiện theo điểm 1 Đơn đề nghị và đầy đủ hồ sơ, Đơn đề nghị điền đủ các tiêu chí: Trong thời hạn 30 (ba mươi) ngày làm việc kể từ ngày nhận được Đơn đề nghị, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành văn bản thông báo kết quả xác định trước trị giá (theo mẫu số 04/TBXDTTG/2013 ban hành kèm theo Thông tư này - sau đây gọi tắt là văn bản xác định trước trị giá), gửi cho tổ chức, cá nhân và cập nhật vào cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan. Trường hợp phức tạp thì thời hạn giải quyết có thể kéo dài hơn nhưng tối đa không quá 90 (chín mươi) ngày làm việc kể từ ngày nhận được Đơn đề nghị.
b.4. Trong quá trình xử lý hồ sơ, Tổng cục Hải quan được yêu cầu tổ chức, cá nhân cung cấp bổ sung hồ sơ, tham gia đối thoại nhằm làm rõ các thông tin liên quan đến nội dung đề nghị xác định trước trị giá.
4. Hiệu lực của văn bản xác định trước trị giá:
a) Văn bản xác định trước trị giá có hiệu lực trong thời hạn tối đa là 03 (ba) năm kể từ ngày Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ký ban hành, nhưng không quá thời hạn chấm dứt hiệu lực của hợp đồng mua bán.
a) Văn bản xác định trước trị giá có hiệu lực trong thời hạn tối đa là 03 (ba) năm giá trị kể từ ngày Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ký ban hành, nhưng không quá thời hạn chấm dứt hiệu lực của hợp đồng mua bán.
b) Văn bản xác định trước trị giá chấm dứt hiệu lực nếu thuộc một trong các trường hợp sau:
b.1) Văn bản quy phạm pháp luật làm căn cứ ban hành văn bản xác định trước trị giá được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế. Thời gian chấm dứt hiệu lực kể từ ngày văn bản quy phạm pháp luật sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế có hiệu lực thi hành.
b.2) Hồ sơ nhập khẩu có thay đổi so với hồ sơ đề nghị xác định trước trị giá. Thời gian chấm dứt hiệu lực kể từ ngày có thay đổi đó.
b.3) Nội dung văn bản xác định trước trị giá có thay đổi. Thời gian chấm dứt hiệu lực kể từ ngày Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành văn bản chấm dứt hiệu lực của văn bản xác định trước trị giá.
c) Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành văn bản hủy bỏ văn bản xác định trước trị giá trong trường hợp hồ sơ xác định trước trị giá do tổ chức, cá nhân cung cấp không chính xác, trung thực.
5. Sử dụng văn bản xác định trước trị giá:
a) Văn bản xác định trước trị giá là cơ sở để khai báo Tờ khai trị giá tính thuế và được nộp cùng với hồ sơ hải quan (01 bản sao) khi làm thủ tục hải quan.
b) Nội dung đã được xác định trước trị giá không thuộc đối tượng kiểm tra, thanh tra của cơ quan hải quan.
  • Xác nhận trước xuất xứ hàng hóa nhập khẩu
1. Việc xác nhận trước xuất xứ được thực hiện đối với hàng hóa nhập khẩu.
2. Hồ sơ đề nghị xác nhận trước xuất xứ:
a)  Đơn đề nghị xác nhận trước xuất xứ hàng hoá nhập khẩu (theo mẫu  số 05/XDXX/2013 ban hành kèm theo Thông tư này);
b) Bản kê các nguyên vật liệu dùng để sản xuất ra hàng hoá gồm các thông tin như: tên hàng, mã số H.S, xuất xứ nguyên vật liệu cấu thành sản phẩm, giá CIF của nguyên vật liệu: 01 bản chính;
c) Hoá đơn mua bán các nguyên vật liệu để sản xuất ra hàng hoá: 01 bản sao;
d) Bản mô tả sơ bộ quy trình sản xuất ra hàng hoá: 01 bản sao;
đ) Giấy chứng nhận giám định, giấy chứng nhận gia công lắp ráp, giấy chứng nhận phân tích thành phần, catalogue: 01 bản sao;
e) Mẫu hàng hoặc ảnh chụp được yêu cầu xuất trình trong những trường hợp các giấy tờ trên chưa có đủ thông tin để xác nhận trước xuất xứ.
3. Thủ tục xác nhận trước xuất xứ:
a) Đối với tổ chức, cá nhân có yêu cầu xác nhận trước xuất xứ:
a.1) Nộp bộ hồ sơ đầy đủ và hợp lệ, gồm các chứng từ theo quy định tại khoản 2 Điều này đến Tổng cục Hải quan, trong thời hạn ít nhất chín mươi (90) ngày trước khi nhập khẩu lô hàng.
a.2) Trong vòng năm (5) ngày kể từ ngày nhận được đề nghị của cơ quan hải quan, tổ chức, cá nhân có yêu cầu xác nhận trước xuất xứ phải bổ sung thông tin, chứng từ còn thiếu.
a.3) Thông báo cho cơ quan hải quan nơi tiến hành xác nhận trước xuất xứ ngay khi có sự thay đổi về các yếu tố đánh giá xuất xứ hàng hoá.
b) Đối với cơ quan hải quan:
b.1) Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan xem xét, ban hành thông báo xác nhận trước xuất xứ (theo mẫu số 06/TBXDXX/2013 ban hành kèm Thông tư này) trong vòng ba mươi (30) ngày, trong trường hợp phức tạp thì thời hạn này là sáu mươi (60) ngày, kể từ ngày nhận được bộ hồ sơ đầy đủ và hợp lệ.
b.2) Trường hợp người nộp đơn đề nghị không cung cấp đủ thông tin cần thiết trong thời hạn nêu tại điểm b.1 khoản 2 Điều này, Tổng cục Hải quan sẽ từ chối xác định trước xuất xứ và thông báo bằng văn bản trong thời hạn năm (5) ngày kể từ ngày hết thời hạn cung cấp bổ sung thông tin.
b.3) Cục Hải quan tỉnh, thành phố tiến hành kiểm tra, đối chiếu thông tin trên văn bản xác nhận trước xuất xứ với hồ sơ, thực tế lô hàng nhập khẩu, trường hợp hàng hóa nhập khẩu không đúng với thông báo xác nhận trước xuất xứ thì báo cáo Tổng cục Hải quan để ra văn bản chấm dứt hiệu lực của thông báo xác nhận trước theo hướng dẫn tại khoản 4 Điều này.
4. Văn bản xác nhận trước xuất xứ có hiệu lực không quá ba (03) năm kể từ ngày ban hành và được áp dụng đối với chính hàng hoá đó, cùng nhà sản xuất và xuất khẩu.
5. Tổng cục Hải quan ra văn bản chấm dứt hiệu lực của văn bản xác nhận trước xuất xứ, nếu xảy ra một trong các trường hợp sau:
a) Các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan được bổ sung sửa đổi;
b) Các yếu tố đánh giá xuất xứ hàng hoá đã thay đổi;
c) Có sự khác nhau giữa kết quả xác nhận trước xuất xứ với xuất xứ thực tế của hàng hoá;
d) Người nộp đơn đề nghị xác nhận trước xuất xứ cung cấp thông tin sai lệch, giả mạo.
  • Xem hàng hoá trước khi khai hải quan
Việc xem hàng hoá trước khi khai hải quan quy định tại điểm b khoản 1 Điều 23 Luật Hải quan được thực hiện như sau:
1. Chủ hàng có đơn đề nghị xem hàng hoá trước khi làm thủ tục hải quan gửi người đang giữ hàng hoá, đồng thời thông báo cho Chi cục hải quan để giám sát theo quy định.
2. Việc xem trước hàng hoá phải được sự chấp thuận của người đang giữ hàng hóa và chịu sự giám sát của cơ quan hải quan.
3. Khi xem trước hàng hoá, người giữ hàng hoá phải lập biên bản chứng nhận, có xác nhận của người đang giữ hàng hoá, chủ hàng và công chức hải quan giám sát, mỗi bên tham gia giữ 01 bản.
4. Sau khi chủ hàng xem hàng hoá, hải quan niêm phong hàng hoá. Trường hợp hàng hoá không thể niêm phong được thì trong biên bản chứng nhận nêu tại khoản 3 Điều này phải thể hiện được tình trạng hàng hoá và ghi rõ người giữ hàng hoá chịu trách nhiệm giữ nguyên trạng hàng hoá.
  • Khai hải quan
1. Việc khai hải quan (bao gồm cả khai thuế khi làm thủ tục hải quan) được thực hiện theo mẫu Tờ khai hải quan.
2. Khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo loại hình và thời hạn nộp thuế khác nhau:
a) Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo các loại hình khác nhau hoặc theo một loại hình nhưng có thời hạn nộp thuế khác nhau thì phải khai trên tờ khai hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu khác nhau theo từng loại hình tương ứng hoặc từng thời hạn nộp thuế tương ứng (trừ trường hợp một mặt hàng nhập khẩu nhưng có thời hạn nộp thuế của các loại thuế khác nhau thì thực hiện khai trên cùng một tờ khai hải quan).
b) Hàng hoá nhập khẩu thuộc một hợp đồng/đơn hàng, có thời hạn nộp thuế khác nhau, nếu người khai hải quan lựa chọn nộp thuế trước khi thông quan hoặc giải  phóng hàng hoặc thực hiện thời hạn bảo lãnh ngắn nhất thì được khai trên cùng một tờ khai hàng hoá nhập khẩu.
3. Đối với hàng hoá nhập khẩu, khai hải quan được thực hiện trước hoặc trong thời hạn ba mươi (30) ngày, kể từ ngày hàng hoá đến cửa khẩu. Ngày hàng hoá đến cửa khẩu là ngày ghi trên dấu của cơ quan hải quan đóng lên bản khai hàng hoá (bản lược khai hàng hoá) nhập khẩu tại cảng dỡ hàng trong hồ sơ phương tiện vận tải nhập cảnh (đường biển, đường hàng không, đường sắt) hoặc ngày ghi trên tờ khai phương tiện vận tải qua cửa khẩu hoặc sổ theo dõi phương tiện vận tải.  
4. Khai hải quan đối với hàng hoá có nhiều hợp đồng/đơn hàng (trừ hàng hóa gia công với thương nhân nước ngoài):
a) Một mặt hàng nhập khẩu có nhiều hợp đồng/đơn hàng, có một hoặc nhiều hoá đơn của một người bán hàng, cùng điều kiện giao hàng, giao hàng một lần, có một vận đơn thì khai trên một tờ khai hải quan.
 b) Một mặt hàng xuất khẩu có nhiều hợp đồng/đơn hàng, cùng điều kiện giao hàng, cùng bán cho một khách hàng và giao hàng một lần thì khai trên một tờ khai hải quan.
 c) Khi khai hải quan, người khai hải quan phải khai đầy đủ số, ngày, tháng, năm của hợp đồng/đơn hàng trên tờ khai hải quan; trường hợp không thể khai hết trên tờ khai hải quan thì lập bản kê chi tiết kèm theo tờ khai hải quan; về lượng hàng thì chỉ cần khai tổng lượng hàng của các hợp đồng/đơn hàng trên tờ khai hàng hoá xuất khẩu/nhập khẩu.
5. Hàng hóa nhập khẩu thuộc nhiều loại hình, có chung vận đơn, hóa đơn thương mại,  khai trên nhiều tờ khai theo từng loại hình hàng hóa nhập khẩu thì các chứng từ bản chính được lưu kèm một tờ khai hải quan, các chứng từ kèm tờ khai hải quan khác sử dụng bản sao và ghi rõ trên chứng từ “bản chính được lưu kèm tờ khai hải quan số…, ngày…”.
6. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thuộc diện được giảm mức thuế suất so với quy định hoặc hưởng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt thì khi khai thuế suất phải khai cả mức thuế suất trước khi giảm, tỷ lệ phần trăm giảm hoặc thuế suất ưu đãi đặc biệt và văn bản quy định việc giảm hoặc quy định mức thuế suất ưu đãi đặc biệt.
7. Trách nhiệm của người khai hải quan, người nộp thuế trong việc khai hải quan và sử dụng hàng hoá theo mục đích kê khai:
a) Tự kê khai đầy đủ, chính xác, trung thực các tiêu chí trên tờ khai và các chứng từ phải nộp, phải xuất trình theo quy định của pháp luật, các yếu tố làm căn cứ tính thuế hoặc miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, xét hoàn thuế, không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng, thuế bảo vệ môi trường và thuế khác (trừ việc kê khai thuế suất, số tiền thuế phải nộp đối với hàng hóa thuộc đối tượng không chịu thuế)
b) Tự xác định, chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc kê khai số tiền thuế phải nộp; số tiền thuế được miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, hoàn thuế hoặc không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng, thuế bảo vệ môi trường và thuế khác theo đúng quy định của pháp luật; kê khai số tiền thuế phải nộp trên một giấy nộp tiền cho toàn bộ số thuế của tờ khai hải quan.
8. Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng, thuế bảo vệ môi trường hoặc đã được miễn thuế, xét miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hoặc đã được áp dụng thuế suất ưu đãi, ưu đãi đặc biệt theo hạn ngạch thuế quan nhưng sau đó có thay đổi về đối tượng không chịu thuế hoặc mục đích được miễn thuế, xét miễn thuế, áp dụng thuế suất ưu đãi, ưu đãi đặc biệt thì xử lý như sau:
a) Người nộp thuế phải có văn bản thông báo với cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa về số lượng, chất lượng, chủng loại... hàng hóa dự kiến sẽ thay đổi mục đích sử dụng;
b) Trong thời hạn mười (10) ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản thông báo của người nộp thuế, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra, xác định thực tế hàng hoá trước khi thay đổi mục đích sử dụng. Người nộp thuế chỉ được chuyển đổi mục đích sử dụng sau khi  cơ quan hải quan đã kiểm tra và có ý kiến.
c) Chậm nhất trong thời hạn mười (10) ngày làm việc kể từ ngày thực tế chuyển đổi mục đích sử dụng, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai số tiền thuế phải nộp, số tiền chậm nộp (nếu có) theo quy định của pháp luật với cơ quan hải quan (theo mẫu số 07/TDMDSD/2013 ban hành kèm Thông tư này) (trừ trường hợp thay đổi mục đích sử dụng bằng hình thức tái xuất hoặc chuyển nhượng cho đối tượng thuộc diện không chịu thuế, miễn thuế hoặc được áp dụng thuế suất ưu đãi, ưu đãi đặc biệt theo hạn ngạch thuế quan );
d) Người nộp thuế có trách nhiệm nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính (nếu có) cho hàng hoá đã thay đổi mục đích sử dụng trong thời hạn theo hướng dẫn tại điểm  điểm c khoản 2 Điều 20 Thông tư này; trường hợp có nghi ngờ cơ quan hải quan quyết định kiểm tra việc thay đổi mục đích sử dụng, người nộp thuế kê khai nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt theo qui định của pháp luật theo yêu cầu của cơ quan hải quan;
e) Trường hợp người nộp thuế thay đổi mục đích sử dụng nhưng không tự giác kê khai nộp thuế với cơ quan hải quan, cơ quan hải quan hoặc cơ quan chức năng khác kiểm tra, phát hiện thì bị ấn định số tiền thuế, tiền chậm nộp và phải nộp tiền phạt tuỳ theo hành vi, mức độ vi phạm sẽ bị xử lý theo quy định hiện hành. Người nộp thuế có trách nhiệm nộp đủ số tiền thuế còn thiếu, số tiền chậm nộp tiền phạt (nếu có) theo quyết định của cơ quan hải quan.
9. Hàng hóa là vật tư, nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu khi được chuyển tiêu thụ nội địa phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng và thuế khác (nếu có)  với cơ quan hải quan (bao gồm cả việc xác định lại trị giá tính thuế và xác định lại thời hạn nộp thuế) theo hướng dẫn tại Điều 39 Thông tư này.
10. Hàng hóa tạm nhập - tái xuất, khi được chuyển tiêu thụ nội địa phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường và thuế khác (nếu có)  với cơ quan hải quan (bao gồm cả việc xác định lại trị giá tính thuế và xác định lại thời hạn nộp thuế) theo hướng dẫn tại Điều 41 Thông tư này.
  • Hồ sơ hải quan
1. Khi làm thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, người khai hải quan nộp, xuất trình cho cơ quan hải quan hồ sơ hải quan, gồm các chứng từ sau:
a) Tờ khai hải quan: nộp 02 bản chính;
b) Hợp đồng mua bán hàng hóa đối với hàng hóa xuất khẩu có thuế xuất khẩu, hàng xuất khẩu có yêu cầu thanh khoản, hàng hóa có quy định về thời điểm liên quan đến hợp đồng xuất khẩu: 01 bản sao;
c) Hóa đơn thương mại đối với hàng hóa xuất khẩu có thuế xuất khẩu: 01 bản sao;
d) Bản kê chi tiết hàng hoá đối với trường hợp hàng hoá có nhiều chủng loại hoặc đóng gói không đồng nhất: 01 bản sao;
đ) Tuỳ trường hợp cụ thể dưới đây, người khai hải quan nộp thêm, xuất trình các chứng từ sau:
đ.1) Giấy phép xuất khẩu đối với hàng hóa phải có giấy phép xuất khẩu theo quy định của pháp luật: nộp 01 bản chính nếu xuất khẩu một lần hoặc bản sao khi xuất khẩu nhiều lần và phải xuất trình bản chính để đối chiếu, lập phiếu theo dõi trừ lùi;
đ.2) Các chứng từ khác theo quy định cụ thể tại các văn bản quy phạm pháp luật của các Bộ, Ngành có liên quan;
đ.3) Trường hợp hàng hoá thuộc đối tượng được miễn thuế xuất khẩu, ngoài các giấy tờ nêu trên, phải có thêm:
đ.3.1) Giấy báo trúng thầu hoặc giấy chỉ định thầu kèm theo hợp đồng cung cấp hàng hoá, trong đó có quy định giá trúng thầu hoặc giá cung cấp hàng hoá không bao gồm thuế xuất khẩu (đối với trường hợp tổ chức, cá nhân trúng thầu xuất khẩu); hợp đồng uỷ thác xuất khẩu hàng hoá, trong đó có quy định giá cung cấp theo hợp đồng uỷ thác không bao gồm thuế xuất khẩu (đối với trường hợp uỷ thác xuất khẩu): nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính trong lần xuất khẩu đầu tiên tại Chi cục hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu để đối chiếu;
đ.3.2) Giấy tờ khác chứng minh hàng hóa xuất khẩu thuộc đối tượng miễn thuế: nộp bản sao, xuất trình bản chính;
đ.3.3) Bảng kê danh mục, tài liệu của hồ sơ đề nghị miễn thuế: 01 bản chính.
2. Khi làm thủ tục hải quan đối với hàng hoá nhập khẩu, người khai hải quan nộp, xuất trình cho cơ quan hải quan hồ sơ hải quan, gồm các chứng từ sau:
a) Tờ khai hải quan: nộp 02 bản chính;
b) Hợp đồng mua bán hàng hóa: 01 bản sao;
c) Hóa đơn thương mại: 01 bản sao;
d) Bản kê chi tiết hàng hoá đối với trường hợp hàng hoá có nhiều chủng loại hoặc đóng gói không đồng nhất: 01 bản sao;
đ) Vận đơn hoặc các chứng từ vận tải khác có giá trị tương đương theo quy định của pháp luật (trừ hàng hoá nêu tại khoản 7 Điều 6 Thông tư này, hàng hoá mua bán giữa khu phi thuế quan và nội địa, hàng hóa nhập khẩu do người nhập cảnh mang theo đường hành lý): 01 bản sao.
Đối với hàng hoá nhập khẩu qua bưu điện quốc tế nếu không có vận đơn thì người khai hải quan ghi mã số gói bưu kiện, bưu phẩm lên tờ khai hải quan hoặc nộp danh mục bưu kiện, bưu phẩm do Bưu điện lập.
Đối với hàng hóa nhập khẩu phục vụ cho hoạt động thăm dò, khai thác dầu khí được vận chuyển trên các tàu dịch vụ (không phải là tàu thương mại) thì nộp bản khai hàng hoá (cargo manifest) thay cho vận đơn.
e) Tuỳ từng trường hợp cụ thể dưới đây, người khai hải quan nộp thêm, xuất trình các chứng từ sau:
e.1) Giấy đăng ký kiểm tra hoặc giấy thông báo miễn kiểm tra hoặc giấy thông báo kết quả kiểm tra của tổ chức kỹ thuật được chỉ định kiểm tra chất lượng, của cơ quan kiểm tra an toàn thực phẩm, cơ quan kiểm dịch (sau đây gọi tắt là cơ quan kiểm tra) đối với hàng hóa nhập khẩu thuộc danh mục sản phẩm, hàng hoá phải kiểm tra về chất lượng, về an toàn thực phẩm; về kiểm dịch động vật, kiểm dịch thực vật: nộp 01 bản chính;
e.2) Chứng thư giám định đối với hàng hoá được thông quan trên cơ sở kết quả giám định: nộp 01 bản chính;
e.3) Tờ khai trị giá hàng nhập khẩu đối với hàng hoá thuộc diện phải khai tờ khai trị giá theo quy định tại Quyết định số 30/2008/QĐ-BTC ngày 21 tháng 5 năm 2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành tờ khai trị giá tính thuế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và hướng dẫn khai báo và Thông tư  số 182/2012/TT-BTC ngày 25 tháng 10 năm 2012 của Bộ trưởng Bộ tài chính sửa đổi, bổ sung một số quy định của Quyết định số 30/2008/QĐ-BTC: nộp 02 bản chính;
e.4) Giấy phép nhập khẩu đối với hàng hóa phải có giấy phép nhập khẩu theo quy định của pháp luật: nộp 01 bản chính nếu nhập khẩu một lần hoặc bản sao khi nhập khẩu nhiều lần và phải xuất trình bản chính để đối chiếu, lập phiếu theo dõi trừ lùi;
e.5) Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O): nộp 01 bản chính trong các trường hợp sau:
e.5.1) Hàng hoá có xuất xứ từ nước hoặc nhóm nước có thoả thuận về áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt với Việt Nam (trừ hàng hoá nhập khẩu có trị giá FOB không vượt quá 200 USD) theo quy định của pháp luật Việt Nam và theo các Điều ước quốc tế mà Việt Nam ký kết hoặc tham gia, nếu người nhập khẩu muốn được hưởng các chế độ ưu đãi đó;
e.5.2) Hàng hoá nhập khẩu được Việt Nam hoặc các tổ chức quốc tế thông báo đang ở trong thời điểm có nguy cơ gây hại đến an toàn xã hội, sức khoẻ của cộng đồng hoặc vệ sinh môi trường cần được kiểm soát;
e.5.3) Hàng hoá nhập khẩu từ các nước thuộc diện Việt Nam thông báo đang ở trong thời điểm áp dụng thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế chống phần biệt đối xử, các biện pháp về thuế để tự vệ, biện pháp hạn ngạch thuế quan;
e.5.4) Hàng hoá nhập khẩu phải tuân thủ các chế độ quản lý nhập khẩu theo quy định của pháp luật Việt Nam hoặc các Điều ước quốc tế song phương hoặc đa phương mà Việt Nam ký kết hoặc tham gia;
C/O đã nộp cho cơ quan hải quan thì không được sửa chữa nội dung hoặc thay thế, trừ trường hợp do chính cơ quan hay tổ chức có thẩm quyền cấp C/O sửa đổi, thay thế trong thời hạn quy định của pháp luật.
e.6) Trường hợp hàng hoá thuộc đối tượng được miễn thuế nhập khẩu nêu tại Điều 100 Thông tư này phải có:
e.6.1) Danh mục hàng hóa miễn thuế kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi đã được đăng ký tại cơ quan hải quan, đối với các trường hợp phải đăng ký danh mục theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 101 Thông tư này: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu và trừ lùi;
e.6.2) Giấy báo trúng thầu hoặc giấy chỉ định thầu (ghi rõ nội dung trúng thầu hoặc chỉ định thầu) kèm theo hợp đồng bán hàng cho các doanh nghiệp theo kết quả đấu thầu hoặc hợp đồng cung cấp hàng hoá, trong đó có quy định giá trúng thầu hoặc giá cung cấp hàng hoá không bao gồm thuế nhập khẩu (đối với trường hợp tổ chức, cá nhân trúng thầu nhập khẩu); hợp đồng uỷ thác nhập khẩu hàng hoá, hợp đồng cung cấp dịch vụ trong đó có quy định giá cung cấp theo hợp đồng uỷ thác, hợp đồng dịch vụ không bao gồm thuế nhập khẩu (đối với trường hợp uỷ thác nhập khẩu hoặc cung cấp dịch vụ): nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính trong lần nhập khẩu đầu tiên tại Chi cục hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu để đối chiếu;
e.6.3) Giấy tờ chuyển nhượng hàng hoá thuộc đối tượng miễn thuế đối với trường hợp hàng hoá của đối tượng miễn thuế chuyển nhượng cho đối tượng miễn thuế khác: nộp 01 bản sao;
e.6.4) Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh cửa hàng miễn thuế đối với hàng hoá nhập khẩu để bán tại cửa hàng miễn thuế: nộp 01 bản sao;
e.6.5) Giấy tờ khác chứng minh hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng miễn thuế;
e.6.6) Bảng kê danh mục, tài liệu của hồ sơ đề nghị miễn thuế: nộp 01 bản chính.
e.7) Tờ khai xác nhận viện trợ không hoàn lại của cơ quan tài chính theo quy định tại Thông tư số 225/2010/TT-BTC ngày 31 tháng 12 năm 2010 của Bộ Tài chính quy định chế độ quản lý tài chính nhà nước đối với viện trợ không hoàn lại của nước ngoài thuộc nguồn thu ngân sách nhà nước, đối với hàng hoá là hàng viện trợ không hoàn lại thuộc đối tượng không chịu thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng, thuế bảo vệ môi trường và thuế khác: nộp 01 bản chính;
Trường hợp chủ dự án ODA không hoàn lại, nhà thầu chính thực hiện dự án ODA không hoàn lại thuộc đối tượng không chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường  và thuế khác theo quy định của pháp luật về thuế thì phải có thêm giấy báo trúng thầu hoặc giấy chỉ định thầu kèm theo hợp đồng cung cấp hàng hoá, trong đó quy định giá trúng thầu hoặc giá cung cấp hàng hoá không bao gồm thuế nhập khẩu (đối với trường hợp tổ chức, cá nhân trúng thầu nhập khẩu); hợp đồng uỷ thác nhập khẩu hàng hoá, trong đó quy định giá cung cấp theo hợp đồng uỷ thác không bao gồm thuế nhập khẩu (đối với trường hợp uỷ thác nhập khẩu): nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu.
e.8) Giấy đăng ký kinh doanh giống vật nuôi, giống cây trồng do cơ quan quản lý nhà nước cấp đối với giống vật nuôi, giống cây trồng thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu;
e.9) Hàng hoá thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng là máy móc, thiết bị, vật tư thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để sử dụng trực tiếp cho hoạt động nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ; máy móc, thiết bị, phụ tùng thay thế, phương tiện vận tải chuyên dùng và vật tư thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu, khí đốt; tàu bay, dàn khoan, tàu thuỷ thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu tạo tài sản cố định của doanh nghiệp, thuê của nước ngoài sử dụng cho sản xuất, kinh doanh và để cho thuê, phải có:
e.9.1) Giấy báo trúng thầu hoặc giấy chỉ định thầu (ghi rõ nội dung trúng thầu hoặc chỉ định thầu) và hợp đồng bán hàng cho các doanh nghiệp theo kết quả đấu thầu hoặc hợp đồng cung cấp hàng hoá  hoặc hợp đồng cung cấp dịch vụ (ghi rõ giá hàng hoá phải thanh toán không bao gồm thuế giá trị gia tăng) đối với hàng hoá thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng do cơ sở trúng thầu hoặc được chỉ định thầu hoặc đơn vị cung cấp dịch vụ nhập khẩu: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính trong lần nhập khẩu đầu tiên tại Chi cục hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu để đối chiếu;
e.9.2) Hợp đồng uỷ thác nhập khẩu hàng hoá, trong đó ghi rõ giá cung cấp theo hợp đồng uỷ thác không bao gồm thuế giá trị gia tăng (đối với trường hợp nhập khẩu uỷ thác): nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu;
e.9.3) Văn bản của cơ quan có thẩm quyền giao nhiệm vụ cho các tổ chức thực hiện các chương trình, dự án, đề tài nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ hoặc hợp đồng khoa học và công nghệ giữa bên đặt hàng với bên nhận đặt hàng thực hiện hợp đồng khoa học và công nghệ kèm theo bản xác nhận của đại diện doanh nghiệp hoặc thủ trưởng cơ quan nghiên cứu khoa học và cam kết sử dụng trực tiếp hàng hoá nhập khẩu cho hoạt động nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ đối với trường hợp nhập khẩu để nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ: nộp 01 bản chính;
e.9.4) Xác nhận và cam kết của đại diện doanh nghiệp về việc sử dụng máy móc, thiết bị, phụ tùng thay thế, phương tiện vận tải chuyên dùng và vật tư thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu, khí đốt: nộp 01 bản chính;
e.9.5) Xác nhận và cam kết của đại diện doanh nghiệp về việc sử dụng tàu bay, dàn khoan, tàu thuỷ thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp, thuê của nước ngoài sử dụng cho sản xuất, kinh doanh và để cho thuê: nộp 01 bản chính;
e.9.6) Hợp đồng thuê ký với nước ngoài đối với trường hợp thuê tàu bay, giàn khoan, tàu thuỷ; loại trong nước chưa sản xuất được của nước ngoài dùng cho sản xuất, kinh doanh và để cho thuê: xuất trình 01 bản chính;
e.10) Giấy báo trúng thầu hoặc giấy chỉ định thầu (ghi rõ nội dung trúng thầu hoặc chỉ định thầu) kèm theo Hợp đồng bán hàng cho các doanh nghiệp chế xuất theo kết quả đấu thầu hoặc Hợp đồng cung cấp hàng hóa, trong đó, quy định giá trúng thầu hoặc giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu đối với hàng hóa thuộc đối tượng không chịu thuế nhập khẩu để phục vụ xây dựng nhà xưởng, văn phòng làm việc của doanh nghiệp chế xuất do các nhà thầu nhập khẩu 
e.11) Giấy xác nhận hàng hóa nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho quốc phòng của Bộ Quốc phòng hoặc phục vụ trực tiếp cho an ninh của Bộ Công an đối với hàng hoá nhập khẩu là vũ khí, khí tài chuyên dùng phục vụ trực tiếp cho quốc phòng, an ninh thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị giá tăng: nộp 01 bản chính;
e.12) Các chứng từ khác có liên quan theo quy định của pháp luật đối với từng mặt hàng cụ thể: nộp 01 bản chính.
3. Hồ sơ để xác định hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu nhằm mục đích thương mại thuộc đối tượng không chịu thuế là hồ sơ hải quan quy định tại Điều này.
  • Đăng ký tờ khai hải quan
1. Tờ khai hải quan được đăng ký tại:
a) Chi cục hải quan cửa khẩu quản lý địa điểm lưu giữ hàng hóa; hoặc
b) Chi cục hải quan quản lý địa điểm nơi hàng hóa được chuyển cửa khẩu hoặc chuyển cảng đến; hoặc
c) Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp có cơ sở sản xuất.
2. Thời điểm đăng ký tờ khai hải quan:
Việc đăng ký tờ khai được thực hiện ngay sau khi người khai hải quan khai, nộp đủ hồ sơ hải quan theo quy định.
  • Sửa chữa tờ khai, khai bổ sung hồ sơ hải quan
1. Việc sửa chữa tờ khai, khai bổ sung hồ sơ hải quan được thực hiện trong các trường hợp sau đây:
a) Sửa chữa tờ khai hải quan, khai bổ sung hồ sơ hải quan trước thời điểm kiểm tra thực tế hàng hoá hoặc trước khi quyết định miễn kiểm tra thực tế hàng hoá theo quy định tại khoản 3, Điều 9 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP;
b) Khai bổ sung hồ sơ hải quan được thực hiện sau thời điểm cơ quan hải quan quyết định thông quan, thông quan có điều kiện hoặc đưa hàng về bảo quản nếu đáp ứng nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau đây:
b.1) Sai sót về nội dung khai hải quan do người nộp thuế, người khai hải quan tự phát hiện, khai báo với cơ quan hải quan;
b.2) Thời điểm khai báo trong thời hạn 60 (sáu mươi) ngày, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan nhưng trước khi cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế;
b.3) Người khai hải quan, người nộp thuế phải có đủ cơ sở chứng minh và cơ quan hải quan có đủ cơ sở, điều kiện kiểm tra, xác định tính trung thực, chính xác và hợp pháp của việc khai bổ sung.
b.4) Việc khai bổ sung không ảnh hưởng đến việc áp dụng chính sách quản lý hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đối với lô hàng khai bổ sung.
2. Nội dung sửa chữa, khai bổ sung bao gồm:
a) Khai bổ sung thông tin làm cơ sở xác định các yếu tố, căn cứ tính thuế hoặc xác định đối tượng không chịu thuế; hoặc xác định đối tượng miễn thuế, xét miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế;
b) Khai bổ sung số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế đã nộp, số tiền thuế chênh lệch còn phải nộp hoặc số tiền thuế chênh lệch nộp thừa (nếu có), số tiền chậm nộp của số tiền thuế khai bổ sung (nếu người nộp thuế đã nộp tiền thuế khai bổ sung quá thời hạn nộp thuế) đối với từng mặt hàng và của cả tờ khai hải quan; cam kết về tính chính xác, hợp pháp của chứng từ, hồ sơ khai bổ sung;
c) Sửa chữa, khai bổ sung thông tin khác trên tờ khai hải quan.
3. Hồ sơ sửa chữa, khai bổ sung gồm:
a) Văn bản sửa chữa, khai bổ sung (mẫu số 08/KBS/2013 ban hành kèm theo Thông tư này): nộp 02 bản chính;
b) Các giấy tờ kèm theo để chứng minh việc sửa chữa, khai bổ sung.
4. Xử lý hồ sơ sửa chữa, khai bổ sung
a) Trách nhiệm của người khai hải quan:
a.1) Khai chính xác, trung thực, đầy đủ các yếu tố, căn cứ khai bổ sung trong văn bản khai bổ sung;
a.2) Tính số tiền thuế khai bổ sung, số tiền chậm nộp (nếu có) phải nộp do khai bổ sung;
a.3) Nộp đủ hồ sơ cho cơ quan hải quan trong thời hạn được sửa chữa, khai bổ sung theo quy định tại Điều 34 Luật Quản lý thuế, khoản 2 Điều 22 Luật Hải quan;
a.4) Thực hiện thông báo của cơ quan hải quan trên văn bản sửa chữa, khai bổ sung;
a.5) Trường hợp khai bổ sung làm tăng số tiền thuế phải nộp, người nộp thuế phải nộp đầy đủ, đúng thời hạn số tiền thuế, tiền chậm nộp (nếu có) theo đúng quy định;
a.6) Trường hợp khai bổ sung làm giảm số tiền thuế phải nộp, người nộp thuế có quyền đề nghị cơ quan hải quan nơi khai bổ sung xử lý số tiền nộp thừa theo hướng dẫn tại Điều 26 Thông tư này.
b) Trách nhiệm của cơ quan hải quan:
b.1) Ghi rõ ngày, giờ tiếp nhận hồ sơ sửa chữa, khai bổ sung đối với trường hợp sửa chữa, khai bổ sung theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 34 Luật Quản lý thuế, khoản 2 Điều 22 Luật Hải quan. Ghi rõ ngày tiếp nhận hồ sơ khai bổ sung đối với trường hợp khai bổ sung theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 34 Luật Quản lý thuế;
b.2) Kiểm tra tính đầy đủ, chính xác của hồ sơ sửa chữa, khai bổ sung và thông báo kết quả kiểm tra trên văn bản sửa chữa, khai bổ sung; trả cho người khai hải quan 01 bản, lưu 01 bản;
b.3) Thông báo kết quả kiểm tra hồ sơ sửa chữa, khai bổ sung trong thời hạn sau đây:
b.3.1) Trong thời hạn tám giờ làm việc kể từ khi tiếp nhận đủ hồ sơ sửa chữa, khai bổ sung đối với trường hợp sửa chữa, khai bổ sung trước thời điểm cơ quan hải quan kiểm tra thực tế hàng hóa hoặc quyết định miễn kiểm tra thực tế hàng hóa;
b.3.2) Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đủ hồ sơ khai bổ sung đối với trường hợp khai bổ sung trong thời hạn 60 (sáu mươi) ngày, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan nhưng trước khi cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế.
5. Trường hợp người khai hải quan, người nộp thuế tự phát hiện hồ sơ hải quan đã nộp có sai sót; tự giác khai báo trước khi cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế nhưng quá thời hạn 60 (sáu mươi) ngày, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan; người khai hải quan, người nộp thuế có đủ cơ sở chứng minh và cơ quan hải quan có đủ cơ sở, điều kiện kiểm tra, xác định tính chính xác và hợp pháp của việc khai báo thì xử lý như sau:
a) Người khai hải quan, người nộp thuế thực hiện việc kê khai như trường hợp khai bổ sung hướng dẫn tại khoản 2, khoản 3, điểm a khoản 4 Điều này; nộp đủ số tiền thuế thiếu theo thời hạn nộp thuế như đối với số tiền thuế tự khai, tự tính khi làm thủ tục hải quan, số tiền chậm nộp (nếu có), chấp hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính của cơ quan hải quan;
b) Cơ quan hải quan có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ kê khai của người khai hải quan, người nộp thuế như trường hợp khai bổ sung hướng dẫn tại điểm b khoản 4 Điều này; xử lý vi phạm hành chính theo quy định và ghi chú vào văn bản khai bổ sung về việc xử phạt. Trường hợp tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế phải nộp thì cơ quan hải quan xử lý lại số tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 26 Thông tư này.
6. Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai xem xét, quyết định cho sửa chữa tờ khai, khai bổ sung hồ sơ hải quan.
  • Thay tờ khai hải quan
Thay tờ khai hải quan chỉ thực hiện khi thay đổi loại hình xuất khẩu, nhập khẩu và phải thực hiện trước thời điểm kiểm tra thực tế hàng hóa hoặc trước thời điểm quyết định miễn kiểm tra thực tế hàng hóa  (trừ trường hợp hàng hóa tạm nhập – tái xuất chuyển tiêu thụ nội địa) . Thủ tục hải quan thực hiện như sau:
1. Người khai hải quan có văn bản gửi Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai giải trình lý do đề nghị thay tờ khai hải quan khác;
2. Lãnh đạo Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai có trách nhiệm xem xét lý do, giải trình của người khai hải quan; nếu thấy hợp lý và không phát hiện dấu hiệu gian lận thương mại thì chấp nhận đề nghị của người khai hải quan, phân công công chức hải quan thực hiện:
a) Thu hồi tờ khai đã đăng ký;
b) Thực hiện việc huỷ tờ khai hải quan đã đăng ký: gạch chéo bằng mực đỏ, ký tên, đóng dấu công chức lên cả hai tờ khai hải quan được huỷ;
c) Đăng ký tờ khai hải quan mới. Hồ sơ hải quan mới bao gồm: tờ khai hải quan mới và các chứng từ của lô hàng cùng tờ khai hải quan được huỷ;
d) Ghi chú trên hệ thống: tờ khai này đã được thay bằng tờ khai số; ngày, tháng, năm…;
e) Lưu tờ khai hải quan được huỷ, văn bản đề nghị thay tờ khai của người khai hải quan theo thứ tự số đăng ký tờ khai hải quan.
  • Kiểm tra hải quan trong quá trình làm thủ tục hải quan
1. Kiểm tra trong quá trình làm thủ tục hải quan bao gồm: kiểm tra hồ sơ hải quan, kiểm tra thuế và kiểm tra thực tế hàng hoá.
2. Nội dung kiểm tra trong quá trình làm thủ tục hải quan
a) Kiểm tra tên hàng, mã số hàng hoá theo quy định tại Thông tư của Bộ Tài chính hướng dẫn phân loại hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
b) Kiểm tra về lượng hàng hoá. Đối với những mặt hàng mà bằng phương pháp thủ công hoặc thiết bị của cơ quan hải quan không xác định được lượng hàng (như hàng lỏng, hàng rời, lô hàng có lượng hàng lớn...) thì cơ quan hải quan căn cứ vào kết quả giám định của thương nhân kinh doanh dịch vụ giám định (dưới đây gọi tắt là thương nhân giám định) để xác định.
c) Kiểm tra về chất lượng hàng hoá (bao gồm cả kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm), cụ thể:
c.1) Hàng hoá thuộc Danh mục hàng hoá phải kiểm tra chất lượng
c.1.1) Đối với hàng hoá nhập khẩu: cơ quan hải quan căn cứ giấy đăng ký kiểm tra chất lượng hoặc giấy thông báo miễn kiểm tra lô hàng hoặc giấy thông báo kết luận lô hàng đạt chất lượng hàng nhập khẩu của cơ quan kiểm tra để làm thủ tục hải quan.
c.1.2) Đối với hàng hoá xuất khẩu: cơ quan hải quan căn cứ giấy thông báo kết luận lô hàng đạt chất lượng hàng xuất khẩu của cơ quan kiểm tra để làm thủ tục hải quan.
c.2) Hàng hoá không thuộc Danh mục hàng hoá phải kiểm tra chất lượng
c.2.1) Trường hợp bằng phương tiện và thiết bị của mình, cơ quan hải quan không xác định được chất lượng hàng hoá để thực hiện quản lý xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá thì cùng với chủ hàng lấy mẫu hoặc yêu cầu chủ hàng cung cấp tài liệu kỹ thuật (catalogue…), thống nhất lựa chọn thương nhân giám định thực hiện giám định. Kết luận của thương nhân giám định có giá trị để các bên thực hiện.
c.2.2) Trường hợp người khai hải quan và cơ quan hải quan không thống nhất được trong việc lựa chọn thương nhân giám định thì cơ quan hải quan lựa chọn tổ chức kỹ thuật được chỉ định kiểm tra phục vụ quản lý nhà nước hoặc thương nhân giám định (đối với trường hợp tổ chức kỹ thuật được chỉ định kiểm tra có văn bản từ chối). Kết luận của tổ chức kỹ thuật được chỉ định kiểm tra phục vụ quản lý nhà nước hoặc thương nhân giám định có giá trị để các bên thực hiện. Nếu người khai hải quan không đồng ý với kết luận này thì thực hiện khiếu nại theo quy định của pháp luật.
d) Kiểm tra xuất xứ hàng hoá căn cứ vào thực tế hàng hoá, hồ sơ hải quan, những thông tin có liên quan đến hàng hoá và quy định tại Điều 15 Nghị định số 19/2006/NĐ-CP ngày 20/02/2006 của Chính phủ, các văn bản hướng dẫn có liên quan.
Kết quả kiểm tra xử lý như sau:
d.1) Trường hợp xuất xứ thực tế của hàng hoá nhập khẩu khác với xuất xứ khai báo của người khai hải quan, nhưng vẫn thuộc nước, vùng lãnh thổ thực hiện đối xử tối huệ quốc với Việt Nam thì cơ quan hải quan vẫn áp dụng thuế suất ưu đãi theo quy định, nhưng sẽ tuỳ tính chất, mức độ vi phạm để xem xét xử lý theo quy định của pháp luật;
d.2) Trong trường hợp có nghi ngờ về xuất xứ hàng hoá, cơ quan hải quan yêu cầu người khai hải quan cung cấp thêm các chứng từ để chứng minh hoặc đề nghị cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu xác nhận. Trong khi chờ kết quả kiểm tra, hàng hoá không được hưởng ưu đãi thuế quan nhưng vẫn được thông quan theo thủ tục hải quan thông thường;
Trường hợp người khai hải quan nộp C/O cấp cho cả lô hàng nhưng chỉ nhập khẩu một phần của lô hàng thì cơ quan hải quan chấp nhận C/O đó đối với phần hàng hoá thực nhập.
e) Kiểm tra thuế, bao gồm các nội dung:            
e.1) Kiểm tra điều kiện để áp dụng biện pháp cưỡng chế, thời hạn nộp thuế theo quy định;
e.2) Kiểm tra các căn cứ để xác định hàng hoá không thuộc đối tượng chịu thuế trong trường hợp người khai hải quan khai hàng hoá không thuộc đối tượng chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, hoặc thuế giá trị gia tăng, hoặc thuế tiêu thụ đặc biệt, hoặc thuế bảo vệ môi trường, hoặc thuế khác;
e.3) Kiểm tra các căn cứ để xác định hàng hoá thuộc đối tượng miễn thuế, xét miễn thuế, giảm thuế trong trường hợp người khai hải quan khai hàng hoá thuộc đối tượng miễn thuế, xét miễn thuế, giảm thuế;
e.4) Kiểm tra các căn cứ tính thuế để xác định số tiền thuế phải nộp, việc tính toán số tiền thuế phải nộp trong trường hợp hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế trên cơ sở kết quả kiểm tra nêu tại điểm a, điểm b, điểm c và điểm d khoản này, kết quả kiểm tra, xác định trị giá tính thuế theo hướng dẫn tại Thông tư 205/2010/TT-BTC ngày 15/12/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn Nghị định số 40/2007/NĐ-CP ngày 16 tháng 3 năm 2007 của Chính phủ quy định về việc xác định trị giá hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu và các căn cứ khác có liên quan.
e.5) Kiểm tra việc áp dụng văn bản xác định trước trị giá hải quan, xác định trước mã số, xác định trước xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu (nếu có) đối với hàng hóa thuộc diện kiểm tra hồ sơ hải quan hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa.
g) Đối với hàng hóa tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập không thực hiện việc niêm phong hải quan khi kiểm tra hải quan, công chức hải quan mô tả cụ thể tên hàng, số lượng, chủng loại, ký mã hiệu, xuất xứ (nếu có) trên Phiếu ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa hoặc chụp ảnh nguyên trạng hàng hóa lưu cùng hồ sơ hải quan. Khi làm thủ tục tái xuất, tái nhập, công chức hải quan kiểm tra hàng hóa, đối chiếu với  mô tả hàng hóa trên bộ hồ sơ hải quan tạm nhập, tạm xuất (do cơ quan hải quan lưu) và xác nhận hàng hóa tái xuất, tái nhập đúng với hàng hóa đã tạm nhập, tạm xuất trên trên Phiếu ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa.
3. Thẩm quyền quyết định hình thức và mức độ kiểm tra do Lãnh đạo Cục Hải quan, Lãnh đạo Chi cục hải quan nơi tiếp nhận và xử lý hồ sơ hải quan quyết định.
4. Trong quá trình làm thủ tục hải quan cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu, căn cứ vào tình hình thực tế của lô hàng và thông tin mới thu nhận được, Lãnh đạo Cục Hải quan, Lãnh đạo Chi cục hải quan quyết định thay đổi hình thức, mức độ kiểm tra đã quyết định trước đó; chịu trách nhiệm về việc thay đổi quyết định hình thức, mức độ kiểm tra.
5. Kết thúc kiểm tra thực tế hàng hoá, công chức hải quan thực hiện kiểm tra ghi kết quả kiểm tra theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan.
  • Lấy mẫu, lưu mẫu, lưu hình ảnh hàng hoá nhập khẩu
1. Việc lấy mẫu hàng hoá nhập khẩu thực hiện trong các trường hợp sau:
a) Người khai hải quan có yêu cầu lấy mẫu để phục vụ việc khai hải quan;
b) Hàng hoá phải lấy mẫu theo yêu cầu quản lý của cơ quan hải quan, gồm: nguyên liệu chính nhập khẩu để gia công, để sản xuất hàng xuất khẩu; nguyên liệu chính xuất khẩu để gia công ở nước ngoài, sản phẩm gia công xuất khẩu; sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu nhập khẩu; hàng xuất khẩu bị trả lại để tái chế (trừ hàng hoá không thể lấy mẫu được, hàng tươi sống, kim khí quý, đá quý). Trường hợp không lấy mẫu thì cơ quan hải quan phải chụp ảnh hàng hóa và lưu cùng hồ sơ hải quan.
c) Hàng hóa nhập khẩu phải lấy mẫu để phục vụ giám định, phân tích, phân loại theo yêu cầu của cơ quan hải quan.
2. Việc lấy mẫu do Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan quyết định đối với các trường hợp cụ thể:
a) Trường hợp nguyên liệu nhập khẩu để gia công, sản xuất hàng xuất khẩu, được chuyển cửa khẩu, được miễn kiểm tra thực tế hàng hóa nhưng thuộc diện phải lấy mẫu thì được lấy mẫu tại Hải quan cửa khẩu hoặc nhà máy, xí nghiệp, cơ sở sản xuất;
b) Trường hợp người khai hải quan có yêu cầu lấy mẫu tại cửa khẩu, Chi cục Hải quan nơi đăng lý tờ khai hải quan hoặc Chi cục Hải quan cửa khẩu thực hiện việc lấy mẫu theo quy định;
c) Trường hợp người khai hải quan có yêu cầu lấy mẫu tại nhà máy, xí nghiệp, cơ sở sản xuất thì thực hiện chuyển cửa khẩu theo quy định. Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan thực hiện việc lấy mẫu.
3. Thủ tục lấy mẫu
a) Trường hợp lấy mẫu theo yêu cầu của người khai hải quan hoặc cơ quan hải quan thì thực hiện theo Phiếu lấy mẫu hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu (mẫu số 09/PLM/2013 ban hành kèm Thông tư này).
b) Trường hợp lấy mẫu theo yêu cầu phân tích, phân loại hàng hoá xuất nhập khẩu thì thực hiện theo Điều 20 Thông tư số 49/2010/TT-BTC ngày 12/4/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn về việc phân loại, áp dụng mức thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
c) Khi lấy mẫu phải có đại diện chủ hàng, đại diện cơ quan hải quan và đại diện cơ quan quản lý chuyên ngành (trong trường hợp hàng hóa lấy mẫu phục vụ kiểm tra chuyên ngành); mẫu phải được các bên ký xác nhận và niêm phong.
4. Kỹ thuật lấy mẫu thực hiện theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan.
5. Nơi lưu mẫu
a) Đối với mẫu do Trung tâm Phân tích, phân loại hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu tiến hành phân tích thì nơi lưu mẫu là Trung tâm Phân tích, phân loại hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
b) Đối với trường hợp Chi cục lấy mẫu để giải quyết các nghiệp vụ có liên quan thì nơi lưu mẫu là Chi cục hải quan.
c) Đối với mẫu nguyên liệu nhập khẩu để gia công, sản xuất xuất khẩu; hàng tái chế thì doanh nghiệp chịu trách nhiệm lưu mẫu theo quy định.
6. Thời gian lưu mẫu
a) Mẫu lưu tại Trung tâm Phân tích, phân loại hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu và/hoặc Chi cục hải quan được lưu trong thời hạn 90 (chín mươi) ngày tính từ ngày thông quan hàng hoá. Trường hợp có tranh chấp, khiếu nại thì lưu đến khi giải quyết xong tranh chấp, khiếu nại.
b) Mẫu nguyên liệu gia công, nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu, sản phẩm gia công; sản phẩm xuất khẩu được lưu tại doanh nghiệp cho đến khi cơ quan hải quan thanh khoản xong hợp đồng gia công, tờ khai nhập khẩu nguyên liệu sản xuất xuất khẩu.
7. Việc lưu ảnh của hàng hoá nhập khẩu do lãnh đạo Chi cục hải quan quyết định từng trường hợp cụ thể theo yêu cầu quản lý hải quan. Ảnh lưu phải ghi số tờ khai hải quan, có chữ ký và đóng dấu số hiệu của công chức hải quan và chữ ký của chủ hàng vào mặt sau của ảnh, lưu cùng hồ sơ hải quan.
  • Giám sát hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh; phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh
1. Việc giám sát hải quan đối hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh, phương tiện vận tại xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh qua biên giới thực hiện theo quy định tại Điều 26 Luật Hải quan và Điều 13, Điều 14 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP. Ngoài ra, tại Thông tư này hướng dẫn bổ sung việc giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đưa vào hoặc đưa ra khu vực giám sát hải quan tại cửa khẩu như sau:
a. Trách nhiệm của người khai hải quan.
Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu khi đưa vào hoặc ra khỏi khu vực giám sát hải quan tại cửa khẩu, người khai hải quan phải xuất trình cho cơ quan hải quan các chứng từ sau đây:
a.1. Tờ khai hải quan:
a.1.1. Đối với hàng xuất khẩu là tờ khai hải quan đã được cơ quan hải quan xác nhận đã làm xong thủ tục hải quan;
a.1.2. Đối với hàng nhập khẩu là tờ khai hải quan đã được cơ quan hải quan xác nhận đã làm thủ tục hải quan hoặc thông quan có điều kiện hoặc đưa hàng về bảo quản; Phiếu xuất kho, bãi của doanh nghiệp kinh doanh kho, bãi;
a.2. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
b. Trách nhiệm của Chi cục hải quan cửa khẩu.
b.1. Chi cục hải quan cửa khẩu thực hiện việc giám sát hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định. Khi phát hiện lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu có dấu hiệu vi phạm các quy định pháp luật hải quan, Chi cục trưởng hải quan cửa khẩu quyết định kiểm tra thực tế hàng hoá.
b.2. Khi giám sát hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đưa vào hoặc ra khu vực cửa khẩu, Chi cục hải quan cửa khẩu tiến hành:
b.2.1. Kiểm tra hiệu lực của tờ khai hải quan;
b.2.2. Kiểm tra đối chiếu số ký hiệu của phương tiện chứa hàng hoặc số hiệu bao, kiện hàng; tình trạng niêm phong hải quan (nếu có);
b.3. Xử lý kết quả kiểm tra.
Nếu kết quả kiểm tra phù hợp, công chức hải quan xác nhận, ký tên, đóng dấu công chức và trả lại người khai hải quan:
b.3.1. Tờ khai hải quan đã được xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát hải quan” đối với hàng xuất khẩu, nhập khẩu qua cửa khẩu đường biển, đường thủy nội địa, đường hàng không, đường sắt;
b.3.2. Tờ khai hải quan đã được xác nhận “Hàng hóa đã xuất khẩu/nhập khẩu” đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu qua cửa khẩu đường bộ, đường sông, cảng chuyển tải, khu chuyển tải;
b.3.3. Biên bản bàn giao hàng hóa chuyển cửa khẩu hoặc Bảng kê hàng hóa chuyển cửa khẩu từ kho ngoại quan hoặc từ CFS ra cửa khẩu xuất.
Trường hợp kết quả kiểm tra không phù hợp thì tuỳ theo từng trường hợp cụ thể, Chi cục hải quan cửa khẩu hướng dẫn người khai hải quan điều chỉnh bổ sung hoặc xử lý theo quy định hiện hành.
Trường hợp tờ khai hải quan không còn giá trị làm thủ tục hải quan, Chi cục hải quan cửa khẩu yêu cầu người khai hải quan đến Chi cục hải quan nơi đăng ký để làm thủ tục huỷ tờ khai.
c. Đối với hàng hóa hàng kinh doanh tạm nhập tái xuất; xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu, ngoài các chứng từ quy định tại điểm a khoản 1 Điều này, người khai hải quan phải xuất trình bộ hồ sơ, cơ quan hải quan phải thực hiện giám sát hải quan theo quy định tại Điều 41 và Điều 61 Thông tư này.
  • Đồng tiền nộp thuế
Thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu được nộp bằng đồng tiền Việt Nam. Trường hợp nộp thuế bằng ngoại tệ thì người nộp thuế phải nộp bằng loại ngoại tệ tự do chuyển đổi theo quy định. Việc quy đổi từ ngoại tệ ra đồng Việt Nam theo tỷ giá giao dịch bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng do Ngân hàng Nhà nước Việt Nam công bố tại thời điểm tính thuế.
  • Thời hạn nộp thuế
1. Thời hạn nộp thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 42 Luật Quản lý thuế được sửa đổi bổ sung theo quy định tại khoản 11 Điều 1 Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, trong đó điều kiện để áp dụng thời hạn nộp thuế 275 ngày, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu là nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng xuất khẩu, được quy định cụ thể như sau:
a) Người nộp thuế phải có dây chuyền sản xuất hàng xuất khẩu trên lãnh thổ Việt Nam, phù hợp với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu (trên cơ sở cam kết của doanh nghiệp và tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về cam kết).
b) Người nộp thuế có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu trong thời gian ít nhất 02 (hai) năm liên tục tính đến ngày đăng ký tờ khai hải quan cho lô hàng nguyên liệu, vật tư, nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu  và trong hai (02) năm đó được cơ quan hải quan xác định :
b.1. Không bị xử lý về hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới;
b.2.  Không bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận thuế;
b.3. Không quá hai lần bị xử lý về các hành vi vi phạm khác về hải quan (bao gồm cả hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn) với mức phạt tiền vượt thẩm quyền của Chi cục trưởng Chi cục Hải quan theo quy định của Luật xử lý vi phạm hành chính.
c) Người nộp thuế không nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại thời điểm đăng ký tờ khai;
d) Được công ty kiểm toán độc lập (theo danh sách các doanh nghiệp kiểm toán đủ điều kiện cung cấp dịch vụ kiểm toán do Bộ Tài chính công bố) chấp nhận toàn phần các nội dung trọng yếu của báo cáo tài chính năm liền kề với thời điểm đăng ký tờ khai của doanh nghiệp. Quy định này chỉ áp dụng đối với các Báo cáo tài chính năm 2013 trở đi. 
đ) Nguyên liệu vật tư nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng.
Trường hợp không trực tiếp nhập khẩu thì người nộp thuế và doanh nghiệp nhận ủy thác nhập khẩu phải đáp ứng đầy đủ quy định trên và có hợp đồng ủy thác nhập khẩu.
 2. Thời hạn nộp thuế đối với một số trường hợp đặc thù, trừ trường hợp được nộp dần tiền thuế quy định tại khoản 25 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế:
a) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đăng ký tờ khai hải quan một lần để xuất khẩu, nhập khẩu nhiều lần thì thời hạn nộp thuế thực hiện theo quy định  và áp dụng đối với từng lần thực tế xuất khẩu, nhập khẩu.
b) Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu còn trong sự giám sát của cơ quan hải quan, nhưng bị cơ quan Nhà nước có thẩm quyền tạm giữ để điều tra, chờ xử lý thì thời hạn nộp thuế đối với từng trường hợp thực hiện theo quy định và được tính từ ngày cơ quan nhà nước có thẩm quyền có văn bản cho phép giải toả hàng hoá đã tạm giữ.
c) Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu có sự thay đổi mục đích sử dụng:
c.1. Hàng tạm nhập tái xuất đã được áp dụng thời hạn nộp thuế theo thời hạn bảo lãnh nếu chuyển tiêu thụ nội địa thì đăng ký tờ khai mới, tuân thủ chính sách thuế (giá, tỷ giá, thuế suất, thời hạn nộp thuế) tại thời điểm đăng ký tờ khai nhập khẩu chuyển tiêu thụ nội địa. 
c.2. Hàng hoá nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng đã được thông quan có điều kiện theo quy định tại Điều 28 Thông tư này do có văn bản xác nhận của Bộ Công an, Bộ Quốc phòng; Hàng hoá nhập khẩu phục vụ trực tiếp nghiên cứu khoa học, giáo dục, đào tạo thuộc đối tượng được xét miễn thuế, nếu kiểm tra, xác định hàng hóa không thuộc đối tượng được xét miễn thuế,  thì phải tính tiền chậm nộp kể từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng và bị xử phạt vi phạm theo quy định
c.3. Đối với hàng hóa khác thì tính lại thời hạn nộp thuế và tiền chậm nộp (nếu có) kể từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng.
d) Trường hợp khai báo nộp bổ sung tiền thuế thiếu, tiền thuế do cơ quan hải quan ấn định thì thời hạn nộp thuế được  tính từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng .
  • Bảo lãnh số tiền thuế phải nộp
1. Việc bảo lãnh số tiền thuế phải nộp được thực hiện theo một trong hai hình thức: bảo lãnh riêng hoặc bảo lãnh chung.
a) Bảo lãnh riêng là việc tổ chức tín dụng hoạt động theo quy định của luật các tổ chức tín dụng cam kết bảo lãnh thực hiện đầy đủ nghĩa vụ nộp số tiền thuế cho một tờ khai hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. Trường hợp đã được tổ chức tín dụng bảo lãnh nhưng hết thời hạn bảo lãnh mà người nộp thuế chưa nộp thuế và tiền chậm nộp (nếu có), thì tổ chức nhận bảo lãnh có trách nhiệm nộp đủ thuế, tiền chậm nộp thay người nộp thuế theo quy định tại khoản 11 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế; khoản 2 Điều 114 Luật Quản lý thuế;
b) Bảo lãnh chung là việc cam kết bảo lãnh thực hiện đầy đủ nghĩa vụ nộp số tiền thuế cho hai tờ khai hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trở lên. Bảo lãnh chung được trừ lùi, được khôi phục mức bảo lãnh tương ứng với số tiền thuế đã nộp.
Trường hợp đã được tổ chức tín dụng bảo lãnh nhưng hết thời hạn bảo lãnh mà người nộp thuế chưa nộp thuế và tiền chậm nộp (nếu có), thì tổ chức nhận bảo lãnh có trách nhiệm nộp đủ thuế, tiền chậm nộp thay người nộp thuế theo quy định tại khoản 11 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế; khoản 2 Điều 114 Luật Quản lý thuế.
2. Cơ quan hải quan chấp nhận áp dụng bảo lãnh nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:
a) Tổ chức bảo lãnh là tổ chức tín dụng thành lập và hoạt động theo Luật các tổ chức tín dụng và phải chịu trách nhiệm về việc đáp ứng đủ điều kiện thực hiện bảo lãnh theo quy định của pháp luật;
b) Có Thư bảo lãnh của bên bảo lãnh ghi rõ số tiền thuế thực hiện bảo lãnh và cam kết với cơ quan hải quan liên quan về việc bảo đảm khả năng thực hiện và chịu trách nhiệm nộp thuế và tiền phạt chậm nộp thay cho người nộp thuế khi hết thời hạn nộp thuế nhưng người nộp thuế chưa nộp xong thuế;
3. Thủ tục đối với hình thức bảo lãnh riêng
a) Khi làm thủ tục cho lô hàng nhập khẩu, người nộp thuế nộp Thư bảo lãnh của bên bảo lãnh.
b) Nội dung Thư bảo lãnh thực hiện theo mẫu số 10/TBL/2013 ban hành kèm theo Thông tư này.
c) Cơ quan hải quan kiểm tra các điều kiện bảo lãnh theo hướng dẫn tại khoản 2 nêu trên và xử lý việc bảo lãnh như sau:
c.1) Xác định thời hạn nộp thuế theo thời hạn bảo lãnh nhưng không được quá thời hạn quy định tại khoản 3 Điều 42 Luật Quản lý thuế được sửa đổi, bổ sung tại khoản 11 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế;
c.2) Trường hợp số tiền thuế bảo lãnh nhỏ hơn số tiền thuế phải nộp, cơ quan hải quan thực hiện thông quan số lượng hàng hóa tương ứng với số tiền thuế được bảo lãnh, trường hợp muốn thông quan cho toàn bộ lô hàng, người nộp thuế phải nộp số tiền thuế chênh lệch chưa được bão lãnh trước khi nhận hàng;
Trường hợp hàng hóa nhập khẩu được bảo lãnh là hàng rời, hàng khí hóa lỏng có số tiền bảo lãnh ít hơn số tiền thuế phải nộp, Chi cục trưởng hải quan quyết định thông quan số lượng hàng hóa tối đa không quá số lượng tương ứng với số tiền được bảo lãnh.
c.3) Trường hợp không đáp ứng đầy đủ các điều kiện bảo lãnh, cơ quan hải quan có văn bản thông báo từ chối áp dụng bảo lãnh cho người nộp thuế biết. Trường hợp nghi ngờ tính trung thực của Thư bảo lãnh thì có văn bản trao đổi với tổ chức tín dụng bảo lãnh để xác minh.
d) Theo dõi, xử lý việc bảo lãnh
d.1) Hết thời hạn nộp thuế nhưng người nộp thuế chưa nộp xong thuế đối với số tiền thuế được bảo lãnh thì tổ chức bảo lãnh có trách nhiệm nộp số tiền thuế và tiền phạt chậm nộp thuế (nếu có) thay cho người nộp thuế.
d.2) Cơ quan hải quan có trách nhiệm theo dõi, đôn đốc nhắc nhở người nộp thuế, tổ chức bảo lãnh thực hiện việc nộp thuế vào ngân sách nhà nước theo đúng quy định. Trường hợp không theo dõi, đôn đốc, phát sinh nợ thuế cán bộ công chức và thủ trưởng có liên quan phải chịu trách nhiệm theo quy định tại Điều 113 Luật Quản lý thuế.
Cơ quan hải quan nơi phát hiện vi phạm của tổ chức bảo lãnh có trách nhiệm thông báo bằng văn bản hoặc trên hệ thống dữ liệu điện tử (nếu đã có hệ thống dữ liệu điện tử) cho các đơn vị hải quan trên phạm vi toàn quốc để thực hiện theo đúng quy định; đối chiếu với các cam kết của tổ chức bảo lãnh để xử lý theo qui định của pháp luật.
d.3) Trường hợp người nộp thuế và tổ chức bảo lãnh cùng đồng thời nộp thuế, tiền chậm nộp, thì tiền thuế, tiền chậm nộp, nộp thừa được hoàn trả cho tổ chức bảo lãnh.
4. Thủ tục đối với hình thức bảo lãnh chung
a) Trước khi làm thủ tục cho hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu, người nộp thuế có văn bản gửi Chi cục hải quan đề nghị được bảo lãnh chung cho hàng hoá nhập khẩu theo mẫu số 11/VBBLC/2013 ban hành kèm theo Thông tư này.
b) Nội dung Thư bảo lãnh chung thực hiện theo mẫu số 12/TBLC/2013 ban hành kèm theo Thông tư này.
c) Cơ quan hải quan kiểm tra các điều kiện bảo lãnh hướng dẫn tại khoản 2 Điều này. Trường hợp đáp ứng đầy đủ các điều kiện bảo lãnh thì chấp nhận bảo lãnh chung cho các tờ khai hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu của người nộp thuế đăng ký trong khoảng thời gian người nộp thuế đề nghị được bảo lãnh ghi trên thư bảo lãnh, xác định thời hạn nộp thuế theo thời hạn bảo lãnh đối với từng lô hàng theo qui định.
Trường hợp không đáp ứng các điều kiện bảo lãnh, cơ quan hải quan có văn bản từ chối áp dụng bảo lãnh và thông báo cho người nộp thuế biết.
Trường hợp nghi ngờ tính trung thực của Thư bảo lãnh, cơ quan hải quan có văn bản trao đổi với tổ chức tín dụng bảo lãnh để xác minh, xử lý theo quy định.
d) Việc theo dõi, xử lý bảo lãnh thực hiện tương tự như điểm d khoản 3 Điều này và phải theo dõi trừ lùi, đảm bảo số tiền thuế mỗi lần bảo lãnh phải nhỏ hơn hoặc bằng số dư của bảo lãnh chung và được khôi phục hạn mức bảo lãnh tương ứng với số thuế đã nộp của tờ khai sử dụng bảo lãnh. Hạn mức còn lại của thư bảo lãnh được căn cứ trên hạn mức ban đầu của thư bảo lãnh trừ (-) số tiền thuế đã thực hiện bảo lãnh cộng (+) số tiền thuế đã nộp vào Ngân sách Nhà nước cho các tờ khai đã thực hiện bảo lãnh chung.
Trường hợp số tiền bảo lãnh còn lại nhỏ hơn số tiền thuế phải nộp đối với thủ tục hải quan thủ công, cơ quan hải quan thực hiện thông quan số hàng hóa tương ứng với số tiền thuế được bảo lãnh và thông báo cho người nộp thuế, tổ chức bảo lãnh biết. Nếu muốn thông quan cho toàn bộ lô hàng, người nộp thuế phải nộp số tiền thuế chênh lệch chưa được bão lãnh trước khi nhận hàng. Nếu bảo lãnh chung còn hiệu lực và được khôi phục thì được tiếp tục bảo lãnh tương ứng với hạn mức được khôi phục.
Trường hợp số tiền bảo lãnh còn lại nhỏ hơn số tiền thuế phải nộp đối với thủ tục hải quan điện tử, nếu muốn thông quan tự động cho toàn bộ lô hàng, người nộp thuế phải nộp số tiền thuế của các tờ khai đã sử dụng bảo lãnh chung, số dư hạn mức bảo lãnh chung sẽ được khôi phục tương ứng với số tiền thuế đã nộp của tờ khai sử dụng bảo lãnh chung. Lô hàng được thông quan khi hạn mức bảo lãnh còn lại lớn hơn hoặc bằng số tiền thuế phải nộp cho tờ khai đang chờ thông quan.
  • Địa điểm, hình thức nộp thuế
1. Người nộp thuế nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và tiền thu khác đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trực tiếp vào kho bạc Nhà nước hoặc vào tài khoản của cơ quan hải quan đặt tại các ngân hàng thương mại hoặc  thông qua ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng và tổ chức dịch vụ khác theo quy định tại khoản 1 Điều 29 Nghị định số …/2013/NĐ-CP của Chính phủ.
2. Trường hợp người nộp thuế nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và tiền thu khác  bằng tiền mặt nhưng kho bạc Nhà nước không tổ chức điểm thu tại địa điểm làm thủ tục hải quan, cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan thực hiện thu số tiền thuế do người nộp thuế nộp và chuyển toàn bộ số tiền thuế đã thu vào kho bạc Nhà nước theo quy định.
3. Trường hợp tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan, người nộp thuế có nợ tiền thuế, nợ tiền tiền chậm nộp, tiền phạt và tiền thu khác tại các cơ quan hải quan khác và muốn nộp ngay số tiền nợ đó tại cơ quan hải quan nơi đang làm thủ tục hải quan; người nộp thuế tự khai báo và nộp tiền tại điểm thu kho bạc hoặc cho cơ quan hải quan nơi làm thủ tục (nếu kho bạc Nhà nước không bố trí điểm thu.
4. Kho bạc Nhà nước, ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng, tổ chức dịch vụ khác có trách nhiệm cấp giấy nộp tiền vào ngân sách Nhà nước cho người nộp thuế theo mẫu quy định của Bộ Tài chính.
Cơ quan hải quan có trách nhiệm cấp biên lai thu cho người nộp thuế theo mẫu quy định của Bộ Tài chính trong trường hợp thu thuế bằng tiền mặt. Trường hợp thu hộ tiền thuế, Chi cục hải quan nơi thu hộ có trách nhiệm fax biên lai thu thuế cho Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp nợ thuế để Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp nợ thuế có văn bản nhờ thu hộ và xử lý theo quy định.
5. Trường hợp nộp thuế tại cơ quan hải quan, kho bạc Nhà nước hoặc nộp thuế qua ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng chưa kết nối với hệ thống thanh toán thuế điện tử thì trong thời hạn tám giờ làm việc, kể từ khi thu tiền thuế của người nộp thuế, cơ quan hải quan, Kho bạc Nhà nước, Ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng có trách nhiệm thực hiện chuyển số tiền thuế đã thu của người nộp thuế vào ngân sách Nhà nước. Trường hợp thu thuế bằng tiền mặt tại vùng sâu, vùng xa, hải đảo, vùng đi lại khó khăn thì thời hạn chuyển số tiền thuế đã thu của người nộp thuế vào ngân sách Nhà nước trong vòng 05 (năm) ngày làm việc, kể từ khi thu tiền thuế của người nộp thuế.
Trường hợp người nộp thuế nộp vào tài khoản của cơ quan hải quan đặt tại ngân hàng thương mại, cuối ngày làm việc hoặc đầu giờ của ngày làm việc tiếp theo Ngân hàng thương mại có trách nhiệm chuyển các khoản tiền thuế, tiền chậm nộp vào tài khoản thu NSNN, các khoản tiền phạt và tiền thu khác vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan đặt tại Kho bạc Nhà nước. 
Trường hợp nộp thuế qua hệ thống thanh toán điện tử, sau khi trích tài khoản của người nộp thuế, Kho bạc Nhà nước hạch toán ngay vào tài khoản ngân sách của cơ quan hải quan tại kho bạc; Ngân hàng thương mại nơi có tài khoản tiền gửi của kho bạc hạch toán ngay vào tài khoản tiền gửi; Ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng nơi không có tài khoản tiền gửi của kho bạc chuyển tiền nộp thuế vào tài khoản tiền gửi của kho bạc tại ngân hàng thương mại hoặc Ngân hàng Nhà nước, đồng thời cập nhật ngay dữ liệu vào Trung tâm cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan (đối với trường hợp ngân hàng đã kết nối thanh toán thuế điện tử với cơ quan hải quan).
  • Nộp thuế đối với trường hợp phải giám định, phân tích, phân loại hàng hoá
Đối với trường hợp phải có giám định, phân tích, phân loại hàng hóa về tiêu chuẩn kỹ thuật, chất lượng, lượng hàng, chủng loại để đảm bảo chính xác cho việc tính thuế (như xác định tên hàng, mã số hàng hoá theo danh mục Biểu thuế, chất lượng, lượng hàng, tiêu chuẩn kỹ thuật, tình trạng cũ, mới của hàng hóa nhập khẩu...), thì người nộp thuế vẫn phải nộp thuế theo như khai báo tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan và thực hiện thời hạn nộp thuế theo hướng dẫn tại Điều 20 Thông tư này. Nếu kết quả giám định, phân tích, phân loại hàng hóa khác so với khai báo của người nộp thuế dẫn đến có thay đổi về số tiền thuế phải nộp thì người nộp thuế phải nộp thuế theo kết quả giám định, phân tích, phân loại hàng hóa và thực hiện thời hạn nộp thuế đối với khoản tiền chênh lệch giữa số tiền thuế phải nộp theo kết quả giám định, phân tích, phân loại hàng hóa và số tiền thuế theo khai báo thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 20 Thông tư này. 
  • Thứ tự thanh toán tiền thuế
1.Thứ tự thanh toán tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được thực hiện đối với các khoản tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã đến hạn nộp và phải thực hiện theo thứ tự quy định tại Điều 45 Luật Quản lý thuế được sửa đổi, bổ sung tại khoản 12 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế:
a) Tiền thuế nợ, tiền chậm nộp quá hạn thuộc đối tượng áp dụng các biện pháp cưỡng chế là khoản nợ quá hạn quá 90 (chín mươi) ngày.
b) Tiền thuế nợ, tiền chậm nộp quá hạn chưa thuộc đối tượng áp dụng các biện pháp cưỡng chế là khoản nợ quá hạn chưa quá 90 (chín mươi) ngày.
2. Kho bạc Nhà nước, cơ quan hải quan phối hợp trao đổi thông tin về thu tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt để xác định thứ tự và thu theo đúng thứ tự quy định, cụ thể như sau:
a) Cơ quan hải quan theo dõi tình hình nợ thuế của người nộp thuế, hướng dẫn người nộp thuế nộp theo đúng thứ tự, xây dựng hệ thống tra cứu dữ liệu để người nộp thuế tự tra cứu và chấp hành nộp thuế theo đúng thứ tự quy định;
b) Căn cứ chứng từ nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của người nộp thuế, kho bạc Nhà nước hạch toán thu ngân sách Nhà nước và luân chuyển chứng từ, thông tin chi tiết các khoản nộp cho cơ quan hải quan biết để theo dõi và quản lý;
c) Trường hợp người nộp thuế nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt không đúng thứ tự, cơ quan hải quan lập lệnh điều chỉnh số tiền thuế đã thu, gửi kho bạc Nhà nước để điều chỉnh, đồng thời thông báo cho người nộp thuế biết về số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được điều chỉnh; hoặc yêu cầu người nộp thuế nộp các khoản tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ khác theo đúng thứ tự thanh toán. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của tờ khai mới phát sinh chỉ được thông quan khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
d) Trường hợp người nộp thuế không ghi cụ thể số tiền nộp cho từng loại tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt trên chứng từ nộp thuế, cơ quan hải quan hạch toán số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã thu theo thứ tự, đồng thời thông báo cho kho bạc Nhà nước biết để hạch toán thu ngân sách Nhà nước và thông báo cho người nộp thuế biết.
  • Ấn định thuế
1. Ấn định thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này là việc cơ quan hải quan thực hiện quyền hạn xác định các yếu tố, căn cứ tính thuế và tính thuế, thông báo, yêu cầu người nộp thuế phải nộp số tiền thuế do cơ quan hải quan xác định thuộc các trường hợp nêu tại khoản 2 Điều này.
2. Cơ quan hải quan thực hiện ấn định thuế trong các trường hợp quy định tại khoản ….Điều ….Nghị định số …./2013/NĐ-CP.
3. Việc ấn định thuế phải theo đúng các nguyên tắc quy định tại Điều 36 Luật Quản lý thuế.
4. Căn cứ để cơ quan hải quan ấn định thuế là lượng, trị giá tính thuế, xuất xứ hàng hoá, mức thuế suất thuế xuất khẩu, nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng, thuế bảo vệ môi trường và thuế khác của hàng hóa thực tế xuất khẩu, nhập khẩu; tỷ giá tính thuế; phương pháp tính thuế theo quy định và các thông tin, cơ sở dữ liệu khác quy định tại khoản 2 Điều 39 Luật Quản lý thuế, Điều ….Nghị định số …./2013/NĐ-CP và hướng dẫn tại mục 1 Phần V Thông tư này
5. Thẩm quyền ấn định thuế thực hiện theo quy định tại Điều 34 Nghị định số …./2013/NĐ-CP ngày …tháng….năm 2013 của Chính phủ .
6. Thủ tục, trình tự ấn định thuế
a) Ấn định thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được thực hiện trong quá trình làm thủ tục hải quan hoặc sau khi hàng hóa đã được thông quan.
b) Khi thực hiện ấn định thuế, cơ quan hải quan phải ấn định số tiền thuế phải nộp hoặc ấn định từng yếu tố liên quan (lượng hàng, trị giá tính thuế, mã số, thuế suất, xuất xứ, tỷ giá, định mức…) làm cơ sở xác định tổng số tiền thuế phải nộp, được miễn, giảm, hoàn của từng mặt hàng, tờ khai hải quan theo quy định tại Điều ….Nghị định số …./2013/NĐ-CP ngày ….tháng… năm 2013 của Chính phủ.
Trường hợp ấn định từng yếu tố liên quan đến việc xác định số tiền thuế phải nộp, cơ quan hải quan phải tính số tiền thuế phải nộp tương ứng với yếu tố ấn định và thông báo cho người nộp thuế biết cùng với kết quả ấn định yếu tố liên quan đến việc xác định số tiền thuế phải nộp.
c) Thủ tục, trình tự cụ thể:
c.1. Xác định hàng hoá thuộc đối tượng phải ấn định thuế theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều này;
c.2. Xác định cách thức ấn định thuế theo quy định tại Điều ….Nghị định số …./2013/NĐ-CP và thực hiện tiếp như sau:
c.2.1. Trường hợp ấn định tổng số tiền thuế phải nộp:
- Kiểm tra, xác định các căn cứ tính thuế (lượng hàng, trị giá, tỷ giá, xuất xứ, mã số, thuế suất) theo quy định của pháp luật về thuế và pháp luật khác có liên quan;
- Tính tổng số tiền thuế phải nộp; số tiền thuế chênh lệch giữa số tiền thuế phải nộp với số tiền thuế do người khai thuế đã khai, đã tính và đã nộp (nếu đã nộp);
- Ban hành quyết định ấn định thuế, ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính (nếu có).
c.2.2. Trường hợp ấn định từng yếu tố liên quan làm cơ sở xác định tổng số tiền thuế phải nộp:
- Kiểm tra, xác định yếu tố liên quan đảm bảo chính xác, hợp pháp;
- Xác định thời điểm tính thuế và/hoặc các căn cứ tính thuế (lượng hàng, trị giá, thuế suất…) trên cơ sở yếu tố liên quan được ấn định và quy định của pháp luật về thuế, pháp luật khác có liên quan. Trường hợp không xác định được thời điểm tính thuế và/hoặc các căn cứ tính thuế cho hàng hóa cùng loại chuyển đổi mục đích sử dụng thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau, thì số tiền thuế ấn định là số tiền thuế trung bình tính theo quy định của các văn bản pháp luật có hiệu lực tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan và thời điểm ấn định thuế;
- Tính số tiền thuế phải nộp; số tiền thuế chênh lệch giữa số tiền thuế phải nộp với số tiền thuế do người khai thuế đã khai, đã tính và đã nộp (nếu đã nộp);
- Ban hành quyết định ấn định thuế, ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính (nếu có).
7. Trách nhiệm của cơ quan hải quan
a) Khi ấn định thuế cơ quan hải quan phải ban hành quyết định ấn định thuế theo mẫu số 13/QDADT/2013 ban hành kèm theo Thông tư này, đồng thời gửi cho người nộp thuế biết trong thời hạn tám giờ làm việc kể từ khi ký quyết định ấn định thuế.
b) Trường hợp số tiền thuế do cơ quan hải quan ấn định lớn hơn số tiền thuế thực tế phải nộp theo quy định, cơ quan hải quan phải hoàn trả lại số tiền nộp thừa và bồi thường thiệt hại cho người nộp thuế theo quy định hoặc quyết định giải quyết khiếu nại của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc bản án, quyết định của Toà án.
c) Trường hợp cơ quan hải quan có cơ sở xác định quyết định ấn định không đúng thì ban hành quyết định huỷ quyết định ấn định theo mẫu số 14/HADT/2013 ban hành kèm theo Thông tư này.
8. Trách nhiệm của người nộp thuế
a) Người nộp thuế có trách nhiệm nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, số tiền thuế gian lận do cơ quan hải quan ấn định, theo đúng quy định tại Điều 107, 108 và 110 Luật Quản lý thuế được sửa đổi, bổ sung tại khoản 33, 34, 35 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế.
Người nộp thuế có hành vi vi phạm pháp luật về thuế thì bị xử phạt theo quy định. Thời hiệu xử phạt vi phạm pháp luật về thuế thực hiện theo quy định tại Điều 110 Luật quản lý thuế được sửa đổi, bổ sung tại khoản 35 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế và Nghị định số …./2013/NĐ-CP ngày … tháng… năm 2013 của Chính phủ quy định việc xử lý vi phạm hành chính và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính trong lĩnh vực hải quan.
b) Trường hợp không đồng ý với quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, người nộp thuế vẫn phải nộp số tiền thuế đó, đồng thời có quyền yêu cầu cơ quan hải quan giải thích, khiếu nại, hoặc khởi kiện về việc ấn định thuế theo quy định của pháp luật về khiếu nại, khởi kiện.
  • Xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
1. Tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được coi là nộp thừa trong các trường hợp:
 a) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế trong thời hạn mười năm, kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước thì: được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ, kể cả việc bù trừ giữa các loại thuế với nhau; hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo; hoặc hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; trừ trường hợp không được miễn xử phạt do đã thực hiện quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế của cơ quan quản lý thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 111 Luật Quản lý thuế.
b) Người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế bảo vệ môi trường và thuế khác.
2. Hồ sơ, thủ tục xử lý đối với số tiền thuế được hoàn quy định tại điểm b khoản 1 Điều này thực hiện theo hướng dẫn tại mục 6 Phần V Thông tư này.
3. Việc xử lý đối với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quy định tại điểm a khoản 1 Điều này được hướng dẫn như sau:
 a) Hồ sơ bao gồm:
a.1) Công văn đề nghị xử lý tiền thuế nộp thừa, tiền chậm nộp, tiền phạt nêu rõ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa; số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp, số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thực tế đã nộp; lý do nộp thừa, cách đề nghị xử lý: 01 bản chính;
a.2) Hồ sơ hải quan và các giấy tờ, tài liệu khác liên quan đến số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa: 01 bản sao;
a.3) Chứng từ nộp thuế, nộp tiền chậm nộp, nộp phạt: 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu.
b) Cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ do người nộp thuế nộp, đối chiếu với hồ sơ hải quan gốc lưu tại đơn vị, xác định tính thống nhất, hợp lệ và tính chính xác, đúng quy định của hồ sơ và xử lý như sau:
b.1) Trường hợp xác định thực tế số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp; kê khai của người nộp thuế là chính xác thì ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 15/QDHT/2013 ban hành kèm theo Thông tư này;
b.2) Trường hợp xác định thực tế số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp nhưng kê khai của người nộp thuế về số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa chưa chính xác thì thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế biết và ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phù hợp với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa đúng theo quy định;
b.3) Trường hợp xác định thực tế không có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp; cơ quan hải quan thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế biết, nêu rõ cơ sở xác định không có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.
c) Thời hạn cơ quan hải quan xử lý hồ sơ nêu tại điểm b khoản này là 05 (năm) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ đề nghị trả lại tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.
d) Trên cơ sở quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa; cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phải thanh khoản số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và đóng dấu trên tờ khai hải quan gốc do người nộp thuế nộp: "Hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa... đồng, theo Quyết định số... ngày... tháng... năm... của..." (theo phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này) và sao 01 bản tờ khai đã thanh khoản này để lưu vào hồ sơ hoàn thuế, trả lại tờ khai hải quan gốc cho người nộp thuế đồng thời thực hiện theo trình tự hướng dẫn tại Điều 130 Thông tư này.
4. Thẩm quyền quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.
Cơ quan hải quan nơi có phát sinh tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa cho người nộp thuế theo quy định.
5. Việc xử lý đối với số tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 4 Điều 130 Thông tư này.
  • Đưa hàng về bảo quản
1. Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải giám định để xác định có được xuất khẩu, nhập khẩu hay không mà người khai hải quan có yêu cầu đưa hàng hóa về bảo quản:
a) Chi cục trưởng hải quan chỉ chấp nhận trong trường hợp địa điểm đưa hàng về bảo quản đáp ứng các điều kiện về giám sát hải quan; Người khai hải quan có trách nhiệm bảo quản nguyên trạng hàng hóa trong thời gian chờ kết quả giám định.
b) Căn cứ kết quả giám định, công chức hải quan xác nhận thông quan hàng hóa hoặc báo cáo Chi cục trưởng hải quan xử lý theo quy định của pháp luật.
2. Đối với hàng hóa nhập khẩu phải kiểm tra chất lượng; kiểm dịch động vật, thực vật, y tế; kiểm tra an toàn thực phẩm (sau đây gọi tắt là kiểm tra chuyên ngành) được đưa về địa điểm kiểm tra theo quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành:
a) Chi cục trưởng hải quan nơi đăng ký tờ khai chấp nhận cho người khai hải quan được vận chuyển hàng hóa đến địa điểm kiểm tra chuyên ngành nếu địa điểm kiểm tra đã được cơ quan kiểm tra chuyên ngành xác nhận trên Giấy đăng ký kiểm tra hoặc Giấy tạm cấp kết quả kiểm dịch thực vật (đối với hàng hóa có nguồn gốc thực vật) hoặc Giấy vận chuyển hàng hóa (đối với thủy sản, sản phẩm thủy sản) hoặc giấy tờ khác của cơ quan kiểm tra chuyên ngành.
b) Trách nhiệm của người khai hải quan:
b.1) Tự chịu trách nhiệm bảo quản nguyên trạng hàng hóa để thực hiện kiểm tra chuyên ngành đến khi được cơ quan hải quan xác nhận thông quan.
b.2) Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày đưa hàng về bảo quản, người khai hải quan phải nộp Giấy thông báo kết quả kiểm tra của cơ quan kiểm tra chuyên ngành; hoặc thông báo ý kiến xử lý của cơ quan quản lý chuyên ngành; hoặc quyết định xử lý của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
d) Xử lý kết quả kiểm tra chuyên ngành:
d.1) Nếu kết quả kiểm tra chuyên ngành đạt chất lượng nhập khẩu thì công chức hải quan nơi đăng ký tờ khai xác nhận thông quan hàng hóa theo quy định tại khoản 2 Điều 29 Thông tư này.
d.2) Trường hợp người khai hải quan nộp kết quả kiểm tra chuyên ngành không đúng thời hạn quy định tại điểm b.2 khoản 2 Điều này thì Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai lập biên bản, xử phạt vi phạm hành chính về hành vi nộp chậm chứng từ thuộc hồ sơ hải quan theo quy định, trừ trường hợp được cơ quan kiểm tra chuyên ngành thông báo bằng văn bản cho cơ quan hải quan.
d.3) Trường hợp quá thời hạn quy định tại điểm b.2 khoản 2 Điều này người khai hải quan không nộp kết quả kiểm tra chuyên ngành theo quy định thì Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai chuyển hồ sơ (bản sao) cho Đội Kiểm soát hải quan thuộc Cục Hải quan tỉnh, thành phố để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
d.4) Đối với các trường hợp người khai hải quan vi phạm quy định tại điểm d.2, d.3 khoản 2 Điều này hoặc bị cơ quan hải quan hoặc cơ quan chức năng phát hiện có hành vi tự ý tiêu thụ hàng hóa khi chưa có kết quả kiểm tra chuyên ngành, thì ngay sau khi xử lý, Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai có văn bản thông báo cho cơ quan kiểm tra chuyên ngành biết để phối hợp áp dụng biện pháp kiểm tra tại cửa khẩu đối với lô hàng nhập khẩu tiếp theo.
d.5) Xử lý đối với hàng hóa không đạt điều kiện nhập khẩu:
d.5.1) Tái chế: Căn cứ quyết định của cơ quan quản lý chuyên ngành cho phép được tái chế hàng hóa , công chức hải quan xác nhận “hàng hoá được tái chế theo Quyết định số … ngày …” trên tờ khai hải quan; trường hợp lô hàng được bảo quản tại khu cách ly hoặc kho bảo quản thì chủ hàng thực hiện tái chế theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền.
Sau khi tái chế, nếu cơ quan kiểm tra chuyên ngành kết luận hàng hóa đạt điều kiện nhập khẩu thì công chức hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan xác nhận thông quan theo điểm d.1 khoản 2 Điều này; trường hợp không đạt điều kiện nhập khẩu thì xử lý theo hướng dẫn tại điểm d.5 khoản 2 Điều này.
d.5.2) Buộc tiêu huỷ: Căn cứ quyết định buộc tiêu hủy của cơ quan quản lý chuyên ngành, công chức hải quan xác nhận “Hàng hoá bị tiêu huỷ theo Quyết định số … ngày …, biên bản tiêu huỷ hàng hoá ngày …” trên tờ khai hải quan.
d.5.3) Buộc tái xuất: Căn cứ quyết định của cơ quan quản lý chuyên ngành, Chi cục hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu giải quyết thủ tục tái xuất hàng hóa theo quy định. Khi làm xong thủ tục tái xuất, ghi số, ngày của quyết định buộc tái xuất lên tờ khai nhập khẩu và tờ khai xuất khẩu để thanh khoản tờ khai lô hàng.
Cơ quan hải quan phối hợp với cơ quan quản lý chuyên ngành trong việc cung cấp thông tin, hồ sơ hải quan; tham gia hội đồng tư vấn, xử lý và những việc liên quan khác khi có yêu cầu.
  • Thông quan có điều kiện
1. Hàng hóa được phép xuất khẩu, nhập khẩu nhưng phải xác định giá, trưng cầu giám định, phân tích phân loại để xác định chính xác số thuế phải nộp thì được thông quan nếu đáp ứng một trong các điều kiện sau:
a) Chủ hàng đã thực hiện các nghĩa vụ về thuế trên cơ sở mức giá tính thuế do cơ quan hải quan dự kiến xác định (đối với hàng hóa phải tham vấn để xác định trị giá tính thuế);
b) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được áp dụng thời hạn nộp thuế theo quy định tại khoản 11 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế hướng dẫn tại Điều 20 Thông tư này;
c) Chưa nộp hoặc nộp chưa đủ số tiền thuế phải nộp theo kết quả xác định thuế của cơ quan hải quan trong thời hạn quy định mà được tổ chức tín dụng bảo lãnh về số tiền thuế phải nộp.
2. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng, phòng chống thiên tai, dịch bệnh, cứu trợ khẩn cấp; hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại được thông quan nếu đáp ứng điều kiện sau:
a) Hàng hóa xuất khẩu thuộc đối tượng được miễn thuế, không chịu thuế, thuế suất thuế xuất khẩu 0%;  
b) Đối với  nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng phải có văn bản của lãnh đạo Bộ Công an, Bộ Quốc phòng xác nhận hàng hóa nhập khẩu để phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng, thuộc đối tượng được xét miễn thuế.     
c) Đối với hàng hóa nhập khẩu phục vụ trực tiếp phòng chống thiên tai, dịch bệnh, cứu trợ khẩn cấp phải có văn bản của Bộ chủ quản xác nhận hàng hóa phục vụ cho mục đích phòng chống thiên tai, dịch bệnh, cứu trợ khẩn cấp.
d) Đối với hàng hóa nhập khẩu là hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại thì phải có thông báo tiếp nhận viện trợ của Bộ chủ quản.
3. Chi cục trưởng Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan quyết định thông quan hàng hóa có điều kiện.
4. Sau khi có kết quả xác định giá, trưng cầu giám định, phân tích phân loại, Chi cục trưởng hải quan nơi đăng ký tờ khai phân công công chức hải quan kiểm tra tính lại thuế, xử phạt vi phạm hành chính (nếu có) và xác nhận thông quan hàng hóa.
 Trường hợp hàng hoá được thông quan trên cơ sở kết quả giám định thì kết quả giám định này được áp dụng cho các lô hàng của chính loại hàng đó, do các doanh nghiệp làm thủ tục nhập khẩu sau đó tại cùng Cục hải quan tỉnh, thành phố. Hướng dẫn này không áp dụng cho việc giám định để xác định lượng hàng.
  • Thông quan hàng hóa
1. Hàng hóa được thông quan trong các trường hợp sau đây:
a) Hàng hóa được thông quan sau khi đã làm xong thủ tục hải quan.
b) Thiếu một số chứng từ thuộc hồ sơ hải quan nhưng được Chi cục trưởng Hải quan đồng ý cho chậm nộp có thời hạn;
c) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được áp dụng thời hạn nộp thuế theo quy định tại khoản 11 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế hướng dẫn tại Điều 20 Thông tư này hoặc hàng hóa thuộc diện phải nộp thuế trước khi nhận hàng mà chưa nộp, nộp chưa đủ số tiền thuế phải nộp trong thời hạn quy định nhưng được tổ chức tín dụng bảo lãnh số tiền thuế phải nộp.
d) Hàng hóa phải kiểm tra chuyên ngành được thông quan nếu có:
d.1) Giấy thông báo miễn kiểm tra; hoặc
d.2. Kết quả kiểm tra chuyên ngành đáp ứng yêu cầu quản lý đối với hàng hóa nhập khẩu của cơ quan kiểm tra chuyên ngành; hoặc
d.3) Kết luận của cơ quan quản lý chuyên ngành hoặc quyết định xử lý của cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với lô hàng được phép nhập khẩu.
2. Thẩm quyền quyết định thông quan:
a) Công chức hải quan đăng ký tờ khai hải quan quyết định thông quan đối với hàng hóa được miễn kiểm tra thực tế hàng hóa;
b) Chi cục trưởng hải quan phân công công chức hải quan kiểm tra thực tế hàng hóa quyết định thông quan đối với trường hợp hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải kiểm tra thực tế.
  • Cơ sở để xác định hàng hoá đã xuất khẩu
1. Đối với hàng hoá xuất khẩu qua cửa khẩu đường biển, đường thuỷ nội địa là tờ khai hàng hoá xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan và được hải quan cửa khẩu xuất xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát”, vận đơn xếp hàng lên phương tiện vận tải xuất cảnh.
2. Đối với hàng hoá xuất khẩu qua cửa khẩu đường hàng không, đường sắt là tờ khai hàng hoá xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan và được hải quan cửa khẩu xuất xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát”, chứng từ vận chuyển xác định hàng đã xếp lên phương tiện vận tải xuất cảnh.
3. Đối với hàng hoá xuất khẩu qua cửa khẩu đường bộ, đường sông, cảng chuyển tải, khu chuyển tải, hàng hóa cung ứng cho tàu biển, tàu bay xuất cảnh hoặc hàng hóa xuất khẩu được vận chuyển cùng với hành khách xuất cảnh qua cửa khẩu hàng không (không có vận đơn là tờ khai hàng hoá xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan, có xác nhận của Hải quan cửa khẩu xuất: “HÀNG HÓA ĐÃ XUẤT KHẨU”.
4. Đối với hàng hoá xuất khẩu đưa vào kho ngoại quan, là tờ khai hàng hoá xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan, có xác nhận của Hải quan kho ngoại quan: “HÀNG ĐÃ ĐƯA VÀO KHO NGOẠI QUAN”.
5. Đối với hàng hóa từ kho ngoại quan đưa ra cửa khẩu xuất là tờ khai hàng hóa nhập, xuất kho ngoại quan hoặc Biên bản bàn giao hàng hóa chuyển cửa khẩu hoặc Bảng kê hàng hóa chuyển cửa khẩu từ kho ngoại quan ra cửa khẩu xuất, có xác nhận của Hải quan cửa khẩu xuất.
6. Đối với hàng hóa xuất khẩu đưa vào CFS là tờ khai hàng hóa xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan, có xác nhận của Hải quan CFS “HÀNG ĐÃ ĐƯA VÀO CFS …”; Biên bản bàn giao hàng hóa chuyển cửa khẩu hoặc Bảng kê hàng hóa chuyển cửa khẩu từ kho ngoại quan ra cửa khẩu xuất, có xác nhận của Hải quan cửa khẩu xuất; vận đơn hoặc chứng từ tương đương vận đơn.
7. Đối với hàng hoá từ nội địa bán vào khu phi thuế quan là tờ khai hàng hoá xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan, có xác nhận của Hải quan khu phi thuế quan: “HÀNG ĐÃ ĐƯA VÀO KHU PHI THUẾ QUAN”.
8. Đối với hàng hóa của doanh nghiệp chế xuất bán cho doanh nghiệp nội địa và hàng hoá của doanh nghiệp nội địa bán cho doanh nghiệp chế xuất là tờ khai hàng hoá xuất nhập khẩu tại chỗ đã làm xong thủ tục hải quan.
9. Đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ là tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ đã làm xong thủ tục hải quan.
  • Huỷ tờ khai hải quan
1. Các trường hợp huỷ tờ khai hải quan:
a) Tờ khai hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu quá 15 (mười lăm) ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai theo quy định tại khoản 1, 2 Điều 18 Luật Hải quan mà chưa làm xong thủ tục hải quan, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu phải chờ kết quả kiểm tra/giám định của cơ quan quản lý chuyên ngành;
b) Tờ khai hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đã làm thủ tục hải quan, nhưng quá 15 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai không có hàng nhập khẩu đến cửa khẩu nhập hoặc hàng xuất khẩu chưa chịu sự giám sát của cơ quan hải quan.
c. Người khai hải quan đề nghị hủy tờ khai hải quan đã đăng ký trong các trường hợp sau:
c.1. Khai nhiều tờ khai cho một hàng xuất khẩu, nhập khẩu;
c.2. Tờ khai hàng hóa xuất khẩu đã có hàng hóa chịu sự giám sát hải quan nhưng người khai hải quan không xuất khẩu hàng hóa;
2. Trình tự thủ tục huỷ tờ khai hải quan thực hiện như sau:
a) Thực hiện việc huỷ tờ khai hải quan: gạch chéo bằng bút mực, ký tên, đóng dấu công chức lên tờ khai hải quan được huỷ;
b) Ghi chú trên hệ thống: tờ khai này đã được huỷ;
c) Lưu tờ khai hải quan được huỷ theo thứ tự số đăng ký tờ khai.
3. Chi cục trưởng hải quan nơi đăng ký tờ khai xem xét việc hủy tờ khai hải quan đã  đăng ký.
  • Phúc tập hồ sơ hải quan 
Việc phúc tập hồ sơ hải quan được thực hiện sau khi lô hàng đã được thông quan và hoàn thành phúc tập trong vòng 60 (sáu mươi) ngày kể từ ngày ký thông quan lô hàng.
Tổng cục Hải quan hướng dẫn cụ thể việc phúc tập hồ sơ hải quan.
  • Kiểm tra sau thông quan
Việc kiểm tra sau thông quan được thực hiện theo hướng dẫn tại Phần VI Thông tư này.
Chương II
MỘT SỐ HƯỚNG DẪN KHÁC VỀ THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI HÀNG HOÁ XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU
Mục 1
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI HÀNG HOÁ XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU THEO LOẠI HÌNH NHẬP KHẨU NGUYÊN LIỆU, VẬT TƯ ĐỂ SẢN XUẤT HÀNG HOÁ XUẤT KHẨU
 
  • Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu
Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu (sau đây viết tắt là SXXK) bao gồm:
1. Nguyên liệu, bán thành phẩm, linh kiện, cụm linh kiện trực tiếp tham gia vào quá trình sản xuất để cấu thành sản phẩm xuất khẩu;
2. Nguyên liệu, vật tư trực tiếp tham gia vào quá trình sản xuất sản phẩm xuất khẩu nhưng không trực tiếp chuyển hoá thành sản phẩm hoặc không cấu thành thực thể sản phẩm;
3. Sản phẩm hoàn chỉnh do doanh nghiệp nhập khẩu để gắn vào sản phẩm xuất khẩu, để đóng chung với sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu hoặc để đóng chung với sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư mua trong nước thành mặt hàng đồng bộ để xuất khẩu ra nước ngoài;
4. Vật tư làm bao bì hoặc bao bì để đóng gói sản phẩm xuất khẩu;
5. Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để bảo hành, sửa chữa, tái chế sản phẩm xuất khẩu;
6. Hàng mẫu nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu sau khi hoàn thành hợp đồng phải tái xuất trả lại khách hàng nước ngoài.
  • Sản phẩm xuất khẩu theo loại hình SXXK
1. Sản phẩm xuất khẩu được quản lý theo loại hình SXXK bao gồm:
a) Sản phẩm được sản xuất từ toàn bộ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo loại hình SXXK;
b) Sản phẩm được sản xuất từ hai nguồn:
b.1) Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo loại hình SXXK và nguyên liệu, vật tư có nguồn gốc trong nước; hoặc
b.2) Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo loại hình SXXK và nguyên liệu vật tư nhập khẩu theo loại hình kinh doanh nội địa.
c) Sản phẩm được sản xuất từ toàn bộ nguyên liệu nhập khẩu theo loại hình nhập kinh doanh nội địa.
2. Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo loại hình nhập kinh doanh nội địa được làm nguyên liệu, vật tư theo loại hình SXXK với điều kiện thời gian nhập khẩu không quá 02 (hai) năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu nguyên liệu, vật tư đó đến ngày đăng ký tờ khai xuất khẩu sản phẩm cuối cùng có sử dụng nguyên liệu, vật tư của tờ khai nhập khẩu.
3. Sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu nhập khẩu theo loại hình SXXK có thể do doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư sản xuất sản phẩm trực tiếp xuất khẩu hoặc bán sản phẩm cho doanh nghiệp khác xuất khẩu.
  • Thủ tục hải quan nhập khẩu nguyên liệu, vật tư
1. Địa điểm làm thủ tục hải quan:
a) Chi cục hải quan nơi có cơ sở sản xuất của doanh nghiệp.
b) Trường hợp doanh nghiệp có nhiều cơ sở sản xuất tại nhiều tỉnh, thành phố khác nhau thì được lựa chọn làm thủ tục hải quan tại một Chi cục hải quan nơi có cơ sở sản xuất doanh nghiệp thấy thuận tiện nhất.
c) Trường hợp doanh nghiệp có đơn vị thành viên chuyên trách thực hiện việc nhập khẩu nguyên liệu, vật tư và xuất khẩu sản phẩm, nhưng không có cơ sở sản xuất thì được lựa chọn làm thủ tục hải quan tại Chi cục hải quan cửa khẩu hoặc một Chi cục hải quan nơi có cơ sở sản xuất của đơn vị thành viên.
Đối với các trường hợp nêu tại điểm b và c khoản 1 Điều này, sau khi làm thủ tục và thanh khoản tờ khai nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, Chi cục hải quan nơi làm thủ tục có trách nhiệm thông báo bằng văn bản cho Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp có cơ sở sản xuất biết để phối hợp theo dõi tình hình hoạt động của doanh nghiệp.
Tổng cục Hải quan hướng dẫn cụ thể việc phối hợp theo dõi, quản lý doanh nghiệp giữa các Chi cục hải quan.
2. Thủ tục đăng ký nguyên liệu, vật tư nhập khẩu
a) Doanh nghiệp căn cứ kế hoạch sản xuất sản phẩm xuất khẩu để đăng ký nguyên liệu, vật tư nhập khẩu SXXK với cơ quan hải quan theo Bảng đăng ký (mẫu số 16/DMNVL-SXXK ban hành kèm theo Thông tư này).
b) Thời điểm đăng ký là khi làm thủ tục nhập khẩu lô hàng nguyên liệu, vật tư đầu tiên thuộc Bảng đăng ký.
c) Doanh nghiệp kê khai đầy đủ các nội dung nêu trong Bảng đăng ký nguyên liệu, vật tư nhập khẩu; trong đó:
c.1) Tên gọi là tên của toàn bộ nguyên liệu, vật tư sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu. Nguyên liệu, vật tư này có thể nhập khẩu theo một hợp đồng hoặc nhiều hợp đồng.
c.2) Mã số H.S là mã số nguyên liệu, vật tư theo Biểu thuế nhập khẩu hiện hành.
c.3) Mã nguyên liệu, vật tư do doanh nghiệp tự xác định theo hướng dẫn của Chi cục hải quan làm thủ tục nhập khẩu. Mã này chỉ áp dụng khi doanh nghiệp làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu, vật tư tại Chi cục hải quan áp dụng công nghệ thông tin để theo dõi, thanh khoản hàng hoá của loại hình SXXK.
c.4) Đơn vị tính theo Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam.
c.5) Nguyên liệu chính là nguyên liệu tạo nên thành phần chính của sản phẩm.
Doanh nghiệp phải khai thống nhất tất cả các tiêu chí về tên gọi nguyên liệu, vật tư, mã số H.S, mã nguyên liệu, vật tư, đơn vị tính loại nguyên liệu chính đăng ký trong bảng đăng ký nguyên liệu, vật tư nhập khẩu; trong hồ sơ hải quan từ khi nhập khẩu nguyên liệu, vật tư đến khi thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế nhập khẩu.
3. Thủ tục hải quan thực hiện theo quy định đối với hàng hoá nhập khẩu thương mại hướng dẫn tại Chương I Phần II Thông tư này.
  • Thủ tục thông báo, điều chỉnh định mức nguyên liệu, vật tư và đăng ký sản phẩm xuất khẩu
1. Địa điểm thông báo, điều chỉnh định mức và đăng ký sản phẩm xuất khẩu: thực hiện tại Chi cục hải quan làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu, vật tư.
2. “Định mức sản xuất sản phẩm xuất khẩu” bao gồm:
a) “Định mức sử dụng nguyên liệu” là lượng nguyên liệu cần thiết, hợp lý để sản xuất ra một đơn vị sản phẩm xuất khẩu;
b) “Định mức vật tư tiêu hao” là lượng vật tư tiêu hao cho sản xuất một đơn vị sản phẩm xuất khẩu;
c) “Tỷ lệ hao hụt nguyên liệu hoặc vật tư” là lượng nguyên liệu hoặc vật tư hao hụt bao gồm hao hụt tự nhiên, hao hụt do tạo thành phế liệu, phế phẩm, phế thải (trừ phế liệu, phế thải đã tính vào định mức sử dụng) tính theo tỷ lệ % so với định mức sử dụng nguyên liệu hoặc định mức vật tư tiêu hao.
Cách tính định mức, định mức bình quân thực hiện như đối với loại hình gia công theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
3. Thông báo định mức nguyên liệu, vật tư:
a) Trách nhiệm của doanh nghiệp:
a.1) Xây dựng định mức thực tế sử dụng nguyên liệu, vật tư để sản xuất sản phẩm xuất khẩu theo qui định.
a.2) Doanh nghiệp thông báo định mức của sản phẩm xuất khẩu theo loại hình SXXK đúng với định mức thực tế thực hiện.
Định mức thông báo cho cơ quan hải quan là định mức thực tế thực hiện theo mẫu số 17/TBĐM-SXXK ban hành kèm theo Thông tư này, trong đó phải thể hiện đầy đủ các thông số kỹ thuật của sản phẩm.
Định mức phải thông báo cho cơ quan hải quan trước khi làm thủ tục xuất khẩu lô hàng đầu tiên của mã sản phẩm trong bảng thông báo định mức nguyên liệu chính.
Khi thực hiện thông báo định mức, doanh nghiệp nộp 01 bản chính sơ đồ thiết kế mẫu sản phẩm (nếu có), sơ đồ giác mẫu (đối với dệt may, da giày) cho cơ quan hải quan để lưu.
a.3) Lưu định mức thực tế sử dụng phụ liệu, vật tư tại doanh nghiệp và xuất trình khi cơ quan hải quan có yêu cầu;
b) Trách nhiệm của cơ quan hải quan:
b.1) Tiếp nhận thông báo định mức của doanh nghiệp, trường hợp doanh nghiệp không thực hiện các quy định nêu tại điểm a.2 khoản này thì từ chối tiếp nhận thông báo định mức;
b.2) Thực hiện kiểm tra định kỳ, đột xuất nếu có thông tin nghi vấn định mức sử dụng thực tế phụ liệu, vật tư không đúng với thực tế. Việc kiểm tra định mức thực hiện như hướng dẫn về kiểm tra định mức đối với loại hình gia công theo hướng dẫn của Bộ Tài chính;
b.3) Kiểm tra kết quả thanh khoản trên cơ sở nguyên tắc quản lý rủi ro.
4. Điều chỉnh định mức
a) Trong quá trình sản xuất nếu có thay đổi định mức thực tế thì doanh nghiệp được điều chỉnh định mức nguyên liệu chính của mã hàng đã thông báo với cơ quan hải quan phù hợp với định mức thực tế mới nhưng phải có văn bản giải trình lý do cụ thể cho từng trường hợp điều chỉnh.
b) Việc điều chỉnh định mức phải thực hiện trước khi làm thủ tục xuất khẩu lô sản phẩm có định mức điều chỉnh, trừ trường hợp điều chỉnh định mức sau khi xuất khẩu sản phẩm theo hướng dẫn tại điểm c khoản này.
c) Điều chỉnh định mức sau khi xuất khẩu sản phẩm:
c.1) Điều kiện để điều chỉnh định mức:
c.1.1) Thuộc các trường hợp: do nhầm lẫn tính toán (ví dụ: nhầm lẫn về phương pháp tính; đơn vị tính; về dấu chấm, dấu phẩy; nhầm lẫn kết quả tính); do thay đổi  chất lượng nguyên liệu, điều kiện SXXK dẫn đến thay đổi tỷ lệ hao hụt;
Đối với thay đổi tỷ lệ hao hụt do thay đổi chất lượng nguyên liệu, điều kiện SXXK thì phải còn phế liệu, phế phẩm hoặc hóa đơn chứng từ để chứng minh;
c.1.3) Còn lưu thông số kỹ thuật, sơ đồ thiết kế mẫu sản phẩm, sơ đồ giác mẫu (đối với dệt may, da giày): Lưu tại cơ quan hải quan.
Đối với thay đổi tỷ lệ hao hụt do thay đổi chất lượng nguyên liệu, điều kiện sản xuất xuất khẩu thì phải còn phế liệu, phế phẩm hoặc hóa đơn chứng từ để chứng minh;
 c.1.4) Doanh nghiệp phải đủ cơ sở chứng minh và cơ quan hải quan có đủ cơ sở, điều kiện kiểm tra, xác định tính trung thực, chính xác và hợp pháp của việc đề nghị điều chỉnh định mức;
c.1.5) Thời điểm điều chỉnh định mức sau khi xuất khẩu sản phẩm: trước khi doanh nghiệp nộp hồ sơ thanh khoản tờ khai nhập sản xuất xuất khẩu và trước khi cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra định mức.
c.2) Trách nhiệm của doanh nghiệp
c.2.1) Có văn bản đề nghị được điều chỉnh định mức gửi cơ quan hải quan, trong đó giải trình rõ lý do được điều chỉnh.
c.2.2) Xuất trình đầy đủ tài liệu kĩ thuật, hồ sơ chứng từ liên quan để cơ quan hải quan kiểm tra, đối chiếu.
c.2.3) Định mức điều chỉnh thực hiện theo kết quả kiểm tra của cơ quan hải quan.
c.3) Trách nhiệm của cơ quan hải quan
c.3.1) Tiếp nhận hồ sơ đề nghị điều chỉnh định mức của doanh nghiệp;
c.3.2) Kiểm tra điều kiện điều chỉnh định mức;
c.3.3) Chấp nhận định mức điều chỉnh của doanh nghiệp nếu doanh nghiệp đủ điều kiện điều chỉnh định mức sau khi xuất khẩu sản phẩm và không thuộc trường hợp phải kiểm tra định mức.
c.3.4) Kiểm tra định mức: kiểm tra toàn bộ các trường hợp khai tăng định mức so với định mức đã thông báo với cơ quan hải quan; kiểm tra khi có nghi vấn đối với trường hợp khai giảm định mức so với định mức đã thông báo với cơ quan hải quan. Trường hợp cơ quan hải quan không xác định được định mức thì đề nghị trưng cầu giám định tại tổ chức giám định chuyên ngành.
5. Trường hợp làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu, vật tư tại Chi cục hải quan áp dụng công nghệ thông tin để thanh khoản, doanh nghiệp đăng ký sản phẩm xuất khẩu theo mẫu số 18/DMSP-SXXK ban hành kèm theo Thông tư này. Nơi đăng ký và thời điểm đăng ký thực hiện như thông báo định mức.
6. Trường hợp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng tiêu thụ trong nước, sau đó tìm được thị trường xuất khẩu và đưa số nguyên liệu, vật tư này vào sản xuất hàng hoá xuất khẩu, đã thực xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài thì việc thông báo, điều chỉnh định mức thực hiện theo hướng dẫn tại Điều này.
7. Trường hợp doanh nghiệp thông báo, điều chỉnh định mức và đăng ký sản phẩm xuất khẩu tại Chi cục hải quan khác với Chi cục hải quan nhập khẩu nguyên liệu thì việc thông báo, điều chỉnh định mức và đăng ký sản phẩm xuất khẩu thực hiện như sau:
a) Địa điểm thông báo, điều chỉnh định mức và đăng ký sản phẩm xuất khẩu:
a.1) Đối với sản phẩm xuất khẩu qui định tại điểm b2, khoản 1 Điều 35 Thông tư này: việc thông báo, điều chỉnh định mức, đăng ký sản phẩm xuất khẩu thực hiện tại Chi cục hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu theo loại hình SXXK.
a.2) Đối với sản phẩm xuất khẩu qui định tại điểm c, khoản 1 Điều 35 Thông tư này: doanh nghiệp được lựa chọn một trong những Chi cục hải quan đã làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu, vật tư theo loại hình nhập kinh doanh nhưng sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu.
b) Khi thông báo, điều chỉnh định mức, doanh nghiệp phải có văn bản gửi Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp lựa chọn để thông báo, điều chỉnh định mức. Văn bản thể hiện các nội dung: Tên gọi, chủng loại nguyên vật liệu thuộc từng tờ khai nhập kinh doanh sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu (nêu rõ số, ký hiệu, ngày tháng năm tờ khai nhập kinh doanh, Chi cục hải quan làm thủ tục).
Chi cục hải quan nơi làm thủ tục thông báo, điều chỉnh định mức, sau khi đã làm xong thủ tục thông báo, điều chỉnh định mức, đăng ký sản phẩm xuất khẩu thì thông báo cho các Chi cục hải quan nơi nhập kinh doanh khác biết (nêu rõ tên nguyên vật liệu, số tờ khai nhập kinh doanh có nguyên vật liệu sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu) kèm bản sao định mức, định mức điều chỉnh, danh mục sản phẩm xuất khẩu.
  • Thủ tục hải quan xuất khẩu sản phẩm
1. Địa điểm làm thủ tục xuất khẩu sản phẩm được thực hiện tại Chi cục hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu hoặc Chi cục hải quan khác nhưng trước khi làm thủ tục xuất khẩu, doanh nghiệp phải thông báo bằng văn bản (theo mẫu số 19/TBXKSP-SXXK ban hành kèm theo Thông tư này) cho Chi cục hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu, vật tư biết để theo dõi và thanh khoản.
Riêng đối với sản phẩm được xuất khẩu từ hai nguồn nguyên liệu nhập kinh doanh và nhập sản xuất xuất khẩu, khi đăng ký tờ khai xuất khẩu sản phẩm, doanh nghiệp đăng ký tại Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai nhập nguyên liệu để sản xuất xuất khẩu thì  không phải thông báo bằng văn bản cho Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai nhập kinh doanh.
Đối với sản phẩm được xuất khẩu từ hai nguồn nguyên liệu nhập kinh doanh và nhập sản xuất xuất khẩu, khi đăng ký tờ khai xuất khẩu doanh nghiệp đăng ký tại Chi cục hải quan khác Chi cục hải quan nơi nhập khẩu nguyên liệu để kinh doanh và nhập sản xuất xuất khẩu thì chỉ cần có văn bản thông báo cho Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai nhập khẩu SXXK biết.
2. Thủ tục hải quan thực hiện theo thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu thương mại hướng dẫn tại Chương I Phần II Thông tư này.
Khi tiến hành kiểm tra thực tế hàng hoá, doanh nghiệp phải xuất trình mẫu nguyên liệu lấy khi nhập khẩu và bảng định mức đã thông báo với cơ quan hải quan để công chức hải quan kiểm tra, đối chiếu với sản phẩm xuất khẩu.
  • Thanh khoản tờ khai nhập khẩu
1. Thủ tục thanh khoản tờ khai nhập khẩu thực hiện tại Chi cục hải quan làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu, vật tư.
2. Nguyên tắc thanh khoản
a) Trường hợp cơ quan hải quan áp dụng công nghệ thông tin để thanh khoản thì Tờ khai nhập khẩu trước, tờ khai xuất khẩu trước phải được thanh khoản trước; trường hợp tờ khai nhập khẩu trước nhưng do nguyên liệu, vật tư của tờ khai này chưa đưa vào sản xuất nên chưa thanh khoản được thì doanh nghiệp phải có văn bản giải trình với cơ quan hải quan khi làm thủ tục thanh khoản; trường hợp do mặt hàng sản xuất đặc thù, phải tích trữ nguyên vật liệu nên thường xuyên không đáp ứng nguyên tắc thanh khoản này thì doanh nghiệp phải có văn bản giải trình lần đầu với cơ quan Hải quan.
b) Tờ khai nhập khẩu nguyên liệu, vật tư phải có trước tờ khai xuất khẩu sản phẩm.
c) Một tờ khai nhập khẩu nguyên liệu, vật tư có thể được thanh khoản nhiều lần.
d) Một tờ khai xuất khẩu chỉ được thanh khoản một lần.
Riêng một số trường hợp như một lô hàng được thanh khoản làm nhiều lần, sản phẩm sản xuất xuất khẩu có sử dụng nguyên liệu nhập kinh doanh làm thủ tục nhập khẩu tại Chi cục hải quan khác thì một tờ khai xuất khẩu có thể được thanh khoản từng phần. Cơ quan hải quan khi tiến hành thanh khoản phải đóng dấu “đã thanh khoản” trên tờ khai xuất khẩu; đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu có thuế suất bằng 0 % thì đóng dấu “đã thanh khoản” lên bản chính tờ khai nhập khẩu lưu tại đơn vị và tờ khai người khai hải quan lưu, trường hợp thanh khoản từng phần thì phải lập phụ lục ghi rõ nội dung đã thanh khoản (tờ khai nhập khẩu, nguyên vật liệu, tiền thuế…) để làm cơ sở cho việc thanh khoản phần tiếp theo.
3. Hồ sơ thanh khoản là hồ sơ hoàn thuế theo hướng dẫn tại Điều 117 Thông tư này; Thời hạn thanh khoản thực hiện theo Điều 131 Thông tư này.
4. Phương pháp kiểm tra, đối chiếu hồ sơ thanh khoản:
a) Kiểm tra, đối chiếu sơ bộ áp dụng cho doanh nghiệp có thời hạn nộp thuế theo qui định tại Điều 11 Luật Quản lý thuế sửa đổi, bổ sung. Nếu doanh nghiệp thuộc trường hợp này thì phải nộp biểu mẫu thanh khoản qui định tại điểm a.8, a.9 khoản 1, Điều 117 Thông tư này.
b) Kiểm tra, đối chiếu chi tiết hồ sơ thanh khoản áp dụng đối với trường hợp:
b.1) Hồ sơ thanh khoản của doanh nghiệp không thuộc qui định tại điểm a, khoản 4 Điều này.
b.2) Hồ sơ thanh khoản của doanh nghiệp thuộc qui định tại điểm a, khoản, 4 Điều này nhưng có dấu hiệu nghi vấn (về nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, về định mức, về xuất khẩu sản phẩm, các nghi vấn phát hiện qua đối chiếu sơ bộ hồ sơ thanh khoản).
b.3) Kiểm tra xác suất 5% tờ khai nhập khẩu của doanh nghiệp qui định tại điểm a, khoản 4 điều này (không kể hồ sơ đã kiểm tra chi tiết ở điểm b.2, khoản 4 Điều này) để đánh giá việc tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp.
b.4) Đối với trường hợp nêu tại điểm b.1, b.2, khoản 4 Điều này thì doanh nghiệp xuất trình bản chính tờ khai hàng hoá xuất khẩu và vận tải đơn/chứng từ vận tải (bản sao có xác nhận của chính doanh nghiệp, xuất trình bản chính để đối chiếu) xác định hàng hoá đã xếp lên phương tiện vận tải xuất cảnh để cơ quan hải quan kiểm tra, đối chiếu với bảng kê tờ khai xuất khẩu.
5. Thời hạn tiếp nhận, kiểm tra, đối chiếu hồ sơ thanh khoản:
a) Đối với hồ sơ thanh khoản thuộc diện kiểm tra sơ bộ:
Chậm nhất mười lăm (15) ngày kể từ ngày doanh nghiệp nộp hồ sơ thanh khoản đầy đủ, hợp lệ, công chức hải quan hoàn thành việc đối chiếu sơ bộ và ra quyết định hoàn, không thu thuế; nếu qua kiểm tra sơ bộ phát hiện có nghi vấn nêu tại điểm b.2, khoản 4 Điều này thì chuyển sang kiểm tra chi tiết hồ sơ thanh khoản và thông báo rõ lý do cho doanh nghiệp biết trong Phiếu yêu cầu nghiệp vụ;
Ưu tiên tiếp nhận, kiểm tra, đối chiếu trước đối với doanh nghiệp ứng dụng công nghệ thông tin để quản lý, theo dõi hàng nhập sản xuất xuất khẩu và kết nối được với cơ quan hải quan.
b) Đối với hợp đồng/phụ lục hợp đồng thuộc diện kiểm tra, đối chiếu chi tiết:
Chậm nhất sáu mươi (60) ngày kể từ ngày doanh nghiệp nộp hồ sơ thanh khoản đầy đủ, hợp lệ, công chức Hải quan hoàn thành việc tiếp nhận, kiểm tra chi tiết, đối chiếu hồ sơ thanh khoản và ra quyết định hoàn, không thu thuế.
6. Việc tiêu hủy phế liệu, phế phẩm thực hiện theo qui định của pháp luật và chịu sự giám sát của cơ quan hải quan. Trường hợp phế liệu, phế phẩm vận chuyển đến địa điểm khác để tiêu hủy thì thực hiện như hàng hóa của DNCX theo hướng dẫn tại Điều 49 Thông tư này.
  • Thủ tục đối với trường hợp sản phẩm được bán cho doanh nghiệp khác để trực tiếp xuất khẩu
1. Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất sản phẩm xuất khẩu thực hiện thủ tục nhập khẩu, thông báo định mức, thanh khoản theo quy định tại Thông tư này.
2. Doanh nghiệp trực tiếp xuất khẩu sản phẩm làm thủ tục xuất khẩu sản phẩm theo quy định tại Thông tư này. Tờ khai xuất khẩu đăng ký theo loại hình SXXK; trên tờ khai xuất khẩu ghi rõ “sản phẩm được sản xuất từ nguyên vật liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu” và ghi tên doanh nghiệp bán sản phẩm.
 
Mục 2
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI HÀNG HOÁ KINH DOANH
TẠM NHẬP-TÁI XUẤT, CHUYỂN KHẨU
 
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá kinh doanh tạm nhập-tái xuất
Thủ tục hải quan đối với hàng hoá kinh doanh tạm nhập tái xuất theo hướng dẫn tại Thông tư này (trừ một số loại hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính) thực hiện theo quy định đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thương mại. Ngoài ra, có một số nội dung được hướng dẫn bổ sung như sau:
1. Thủ tục hải quan tạm nhập:
a) Địa điểm làm thủ tục hải quan:
Thủ tục hải quan tạm nhập hàng hoá được thực hiện tại Chi cục hải quan cửa khẩu nơi quản lý, lưu giữ hàng tạm nhập.
b) Hồ sơ hải quan tạm nhập:
Khi làm thủ tục hải quan tạm nhập ngoài những chứng từ như đối với hàng nhập khẩu thương mại thương nhân phải đăng ký cửa khẩu tái xuất hàng hóa trên ô “ghi chép khác” trên tờ khai hải quan (trường hợp tái xuất qua nhiều cửa khẩu thì có thể lập Bảng kê cửa khẩu xuất kèm tờ khai) và phải nộp 01 bản sao hợp đồng xuất khẩu.
c) Khi làm thủ tục tạm nhập, công chức hải quan kiểm tra, đối chiếu hợp đồng xuất khẩu với bộ hồ sơ tạm nhập, ghi rõ số tờ khai tạm nhập, ký tên, đóng dấu công chức trên hợp đồng xuất khẩu và trả cho người khai hải quan để làm thủ tục tái xuất.
2. Thủ tục hải quan tái xuất:
 a) Địa điểm làm thủ tục tái xuất:
 Thủ tục hải quan tái xuất  thực hiện tại cửa khẩu tạm nhập hoặc cửa khẩu tái xuất.
b) Hồ sơ Hải quan tái xuất:
b.1. Khi làm thủ tục tái xuất, ngoài những chứng từ như đối với hàng hoá xuất khẩu thương mại, người khai hải quan phải khai cụ thế hàng hóa tái xuất thuộc tờ khai tạm nhập nào trên ô “ghi chép khác” của tờ khai hải quan xuất khẩu.
b.2. Trường hợp thủ tục tái xuất được thực hiện tại cửa khẩu khác cửa khẩu tạm nhập hàng hóa, ngoài những chứng từ quy định tại tiết b.1. điểm b khoản 2 Điều này, người khai hải quan phải nộp:
b.2.1. 01 bản sao hợp đồng xuất khẩu có xác nhận của hải quan làm thủ tục tạm nhập;
b.2.2. 01 bản sao, xuất trình bản chính tờ khai hải quan tạm nhập.
c) Cửa khẩu tái xuất:
Cửa khẩu quốc tế và cửa khẩu hoặc điểm thông quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu được Thủ tướng Chính phủ cho phép thành lập đã có đủ các cơ quan kiểm soát chuyên ngành theo quy định.
d. Trường hợp thương nhân cần thay đổi cửa khẩu tái xuất đã ghi trên tờ khai xuất khẩu thì làm thủ tục theo hướng dẫn tại khoản 10 Điều 61 Thông tư này.
đ) Hàng hoá tạm nhập có thể được chia thành nhiều lô hàng để tái xuất. Trong trường hợp vận chuyển bằng container, không cho phép chia nhỏ container trong suốt quá trình vận chuyển hàng hóa từ cửa khẩu tạm nhập đến khu vực giám sát của cơ quan hải quan  tại cửa khẩu tái xuất; Trường hợp có lý do chính đáng, thương nhân đề nghị chuyển sang container khác hoặc phương tiện vận tải khác nhưng vẫn đảm bảo điều kiện về niêm phong, giám sát hải quan để tái xuất, Chi cục hải quan nơi giám sát hàng hóa xem xét, quyết định và bố trí công chức giám sát việc chuyển hàng hóa sang container, phương tiện vận tải của thương nhân.
e) Hàng hoá tái xuất đã hoàn thành thủ tục hải quan phải được tập kết đầy đủ tại khu vực cửa khẩu hoặc  và tái xuất qua cửa khẩu trong thời hạn tám giờ làm việc kể từ khi hàng đến cửa khẩu xuất; trường hợp chưa thể xuất được hoặc chưa xuất hết, nếu thương nhân có văn bản đề nghị thì Lãnh đạo Chi cục hải quan cửa khẩu xuất xem xét, gia hạn để xuất khẩu hết trong các ngày kế tiếp, nhưng phải trong thời hạn lưu giữ tại Việt Nam.
g) Trường hợp người khai hải quan làm thủ tục tái xuất tại cửa khẩu khác cửa khẩu tạm nhập, sau khi đã làm xong thủ tục hải quan, Chi cục hải quan cửa khẩu xuất fax tờ khai tái xuất cho Chi cục hải quan cửa khẩu tạm nhập để theo dõi, quản lý theo quy định.
3. Thời hạn và địa điểm lưu giữ:
a) Thời gian lưu giữ:
a.1) Hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất được lưu giữ tại Việt Nam theo quy định của pháp luật về quản lý hàng kinh doanh tạm nhập tái xuất.
a.2) Thủ tục, thẩm quyền gia hạn:
Trường hợp thương nhân có văn bản đề nghị gửi Chi cục hải quan cửa khẩu nơi làm thủ tục tạm nhập hàng hóa, lãnh đạo Chi cục hải quan xem xét, chấp nhận gia hạn thời gian lưu giữ hàng hóa tại Việt Nam theo quy định trong các trường hợp bất khả kháng và hợp đồng mua bán hàng hóa có thay đổi về điều kiện, thời gian giao hàng.
b) Địa điểm lưu giữ:
Hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất được lưu giữ trong khu vực cửa khẩu tạm nhập hoặc cửa khẩu tái xuất hoặc các địa điểm ngoài khu vực cửa khẩu nhưng thuộc địa bàn hoạt động hải quan.  Riêng hàng hóa kinh doanh tạm nhập - tái xuất thuộc danh mục hàng hóa cấm xuất khẩu, nhập khẩu; tạm ngừng xuất khẩu, nhập khẩu chỉ được lưu giữ trong khu vực cửa khẩu nhập.
4. Giám sát hải quan
a) Đối với hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất đã làm thủ tục hải quan tạm nhập phải được niêm phong hải quan và chịu sự kiểm tra, giám sát của cơ quan hải quan. Trường hợp hàng hóa siêu trường, siêu trọng, hàng cồng kềnh, hàng rời không đủ điều kiện niêm phong Hải quan thì Chi cục hải quan cửa khẩu tạm nhập lập Biên bản bàn giao hàng hóa cho người khai hải quan bảo quản nguyên trạng và vận chuyển đến cửa khẩu tái xuất. Trên Biên bản bàn giao hàng hóa phải mô tả cụ thể tình trạng hàng hóa, phương tiện vận chuyển và chụp ảnh nguyên trạng hàng hóa, phương tiện gửi cho Chi cục hải quan cửa khẩu tái xuất để giám sát thực xuất khẩu.
b) Hàng hóa tạm nhập tại cửa khẩu nhập nhưng được lưu giữ tại các địa điểm ngoài cửa khẩu, thuộc địa bàn hoạt động hải quan hoặc tái xuất tại cửa khẩu khác thì phải niêm phong hải quan, thương nhân chịu trách nhiệm vận chuyển đúng tuyến đường, thời gian, cửa khẩu đã đăng ký với cơ quan hải quan và bảo quản nguyên trạng hàng hóa, niêm phong hải quan.
c. Trường hợp hàng hóa làm thủ tục tái xuất tại cửa khẩu tạm nhập nhưng hàng hóa được tái xuất qua cửa khẩu khác:
c.1.  Việc giám sát hàng hóa trong quá trình vận chuyển từ cửa khẩu nhập đến cửa khẩu áp áp dụng như đối với hàng chuyển cửa khẩu. 
c.2. Trách nhiệm của Chi cục hải quan cửa khẩu tạm nhập:
c.2.1. Niêm phong hàng hóa, lập Biên bản bàn giao hàng hoá kinh doanh tạm nhập tái xuất (mẫu số 20/BBBG-TNTX/2013 ban hành kèm theo Thông tư này), giao cho thương nhân vận chuyển đến cửa khẩu xuất;
c.2.2) Fax Biên bản bàn giao hàng hóa cho Chi cục hải quan cửa khẩu xuất trước 17h hàng ngày  để phối hợp theo dõi, quản lý, trường hợp có nhiều lô hàng được bàn giao cho cùng một Chi cục hải quan cửa khẩu xuất thì có thể lập thành Bảng thống kê biên bản bàn giao hàng hóa để fax.
c.2.3. Theo dõi thông tin phản hồi từ Chi cục hải quan cửa khẩu xuất. Trường hợp quá thời hạn vận chuyển hàng hóa (do thương nhân đăng ký trên Biên bản bàn giao hàng hóa) mà chưa nhận được thông tin phản hồi , Chi cục hải quan cửa khẩu tạm nhập chịu trách nhiệm phối hợp với Chi cục hải quan cửa khẩu xuất và thông báo cho Đội Kiểm soát hải quan thuộc Cục hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập để truy tìm lô hàng.
c.3) Trách nhiệm của Chi cục hải quan cửa khẩu tái xuất:
c.3.1) Kể từ khi nhận được thông tin hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất chuyển cửa khẩu theo Fax Biên bản bàn giao hoặc Bảng thống kê Biên bản bàn giao hàng hóa của Hải quan cửa khẩu tạm nhập, Chi cục hải quan cửa khẩu tái xuất có trách nhiệm theo dõi thông tin các lô hàng vận chuyển đến cửa khẩu xuất theo Biên bản bàn giao hoặc Bảng thống kê Biên bản bàn giao.
c.3.2) Kiểm tra, đối chiếu tình trạng hàng hóa, niêm phong hải quan và xác nhận thông tin trên Biên bản bàn giao sau khi thương nhân tập kết đủ lượng hàng tại khu vực cửa khẩu xuất và fax phản hồi thông tin lô hàng cho Chi cục hải quan cửa khẩu tạm nhập biết. Chi cục hải quan cửa khẩu tái xuất có trách nhiệm quản lý và giám sát lô hàng từ khi tiếp nhận cho đến khi xuất hết.
c.3.3) Trường hợp hết thời hạn vận chuyển hàng hóa nhưng hàng hóa chưa đến cửa khẩu tái xuất, trước 08 giờ sáng ngày hôm sau, Chi cục hải quan cửa khẩu tái xuất có trách nhiệm phản ánh lại thông tin lô hàng vận chuyển không đúng tuyến đường, thời gian đã đăng ký cho Chi cục hải quan cửa khẩu tạm nhập, phối hợp với Chi cục hải quan cửa khẩu tạm nhập trong việc truy tìm lô hàng.
c.4) Trách nhiệm của Đội Kiểm soát hải quan:
Khi nhận được thông tin hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất vận chuyển không đúng tuyến đường, thời gian đã đăng ký, Đội Kiểm soát hải quan phối hợp với Chi cục hải quan cửa khẩu tạm nhập tổ chức truy tìm lô hàng.
c.5. Trách nhiệm của thương nhân, người điều khiển phương tiện vận tải hàng hóa:
Vận chuyển hàng hóa đúng tuyến đường, thời gian đã đăng ký trên Biên bản bàn giao hàng hóa; bảo quản hàng hóa nguyên trạng niêm phong hải quan trong suốt quá trình vận chuyển
5. Thủ tục hải quan hàng kinh doanh tạm nhập - tái xuất chuyển tiêu thụ nội địa:
a) Hàng hóa thuộc Danh mục không khuyến khích nhập khẩu của Bộ Công Thương không được phép chuyển tiêu thụ nội địa.
b) Hàng hóa khác được phép chuyển tiêu thụ nội địa, thủ tục hải quan thực hiện như sau:
Phương án 1:
Trường hợp hàng hoá tạm nhập nhưng không tái xuất hoặc không tái xuất hết, thương nhân đề nghị được chuyển tiêu thụ nội địa thì phải có văn bản gửi cơ quan hải quan. Chi cục hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập giải quyết thủ tục nhập khẩu và thanh khoản tờ khai tạm nhập, không đăng ký tờ khai mới, thương nhân phải khai và nộp đủ thuế theo quy định.
 Hàng hoá tạm nhập chuyển tiêu thụ nội địa phải tuân thủ chính sách thuế tại thời điểm đăng ký tờ khai tạm nhập, chính sách quản lý nhập khẩu như hàng hoá nhập khẩu tại thời điểm khai báo chuyển tiêu thụ nội địa theo loại hình nhập kinh doanh.
Phương án 2:
Trường hợp hàng hoá tạm nhập nhưng không tái xuất hoặc không tái xuất hết do đối tác nước ngoài hủy hợp đồng mua bán hàng hóa thì thương nhân phải có văn bản đề nghị được chuyển tiêu thụ nội địa và được Chi cục hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập đồng ý.
 Hàng hoá tạm nhập chuyển tiêu thụ nội địa phải đăng ký tờ khai hải qua, tuân thủ chính sách thuế, chính sách quản lý nhập khẩu tại thời điểm đăng ký tờ khai chuyển tiêu thụ nội địa theo loại hình nhập khẩu kinh doanh.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá kinh doanh chuyển khẩu
1. Hàng hoá kinh doanh chuyển khẩu được vận chuyển thẳng từ nước xuất khẩu đến nước nhập khẩu không qua cửa khẩu Việt Nam thì không phải làm thủ tục hải quan.
2. Hàng hoá kinh doanh chuyển khẩu được vận chuyển từ nước xuất khẩu đến nước nhập khẩu, có qua cửa khẩu Việt Nam nhưng không đưa vào kho ngoại quan, không đưa vào khu vực trung chuyển hàng hoá tại các cảng Việt Nam: cơ quan hải quan thực hiện việc giám sát hàng hoá cho đến khi hàng hoá thực xuất khẩu ra khỏi Việt Nam. Đối với hàng hóa kinh doanh chuyển khẩu theo quy định phải xin phép của Bộ Công Thương thì người khai hải quan phải nộp bản sao, xuất trình bản chính Giấy phép kinh doanh hàng hóa chuyển khẩu cho hải quan giám sát tại cửa khẩu.
3. Hàng hoá được vận chuyển từ nước xuất khẩu đến nước nhập khẩu có qua cửa khẩu Việt Nam và đưa vào kho ngoại quan, khu vực trung chuyển hàng hoá tại các cảng Việt Nam thì làm thủ tục hải quan theo quy định đối với hàng hoá đưa vào, đưa ra kho ngoại quan, khu vực trung chuyển hàng hóa tại các cảng Việt Nam.
4. Hàng hóa kinh doanh theo phương thức chuyển khẩu phải đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam tại cửa khẩu nhập.
5. Hàng hoá kinh doanh chuyển khẩu thuộc đối tượng được miễn kiểm tra. Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì phải kiểm tra hải quan theo quy định tại Điều 14 Thông tư này.
 
Mục 3
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI MỘT SỐ TRƯỜNG HỢP KHÁC
 
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu để thực hiện hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài
Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu để thực hiện hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đăng ký tờ khai hải quan một lần
1. Hình thức đăng ký tờ khai một lần được áp dụng đối với tất cả các loại hình hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đáp ứng được các điều kiện sau:
a) Tên hàng hóa trên tờ khai hải quan không thay đổi trong thời hạn hiệu lực của tờ khai đăng ký một lần;
b) Hàng hoá khai trên tờ khai thuộc cùng một hợp đồng; hợp đồng mua bán hàng hoá có điều khoản quy định giao hàng nhiều lần;
c) Doanh nghiệp là chủ hàng chấp hành tốt pháp luật hải quan.
2. Hiệu lực của tờ khai đã đăng ký
a) Tờ khai có hiệu lực trong thời hạn hiệu lực của hợp đồng. Đối với hàng gia công có phụ lục hợp đồng thì tờ khai có hiệu lực trong thời hạn hiệu lực của phụ lục hợp đồng.
b) Tờ khai chấm dứt hiệu lực trước thời hạn trong các trường hợp:
b.1) Có sự thay đổi chính sách thuế, chính sách quản lý xuất, nhập khẩu đối với mặt hàng khai trên tờ khai;
b.2) Giấy phép xuất khẩu hoặc nhập khẩu hoặc hợp đồng hết hiệu lực;
b.3) Doanh nghiệp đã xuất khẩu hoặc nhập khẩu hết lượng hàng khai trên tờ khai;
b.4) Doanh nghiệp thông báo không tiếp tục làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu hết lượng hàng đã khai trên tờ khai hải quan;
b.5) Doanh nghiệp xuất khẩu hoặc nhập khẩu hàng hoá từng lần không đúng về tên hàng, mã số hàng hoá đã khai trên tờ khai hải quan đăng ký một lần;
b.6) Doanh nghiệp bị áp dụng biện pháp cưỡng chế trong thời gian hiệu lực của tờ khai đăng ký một lần.
b.7) Trong thời gian hiệu lực của tờ khai đăng ký một lần, doanh nghiệp vi phạm pháp luật dẫn đến không đáp ứng điều kiện nêu tại điểm c khoản 1 Điều này.
3. Việc làm thủ tục xuất khẩu hoặc nhập khẩu theo hình thức đăng ký tờ khai một lần được thực hiện tại một Chi cục hải quan.
4. Thủ tục đăng ký tờ khai một lần
a) Người khai hải quan phải khai vào tờ khai hải quan và sổ theo dõi hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. Một số tiêu chí trên tờ khai tương ứng với từng lần xuất khẩu, nhập khẩu (chứng từ vận tải, phương tiện vận tải...) thì không phải khai khi đăng ký tờ khai một lần.
b) Hồ sơ hải quan gồm:
b.1) Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu hoặc nhập khẩu: nộp 02 bản chính;
b.2) Hợp đồng mua bán hàng hoá được xác lập bằng văn bản hoặc bằng các hình thức có giá trị tương đương văn bản bao gồm: điện báo, telex, fax, thông điệp dữ liệu: nộp 01 bản sao;
b.3) Giấy phép xuất khẩu hoặc nhập khẩu của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền (đối với hàng hoá phải có giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật): nộp 01 bản sao và xuất trình bản chính để đối chiếu và cấp phiếu theo dõi, trừ lùi hoặc nộp 01 bản chính (nếu hàng hoá khai trên tờ khai một lần là toàn bộ hàng hoá được phép xuất khẩu hoặc nhập khẩu ghi trên giấy phép);
b.4) Sổ và Phiếu theo dõi hàng hoá xuất khẩu hoặc nhập khẩu: 02 quyển (Sổ theo mẫu số 21/STD/2013; Phiếu theo mẫu số 22/PTD/2013 ban hành kèm theo Thông tư này).
c) Chi cục hải quan tiếp nhận hồ sơ, đăng ký tờ khai, trả 01 tờ khai và 01 sổ theo dõi hàng hoá xuất khẩu hoặc nhập khẩu cho doanh nghiệp.
5. Thủ tục khi xuất khẩu, nhập khẩu từng lần
a) Người khai hải quan nộp các giấy tờ thuộc hồ sơ hải quan theo quy định đối với từng loại hình xuất khẩu, nhập khẩu (trừ những giấy tờ đã nộp khi đăng ký tờ khai); xuất trình tờ khai hải quan đã đăng ký, sổ theo dõi hàng hoá xuất khẩu hoặc nhập khẩu.
b) Lãnh đạo Chi cục hải quan căn cứ hình thức, mức độ kiểm tra do hệ thống quản lý rủi ro thông báo khi đăng ký tờ khai hải quan và tình hình thực tế tại thời điểm xuất khẩu, nhập khẩu từng lần để quyết định hình thức, mức độ kiểm tra hải quan đối với từng lần xuất khẩu, nhập khẩu cho phù hợp. 
6. Thủ tục thanh khoản tờ khai
a) Trách nhiệm của doanh nghiệp:
a.1) Chậm nhất 15 (mười lăm) ngày làm việc kể từ ngày tờ khai hết hiệu lực, doanh nghiệp phải làm thủ tục thanh khoản tờ khai hải quan với Chi cục hải quan;
a.2) Nộp hồ sơ thanh khoản gồm: tờ khai hải quan, sổ theo dõi hàng hoá xuất khẩu hoặc nhập khẩu.
b) Chi cục hải quan thực hiện việc kiểm tra, đối chiếu, xác nhận tổng lượng hàng thực xuất khẩu hoặc nhập khẩu vào tờ khai hải quan.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ
1. Giải thích từ ngữ:
a) “Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ” là hàng hoá do thương nhân Việt Nam (bao gồm cả thương nhân có vốn đầu tư nước ngoài; doanh nghiệp chế xuất) xuất khẩu cho thương nhân nước ngoài nhưng thương nhân nước ngoài chỉ định giao, nhận hàng hoá đó tại Việt Nam cho thương nhân Việt Nam khác.
b) “Người xuất khẩu tại chỗ” (sau đây gọi tắt là “doanh nghiệp xuất khẩu”): là người được thương nhân nước ngoài chỉ định giao hàng tại Việt Nam.
c) “Người nhập khẩu tại chỗ” (sau đây gọi tắt là “doanh nghiệp nhập khẩu”): là người mua hàng của thương nhân nước ngoài nhưng được thương nhân nước ngoài chỉ định nhận hàng tại Việt Nam từ người xuất khẩu tại chỗ.
2. Căn cứ để xác định hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ
a) Đối với sản phẩm gia công; máy móc, thiết bị thuê hoặc mượn; nguyên liệu, phụ liệu, vật tư dư thừa; phế liệu, phế phẩm thuộc hợp đồng gia công: thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 33 Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23 tháng 01 năm 2006 của Chính phủ.
b) Đối với hàng hoá của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài: thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Công thương.
c) Đối với các loại hàng hoá khác: thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 15 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP.
3. Thủ tục hải quan xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ thực hiện tại Chi cục hải quan thuận tiện nhất do doanh nghiệp lựa chọn và theo quy định của từng loại hình.
4. Hồ sơ hải quan gồm:
a) Tờ khai xuất khẩu-nhập khẩu tại chỗ (theo Phụ lục IV, hướng dẫn sử dụng theo Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư này): nộp 04 bản chính;
b) Hợp đồng mua bán hàng hoá hoặc hợp đồng gia công có chỉ định giao hàng tại Việt Nam (đối với người xuất khẩu), hợp đồng mua bán hàng hoá hoặc hợp đồng gia công có chỉ định nhận hàng tại Việt Nam (đối với người nhập khẩu), hợp đồng thuê, mượn: nộp 01 bản sao;
c) Hóa đơn xuất khẩu: nộp 01 bản sao xuất trình bản chính để đối chiếu;
d) Các giấy tờ khác theo quy định đối với từng loại hình xuất khẩu, nhập khẩu (trừ vận đơn - B/L).
5. Trong thời hạn 30 ngày (ba mươi ngày) ngày kể từ ngày doanh nghiệp xuất khẩu tại chỗ đã làm xong thủ tục hải quan và giao hàng hóa, doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ phải làm thủ tục hải quan.
Nếu quá thời hạn trên doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ chưa làm thủ tục hải quan thì cơ quan hải quan lập biên bản, xử phạt vi phạm hành chính về hải quan, làm tiếp thủ tục hải quan.
6. Thủ tục hải quan xuất khẩu tại chỗ
a) Trách nhiệm của doanh nghiệp nhập khẩu:
a.1) Kê khai đầy đủ các tiêu chí dành cho doanh nghiệp nhập khẩu trên 04 tờ khai, ký tên, đóng dấu;
a.2) Giao 04 tờ khai hải quan cho doanh nghiệp xuất khẩu.
b) Trách nhiệm của doanh nghiệp xuất khẩu:
b.1) Sau khi đã nhận đủ 04 tờ khai hải quan, doanh nghiệp xuất khẩu khai đầy đủ các tiêu chí dành cho doanh nghiệp xuất khẩu trên 04 tờ khai hải quan;
b.2) Nộp hồ sơ hải quan cho Chi cục Hải quan làm thủ tục xuất khẩu theo qui định;
b.3) Sau khi làm xong thủ tục xuất khẩu, doanh nghiệp xuất khẩu lưu 01 tờ khai; chuyển 02 tờ khai còn lại cho doanh nghiệp nhập khẩu để làm tiếp thủ tục nhập khẩu.
c) Trách nhiệm của Chi cục hải quan làm thủ tục xuất khẩu tại chỗ:
c.1) Tiếp nhận, đăng ký tờ khai, quyết định hình thức, mức độ kiểm tra theo quy định phù hợp với từng loại hình, kiểm tra tính thuế (đối với hàng có thuế) theo quy định hiện hành. Niêm phong mẫu (nếu có) giao doanh nghiệp tự bảo quản để xuất trình cho cơ quan hải quan khi có yêu cầu;
c.2) Tiến hành kiểm tra hàng hoá đối với trường hợp phải kiểm tra;
c.3) Xác nhận đã làm thủ tục hải quan, ký tên và đóng dấu công chức vào cả 04 tờ khai;
c.4) Lưu 01 tờ khai và chứng từ doanh nghiệp phải nộp, trả lại cho doanh nghiệp xuất khẩu 03 tờ khai và các chứng từ doanh nghiệp xuất khẩu xuất trình;
7. Thủ tục hải quan nhập khẩu tại chỗ
a) Sau khi nhận được 02 tờ khai xuất khẩu-nhập khẩu tại chỗ đã có xác nhận của Hải quan làm thủ tục xuất khẩu, doanh nghiệp nhập khẩu nộp hồ sơ hải quan cho Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp làm thủ tục nhập khẩu để làm thủ tục nhập khẩu tại chỗ.
b) Trách nhiệm của Chi cục hải quan làm thủ tục nhập khẩu tại chỗ:
b.1) Tiếp nhận hồ sơ hải quan;
b.2) Tiến hành các bước đăng ký tờ khai theo quy định, phù hợp từng loại hình xuất khẩu, nhập khẩu; kiểm tra tính thuế (nếu có). Xác nhận hoàn thành thủ tục hải quan, ký, đóng dấu công chức vào tờ khai hải quan;
b.3) Lưu 01 tờ khai cùng các chứng từ doanh nghiệp nộp, trả doanh nghiệp 01 tờ khai và các chứng từ do doanh nghiệp xuất trình.
b.4) Có văn bản thông báo (mẫu số 23/TBXNKTC/2013 ban hành kèm theo Thông tư này) cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ biết để theo dõi hoặc thông báo gửi qua mạng máy tính nếu giữa Chi cục hải quan làm thủ tục nhập khẩu và cơ quan thuế địa phương đã nối mạng.
8. Trường hợp doanh nghiệp xuất khẩu tại chỗ và doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ đều làm thủ tục tại một Chi cục hải quan, thì Chi cục hải quan này ký xác nhận cả phần hải quan làm thủ tục xuất khẩu và hải quan làm thủ tục nhập khẩu.
9. Đối với sản phẩm gia công nhập khẩu tại chỗ để kinh doanh nội địa thì thủ tục hải quan không thực hiện theo hướng dẫn tại Điều này mà thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
10. Việc thanh khoản, hoàn thuế (không thu thuế) thực hiện theo hướng dẫn tại mục 6 phần V Thông tư này.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện dự án đầu tư
1. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phục vụ hoạt động của doanh nghiệp thực hiện theo quy định đối với từng loại hình xuất nhập khẩu hướng dẫn tại Thông tư này.
2. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá nhập khẩu tạo tài sản cố định; nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm phục vụ sản xuất của dự án ưu đãi đầu tư
a) Đăng ký danh mục hàng hoá nhập khẩu được miễn thuế với cơ quan hải quan đối với trường hợp nhập khẩu hàng hoá tạo tài sản cố định; nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm phục vụ sản xuất của dự án ưu đãi đầu tư thuộc đối tượng được miễn thuế nhập khẩu.
Thủ tục đăng ký thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 101 Thông tư này.
b) Thủ tục nhập khẩu
b.1) Doanh nghiệp làm thủ tục hải quan để nhập khẩu hàng hoá tại Chi cục hải quan cửa khẩu nhập hoặc Chi cục hải quan nơi xây dựng dự án đầu tư.
b.2) Thủ tục hải quan thực hiện như hướng dẫn đối với hàng xuất nhập khẩu thương mại tại Chương I phần II Thông tư này; ngoài ra phải thực hiện thêm một số công việc theo hướng dẫn tại Điều 101, Điều 102 và Điều 103 Thông tư này.
3. Thanh lý hàng hoá nhập khẩu
a) Các hình thức thanh lý, hàng hoá thuộc diện thanh lý, điều kiện thanh lý, hồ sơ thanh lý hàng hoá nhập khẩu miễn thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 04/2007/TT-BTM ngày 04 tháng 4 năm 2007 của Bộ Thương mại hướng dẫn hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, gia công, thanh lý hàng nhập khẩu và tiêu thụ sản phẩm của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài.
Đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế của doanh nghiệp đầu tư trong nước khi thanh lý được áp dụng theo hướng dẫn tại Thông tư số 04/2007/TT-BTM.
b. Thủ tục thanh lý thực hiện tại cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu hàng hoá miễn thuế. Sau khi hoàn thành thủ tục thanh ký, cơ quan hải quan có văn bản thông báo cho cơ quan hải quan nơi đăng ký danh mục hàng nhập khẩu được miễn thuế biết.
c) Thủ tục thanh lý
c.1) Doanh nghiệp hoặc Ban thanh lý có văn bản nêu rõ lý do thanh lý, tên gọi, ký mã hiệu, lượng hàng cần thanh lý, thuộc tờ khai nhập khẩu số, ngày, tháng, năm gửi cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu hàng hóa miễn thuế.
c.2) Trường hợp thanh lý theo hình thức xuất khẩu thì doanh nghiệp mở tờ khai xuất khẩu; trường hợp thanh lý theo hình thức nhượng bán tại thị trường Việt Nam cho doanh nghiệp không thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu, cho, biếu, tặng, tiêu huỷ thì không phải mở tờ khai mới, nhưng phải thực hiện việc kê khai, tính thuế theo hướng dẫn tại khoản 8 Điều 11 Thông tư này. Trường hợp thanh lý theo hình thức nhượng bán tại thị trường Việt Nam cho doanh nghiệp thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu thì làm thủ tục hải quan theo các bước và sử dụng tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ. Khi tiêu huỷ, doanh nghiệp chịu trách nhiệm thực hiện theo quy định của cơ quan quản lý môi trường.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá đưa ra, đưa vào cảng trung chuyển
1. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá đưa vào, đưa ra cảng trung chuyển để vận chuyển ra nước ngoài
a) Hàng hoá đưa vào, đưa ra cảng trung chuyển: Doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ trung chuyển hàng hoá lập Bản kê hàng hoá đóng trong container trung chuyển theo mẫu số 24/BKTrC/2013 ban hành kèm theo Thông tư này.
b) Hồ sơ hải quan gồm: 02 bản chính Bản kê hàng hoá đóng trong container trung chuyển.
c) Hàng hoá đưa vào, đưa ra cảng trung chuyển thuộc đối tượng được miễn kiểm tra, cơ quan hải quan chỉ kiểm tra số lượng container; đối chiếu số, ký hiệu của container với nội dung Bản kê. Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì cơ quan hải quan phải tiến hành kiểm tra theo quy định.
2. Thanh khoản Bản kê hàng hoá đóng trong container trung chuyển
a) Trong thời hạn 10 (mười) ngày kể từ ngày hàng hoá đưa hết ra khỏi cảng trung chuyển, doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ trung chuyển phải thực hiện thanh khoản Bản kê hàng hoá đóng trong container trung chuyển.
b) Định kỳ hàng quý, chậm nhất không quá mười lăm ngày sau kỳ báo cáo doanh nghiệp làm dịch vụ trung chuyển phải báo cáo và đối chiếu với hải quan khu trung chuyển về lượng hàng hoá đưa vào, đưa ra, hàng còn lưu tại khu vực trung chuyển.
3. Việc giải quyết hàng tồn đọng tại cảng trung chuyển thực hiện như việc giải quyết hàng nhập khẩu tồn đọng tại cảng biển hướng dẫn tại Thông tư của Bộ Tài chính hướng dẫn xử lý hàng hoá tồn đọng tại cảng biển Việt Nam.
4. Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan hướng dẫn Quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hoá đưa vào, đưa ra cảng trung chuyển.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá đưa vào, đưa ra khu phi thuế quan trong khu kinh tế, khu kinh tế cửa khẩu; phương tiện vận tải nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh qua khu phi thuế quan
1. Nguyên tắc tiến hành thủ tục hải quan, kiểm tra giám sát hải quan đối với hàng hoá đưa vào, đưa ra khu phi thuế quan
a) Hàng hoá đưa vào, đưa ra khu phi thuế quan phải được làm thủ tục hải quan, chịu sự kiểm tra giám sát hải quan. Hàng hoá thuộc loại hình nào thì áp dụng quy trình thủ tục hải quan hiện hành theo loại hình đó.
b) Hàng hoá sau đây được lựa chọn làm hoặc không làm thủ tục hải quan theo quy định tại khoản 2 Điều 6 Quy chế ban hành kèm theo Quyết định số 100/2009/QĐ-TTg ngày 30/7/2009 của Thủ tướng Chính phủ về việc ban hành quy chế hoạt động của khu phi thuế quan trong khu kinh tế, khu kinh tế cửa khẩu: Văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng do doanh nghiệp trong khu phi thuế quan mua từ nội địa để phục vụ cho điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của cán bộ, công nhân làm việc tại doanh nghiệp.
c) Hàng hoá sau đây không phải làm thủ tục hải quan:
c.1) Hàng hóa do cư dân đưa từ nội địa vào khu kinh tế thương mại đặc biệt Lao Bảo và khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Cầu Treo thuộc đối tượng không áp dụng mức thuế suất giá trị gia tăng 0% theo quy định tại khoản 3 Điều 9 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng và hướng dẫn thi hành Nghị định 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 và Nghị định số 121/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ;
c.2) Hàng hoá là sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản chưa qua chế biến thành sản phẩm khác hoặc qua sơ chế thông thường của cư dân tự sản xuất, đánh bắt đưa từ khu kinh tế thương mại đặc biệt Lao Bảo và khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Cầu Treo vào nội địa thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012 của Bộ Tài chính.
d) Hàng hoá từ nội địa Việt Nam hoặc từ các khu chức năng khác trong khu kinh tế cửa khẩu đưa vào khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu không được mở tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu theo quy định tại Thông tư 116/2010/TT-BTC ngày 04/08/2010 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư 137/2009/TT-BTC ngày 03/7/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện một số điều của Quyết định số 33/2009/QĐ-TTg ngày 02/3/2009 của Thủ tướng Chính phủ ban hành cơ chế, chính sách tài chính đối với khu kinh tế cửa khẩu.
2. Khi đưa hàng hoá từ nước ngoài vào khu phi thuế quan, người khai hải quan phải khai trên tờ khai hải quan theo đúng quy định đối với từng loại hình nhập khẩu tại Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan, khai thuộc đối tượng không chịu thuế (trừ mặt hàng không được hưởng ưu đãi thuế đối với hàng nhập khẩu).
Doanh nghiệp trong khu phi thuế quan nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất kinh doanh phải đăng ký tên sản phẩm sản xuất, tên nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, định mức nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất sản phẩm với cơ quan hải quan. Việc thông báo định mức nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng bán trong khu phi thuế quan thực hiện trước khi báo cáo thanh khoản. Thông báo định mức đối với loại hình gia công, nhập nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng xuất khẩu thực hiện theo quy định đối với hai loại hình này.
Trường hợp doanh nghiệp trong khu phi thuế quan nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, linh kiện để sản xuất hàng hóa bán vào thị trường nội địa thì khi đăng ký tờ khai nhập khẩu, người khai hải quan phải đăng ký và khai tên, lượng hàng, chủng loại, trị giá nhập khẩu của từng loại nguyên liệu, vật tư, linh kiện; tên sản phẩm sản xuất tại khu phi thuế quan để bán vào thị trường nội địa có sử dụng nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu từ nước ngoài.
3. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá từ nội địa đưa vào khu phi thuế quan
a) Doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan theo quy định đối với từng loại hình xuất khẩu tại Chi cục hải quan ở nội địa hoặc Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan. Trường hợp thủ tục hải quan được làm tại Chi cục hải quan ở nội địa thì việc vận chuyển hàng đến khu phi thuế quan được thực hiện theo quy định đối với hàng xuất khẩu chuyển cửa khẩu.
Doanh nghiệp trong khu phi thuế quan làm thủ tục hải quan theo quy định đối với từng loại hình nhập khẩu tại Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan.
 b) Việc kiểm tra thực tế hàng hoá thực hiện theo quy định đối với hàng hoá xuất khẩu ra nước ngoài. Trường hợp hàng hoá đưa vào khu phi thuế quan do Chi cục hải quan khác Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan làm thủ tục, nếu phát hiện có dấu hiệu vi phạm thì Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan thực hiện kiểm tra lại hàng hoá theo quy định.
4. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá từ khu phi thuế quan xuất khẩu ra nước ngoài
a) Hàng hoá từ khu phi thuế quan xuất khẩu ra nước ngoài làm thủ tục hải quan theo quy định đối với từng loại hình xuất khẩu.
b) Hàng hoá do doanh nghiệp trong khu phi thuế quan nhập khẩu từ nước ngoài hoặc từ nội địa sau đó xuất khẩu nguyên trạng ra nước ngoài thì khi làm thủ tục xuất khẩu ra nước ngoài, doanh nghiệp khai cụ thể trên tờ khai xuất khẩu "xuất khẩu nguyên trạng hàng hoá nhập khẩu từ nước ngoài tại tờ khai số..." hoặc "xuất khẩu nguyên trạng hàng hoá nhập khẩu từ nội địa tại tờ khai số..." kèm theo tờ khai nhập khẩu ban đầu, bản kê chi tiết (nếu có).
5. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá từ khu phi thuế quan đưa vào nội địa
a) Doanh nghiệp trong khu phi thuế quan làm thủ tục xuất khẩu theo quy định đối với từng loại hình xuất khẩu; doanh nghiệp nội địa làm thủ tục nhập khẩu theo quy định đối với từng loại hình nhập khẩu. Địa điểm làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu là trụ sở của Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan.
b) Để làm cơ sở cho doanh nghiệp nội địa tính toán số tiền thuế phải nộp khi làm thủ tục nhập khẩu, doanh nghiệp trong khu phi thuế quan phải thực hiện như sau:
b.1) Trường hợp sản phẩm xuất khẩu được sản xuất tại khu phi thuế quan, trước khi làm thủ tục xuất khẩu phải thông báo với cơ quan hải quan định mức nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu từ nước ngoài, cấu thành trong sản phẩm sản xuất.
Khi làm thủ tục xuất phải khai rõ trên tờ khai xuất khẩu tên, chủng loại nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu cấu thành trong sản phẩm đó.
b.2) Trường hợp hàng hoá do doanh nghiệp trong khu phi thuế quan nhập khẩu từ nước ngoài hoặc từ nội địa sau đó xuất khẩu nguyên trạng vào nội địa thì khi làm thủ tục xuất khẩu vào nội địa, doanh nghiệp khai cụ thể trên tờ khai xuất khẩu "xuất khẩu nguyên trạng hàng hoá nhập khẩu từ nước ngoài tại tờ khai số..." hoặc "xuất khẩu nguyên trạng hàng hoá nhập khẩu từ nội địa tại tờ khai số..." kèm theo tờ khai nhập khẩu ban đầu, bản kê chi tiết (nếu có).
b.3) Doanh nghiệp trong khu phi thuế quan phải cung cấp cho doanh nghiệp nội địa đầy đủ hồ sơ, số liệu để doanh nghiệp nội địa tính số tiền thuế phải nộp.
6. Gia công hàng hoá giữa doanh nghiệp trong khu phi thuế quan và doanh nghiệp nội địa
a) Trường hợp doanh nghiệp nội địa nhận gia công hàng hoá cho doanh nghiệp trong khu phi thuế quan: Doanh nghiệp nội địa thông báo hợp đồng gia công và làm thủ tục hải quan đối với hợp đồng gia công đó tại Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan. Thủ tục hải quan thực hiện như nhận gia công cho thương nhân nước ngoài.
b) Trường hợp doanh nghiệp nội địa đặt doanh nghiệp trong khu phi thuế quan gia công hàng hoá: Doanh nghiệp nội địa thông báo hợp đồng gia công và làm thủ tục hải quan cho hợp đồng gia công đó tại tại Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan hoặc Chi cục hải quan trong nội địa. Thủ tục hải quan thực hiện như doanh nghiệp nội địa đặt gia công tại nước ngoài.
7. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá mua tại cửa hàng, siêu thị trong khu phi thuế quan đưa vào nội địa
a) Khách hàng vào mua hàng tại cửa hàng, siêu thị trong khu phi thuế quan đưa vào nội địa phải nộp thuế theo quy định đối với hàng nhập khẩu trước khi đưa hàng ra khỏi khu phi thuế quan.
Đối với khách mua hàng là đối tượng được mua hàng miễn thuế theo định mức tại khu phi thuế quan trong khu kinh tế cửa khẩu đưa vào nội địa theo quy định của Thủ tướng Chính phủ tại Quy chế hoạt động của Khu phi thuế quan thì phải nộp thuế phần hàng hoá vượt định mức miễn thuế.
b) Khách hàng vào mua hàng tại cửa hàng, siêu thị trong khu phi thuế quan phải xuất trình giấy chứng minh nhân dân (dưới đây viết tắt là CMND) hoặc hộ chiếu (đối với khách hàng là người nước ngoài) với doanh nghiệp bán hàng khi mua hàng và hải quan giám sát cổng khi mang hàng ra khỏi khu phi thuế quan.
c) Khi bán hàng cho khách, doanh nghiệp bán hàng phải có hoá đơn bán hàng và sổ theo dõi bán hàng, trong đó ghi rõ: tên, địa chỉ, số CMND hoặc số hộ chiếu của người mua hàng; số lượng, đơn giá, trị giá hàng hoá bán cho từng người mua.
d) Tuỳ theo điều kiện cụ thể tại từng khu phi thuế quan, việc thu thuế đối với hàng hoá mua tại khu phi thuế quan đưa vào nội địa thực hiện theo một trong hai cách sau:
d.1) Người mua hàng kê khai nộp thuế tại hải quan cổng kiểm soát khu phi thuế quan:
d.1.1) Người mua hàng trước khi đưa hàng ra khỏi khu phi thuế quan phải kê khai hàng hoá thuộc diện nộp thuế vào tờ khai phi mậu dịch; nộp tờ khai, xuất trình CMND, hàng hoá, hoá đơn bán hàng (liên dành cho người mua hàng ) cho Hải quan cổng khu phi thuế quan;
d.1.2) Hải quan cổng khu phi thuế quan: đối chiếu CMND do người mang hàng xuất trình với người mang hàng; đối chiếu hàng hoá với tờ khai hải quan và hoá đơn bán hàng; nếu phù hợp thì viết biên lai thu thuế và thu tiền thuế, nộp tiền thuế thu được vào Ngân sách Nhà nước theo đúng quy định pháp luật
d.2) Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan uỷ nhiệm cho doanh nghiệp bán hàng thu thuế:
d.2.1) Việc uỷ nhiệm cho doanh nghiệp bán hàng thu thuế thực hiện theo quy định tại khoản….Điều… Nghị định …./2013/NĐ-CP. Trách nhiệm của bên được uỷ nhiệm, trách nhiệm của cơ quan quản lý thuế thực hiện theo quy định tại khoản….Điều… Nghị định …./2013/NĐ-CP.
d.2.2) Khi đưa hàng ra khỏi khu phi thuế quan, người mua hàng phải xuất trình CMND, hàng hoá, hoá đơn mua hàng, biên lai thu thuế cho Hải quan giám sát cổng khu phi thuế quan;
d.2.3) Hải quan cổng khu phi thuế quan có trách nhiệm: đối chiếu CMND do người mang hàng xuất trình với người mang hàng; đối chiếu hàng hoá với hoá đơn bán hàng, biên lai thu thuế. Nếu qua kiểm tra, đối chiếu phát hiện có sự không phù hợp giữa người mang hàng với ảnh người trong CMND; giữa số CMND ghi trong hoá đơn bán hàng, biên lai thu thuế với số trong CMND do người mang hàng xuất trình; giữa hàng hoá mang ra với hàng hoá ghi trong hoá đơn bán hàng, biên lai thu thuế thì lập biên bản vi phạm và xử lý theo đúng quy định pháp luật.
8. Giám sát hải quan đối với hàng hoá đưa ra, đưa vào, đi qua khu phi thuế quan
a) Khu phi thuế quan phải có hàng rào ngăn cách với bên ngoài, có cổng kiểm soát hải quan để giám sát hàng hoá đưa ra, đưa vào khu phi thuế quan.
b) Hàng hoá đưa ra, đưa vào khu phi thuế quan, hàng hoá vận chuyển qua khu phi thuế quan để nhập khẩu vào nội địa hoặc xuất khẩu ra nước ngoài phải đi qua cổng kiểm soát hải quan và phải chịu sự giám sát của Hải quan cổng kiểm soát này.
c) Hàng hoá từ nước ngoài nhập khẩu vào nội địa hoặc hàng hoá từ nội địa xuất khẩu ra nước ngoài khi đi qua khu phi thuế quan phải đi đúng tuyến đường do Hải quan quản lý khu phi thuế quan phối hợp với Ban quản lý khu phi thuế quan quy định.
9. Thủ tục hải quan và giám sát hải quan đối với phương tiện vận tải nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh qua khu phi thuế quan (đối với khu phi thuế quan gắn liền với cửa khẩu đường bộ) thực hiện theo quy định đối với phương tiện vận tải nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh Việt Nam.
10. Thủ tục báo cáo thanh khoản
a) Đối với doanh nghiệp sản xuất kinh doanh trong khu phi thuế quan, định kỳ sáu tháng một lần phải báo cáo cơ quan hải quan về hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trong kỳ và báo cáo xuất-nhập-tồn kho; thời hạn nộp báo cáo chậm nhất sau kỳ báo cáo mười lăm ngày.
Hồ sơ báo cáo gồm:
a.1) Hồ sơ phải nộp:
a.1.1) Bảng tổng hợp tờ khai nhập khẩu nguyên liệu, vật tư trong kỳ báo cáo: 02 bản chính (mẫu số 25/HSTK-PTQ ban hành kèm theo Thông tư này);
a.1.2) Bảng tổng hợp hoá đơn nguyên liệu, vật tư mua tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có): 02 bản chính (mẫu số 26/HSTK-PTQ ban hành kèm theo Thông tư này);
a.1.3) Bảng tổng hợp tờ khai xuất khẩu sản phẩm trong kỳ báo cáo: 02 bản chính (mẫu số 27/HSTK-PTQ ban hành kèm theo Thông tư này );
a.1.4) Bảng tổng hợp hoá đơn sản phẩm bán tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có): 02 bản chính (mẫu số 28/HSTK-PTQ ban hành kèm theo Thông tư này);
a.1.5) Bảng tổng hợp nguyên liệu, vật tư đã sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu và bán tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo: 02 bản chính (mẫu số 29/HSTK-PTQ ban hành kèm theo Thông tư này);
a.1.6) Bảng báo cáo nguyên liệu, vật tư nhập-xuất-tồn trong kỳ báo cáo thanh khoản: 02 bản chính (mẫu số 30/HSTK-PTQ ban hành kèm theo Thông tư này);
a.1.7) Hoá đơn (bản sao) mua nguyên, vật tư tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có);
a.1.8) Hoá đơn (bản sao) bán sản phẩm tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có).
a.2) Hồ sơ phải xuất trình:
a.2.1) Tờ khai nhập khẩu nguyên liệu, vật tư trong kỳ báo cáo;
a.2.2) Tờ khai xuất khẩu sản phẩm trong kỳ báo cáo;
a.2.3) Hoá đơn (bản chính) mua nguyên, vật tư tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có);
a.2.4) Hoá đơn (bản chính) bán sản phẩm tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có).
b) Đối với doanh nghiệp kinh doanh thương mại thuần tuý trong khu phi thuế quan thì một tháng một lần phải báo cáo hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trong kỳ và báo cáo xuất-nhập-tồn kho với cơ quan hải quan quản lý khu phi thuế quan. Thời hạn nộp hồ sơ báo cáo chậm nhất là ngày thứ mười lăm của tháng tiếp theo.
Hồ sơ báo cáo gồm:
b.1) Hồ sơ phải nộp:
b.1.1) Bảng tổng hợp hàng hoá nhập khẩu từ nước ngoài trong kỳ báo cáo thanh khoản: 02 bản chính (mẫu số 31/HSTK-PTQ  ban hành kèm theo Thông tư này);
b.1.2) Bảng tổng hợp hàng hoá nhập khẩu từ nội địa trong kỳ báo cáo thanh khoản (nếu có): 02 bản chính (mẫu số 32/HSTK-PTQ ban hành kèm theo Thông tư này);
b.1.3) Bảng tổng hợp hàng hoá mua tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo thanh khoản (nếu có): 02 bản (mẫu số 33/HSTK-PTQ ban hành kèm theo Thông tư này);
b.1.4) Bảng tổng hợp hàng hoá bán tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo thanh khoản: 02 bản chính (mẫu số 34/HSTK-PTQ 3 ban hành kèm theo Thông tư này);
b.1.5) Bảng tổng hợp hàng hoá xuất khẩu trong kỳ báo cáo thanh khoản (nếu có): 02 bản chính (mẫu số 35/HSTK-PTQ ban hành kèm theo Thông tư này);
b.1.6) Bảng báo cáo hàng hoá nhập-xuất-tồn trong kỳ báo cáo thanh khoản: 02 bản chính (mẫu số 36/HSTK-PTQ ban hành kèm theo Thông tư này);
b.1.7) Hoá đơn (bản sao) mua hàng, bán hàng tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có).
b.2) Hồ sơ phải xuất trình:
b.2.1) Tờ khai nhập khẩu, xuất khẩu hàng hoá trong kỳ báo cáo thanh khoản;
b.2.2) Hoá đơn (bản chính) bán hàng, mua hàng tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có);
c) Đối với hàng gia công thì thực hiện theo quy định về thanh khoản hợp đồng gia công.
d) Đối với doanh nghiệp vừa sản xuất kinh doanh, vừa kinh doanh thương mại thuần tuý, vừa gia công hàng hoá thì loại hình nào thanh khoản theo loại hình đó.
e) Hải quan quản lý khu phi thuế quan có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu báo cáo của doanh nghiệp; kiểm tra hàng tồn kho nếu xét thấy cần thiết; nếu phát hiện vi phạm pháp luật, hàng hoá nhập khẩu vào khu phi thuế quan bị thẩm lậu vào nội địa thì xử lý vi phạm theo đúng quy định pháp luật.
Trường hợp phát hiện hàng từ nội địa đưa vào khu phi thuế quan, sau đó thẩm lậu trở lại nội địa thì hải quan quản lý khu phi thuế quan thông báo cho Cục thuế nơi có trụ sở doanh nghiệp nội địa đưa hàng vào khu phi thuế quan biết để phối hợp xử lý.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất
1. Nguyên tắc chung
a) Thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất (dưới đây viết tắt là DNCX) được áp dụng cho DNCX trong khu chế xuất và DNCX ngoài khu chế xuất.
b) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của DNCX phải làm thủ tục hải quan theo quy định đối với từng loại hình xuất khẩu, nhập khẩu. Riêng việc mua văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng (bao gồm cả bảo hộ lao động: quần, áo, mũ, giầy, ủng, găng tay) từ nội địa để phục vụ cho điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của cán bộ, công nhân làm việc tại doanh nghiệp, DNCX được lựa chọn thực hiện hoặc không thực hiện thủ tục hải quan đối với loại hàng hóa này.
c) Hàng hóa luân chuyển trong nội bộ một DNCX thì không phải làm thủ tục hải quan.
d) Hàng hóa nhập khẩu của DNCX được chuyển cửa khẩu từ cửa khẩu nhập về DNCX, hàng hóa xuất khẩu của DNCX được chuyển cửa khẩu từ DNCX đến cửa khẩu xuất.
e) Hải quan quản lý khu chế xuất, DNCX chỉ giám sát trực tiếp tại cổng ra vào của khu chế xuất, DNCX khi cần thiết theo quyết định của Cục trưởng Cục Hải quan.
2. Địa điểm làm thủ tục hải quan
a) Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu: thủ tục hải quan làm tại Chi cục hải quan quản lý DNCX.
b) Đối với hàng hoá gia công giữa DNCX với doanh nghiệp nội địa: Doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan tại Chi cục hải quan quản lý DNCX hoặc Chi cục hải quan nơi có trụ sở chính hoặc nơi có cơ sở sản xuất của doanh nghiệp nội địa.
c) Đối với hàng hoá gia công giữa hai DNCX: Doanh nghiệp nhận gia công thực hiện thông báo hợp đồng gia công và làm thủ tục hải quan tại Chi cục hải quan quản lý DNCX nhận gia công.
3. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu của DNCX
a) Hàng hoá nhập khẩu từ nước ngoài
a.1. Căn cứ văn bản đề nghị nhập khẩu hàng hoá tạo tài sản cố định của giám đốc Doanh nghiệp chế xuất, kèm danh mục hàng hoá (chi tiết tên hàng, lượng hàng, chủng loại), cơ quan hải quan làm thủ tục nhập khẩu theo quy định đối với hàng hoá nhập khẩu thương mại.
a.2. Đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu, DNCX làm thủ tục nhập khẩu theo quy định đối với hàng hóa nhập khẩu thương mại, trừ việc kê khai tính thuế.
a.3. Hàng hoá gia công cho thương nhân nước ngoài thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
b) Đối với hàng hoá của DNCX xuất khẩu ra nước ngoài, DNCX làm thủ tục xuất khẩu theo quy định đối với hàng xuất khẩu thương mại, trừ việc kê khai tính thuế.
c) Hàng hoá của DNCX bán vào nội địa
c.1. Đối với sản phẩm do DNCX sản xuất, bán vào thị trường nội địa: DNCX và doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan và sử dụng tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ.
 c.2. Đối với phế liệu, phế phẩm được phép bán vào thị trường nội địa, doanh nghiệp nội địa làm thủ tục nhập khẩu theo quy định đối với hàng nhập khẩu thương mại.
 d) Đối với hàng hoá do doanh nghiệp nội địa bán cho DNCX: DNCX và doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan theo các bước và sử dụng tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ.
e) Hàng hoá gia công (trừ gia công cho nước ngoài)
e.1. Đối với hàng hoá do DNCX thuê doanh nghiệp nội địa gia công, doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan theo quy định về gia công hàng hóa cho thương nhân nước ngoài.
e.2. Đối với hàng hoá do DNCX nhận gia công cho doanh nghiệp nội địa, doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan theo quy định về đặt gia công hàng hoá ở nước ngoài.
e.3. Hàng hoá gia công giữa các DNCX với nhau thì DNCX nhận gia công làm thủ tục hải quan theo quy định đối với hàng gia công cho thương nhân nước ngoài.
g) Đối với hàng hóa mua, bán giữa các doanh nghiệp chế xuất với nhau
g.1. Hàng hoá mua, bán giữa các DNCX không cùng một khu chế xuất thì thực hiện theo hướng dẫn về thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất nhập khẩu tại chỗ quy định tại khoản 6, khoản 7 Điều 45 Thông tư này (trừ quy định về điều kiện xuất nhập khẩu tại chỗ).
g.2. Hàng hoá mua, bán giữa các DNCX trong cùng một khu chế xuất thì không phải làm thủ tục hải quan.
h) Đối với hàng hoá của DNCX đưa vào nội địa để sửa chữa, DNCX có văn bản thông báo: tên hàng, số lượng, lý do, thời gian sửa chữa, không phải đăng ký tờ khai hải quan. Cơ quan hải quan có trách nhiệm theo dõi, xác nhận khi hàng đưa trở lại DNCX. Quá thời hạn đăng ký sửa chữa mà không đưa hàng trở lại thì xử lý theo hướng dẫn đối với hàng chuyển đổi mục đích sử dụng.
i) Việc tiêu huỷ phế liệu, phế phẩm thực hiện theo quy định của pháp luật, có sự giám sát của cơ quan hải quan.
k) Hàng hóa của DNCX tạm nhập để sửa chữa, bảo hành sau đó tái xuất thực hiện thủ tục hải quan theo hướng dẫn tại Điều 55 Thông tư này, trừ việc kê khai tính thuế.
4. Thủ tục thanh khoản nguyên liệu, vật tư của DNCX
a) Việc thanh khoản đối với nguyên liệu, vật tư của DNCX được thực hiện theo từng loại hình hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu nhưng chỉ thanh khoản về lượng.
b) Thời hạn và địa điểm thanh khoản
b.1) Đối với loại hình gia công thì thanh khoản theo quy định về thời hạn thanh khoản hợp đồng gia công tại Chi cục hải quan nơi thông báo hợp đồng gia công.
b.2) Đối với loại hình SXXK thực hiện thanh khoản một quý một lần và chậm nhất vào ngày 15 của tháng đầu quý sau tại Chi cục hải quan quản lý DNCX. Trường hợp doanh nghiệp có đề nghị thì thời hạn thanh khoản được thực hiện một tháng một lần, trước ngày 15 của tháng sau.
c) Hồ sơ thanh khoản
c.1) Đối với loại hình gia công: thực hiện theo quy định về thanh khoản đối với hàng hoá gia công cho thương nhân nước ngoài.
c.2) Đối với hàng SXXK, hồ sơ thanh khoản gồm:
c.2.1) Bảng định mức (mẫu số 37/ĐKĐM-SXXK ban hành kèm theo Thông tư này) của từng mã hàng: xuất trình 01 bản chính;
c.2.2) Báo cáo nhập, xuất, tồn (mẫu số 38/HSTK-CX ban hành kèm theo Thông tư này) nguyên liệu, vật tư nhập khẩu: nộp 02 bản chính (trả doanh nghiệp 01 bản khi kết thúc kiểm tra).
 d) Việc xử lý đối với tài sản, hàng hoá có nguồn gốc nhập khẩu khi doanh nghiệp chuyển đổi loại hình từ doanh nghiệp chế xuất thành doanh nghiệp bình thường và ngược lại thực hiện như sau:
d.1) Trường hợp chuyển đổi loại hình từ doanh nghiệp chế xuất thành doanh nghiệp không hưởng chế độ chế xuất:
d.1.1) Thanh khoản tài sản, hàng hoá có nguồn gốc nhập khẩu;
d.1.2) Xác định tài sản, hàng hoá có nguồn gốc nhập khẩu còn tồn kho;
d.1.3) Thực hiện việc thu thuế theo quy định;
d.1.4) Thời điểm thanh khoản và xác định tài sản, hàng hoá có nguồn gốc nhập khẩu thực hiện trước khi doanh nghiệp chuyển đổi.
d.2) Trường hợp chuyển đổi loại hình từ doanh nghiệp không hưởng chế độ chế xuất sang doanh nghiệp chế xuất:
d.2.1) Doanh nghiệp báo cáo số lượng nguyên liệu, vật tư còn tồn kho; cơ quan hải quan kiểm tra nguyên liệu, vật tư còn tồn kho và xử lý thuế theo quy định;
d.2.2) Trước khi chuyển đổi, doanh nghiệp có trách nhiệm nộp đầy đủ các khoản nợ thuế, nợ phạt còn tồn đọng cho cơ quan hải quan. Cơ quan hải quan chỉ áp dụng chính sách thuế, hải quan đối với loại hình doanh nghiệp chế xuất sau khi doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ về thuế, hải quan với cơ quan hải quan.
5. Thanh lý máy móc, thiết bị, phương tiện vận chuyển tạo tài sản cố định
a) Các hình thức thanh lý, hàng hoá thuộc diện thanh lý, điều kiện thanh lý, hồ sơ thanh lý hàng hoá nhập khẩu miễn thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 04/2007/TT-BTM.
b) Nơi làm thủ tục thanh lý là Chi cục hải quan quản lý DNCX.
c) Thủ tục thanh lý
c.1) Doanh nghiệp hoặc ban thanh lý có văn bản nêu rõ lý do thanh lý, tên gọi, ký mã hiệu, lượng hàng cần thanh lý, thuộc tờ khai nhập khẩu số, ngày tháng năm gửi Chi cục hải quan quản lý DNCX.
c.2) Trường hợp thanh lý theo hình thức xuất khẩu thì doanh nghiệp mở tờ khai xuất khẩu; trường hợp thanh lý nhượng bán tại thị trường Việt Nam, cho, biếu, tặng thì mở tờ khai theo loại hình tương ứng, thu thuế theo quy định.
c.3) Trường hợp tiêu huỷ, doanh nghiệp chịu trách nhiệm thực hiện theo quy định của cơ quan quản lý môi trường, có sự giám sát của cơ quan hải quan.
6. Kết thúc xây dựng công trình, DNCX phải thực hiện báo cáo quyết toán đối với hàng hoá nhập khẩu để xây dựng công trình với cơ quan hải quan.
Cơ quan hải quan có trách nhiệm kiểm tra và xử lý theo quy định đối với hàng hoá nhập thừa hoặc sử dụng không đúng mục đích.
7. Giám sát hải quan đối với phế thải của DNCX vận chuyển đến địa điểm khác để tiêu hủy:
a) Trách nhiệm của DNCX:
a.1) Thông báo cho Chi cục hải quan quản lý DNCX thời gian bàn giao chất thải cho người vận chuyển.
a.2) Vận chuyển và tiêu hủy chất thải theo đúng quy định tại Luật Bảo vệ Môi trường và các văn bản hướng dẫn.
b) Trách nhiệm của Chi cục hải quan quản lý DNCX:
Sau khi nhận được thông báo của DNCX, Chi cục hải quan quản lý DNCX có trách nhiệm:
b.1) Kiểm tra Giấy phép quản lý chất thải nguy hại (Giấy phép phải còn hiệu lực, chất thải của DNCX đưa đi xử lý phải phù hợp với chất thải được phép vận chuyển, xử lý ghi trong Giấy phép), hợp đồng vận chuyển, xử lý chất thải;
b.2) Kiểm tra chất thải của DNCX trước khi bàn giao cho người vận chuyển (chất thải để bàn giao phải không lẫn phế liệu, phế phẩm còn sử dụng được và các hàng hóa khác);
b.3) Giám sát việc đưa chất thải vào phương tiện vận chuyển chất thải; giám sát việc vận chuyển chất thải ra khỏi ranh giới khu chế xuất, DNCX.
b.4) Lập biên bản kiểm tra, giám sát có xác nhận của DNCX, người vận chuyển chất thải (Biên bản ghi rõ thời gian kiểm tra, giám sát; công chức Hải quan kiểm tra, giám sát; tên DNCX có chất thải, người đại diện DNCX thực hiện bàn giao chất thải; doanh nghiệp ký hợp đồng vận chuyển, xử lý chất thải; người vận chuyển chất thải; số hiệu phương tiện vận chuyển chất thải; tên chất thải; những nội dung đã kiểm tra, giám sát …); biên bản lập thành 03 bản, mỗi bên giữ 01 bản.
b.5) Cơ quan hải quan không thực hiện niêm phong hải quan đối với phương tiện chứa chất thải khi vận chuyển chất thải đến địa điểm khác ngoài khu chế xuất, DNCX để xử lý.
c) Khi nhận được chứng từ chất thải nguy hại từ chủ hành nghề quản lý chất thải nguy hại, DNCX (chủ nguồn thải) sao liên số 4 gửi cho Chi cục hải quan quản lý DNCX. Khi kiểm tra chi tiết hồ sơ thanh khoản hoặc đột xuất, Chi cục hải quan quản lý DNCX kiểm tra sổ đăng ký chủ nguồn thải chất thải nguy hại, chứng từ chất thải nguy hại lưu tại DNCX.
8. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa của DNCX có vốn đầu tư nước ngoài thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu theo Nghị định số 23/2007/NĐ-CP:
a) Quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu hàng hóa của DNCX có vốn đầu tư nước ngoài:
a.1) Quyền xuất khẩu thực hiện theo quy định tại khoản 3, Điều 3 Nghị định số 23/2007/NĐ-CP.
a.2) Quyền nhập khẩu:
Được nhập khẩu hàng hóa từ nước ngoài bán cho DNCX có quyền phân phối để doanh nghiệp này bán lại cho các DNCX khác để thực hiện dự án đầu tư.
Trường hợp DNCX được cấp phép thực hiện quyền nhập khẩu, quyền phân phối thì doanh nghiệp này được nhập khẩu hàng hóa từ nước ngoài để thực hiện quyền phân phối (bán cho các DNCX khác làm nguyên liệu sản xuất theo mục tiêu quy định tại Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư), không phải bán qua doanh nghiệp khác có quyền phân phối, trừ các mặt hàng DNCX không được thực hiện quyền nhập khẩu, quyền phân phối theo hướng dẫn của Bộ Công Thương.
b) Thủ tục hải quan đối với hàng hóa của DNCX khi thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu, quyền phân phối:
b.1) Đối với hàng hóa xuất khẩu:
Tùy theo từng loại hình tương ứng, thủ tục hải quan thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 3 Điều này.
b.2) Đối với hàng hóa nhập khẩu:
b.2.1) Đối với hàng hóa do DNCX nhập khẩu từ nước ngoài:
Thủ tục hải quan, chính sách thuế, chính sách quản lý hàng hóa nhập khẩu thực hiện theo quy định đối với hàng hóa nhập khẩu thương mại.
b.2.2) Đối với hàng hóa do DNCX nhập khẩu bán cho DNCX khác có quyền phân phối hoặc DNCX có quyền phân phối bán hàng hóa nhập khẩu cho DNCX khác làm nguyên liệu sản xuất: thực hiện theo quy định tại điểm g, khoản 3, Điều này.
b.3) Thủ tục hải quan đối với hàng hóa do chi nhánh trong nội địa của DNCX xuất khẩu, nhập khẩu để thực hiện quyền xuất khẩu, nhập khẩu do DNCX ủy quyền theo quy định pháp luật:
b.3.1) Trường hợp DNCX được quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu theo Nghị định số 23/2007/NĐ-CP có chi nhánh tại nội địa hoạt động theo Luật Thương mại thì được ủy quyền cho chi nhánh này thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập. Thủ tục hải quan thực hiện như đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thương mại; khi chi nhánh này bán hàng hóa nhập khẩu tại nội địa thì không phải làm thủ tục hải quan.
b.3.2) Trường hợp DNCX được quyền phân phối và ủy quyền cho chi nhánh thực hiện, khi chi nhánh bán hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu cho DNCX khác để làm nguyên liệu sản xuất theo mục tiêu quy định tại Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư thì thủ tục hải quan thực hiện theo quy định đối với hàng hóa từ nội địa bán vào DNCX theo hướng dẫn tại điểm d khoản 3 Điều này.
c) Thủ tục thanh khoản:
c.1) Định kỳ hàng quý DNCX phải lập báo cáo nhập, xuất, tồn (theo mẫu số 39/BCQ-CX ban hành kèm Thông tư này)
c.2) Chậm nhất ngày 15 tháng đầu của quý sau doanh nghiệp phải nộp báo cáo thanh khoản cho Chi cục hải quan quản lý DNCX.
9. Kiểm tra, giám sát hải quan đối với DNCX thuê kho để chứa hàng hóa của doanh nghiệp theo qui định tại khoản 1 Điều 29 Nghị định số 108/2006/NĐ-CP:
a) DNCX được thuê kho trong khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế và thuộc địa bàn quản lý của Chi cục hải quan quản lý DNCX để lưu giữ nguyên liệu, vật tư và thành phẩm phục vụ cho hoạt động sản xuất của chính DNCX.
b) Trước khi đưa hàng vào kho, DNCX phải thông báo cho Chi cục hải quan quản lý DNCX các thông tin về địa điểm, vị trí, diện tích, các điều kiện về cơ sở hạ tầng, cơ chế quản lý giám sát hàng hóa đưa vào, đưa ra kho, thời gian thuê kho. Hàng hóa chỉ được đưa vào kho sau khi được Chi cục hải quan quản lý DNCX chấp nhận bằng văn bản.
c) DNCX chịu trách nhiệm quản lý, giám sát hàng hóa đưa vào, đưa ra kho và định kỳ vào ngày 15 của tháng đầu quý sau phải báo cáo tình trạng hàng hóa nhập, xuất, tồn kho cho Chi cục hải quan quản lý DNCX.
d) Định kỳ hàng quý, Chi cục hải quan quản lý DNCX thực hiện kiểm tra tình trạng hàng hóa gửi kho hoặc thực hiện kiểm tra đột xuất khi có dấu hiệu nghi vấn hàng hóa gửi kho không đúng hoặc tiêu thụ nội địa hàng hóa gửi kho.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá đưa vào, đưa ra kho bảo thuế
1. Hàng hóa đưa vào, đưa ra kho bảo thuế là nguyên liệu nhập khẩu nhưng chưa phải nộp thuế để sản xuất hàng xuất khẩu của chính doanh nghiệp có kho bảo thuế.
Doanh nghiệp phải khai hồ sơ hải quan riêng biệt cho phần nguyên liệu nhập khẩu được bảo thuế và đăng ký lượng sản phẩm xuất khẩu cho một năm kế hoạch.
2. Thủ tục hải quan đối với nguyên liệu nhập khẩu đưa vào kho bảo thuế được thực hiện theo quy định đối với nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu. Việc xử lý hàng hoá gửi kho bảo thuế bị hư hỏng, giảm phẩm chất, không đáp ứng yêu cầu sản xuất được thực hiện theo quy định tại Điều 29 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP.
3. Thủ tục thanh khoản:
a) Kết thúc năm (ngày 31/12 hàng năm), chậm nhất là ngày 31/01 năm tiếp theo, doanh nghiệp phải lập bảng tổng hợp các tờ khai hải quan nhập khẩu và tổng lượng nguyên liệu đã nhập khẩu theo chế độ bảo thuế, tổng hợp các tờ khai hải quan xuất khẩu và tổng lượng nguyên liệu cấu thành sản phẩm đã xuất khẩu, tái xuất và tiêu huỷ gửi cơ quan hải quan.
b) Thủ tục thanh khoản, nộp thuế, hoàn thuế hàng hoá nhập khẩu vào kho bảo thuế
b.1) Thủ tục thanh khoản nguyên liệu, vật tư của kho bảo thuế được thực hiện như thủ tục thanh khoản nguyên liệu, vật tư của doanh nghiệp chế xuất hướng dẫn tại khoản 4 Điều 49 Thông tư này.
b.2) Nếu số lượng nguyên liệu cấu thành sản phẩm đã xuất khẩu và tái xuất ít hơn số lượng nguyên liệu nhập khẩu theo chế độ bảo thuế thì doanh nghiệp phải nộp thuế cho phần nguyên liệu chưa xuất khẩu của các tờ khai hải quan hàng nhập khẩu quá thời hạn ba trăm sáu mươi lăm ngày kể từ ngày đăng ký với cơ quan hải quan đến ngày thanh khoản; số nguyên liệu chưa đến thời hạn phải nộp thuế sẽ được chuyển sang năm tài chính tiếp theo để thanh khoản.
b.3) Số lượng nguyên liệu đã nộp thuế nhưng sau đó được đưa vào sản xuất và xuất khẩu sẽ được xét hoàn thuế theo loại hình nhập nguyên liệu sản xuất hàng xuất khẩu hướng dẫn tại Điều 117 Thông tư này.
b.4. Trường hợp nguyên liệu nhập khẩu đã được bảo thuế, doanh nghiệp đề nghị được chuyển tiêu thụ nội địa thì phải có văn bản gửi Chi cục hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu để chuyển tiêu thụ nội địa. Chi cục hải quan làm thủ tục nhập khẩu giải quyết và thanh khoản trên cơ sở tờ khai nhập khẩu nguyên liệu, không đăng ký tờ khai mới. Doanh nghiệp chịu trách nhiệm kê khai, nộp thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt theo quy định của pháp luật về thuế.
Hàng hóa là nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu nếu chuyển tiêu thụ nội địa phải tuân thủ chính sách thuế, chính sách quản lý nhập khẩu như hàng hóa nhập khẩu theo loại hình kinh doanh.
4. Kiểm tra, giám sát kho bảo thuế
a) Việc kiểm tra, giám sát kho bảo thuế thực hiện theo quy định tại khoản 4, Điều 27, Nghị định số 154/2005/NĐ-CP ngày 15/12/2005 của Chính phủ.
b) Định kỳ 01 năm 01 lần Chi cục hải quan quản lý kho bảo thuế thực hiện kiểm tra việc tổ chức quản lý kho bảo thuế của doanh nghiệp, gồm:
b.1) Kiểm tra việc thực hiện quy định tại khoản 1, Điều 27, Nghị định số 154/2005/NĐ-CP ngày 15/12/2005 của Chính phủ.
b.2) Kiểm tra việc duy trì hệ thống sổ sách, chứng từ theo dõi việc xuất khẩu, nhập khẩu; xuất kho, nhập kho.
b.3) Kiểm tra thực tế lượng hàng tồn kho, đối chiếu số liệu tồn kho thực tế với tồn kho trên hệ thống sổ sách, chứng từ theo dõi kho bảo thuế, báo cáo thanh khoản của doanh nghiệp.
c) Kiểm tra đột xuất hàng tồn kho:
c.1) Thực hiện khi có thông tin doanh nghiệp tiêu thụ nguyên vật liệu được bảo thuế vào nội địa.
c.2) Khi có nghi vấn gian lận định mức phải áp dụng biện pháp kiểm tra định mức tại doanh nghiệp.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá đưa vào, đưa ra địa điểm thu gom hàng lẻ (gọi tắt là CFS - container freight station)
1. Hàng hóa được đưa vào CFS bao gồm:
a. Hàng hoá nhập khẩu đưa vào CFS là hàng hoá chưa hoàn thành thủ tục hải quan, đang chịu sự giám sát, quản lý của cơ quan hải quan.
b. Hàng hoá xuất khẩu đưa vào CFS là hàng hoá đã làm xong thủ tục hải quan hoặc hàng hoá đã đăng ký tờ khai hải quan tại Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu nhưng việc kiểm tra thực tế hàng hoá được thực hiện tại CFS.
2. Các dịch vụ được thực hiện trong CFS
a) Đối với hàng xuất khẩu: Đóng gói, đóng gói lại, sắp xếp, sắp xếp lại hàng hóa.
 Đối với hàng quá cảnh, hàng trung chuyển được đưa vào các CFS trong cảng để chia tách, đóng ghép chung container xuất khẩu hoặc đóng ghép chung với hàng xuất khẩu của Việt Nam.
b) Đối với hàng nhập khẩu: Được phép chia tách để làm thủ tục nhập khẩu hoặc đóng ghép container với các lô hàng xuất khẩu khác để xuất sang nước thứ ba.
3. Thời hạn gửi CFS:
Hàng hóa đưa vào CFS được lưu giữ tối đa trong vòng 45 ngày kể từ ngày đưa vào kho. Quá thời hạn trên, Chi cục hải quan quản lý CFS yêu cầu chủ kho phải làm thủ tục đưa hàng hóa đó ra khỏi lãnh thổ Việt Nam hoặc xử lý như đối với hàng hóa nhập khẩu bị  từ bỏ, thất lạc, nhầm lẫn, quá thời hạn khai hải quan theo quy định tại Điều 45 Luật Hải quan.
4. Giám sát hải quan:
a. CFS, hàng hóa lưu giữ, phương tiện vận tải ra, vào và các dịch vụ thực hiện trong CFS phải chịu sự kiểm tra, giám sát thường xuyên của cơ quan hải quan.
b. Giám sát hải quan đối với hàng hoá, phương tiện vận tải đưa vào, đưa ra CFS và giám sát việc thực hiện các dịch vụ trong CFS thực hiện theo quy định tại Điều 13, Điều 14 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP, Điều 18 Thông tư này và hướng dẫn của Tổng cục Hải quan.
5. Hàng hóa từ CFS đưa vào nội địa (bao gồm: hàng từ nước ngoài chưa làm thủ tục nhập khẩu và hàng đã làm thủ tục xuất khẩu gửi CFS) phải làm thủ tục hải quan theo các loại hình tương ứng.
  • Thủ tục hải quan đối với thiết bị, máy móc, phương tiện thi công, khuôn, mẫu tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập để sản xuất, thi công công trình, thử nghiệm, nghiên cứu.
1. Thủ tục hải quan đối với thiết bị, máy móc, phương tiện thi công, khuôn, mẫu tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập để sản xuất, thi công công trình, thử nghiệm, nghiên cứu thực hiện theo quy định đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thương mại.
Đối với hàng tạm nhập-tái xuất, tạm xuất-tái nhập thuộc đối tượng được miễn thuế, định kỳ hàng năm (365 ngày kể từ ngày tạm nhập/tạm xuất) người khai hải quan có trách nhiệm thông báo cho Chi cục hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập/tạm xuất về thời hạn còn lại sử dụng máy móc, thiết bị, phương tiện thi công, khuôn, mẫu tạm nhập/tạm xuất để cơ quan hải quan theo dõi, thanh khoản hồ sơ.
2. Hết thời hạn tạm nhập/tạm xuất  người khai hải quan phải thực hiện ngay việc tái xuất/tái nhập và thanh khoản hồ sơ với Chi cục hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập/tạm xuất;
Trường hợp cần kéo dài thời hạn tạm nhập/ tạm xuất để sản xuất, thi công công trình, thử nghiệm, nghiên cứu thì trước khi hết hạn tạm nhập/tạm xuất người khai hải quan có văn bản đề nghị, nếu được Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập/tạm xuất đồng ý thì được gia hạn thời gian tạm nhập/tạm xuất theo thỏa thuận; Trường hợp quá thời hạn tạm nhập/tạm xuất mà người khai hải quan chưa tái xuất/tái nhập thì bị xử lý theo quy định của pháp luật.
3. Trường hợp doanh nghiệp tạm nhập/tạm xuất có văn bản đề nghị chuyển quyền sở hữu (mua, bán, biếu, tặng) máy móc, thiết bị, phương tiện thi công, khuôn, mẫu tạm nhập-tái xuất, tạm xuất-tái nhập để sản xuất, thi công công trình, thử nghiệm, nghiên cứu, nếu được Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập/tạm xuất đồng ý thì phải làm thủ tục hải quan theo loại hình tương ứng.
  • Thủ tục hải quan đối với một số trường hợp tạm nhập-tái xuất, tạm xuất-tái nhập khác
1. Đối với linh kiện, phụ tùng, vật dụng tạm nhập không có hợp đồng để phục vụ thay thế, sửa chữa và sử dụng cho hoạt động của tàu biển, tàu bay nước ngoài
a) Người khai hải quan
a.1) Đối với linh kiện, phụ tùng, vật dụng tạm nhập do chính tàu bay, tàu biển mang theo khi nhập cảnh thì người khai hải quan là người điều khiển phương tiện.
a.2) Đối với linh kiện, phụ tùng, vật dụng gửi trước, gửi sau theo địa chỉ của đại lý hãng tàu thì người khai hải quan là đại lý hãng tàu đó.
b) Thủ tục hải quan và chính sách thuế thực hiện theo quy định tại Điều 73 và Điều 100 Thông tư này.
2. Linh kiện, phụ tùng, vật dụng tạm nhập để sửa chữa hoặc sử dụng cho hoạt động của tàu biển, tàu bay theo hợp đồng ký giữa chủ tàu nước ngoài với nhà máy sửa chữa tại Việt Nam thì thủ tục hải quan thực hiện như đối với loại hình gia công theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
3. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá tạm nhập-tái xuất, tạm xuất-tái nhập dự hội chợ, triển lãm, trưng bày, giới thiệu sản phẩm thực hiện theo quy định đối với hàng xuất khẩu, nhập khẩu thương mại. Ngoài ra, do tính đặc thù của loại hình này nên có một số quy định cụ thể như sau:
a) Hồ sơ hải quan: ngoài các giấy tờ như hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thương mại, phải nộp thêm 01 bản sao văn bản có xác nhận của cơ quan có thẩm quyền về tổ chức hội chợ, triển lãm (trừ tạm nhập tái xuất để trưng bày, giới thiệu sản phẩm).
b) Thủ tục hải quan đối với hàng hoá tạm nhập-tái xuất, tạm xuất-tái nhập dự hội chợ, triển lãm thực hiện tại Chi cục hải quan nơi có hội chợ, triển lãm, trưng bày, giới thiệu sản phẩm hoặc Chi cục hải quan cửa khẩu.
c) Thời hạn tái xuất, tái nhập
c.1) Hàng hoá tạm nhập khẩu để tham gia hội chợ, triển lãm thương mại tại Việt Nam phải được tái xuất khẩu trong thời hạn 30 (ba mươi) ngày, kể từ ngày kết thúc hội chợ, triển lãm thương mại, trưng bày, giới thiệu sản phẩm đã đăng ký với cơ quan hải quan.
c.2) Thời hạn tạm xuất khẩu hàng hoá để tham gia hội chợ, triển lãm thương mại, trưng bày, giới thiệu sản phẩm ở nước ngoài là một năm, kể từ ngày hàng hoá được tạm xuất khẩu; nếu quá thời hạn nêu trên mà chưa được tái nhập khẩu thì hàng hoá đó phải chịu thuế và các nghĩa vụ tài chính khác theo quy định của pháp luật Việt Nam.
d) Việc bán, tặng hàng hoá tại hội chợ, triển lãm, trưng bày, giới thiệu sản phẩm thực hiện theo quy định tại Điều 136, Điều 137 Luật Thương mại và các quy định khác của pháp luật có liên quan.
4. Hàng hóa tạm nhập – tái xuất, tạm xuất-tái nhập để phục vụ hội nghị, hội thảo, nghiên cứu khoa học, giáo dục, thi đấu thể thao, biểu diễn văn hóa, biểu diễn nghệ thuật, khám chữa bệnh:
a) Thủ tục hải quan thực hiện theo quy định đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu không nhằm mục đích thương mại.
b) Thủ tục hải quan hàng hóa tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập được thực hiện tại Chi cục hải quan cửa khẩu tạm nhập, tạm xuất, trường hợp không cùng một cửa khẩu thì được làm thủ tục chuyển cửa khẩu về nơi đã làm thủ tục tạm nhập, tạm xuất.
c) Thời hạn tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập phải đăng ký với cơ quan hải quan, nhưng không quá chín mươi (90) ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập trên cơ sở xác nhận của cơ quan tổ chức hội nghị, hội thảo, nghiên cứu khoa học, giáo dục, thi đấu thể thao, biểu diễn văn hóa, biểu diễn nghệ thuật, khám chữa bệnh từ thiện.
d) Sau 15 ngày kể từ ngày kết thúc hội nghị, hội thảo, nghiên cứu khoa học, giáo dục, thi đấu thể thao, biểu diễn văn hóa, biểu diễn nghệ thuật, khám chữa bệnh từ thiện, người khai hải quan phải làm thủ tục tái xuất, tái nhập.
5. Hàng hóa tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập để bảo hành, sửa chữa.
a) Thủ tục hải quan thực hiện như thủ tục đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu không nhằm mục đích thương mại quy định tại Phần III Thông tư này, quy định tại Điều 14 Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/01/2006 của Chính phủ và hướng dẫn của Bộ Công Thương. Ngoài các giấy tờ như hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu không nhằm mục đích thương mại, người khai hải quan phải nộp 01 bản sao chứng từ có quy định bảo hành, sửa chữa.
b) Địa điểm làm thủ tục hải quan hải quan thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 4 Điều này.
c) Đối với hàng hóa tái nhập để tiêu hủy thì thời hạn tiêu hủy do doanh nghiệp đăng ký với cơ quan hải quan nhưng không quá 30 ngày kể từ ngày tái nhập; quá thời hạn đăng ký mà chưa tiêu hủy thì phải nộp thuế theo quy định.
6. Thủ tục chuyển tiêu thụ nội địa.
Hàng hóa tạm nhập-tái xuất quy định tại Điều này nếu chuyển tiêu thụ tại Việt Nam phải tuân thủ các quy định về chính sách quản lý hàng hoá xuất, nhập khẩu, chính sách thuế như hàng hoá nhập khẩu từ nước ngoài và làm thủ tục nhập khẩu theo loại hình tương ứng.
  • Thủ tục hải quan đối với trường hợp tạm nhập, tạm xuất các phương tiện chứa hàng hoá theo phương thức quay vòng
1. Các phương tiện này bao gồm:
a) Container rỗng có hoặc không có móc treo;
b) Bồn mềm lót trong container để chứa hàng lỏng (flex tank).
2. Thủ tục hải quan
a) Đối với phương tiện của hãng vận tải
a.1) Khi nhập khẩu, đại lý vận tải nộp 01 bản lược khai hàng hoá chuyên chở, trong đó có liệt kê cụ thể các phương tiện nhập khẩu.
a.2) Khi xuất khẩu, đại lý vận tải nộp 01 Bản kê tạm nhập hoặc tạm xuất container rỗng trước khi xếp lên phương tiện vận tải (mẫu số 40/BKC/2013 ban hành kèm theo Thông tư này); người vận chuyển hoặc đại lý vận tải nộp 01 bản lược khai hàng hoá chuyên chở.
b) Trường hợp các phương tiện trên không phải của hãng vận tải, người khai hải quan (người có hàng hoá đã hoặc sẽ chứa trong các phương tiện thuê từ nước ngoài) phải có văn bản giải trình để được làm thủ tục theo phương thức quay vòng.
c) Chi cục hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập/tạm xuất theo dõi, đối chiếu, xác nhận về số lượng phương tiện tạm xuất, tạm nhập; kiểm tra thực tế khi có nghi vấn.
3. Phương tiện quay vòng khác (kệ, giá, thùng, lọ ….) không phải là container, bồn mềm thì khi tạm xuất, tạm nhập, người khai hải quan khai trên tờ khai phi mậu dịch. Riêng thời hạn nộp thuế được thực hiện theo thời gian tạm nhập, tạm xuất do doanh nghiệp đăng ký với cơ quan hải quan. Nếu quá thời hạn đăng ký mà chưa tái xuất, tái nhập thì doanh nghiệp phải nộp thuế.
4. Trường hợp thay đổi mục đích sử dụng phương tiện quay vòng, thủ tục hải quan được thực hiện như sau:
a. Người khai hải quan có văn bản gửi Chi cục hải quan nơi đăng ký bảng kê tạm nhập và làm thủ tục tạm nhập giải trình rõ lý thay đổi mục đích sử dụng phương tiện quay vòng.
b. Lãnh đạo Chi cục hải quan nơi đăng ký bảng kê tạm nhập có trách nhiệm xem xét lý do, giải trình của người khai hải quan; nếu không phát hiện dấu hiệu gian lận thương mại thì chấp nhận đề nghị của người khai hải quan, cụ thể như sau:
b.1. Tiếp nhận bảng kê tạm nhập đã đăng ký và làm thủ tục tạm nhập;
b.2. Hướng dẫn người khai hải quan kê khai, tính thuế và thực hiện thu thuế (không mở tờ khai mới, thời điểm tính thuế là ngày đăng ký tạm nhập ghi trên bảng kê tạm nhập bồn mềm lót) theo hướng dẫn tại khoản 8, Điều 11 Thông tư này;
b.3. Xử lý vi phạm về thời hạn tạm nhập - tái xuất (nếu có); phạt chậm nôp thuế (nếu có);
b.4. Sau khi hoàn thành thủ tục thu thuế, xử lý vi phạm (nếu có), phạt chậm nôp thuế (nếu có) thì thực hiện thanh khoản bảng kê tạm nhập.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá đã xuất khẩu nhưng bị trả lại
1. Các hình thức tái nhập hàng hoá đã xuất khẩu nhưng bị trả lại (sau đây gọi tắt là tái nhập hàng trả lại) bao gồm:
a) Tái nhập hàng trả lại để sửa chữa, tái chế (gọi chung là tái chế) sau đó tái xuất;
b) Tái nhập hàng trả lại để tiêu thụ nội địa (không áp dụng đối với hàng gia công cho thương nhân nước ngoài);
c) Tái nhập hàng trả lại để tiêu huỷ tại Việt Nam (không áp dụng đối với hàng gia công cho thương nhân nước ngoài);
d) Tái nhập hàng trả lại để tái xuất cho đối tác nước ngoài khác.
2. Nơi làm thủ tục nhập khẩu trở lại:
a) Chi cục hải quan đã làm thủ tục xuất khẩu hàng hoá đó. Trường hợp hàng trả lại về Việt Nam qua cửa khẩu khác thì được làm thủ tục chuyển cửa khẩu về nơi đã làm thủ tục xuất khẩu;
b) Trường hợp một lô hàng bị trả lại là hàng hoá của nhiều lô hàng xuất khẩu thì thủ tục tái nhập được thực hiện tại một trong những Chi cục hải quan đã làm thủ tục xuất khẩu hàng hoá đó.
3. Hàng hoá sau khi tái chế được làm thủ tục tái xuất tại Chi cục hải quan nơi đã làm thủ tục tái nhập hàng hoá đó. Trường hợp Chi cục hải quan làm thủ tục tái nhập và tái xuất hàng hoá là Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu (không phải là Chi cục hải quan cửa khẩu) thì hàng hoá được thực hiện theo thủ tục đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu.
4. Thủ tục nhập khẩu hàng trả lại
a) Hồ sơ hải quan gồm:
a.1) Văn bản đề nghị tái nhập hàng hoá, nêu rõ hàng hoá thuộc tờ khai xuất khẩu nào, đã được cơ quan hải quan xét hoàn thuế, không thu thuế và đã kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào với cơ quan thuế chưa? (ghi rõ số quyết định hoàn thuế, không thu thuế) đồng thời nêu rõ lý do tái nhập (để tái chế hoặc để tiêu thụ nội địa hoặc để tiêu huỷ hoặc để tái xuất đi nước thứ ba; hàng nhập khẩu để tái chế phải ghi rõ địa điểm tái chế, thời gian tái chế, cách thức tái chế, những hao hụt sau khi tái chế): nộp 01 bản chính;
a.2) Tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu, bản kê chi tiết hàng hoá, vận  đơn: như đối với hàng hoá nhập khẩu thương mại;
a.3) Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu trước đây: nộp 01 bản sao;
a.4) Văn bản của bên nước ngoài thông báo hàng bị trả lại hoặc văn bản của hãng tàu/đại lý hãng tàu thông báo không có người nhận hàng: nộp 01 bản chính hoặc bản sao.
b) Cơ quan hải quan áp dụng thủ tục hải quan như đối với hàng hoá nhập khẩu thương mại (trừ giấy phép nhập khẩu, giấp phép quản lý chuyên ngành). Hàng hóa tái nhập phải kiểm tra thực tế hàng hoá. Công chức hải quan làm nhiệm vụ kiểm tra hàng hoá phải đối chiếu hàng hoá nhập khẩu với mẫu lưu nguyên liệu (nếu sản phẩm xuất khẩu thuộc loại hình gia công, SXXK và có lấy mẫu nguyên liệu; nguyên liệu không bị biến đổi trong quá trình sản xuất sản phẩm) và hàng hoá được mô tả trên tờ khai xuất khẩu để xác định phù hợp giữa hàng hoá nhập khẩu trở lại Việt Nam với hàng hoá đã xuất khẩu trước đây; lấy mẫu hàng hóa tái nhập hoặc chụp hình (đối với lô hàng tạm nhập không thể lấy mẫu được) để đối chiếu khi tái xuất.
c) Cơ quan hải quan ra quyết định không thu thuế đối với hàng hóa tái nhập quy định tại khoản 1 Điều này, nếu tại thời điểm làm thủ tục tái nhập người khai hải quan nộp đủ bộ hồ sơ không thu thuế theo hướng dẫn tại Điều 119 Thông tư này cơ quan hải quan có đủ cơ sở xác định hàng hóa nhập khẩu là hàng đã xuất khẩu trước đây.
d) Đối với hàng hoá tái nhập để tái chế thì thời hạn tái chế do doanh nghiệp đăng ký với cơ quan hải quan nhưng không quá 275 ngày kể từ ngày tái nhập; quá thời hạn đăng ký mà chưa tái xuất thì phải nộp thuế theo quy định.
5. Thủ tục tái xuất hàng đã tái chế
a) Hồ sơ hải quan gồm:
a.1) Tờ khai hàng hoá xuất khẩu: nộp 02 bản chính;
a.2) Tờ khai hàng hoá nhập khẩu (để tái chế): nộp 01 bản sao.
b) Cơ quan hải quan làm thủ tục như đối với hàng hoá xuất khẩu thương mại. Đối với lô hàng phải kiểm tra thực tế hàng hoá, công chức hải quan làm nhiệm vụ kiểm tra hàng hoá phải đối chiếu thực tế hàng tái xuất với mẫu hàng hoá khi tái nhập (hoặc hình ảnh chụp hàng hoá khi làm thủ tục tái nhập).
c) Nếu hàng tái chế không tái xuất được thì doanh nghiệp phải có văn bản gửi Chi cục hải quan làm thủ tục tái nhập giải trình rõ lý do không tái xuất được, trên cơ sở đó đề xuất Chi cục hải quan làm thủ tục tái nhập xem xét, chấp nhận các hình thức xử lý như sau:
c.1) Đối với sản phẩm tái chế là hàng gia công
c.1.1) Làm thủ tục hải quan theo hình thức xuất nhập khẩu tại chỗ để tiêu thụ nội địa, nếu đáp ứng đủ điều kiện như đối với xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ sản phẩm gia công quy định tại Nghị định số 12/2006/NĐ-CP; hoặc
c.1.2) Tiêu huỷ, nếu bên thuê gia công đề nghị được tiêu huỷ tại Việt Nam và Sở Tài nguyên và Môi trường địa phương cho phép tiêu huỷ tại Việt Nam.
c.2) Đối với sản phẩm tái chế không phải là hàng gia công thì chuyển tiêu thụ nội địa như hàng hóa tái nhập để tiêu thụ nội địa.
6. Trường hợp hàng hóa tái nhập là sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu; hàng hoá kinh doanh thuộc đối tượng được hoàn thuế nhập khẩu thì Hải quan làm thủ tục tái nhập phải thông báo cho Hải quan làm thủ tục hoàn thuế nhập khẩu biết (nếu hai đơn vị Hải quan này là hai Chi cục hải quan khác nhau) về các trường hợp nêu tại điểm b, điểm c khoản 1 và điểm c khoản 5 Điều này hoặc trường hợp quá thời hạn nêu tại điểm c khoản 4 Điều này để xử lý thuế theo quy định tại điểm c khoản 7 Điều 112 Thông tư này.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá nhập khẩu nhưng phải xuất trả lại cho khách hàng nước ngoài, tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan
1. Các hình thức xuất trả lại hàng bao gồm:
a) Xuất trả lại cho chủ hàng nước ngoài đã bán lô hàng này;
b) Xuất cho đối tác nước ngoài khác.
2. Trường hợp hàng hóa đã làm thủ tục nhập khẩu:
a) Nơi làm thủ tục xuất trả: tại Chi cục hải quan đã làm thủ tục nhập khẩu lô hàng đó. Trường hợp hàng xuất trả cho khách hàng nước ngoài qua cửa khẩu khác thì được làm thủ tục chuyển cửa khẩu đến cửa khẩu xuất.
b) Hồ sơ hải quan gồm:
b.1) Văn bản giải trình của doanh nghiệp về việc xuất trả hàng;
b.2) Tờ khai hàng hoá xuất khẩu: nộp 02 bản chính;
b.3) Tờ khai hàng hoá nhập khẩu trước đây: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính;
b.4) Văn bản chấp nhận nhận lại hàng của chủ hàng nước ngoài (nếu hàng xuất trả lại cho chủ hàng bán lô hàng này): nộp 01 bản chính hoặc bản sao;
b.5) Hợp đồng bán hàng cho nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan (nếu hàng tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan): nộp 01 bản sao.
c) Thủ tục hải quan thực hiện như đối với với lô hàng xuất khẩu theo hợp đồng thương mại. Hàng xuất trả phải kiểm tra thực tế hàng hoá. Công chức hải quan làm nhiệm vụ kiểm tra hàng hoá phải đối chiếu mẫu lưu hàng hoá lấy khi nhập khẩu (nếu có lấy mẫu); đối chiếu mô tả hàng hoá trên tờ khai nhập khẩu với thực tế hàng hoá tái xuất; ghi rõ số lượng, chất lượng, chủng loại hàng hoá xuất khẩu và việc xác định sự phù hợp giữa hàng hoá thực xuất khẩu với hàng hoá trước đây đã nhập khẩu.
2. Trường hợp hàng hóa chưa làm thủ tục nhập khẩu đang nằm trong khu vực giám sát hải quan, nhưng do gửi nhầm lẫn, thất lạc, không có người nhận hoặc bị từ chối nhận, nếu người vận tải hoặc chủ hàng có văn bản đề nghị được tái xuất (trong đó nêu rõ lý do nhầm lẫn, thất lạc hoặc từ chối nhận) thì Chi cục trưởng hải quan nơi giám sát hàng hóa quyết định kiểm tra thực tế và giám sát hàng hóa cho đến khi thực xuất ra khỏi lãnh thổ Việt Nam ngay tại cửa khẩu nhập.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá bán tại cửa hàng miễn thuế
Việc quản lý hải quan đối với hàng hoá bán tại cửa hàng kinh doanh miễn thuế thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.
  • Thủ tục hải quan đối với bưu phẩm, bưu kiện, hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ bưu chính và vật phẩm, hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh
Thủ tục hải quan đối với bưu phẩm, bưu kiện, hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ bưu chính và vật phẩm, hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh thực hiện theo Thông tư này và các Thông tư số 99/2010/TT-BTC ngày 09/7/2010 của Bộ Tài chính quy định thủ tục hải quan đối với bưu phẩm, bưu kiện, hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ bưu chính; Thông tư số 100/2010/TT-BTC ngày 09/7/2010 của Bộ Tài chính quy định thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh đường hàng không quốc tế; Quyết định số 93/2008/QĐ-BTC ngày 29 tháng 10 năm 2008 của Bộ Tài chính ban hành quy định về thủ tục hải quan đối với hàng hoá, vật phẩm xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh đường bộ.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá đưa vào, đưa ra kho ngoại quan
1. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá từ nước ngoài hoặc từ các khu phi thuế quan vào kho ngoại quan
a) Hàng hoá gửi kho ngoại quan
Hàng hoá theo quy định tại Điều 25 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP được gửi kho ngoại quan.
b) Hồ sơ nộp cho Hải quan kho ngoại quan bao gồm:
b.1) Tờ khai hàng hoá nhập/xuất kho ngoại quan: 02 bản chính;
b.2) Hợp đồng thuê kho ngoại quan: 01 bản sao (trừ trường hợp chủ hàng đồng thời là chủ kho ngoại quan).
Trường hợp hợp đồng thuê sử dụng cho nhiều lần nhập kho ngoại quan thì chỉ yêu cầu nộp một lần khi đăng ký tờ khai hàng hóa nhập, xuất kho ngoại quan đầu tiên và nộp phụ lục hợp đồng thuê kho cho lần kế tiếp.
b.3) Giấy uỷ quyền nhận hàng (nếu chưa được uỷ quyền trong hợp đồng thuê kho ngoại quan): 01 bản chính;
b.4) Vận đơn hoặc các chứng từ vận tải khác có giá trị tương đương hoặc tờ khai hàng hóa xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan: 01 bản sao;
b.5) Bản kê chi tiết hàng hoá (riêng ô tô, xe máy phải ghi rõ số khung và số máy): 02 bản chính.
b.6) Các chứng từ khác theo quy định cụ thể tại các văn bản quy phạm pháp luật của các Bộ, ngành có liên quan.
Trường hợp chủ kho ngoại quan được chủ hàng ủy quyền thực hiện các dịch vụ trong kho ngoại quan thì chủ kho ngoại quan phải được công nhận là đại lý hải quan, khi làm thủ tục hải quan, người khai hải quan phải xuất trình thẻ nhân viên đại lý hải quan.
c) Thủ tục hải quan
c.1) Đăng ký tờ khai hàng hoá nhập kho ngoại quan.
c.2) Hải quan kho ngoại quan đối chiếu số container, số niêm phong đối với hàng hoá nguyên container; số kiện, ký mã hiệu kiện đối với hàng đóng kiện với bộ chứng từ, nếu phù hợp và tình trạng niêm phong, bao bì còn nguyên vẹn thì làm thủ tục nhập kho; nếu phát hiện chủ hàng có dấu hiệu vi phạm pháp luật về hải quan thì phải kiểm tra thực tế hàng hoá.
c.3) Công chức hải quan giám sát hàng nhập kho ngoại quan ký xác nhận hàng hoá đã nhập kho vào tờ khai hàng hoá nhập/xuất kho ngoại quan, nhập máy theo dõi hàng hoá nhập/xuất kho.
2. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá từ nội địa đưa vào kho ngoại quan
a) Hàng hoá gửi kho ngoại quan:
a.1) Các loại hàng hóa quy định tại khoản 3 Điều 25 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP;
a.2) Hàng hóa từ kho ngoại quan đã được đưa vào nội địa để gia công tái chế, sau đó đưa trở lại kho ngoại quan theo chỉ định của nước ngoài.
b) Hồ sơ hải quan:
b.1) Tờ khai hàng hoá nhập/xuất kho ngoại quan: 02 bản chính;
b.2) Hợp đồng thuê kho ngoại quan 01 bản sao (trừ trường hợp chủ hàng đồng thời là chủ kho ngoại quan).
Trường hợp hợp đồng thuê sử dụng cho nhiều lần nhập kho ngoại quan thì chỉ yêu cầu nộp một lần khi đăng ký tờ khai hàng hóa nhập, xuất kho ngoại quan đầu tiên và nộp phụ lục hợp đồng thuê kho cho lần kế tiếp.
b.3) Giấy uỷ quyền gửi hàng (nếu chưa được uỷ quyền trong hợp đồng thuê kho ngoại quan): 01 bản chính, nếu bản fax phải có ký xác nhận và đóng dấu của chủ kho ngoại quan;
b.4) Tờ khai hàng hoá xuất khẩu theo từng loại hình tương ứng, kèm bản kê chi tiết (nếu có): nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính (bản lưu người khai hải quan);
b.5) Quyết định buộc tái xuất của cơ quan có thẩm quyền (đối với trường hợp buộc tái xuất): 01 bản sao.
c) Thủ tục hải quan:
c.1) Kiểm tra tính hợp lệ của các chứng từ trong bộ hồ sơ; đăng ký tờ khai và làm thủ tục nhập kho ngoại quan như đối với hàng hoá từ nước ngoài đưa vào gửi kho ngoại quan nêu tại điểm c khoản 1 Điều này.
c.2) Xác nhận “hàng đã đưa vào kho ngoại quan” trên tờ khai hàng hoá xuất khẩu (bản lưu người khai hải quan) theo quy định tại điểm b.3.3 khoản 1 Điều 118 Thông tư này.
3. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá từ kho ngoại quan đưa ra nước ngoài, đưa vào các khu phi thuế quan:
a) Hồ sơ hải quan gồm:
a.1) Tờ khai hàng hoá nhập, xuất kho ngoại quan: nộp 01 bản chính;
a.2) Tờ khai hàng hoá xuất khẩu (trừ hàng hoá từ nước ngoài đưa vào kho ngoại quan để xuất đi nước khác): nộp 1 bản sao;
a.3) Giấy uỷ quyền xuất hàng (nếu không ghi trong hợp đồng thuê kho): 01 bản chính;
a.4) Phiếu xuất kho: 01 bản chính.
b) Thủ tục hải quan:
b.1) Hải quan kho ngoại quan đối chiếu bộ chứng từ khai báo khi xuất kho với chứng từ khi làm thủ tục nhập kho và thực tế lô hàng, nếu phù hợp thì làm thủ tục xuất.
b.2) Hàng hoá của một lần nhập kho khai trên tờ khai hàng hoá nhập/xuất kho ngoại quan được đưa ra khỏi kho ngoại quan một lần hoặc nhiều lần. Trường hợp hàng đưa ra khỏi kho và đưa ra nước ngoài nhiều lần, qua nhiều cửa khẩu khác nhau trong cùng một thời điểm thì được sử dụng tờ khai hàng hoá nhập/xuất kho ngoại quan bản sao có đóng dấu xác nhận của Chi cục hải quan kho ngoại quan để làm thủ tục chuyển cửa khẩu từ kho ngoại quan đến cửa khẩu xuất.
b.3) Kết thúc việc xuất kho ngoại quan, Chi cục hải quan quản lý kho ngoại quan căn cứ Biên bản bàn giao hàng hóa chuyển cửa khẩu hoặc Bảng kê hàng hóa chuyển cửa khẩu từ kho ngoại quan ra cửa khẩu xuất có xác nhận của Hải quan cửa khẩu xuất để xác nhận hàng hóa đến cửa khẩu xuất tại ô 35 tờ khai hàng hóa nhập, xuất kho ngoại quan; trường hợp kho ngoại quan tại cửa khẩu xuất thì hải quan kho ngoại quan xác nhận ngay sau khi xếp hàng lên phương tiện.
4. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá từ kho ngoại quan nhập khẩu vào nội địa
a) Hàng hoá từ kho ngoại quan được đưa vào nội địa trong các trường hợp sau:
a.1) Hàng hoá nhập khẩu được đưa vào tiêu thụ tại thị trường Việt Nam quy định tại điểm b khoản 2 Điều 26 Nghị định 154/2005/NĐ-CP;
a.2) Hàng hoá được đưa vào nội địa để gia công, tái chế;
a.3) Máy móc, thiết bị của nhà thầu nước ngoài đưa vào nội địa để thi công hoặc của doanh nghiệp thuê để thực hiện hợp đồng gia công, khi kết thúc hợp đồng đã tái xuất và gửi kho ngoại quan được đưa vào nội địa để thực hiện hợp đồng thuê tiếp theo;
a.4) Hàng hóa đã làm thủ tục xuất khẩu, gửi kho ngoại quan được nhập khẩu trở lại nội địa theo loại hình tương ứng.
b) Hàng hóa quy định tại điểm c khoản 2 Điều 26 Nghị định 154/2005/NĐ-CP không được đưa từ kho ngoại quan vào nội địa.
c) Thủ tục hải quan:
c.1. Người khai hải quan thực hiện thủ tục nhập khẩu theo từng loại hình tương ứng, sau đó chủ kho thực hiện thủ tục xuất kho ngoại quan.
c.2. Trường hợp hàng gửi kho ngoại quan làm thủ tục nhập khẩu vào nội địa nhiều lần thì hồ sơ hải quan đối với từng lần nhập khẩu được chấp nhận bộ chứng từ bản sao (gồm vận đơn, bản kê chi tiết hàng hóa, giấy chứng nhận xuất xứ) có đóng dấu xác nhận của Hải quan kho ngoại quan, bản chính của các chứng từ do Hải quan kho ngoại quan lưu.
c.3. Kết thúc việc xuất kho ngoại quan, Chi cục hải quan quản lý kho ngoại quan căn cứ Biên bản bàn giao hàng hóa chuyển cửa khẩu, tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu để xác nhận hàng hóa đến cửa khẩu xuất tại ô 35 tờ khai hàng hóa nhập, xuất kho ngoại quan.
d) Hải quan kho ngoại quan giám sát việc xuất hàng hoá ra khỏi kho ngoại quan và xác nhận trên tờ khai hàng hoá nhập/xuất kho ngoại quan.
5. Thủ tục vận chuyển hàng hoá từ kho ngoại quan này sang kho ngoại quan khác trên lãnh thổ Việt Nam
a) Chủ hàng hoặc đại diện hợp pháp của chủ hàng phải có đơn gửi Cục Hải quan tỉnh, thành phố (nơi có kho ngoại quan đang chứa hàng) giải quyết.
b) Thủ tục hải quan đưa hàng hoá từ kho ngoại quan này sang kho ngoại quan khác áp dụng thủ tục đối với hàng chuyển cửa khẩu.
c) Thời gian của hợp đồng thuê kho ngoại quan được tính từ ngày hàng hoá được đưa vào kho ngoại quan đầu tiên.
6. Quản lý hải quan đối với hàng hoá chuyển quyền sở hữu trong kho ngoại quan
a) Việc chuyển quyền sở hữu hàng hoá gửi kho ngoại quan do chủ hàng hoá thực hiện khi có hành vi mua bán hàng hoá theo quy định tại khoản 8 Điều 3 Luật Thương mại.
b) Sau khi đã chuyển quyền sở hữu hàng hoá, chủ hàng hoá (chủ mới) hoặc chủ kho ngoại quan (nếu được uỷ quyền) khai, nộp cho Chi cục hải quan quản lý kho ngoại quan những chứng từ sau:
b.1) Tờ khai hàng hóa nhập, xuất kho ngoại quan: 02 bản chính
b.2) Văn bản thông báo về việc chuyển quyền sở hữu hàng hoá đang gửi kho ngoại quan từ chủ hàng cũ sang chủ hàng mới: 01 ban chính
b.3) Hợp đồng mua bán hàng hoá giữa chủ hàng mới và chủ hàng cũ của lô hàng gửi kho ngoại quan: 01 bản sao
b.4) Hợp đồng thuê kho ngoại quan của chủ hàng mới: 01 bản sao
Chi cục hải quan quản lý kho ngoại quan lưu các chứng từ nêu trên cùng với hồ sơ nhập kho ngoại quan của lô hàng để theo dõi và thanh khoản hàng hoá nhập, xuất kho ngoại quan.
c) Sau khi đăng ký tờ khai hàng hóa nhập, xuất kho ngoại quan mới, Chi cục hải quan quản lý kho thực hiện việc thanh khoản tờ khai hàng hóa nhập, xuất kho ngoại quan cũ.
d) Thời hạn hàng hoá gửi kho ngoại quan được tính kể từ ngày hàng hoá đưa vào kho ngoại quan theo hợp đồng thuê kho ký giữa chủ kho ngoại quan và chủ hàng cũ.
7. Thủ tục thanh lý hàng tồn đọng trong kho ngoại quan thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.
8. Quản lý hải quan đối với hàng hoá gửi kho ngoại quan
a) Hàng hoá vận chuyển từ cửa khẩu nhập về kho ngoại quan, từ kho ngoại quan đến cửa khẩu xuất, từ kho ngoại quan này đến kho ngoại quan khác, hàng hoá lưu giữ trong kho ngoại quan và các dịch vụ thực hiện trong kho ngoại quan chịu sự kiểm tra, giám sát của Hải quan kho ngoại quan.
b) Hàng hóa từ kho ngoại quan đưa ra cửa khẩu để xuất đi nước ngoài phải được thực xuất khẩu trong vòng 15 ngày kể từ ngày xuất kho. Trường hợp đã xuất kho ngoại quan quá 15 ngày nhưng chưa thực xuất khẩu vì lý do khách quan, người khai hải quan có văn bản đề nghị, được lãnh đạo Chi cục hải quan cửa khẩu xuất xác nhận và hàng hóa còn trong thời hạn gửi kho ngoại quan thì  Chi cục hải quan cửa khẩu xuất có văn bản thông báo cho Chi cục hải quan quản lý kho ngoại quan về tình trạng hàng hóa gửi kho ngoại quan và giám sát hàng hóa cho đến khi thực xuất hết.
c) Định kỳ sáu (06) tháng một lần, chậm nhất không quá mười lăm ngày kể từ ngày hết kỳ báo cáo, chủ kho ngoại quan phải báo cáo bằng văn bản cho Cục trưởng Cục Hải quan nơi có kho ngoại quan về thực trạng hàng hoá trong kho và tình hình hoạt động của kho (theo mẫu số 41/BC-KNQ ban hành kèm theo Thông tư này).
d) Thanh khoản tờ khai hàng hoá nhập kho ngoại quan:
Trong thời hạn mười lăm (15) ngày kể từ ngày kết thúc việc xuất kho hết lượng hàng hoá của tờ khai hàng hoá nhập kho ngoại quan, chủ kho ngoại quan phải nộp tờ khai hàng hóa nhập, xuất kho ngoại quan để Chi cục hải quan quản lý kho ngoại quan xác nhận thanh khoản.
e) Định kỳ mỗi năm một lần, Cục Hải quan tiến hành kiểm tra tình hình hoạt động của kho ngoại quan và việc chấp hành pháp luật hải quan của chủ kho ngoại quan, báo cáo kết quả kiểm tra về Tổng cục Hải quan. Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật, Cục Hải quan tiến hành kiểm tra đột xuất kho ngoại quan.
  • Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu qua biên giới
Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu qua biên giới thực hiện theo hướng dẫn của liên Bộ Công Thương-Tài chính -Giao thông vận tải - Nông nghiệp & Phát triển nông thôn - Y tế và Ngân hàng Nhà nước hướng dẫn thực hiện Quyết định của Thủ tướng Chính phủ về việc quản lý hoạt động thương mại biên giới.
  • Giám sát hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu
1. Nguyên tắc chuyển cửa khẩu:
Việc chuyển cửa khẩu được thực hiện đồng thời với việc làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và theo quy định tại Điều 16, Điều 18 Nghị định 154/2005/NĐ-CP; Khi làm thủ tục hải quan, chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai căn cứ vào các thông tin về hàng hóa, địa điểm chuyển cửa khẩu trên tờ khai hải quan để thực hiện việc chuyển cửa khẩu.
2. Giám sát đối với hàng hóa chuyển cửa khẩu:
a) Đối với hàng xuất khẩu:
a.1. Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu lập Biên bản bàn giao hàng chuyển cửa khẩu (theo mẫu số 42/BBBG-CCK ban hành kèm theo Thông tư này), giao cho người khai hải quan, kèm bản chính tờ khai hải quan đã làm xong thủ tục hải quan (bản lưu người khai hải quan) để chuyển đến hải quan cửa khẩu xuất
a.2. Chậm nhất 01 giờ kể từ khi tiếp nhận hồ sơ hải quan và hàng hóa do Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu chuyển đến, công chức Hải quan cửa khẩu xuất phải thực hiện xong việc tiếp nhận hồ sơ và hàng hoá, ký xác nhận Biên bản bàn giao.
b) Đối với hàng nhập khẩu:
b.1. Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan chuyển tờ khai hải quan cho người khai để chuyển đến hải quan cửa khẩu nhập.
b.2. Chậm nhất 04 giờ kể từ khi tiếp nhận hồ sơ hải quan, công chức Hải quan cửa khẩu nhập phải thực hiện xong việc tiếp nhận hồ sơ, bàn giao hàng hóa và tờ khai hải quan, trường hợp hàng hóa nhập khẩu phải kiểm tra thực tế thì lập 02 bản Biên bản bàn giao hàng chuyển cửa khẩu (theo mẫu số 42/BBBG-CCK ban hành kèm theo Thông tư này đối với ), giao cho người khai hải quan chuyển đến hải quan nơi đăng ký tờ khai để làm tiếp thủ tục.
3. Hàng hoá nhập khẩu được chuyển cửa khẩu và hàng hoá xuất khẩu chuyển cửa khẩu của doanh nghiệp thuộc địa bàn quản lý của Cục Hải quan tỉnh, thành phố nhưng không có Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu hoặc có Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu nhưng ở xa cửa khẩu/cảng không thuận tiện cho doanh nghiệp có hàng chuyển cửa khẩu thì Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố lựa chọn và giao nhiệm vụ cho Chi cục hải quan phù hợp làm thủ tục chuyển cửa khẩu.
4. Hàng hoá là thiết bị văn phòng (bàn, ghế, tủ và văn phòng phẩm...) hoặc hàng hóa nhập khẩu không nhằm mục đích thương mại, nhưng phục vụ trực tiếp cho hoạt động của chính doanh nghiệp nếu đóng chung container với nguyên liệu nhập khẩu để gia công, sản xuất xuất khẩu thì được đăng ký tờ khai hải quan tại Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu để làm thủ tục chuyển cửa khẩu.
5. Hàng hoá nhập khẩu có vận đơn ghi cảng đích là cảng nội địa (tiếng Anh là Inland Clearance Depot, viết tắt là ICD):
a) Hàng hoá nhập khẩu có vận đơn ghi cảng đích là cảng nội địa (ICD) không được chuyển cửa khẩu về các địa điểm làm thủ tục hải quan, địa điểm kiểm tra thực tế hàng hoá ngoài cửa khẩu. Trừ các trường hợp có quy định khác của Thủ tướng Chính phủ.
b) Đối với hàng hoá nhập khẩu của DNCX; nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị nhập khẩu để phục vụ sản xuất hàng xuất khẩu hoặc thực hiện hợp đồng gia công có vận đơn ghi cảng đích là ICD thì doanh nghiệp được làm thủ tục chuyển cửa khẩu từ ICD về Chi cục hải quan quản lý DNCX, Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai nhập sản xuất xuất khẩu, nơi doanh nghiệp thông báo hợp đồng gia công để làm tiếp thủ tục hải quan. Đối với hàng hoá thuộc diện phải kiểm tra thực tế, nếu doanh nghiệp đề nghị được kiểm tra thực tế ngay tại ICD thì Chi cục hải quan ICD tiến hành kiểm tra thực hàng hoá theo đề nghị của Chi cục hải quan quản lý DNCX, Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai nhập sản xuất xuất khẩu, nơi doanh nghiệp thông báo hợp đồng gia công.
6. Chuyển cửa khẩu đối với hàng hoá gửi kho ngoại quan
a) Hàng hoá đã làm thủ tục xuất khẩu gửi kho ngoại quan được chuyển cửa khẩu từ kho ngoại quan ra cửa khẩu xuất; Hàng hoá từ nước ngoài đưa vào kho ngoại quan được chuyển cửa khẩu từ cửa khẩu nhập về kho ngoại quan theo quy định tại điểm e khoản 3 Điều 18 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP, trừ hàng hoá phải gửi kho ngoại quan tại cửa khẩu nhập theo quy định của pháp luật.
b) Hàng hóa là nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị để phục vụ sản xuất được chuyển cửa khẩu từ kho ngoại quan về địa điểm làm thủ tục hải quan ngoài cửa khẩu.
c) Hàng hoá vận chuyển từ địa điểm làm thủ tục hải quan đến kho ngoại quan và ngược lại thì sử dụng niêm phong hải quan và biên bản bàn giao hàng chuyển cửa khẩu hoặc Bảng kê hàng hóa chuyển cửa khẩu từ kho ngoại quan ra cửa khẩu xuất (theo mẫu số 43/BKCCK-KNQ/CFS ban hành kèm Thông tư này và áp dụng đối với trường hợp nhiều lô hàng gửi kho ngoại quan đóng ghép chung container để xuất khẩu) để thực hiện việc giám sát, quản lý hải quan giữa các Chi cục hải quan có liên quan.
7. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá nhập khẩu từ cửa khẩu nhập về khu phi thuế quan, hàng hoá xuất khẩu từ khu phi thuế quan ra cửa khẩu xuất và hàng hoá mua bán, trao đổi giữa các khu phi thuế quan với nhau thực hiện như đối với hàng chuyển cửa khẩu nhưng phải niêm phong hải quan.
8. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu làm thủ tục đăng ký tờ khai tại Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu, nếu Chi cục hải quan cửa khẩu phát hiện có dấu hiệu vi phạm thì tiến hành kiểm tra thực tế tại cửa khẩu.
9. Giám sát hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu
Giám sát hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu được thực hiện bằng niêm phong hải quan hoặc phương tiện kỹ thuật khác do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quy định cụ thể.
a) Các trường hợp hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu phải niêm phong hải quan:
a.1) Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu thuộc loại phải kiểm tra thực tế thì phải được chứa trong container hoặc trong các loại phương tiện vận tải đáp ứng được yêu cầu niêm phong hải quan theo quy định tại Điều 14 Nghị định 154/2005/NĐ-CP;
a.2) Đối với các lô hàng nhỏ, lẻ nếu không chứa trong container/phương tiện vận tải đáp ứng yêu cầu niêm phong hải quan thì thực hiện niêm phong từng kiện hàng;
a.3) Đối với các lô hàng nhỏ, lẻ của nhiều tờ khai nhập khẩu cùng vận chuyển về một địa điểm ngoài cửa khẩu mà doanh nghiệp có văn bản đề nghị được ghép và vận chuyển chung trong một container/phương tiện vận tải thì lãnh đạo Chi cục hải quan cửa khẩu nhập chấp nhận, niêm phong và ghi rõ trong biên bản bàn giao.
b) Trường hợp không phải niêm phong hải quan: Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu khi làm thủ tục hải quan được miễn kiểm tra thực tế hàng hoá.
c)  Trường hợp không thể niêm phong hải quan:
c.1) Đối với hàng hóa là hàng rời thì phải làm thủ tục hải quan tại Chi cục hải quan cửa khẩu. Trường hợp làm thủ tục hải quan tại Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu thì việc kiểm tra thực tế hàng hoá do Chi cục hải quan cửa khẩu thực hiện theo đề nghị của Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu.
c.2) Đối với hàng hóa siêu trường, siêu trọng, hàng cồng kềnh không đáp ứng điều kiện niêm phong hải quan và do yêu cầu bảo quản đặc biệt không thể kiểm tra thực tế tại cửa khẩu thì được làm thủ tục hải quan tại Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu; Khi lập Biên bản bàn giao, Chi cục hải quan cửa khẩu nhập phải mô tả cụ thể tình trạng hàng hóa, phương tiện vận chuyển và chụp ảnh nguyên trạng hàng hóa, phương tiện gửi cho Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu.
10. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa đã làm thủ tục xuất khẩu nhưng thay đổi cửa khẩu xuất:
a) Trường hợp hàng hóa đã làm xong thủ tục xuất khẩu nhưng chưa vận chuyển đến cửa khẩu xuất hoặc kho CFS:
Doanh nghiệp gửi Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai xuất khẩu:
a.1) Đơn đề nghị thay đổi cửa khẩu xuất (theo mẫu số 44/TD-CKX ban hành kèm Thông tư này): 02 bản chính;
a.2) Văn bản thông báo thay đổi cửa khẩu xuất hàng của người nhận hàng hoặc hãng vận tải hoặc bên thuê gia công: 01 bản sao.
a.3) Văn bản cho phép thay đổi cửa khẩu xuất của cơ quan cấp giấy phép đối với hàng hóa xuất khẩu phải có giấy phép (trong giấy phép đã ghi rõ cửa khẩu xuất) hoặc văn bản của UBND tỉnh cho phép xuất hàng qua cửa khẩu xuất mới (đối với hàng hóa xuất khẩu qua cửa khẩu đường bộ khi thay đổi cửa khẩu xuất sang cửa khẩu xuất mới thuộc thẩm quyền cho phép của UBND tỉnh): 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu;
b) Trường hợp hàng hóa đã làm xong thủ tục xuất khẩu, đã đưa vào khu vực giám sát hải quan thuộc cửa khẩu ghi trên tờ khai hải quan hoặc hàng hóa xuất khẩu chuyển cửa khẩu đã vận chuyển đến kho CFS thuộc Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu quản lý:
Doanh nghiệp gửi Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan các loại giấy tờ như nêu tại điểm a khoản này.
Tổng cục Hải quan hướng dẫn cụ thể cách thức thực hiện thay đổi cửa khẩu xuất.
  • Thủ tục hải quan đối với phương tiện vận tải xuất khẩu, nhập khẩu
Thủ tục hải quan đối với phương tiện vận tải xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện như quy định đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thương mại. Ngoài ra do tính đặc thù của loại hình này, một số nội dung được hướng dẫn thêm như sau:
1. Phương tiện vận tải đường thủy, đường hàng không, đường sắt phải làm xong thủ tục hải quan xuất khẩu trước khi làm thủ tục xuất cảnh và làm thủ tục nhập cảnh trước khi làm thủ tục hải quan nhập khẩu.
Trường hợp phương tiện vận tải đã làm thủ tục xuất cảnh, nếu chủ phương tiện ký hợp đồng bán cho đối tác nước ngoài thì có văn bản đề nghị làm thủ tục hải quan xuất khẩu, gửi kèm các chứng từ chứng minh phương tiện vận tải đã làm thủ tục xuất cảnh, nếu được Cục trưởng hải quan nơi đã làm thủ tục xuất cảnh chấp nhận thì được miễn kiểm tra thực tế khi làm thủ tục hải quan xuất khẩu. Thủ tục hải quan được thực hiện tại Chi cục hải quan nơi đã làm thủ tục xuất cảnh.
2. Phương tiện vận tải đường bộ hoặc phương tiện khác được các phương tiện khác vận chuyển qua cửa khẩu thì chỉ làm thủ tục hải quan xuất khẩu, nhập khẩu, không phải làm thủ tục xuất cảnh, nhập cảnh.
3. Điều kiện xuất khẩu, nhập khẩu đối với từng loại phương tiện vận tải thực hiện theo các quy định của pháp luật có liên quan.
4. Thủ tục hải quan đối với tàu biển, tàu bay của tổ chức, cá nhân nước ngoài tạm nhập - tái xuất để sửa chữa, bảo dưỡng tại Việt Nam:
a) Thủ tục Hải quan:
Tàu biển, tàu bay của các tổ chức, cá nhân nước ngoài đưa vào Lãnh thổ Việt Nam để thực hiện dịch vụ sửa chữa, bảo dưỡng, sau đó đưa ra nước ngoài trả lại cho tổ chức cá nhân nước ngoài thực hiện thủ tục hải quan như đối với loại hình tạm nhập - tái xuất tại Chi cục hải quan cửa khẩu quốc tế. Nếu tàu biển, tàu bay tự di chuyển qua cửa khẩu thì thực hiện thủ tục nhập cảnh, xuất cảnh theo quy định hiện hành.
b) Chế độ kiểm tra, giám sát hải quan:
b.1. Tàu biển, tàu bay của các tổ chức, cá nhân nước ngoài đưa vào lãnh thổ Việt Nam để thực hiện dịch vụ sửa chữa, bảo dưỡng, sau đó đưa ra nước ngoài trả lại cho tổ chức, cá nhân nước ngoài thực hiện chế độ kiểm tra, giám sát hải quan như đối với một lô hàng tạm nhập - tái xuất;
b.2. Công chức hải quan tiến hành kiểm tra thực tế tàu biển, tàu bay tạm nhập, giám sát việc người khai hải quan đưa tàu biển, tàu bay từ vị trí neo đậu tại cầu cảng, sân đỗ đến khu vực sửa chữa, bảo dưỡng; lập biên bàn giao cho người khai hải quan tự bảo quản trong quá trình sửa chữa bảo dưỡng;
b.3. Sau khi đã được sửa chữa, bảo dưỡng, công chức hải quan tiến hành kiểm tra thực tế tàu biển, tàu bay, đối chiếu với tàu biển, tàu bay tạm nhập, giám sát việc người khai hải quan đưa tàu biển, tàu bay từ khu vực sửa chữa, bảo dưỡng đến vị trí neo đậu tại cầu cảng, sân đỗ đến khi thực xuất ra nước ngoài.
c) Hồ sơ hải quan:
Thực hiện theo Điều 12 Thông tư này, ngoài ra, người khai hải quan phải nộp cho cơ quan hải quan:
c.1. Văn bản đề nghị của người khai hải quan;
c.2. Hợp đồng cung ứng dịch vụ sửa chữa, bảo dưỡng tàu biển, tàu bay với tổ chức, cá nhân ở nước ngoài;
d) Thời hạn tạm nhập tái xuất thực hiện theo thỏa thuận của người khai hải quan với bên đối tác nước ngoài và đăng ký với Chi cục hải quan cửa khẩu quốc tế
đ) Thanh khoản tờ khai tạm nhập tái xuất:
đ.1. Chi cục hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập chịu trách nhiệm theo dõi, quản lý và thanh khoản tờ khai hàng tạm nhập.
đ.2. Thời hạn thanh khoản:Thực hiện theo quy định tại khoản 2, Điều 132 Thông tư này.
đ.3. Hồ sơ thanh khoản gồm:
đ.3.1. Công văn yêu cầu thanh khoản tờ khai tạm nhập trong đó nêu cụ thể tờ khai tạm nhập – tờ khai tái xuất, số hiệu tàu biển, tàu bay tạm nhập, số hiệu tàu biển, tàu bay tái xuất.
đ.3.2. Tờ khai tạm nhập, tờ khai tái xuất.
đ.3.3. Chứng từ thanh toán tiền dịch vụ sửa chữa, bảo dưỡng tàu biển, tàu bay xuất khẩu qua ngân hàng và các chứng từ khác theo quy định của pháp luật.
đ.3.4. Các giấy tờ khác có liên quan.
 
Chương III
THỦ TỤC THÀNH LẬP, DI CHUYỂN, MỞ RỘNG, THU HẸP ĐỊA ĐIỂM LÀM THỦ TỤC HẢI QUAN NGOÀI CỬA KHẨU VÀ ĐỊA ĐIỂM KIỂM TRA HÀNG HOÁ XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU Ở NỘI ĐỊA; KHO NGOẠI QUAN
 
  • Điều kiện thành lập
1. Đối với địa điểm làm thủ tục hải quan cảng nội địa:
a) Đã được quy hoạch trong hệ thống cảng nội địa do Bộ Giao thông vận tải công bố theo quy định tại khoản 2 Điều 4 Nghị định 154/2005/NĐ để giải quyết ách tắc hàng hoá xuất nhập khẩu tại cảng biển quốc tế;
b) Phải có diện tích từ 10 ha trở lên;
c) Đảm bảo điều kiện làm việc cho cơ quan hải quan như trụ sở làm việc, nơi kiểm tra hàng hoá, nơi lắp đặt trang thiết bị (cân điện tử, máy soi…), kho chứa tang vật vi phạm;
d) Kho, bãi phải có hàng rào ngăn cách với khu vực xung quanh, được trang bị hệ thống camera, cân điện tử, các thiết bị khác để thông quan hàng hoá nhanh chóng. Hàng hoá ra vào kho, bãi phải được quản lý bằng hệ thống máy tính và được kết nối với hệ thống giám sát của cơ quan hải quan.
2. Đối với địa điểm làm thủ tục hải quan ngoài cửa khẩu:
a) Nằm trong quy hoạch của Bộ Tài chính về hệ thống các địa điểm làm thủ tục hải quan ngoài cửa khẩu;
b) Thuộc địa bàn có các khu công nghiệp, khu chế xuất, khu phi thuế quan, khu kinh tế đặc biệt khác hoặc địa bàn tập trung nhiều nhà máy sản xuất công nghiệp có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu thường xuyên ổn định;
c) Ở nơi giao thông thuận tiện, phù hợp với việc vận chuyển hàng hoá bằng container;
d) Có diện tích từ 01 ha trở lên;
e) Các điều kiện khác như quy định tại điểm c, điểm d khoản 1 Điều này.
3. Đối với địa điểm kiểm tra tập trung do cơ quan hải quan đầu tư xây dựng  hoặc do doanh nghiệp kinh doanh kho bãi đầu tư xây dựng:
a) Vị trí: gắn liền với trụ sở Chi cục hải quan (nếu là địa điểm kiểm tra của 01 Chi cục hải quan) hoặc ở địa bàn có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu thường xuyên, giao thông thuận tiện, phù hợp với việc vận chuyển hàng hoá bằng container; cách Chi cục hải quan quản lý không quá 20 km (nếu là địa điểm dùng chung cho nhiều Chi cục hải quan);
b) Về diện tích: Địa điểm kiểm tra của một Chi cục hải quan phải có diện tích tối thiểu là 5.000 m2; địa điểm kiểm tra dùng chung cho nhiều Chi cục hải quan phải có diện tích tối thiểu là 10.000 m2;
c) Về cơ sở vật chất, trang thiết bị:
c.1) Đảm bảo điều kiện làm việc cho cơ quan hải quan như trụ sở làm việc, nơi kiểm tra hàng hoá, nơi lắp đặt trang thiết bị (cân điện tử, máy soi…), kho chứa tang vật vi phạm;
c.2) Kho, bãi phải có hàng rào ngăn cách với khu vực xung quanh, được trang bị hệ thống camera giám sát;
c.3) Hàng hoá ra vào kho, bãi phải được quản lý bằng hệ thống máy tính và được kết nối với cơ quan hải quan.
d) Nếu địa điểm do doanh nghiệp đầu tư xây dựng thì doanh nghiệp phải có đăng ký kinh doanh ngành nghề giao nhận vận tải, kinh doanh kho bãi.
4. Đối với địa điểm tập kết, kiểm tra hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu ở biên giới thuộc khu kinh tế cửa khẩu:
a) Doanh nghiệp phải có đăng ký kinh doanh ngành nghề giao nhận vận tải, kinh doanh kho bãi;
b) Điểm điểm tập kết, kiểm tra hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phải nằm trong khu kinh tế cửa khẩu;
c) Đảm bảo điều kiện làm việc cho cơ quan hải quan như trụ sở làm việc, nơi kiểm tra hàng hoá, nơi lắp đặt trang thiết bị (cân điện tử, máy soi…), kho chứa tang vật vi phạm;
d) Kho, bãi phải có hàng rào ngăn cách với khu vực xung quanh, được trang bị hệ thống camera giám sát;
e) Hàng hoá ra vào kho, bãi phải được quản lý bằng hệ thống máy tính và được kết nối với cơ quan hải quan.
5. Đối với địa điểm thu gom hàng lẻ ở nội địa (CFS):
a) Doanh nghiệp có đăng ký kinh doanh ngành nghề giao nhận, vận tải hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu, kinh doanh kho bãi;
b) Ở địa bàn có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu thường xuyên, giao thông thuận tiện, phù hợp với việc vận chuyển hàng hoá bằng container; cách Chi cục hải quan quản lý không quá 20 km;
c) Đảm bảo điều kiện làm việc cho cơ quan hải quan như trụ sở làm việc, nơi kiểm tra hàng hoá, nơi lắp đặt trang thiết bị kiểm tra hải quan, kho chứa tang vật vi phạm;
d) Kho, bãi phải có hàng rào ngăn cách với khu vực xung quanh, được trang bị hệ thống camera giám sát;
e) Hàng hoá ra vào kho, bãi phải được quản lý bằng hệ thống máy tính và được kết nối với hệ thống giám sát của cơ quan hải quan.
6. Đối với kho ngoại quan
Điều kiện thành lập kho ngoại quan thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 22 Nghị định 154/2005/NĐ-CP, trong đó phải đáp ứng các yêu cầu sau đây:
a) Vị trí thành lập kho ngoại quan
a.1) Kho ngoại quan phải được thành lập trong các khu vực theo quy định tại khoản 2 Điều 22 Nghị định 154/2005/NĐ-CP.
a.2) Trường hợp kho ngoại quan đã thành lập trước đây nằm ngoài khu vực quy định tại khoản 2 Điều 22 Nghị định 154/2005/NĐ-CP do Tổng cục Hải quan xem xét quyết định cụ thể cho phù hợp với tình hình thực tế.
b) Diện tích
b.1) Kho ngoại quan phải đạt tối thiểu 1.000 m2 trở lên (không bao gồm bãi và các công trình phụ trợ khác: đường nội bộ, nhà làm việc...).
b.2) Đối với kho chuyên dùng (như: kho lưu giữ vàng, bạc, đá quý; kho chuyên lưu giữ hàng hoá phải bảo quản theo chế độ lạnh, lạnh đông,...) diện tích kho ngoại quan có thể nhỏ hơn 1.000 m2.
b.3) Đối với bãi ngoại quan chuyên dùng (như: bãi chứa gỗ nguyên liệu, sắt thép,...) thì không yêu cầu diện tích kho.
c) Tường rào ngăn cách với khu vực xung quanh
c.1) Đối với kho ngoại quan nằm trong khu vực cửa khẩu, cảng đã có tường rào ngăn cách biệt lập với khu vực xung quanh và trong phạm vi kiểm soát, kiểm tra, giám sát của cơ quan hải quan thì không yêu cầu phải có tường rào.
c.2) Đối với kho ngoại quan nằm ngoài khu vực trên thì bắt buộc phải có tường rào ngăn cách biệt lập với khu vực xung quanh để đảm bảo yêu cầu kiểm soát, kiểm tra, giám sát của cơ quan hải quan.
d) Phần mềm quản lý và camera giám sát
d.1) Chủ kho ngoại quan phải có hệ thống sổ sách kế toán và máy tính được cài đặt phần mềm theo dõi, quản lý hàng hoá nhập, xuất, lưu giữ, tồn trong kho và được nối mạng với hải quan quản lý kho ngoại quan.
d.2) Kho ngoại quan phải được lắp đặt hệ thống camera giám sát hàng hoá ra, vào và lưu giữ tại kho trong thời hạn 06 tháng để đảm bảo yêu cầu theo dõi, giám sát và truy xuất dữ liệu khi cần thiết của cơ quan hải quan.
7. Đối với địa điểm kiểm tra hàng hoá tại chân công trình hoặc kho của công trình, nơi sản xuất:
a) Chân công trình hoặc kho của công trình phải là nơi tập kết thiết bị, máy móc, vật tư nhập khẩu để xây dựng nhà máy, công trình.
b) Nhà máy, xí nghiệp sản xuất của doanh nghiệp là nơi tập kết hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có yêu cầu riêng về bảo quản, đóng gói, vệ sinh, công nghệ, an toàn, hàng hóa không thể kiểm tra thực tế tại cửa khẩu hoặc địa điểm kiểm tra tập trung.
c) Doanh nghiệp chịu trách nhiệm bố trí mặt bằng, phương tiện phục vụ việc kiểm tra tại chân công trình, nơi sản xuất.
  • Hồ sơ thành lập
1. Hồ sơ thành lập địa điểm làm thủ tục hải quan cảng nội địa gồm:
a) Văn bản đề nghị thành lập: 01 bản chính;
b) Văn bản chấp thuận thành lập ICD của Bộ Giao thông vận tải (trừ trường hợp ICD đã được Bộ Giao thông vận tải công bố trong quy hoạch): 01 bản chính;
c) Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh có ngành nghề giao nhận, vận tải hàng hoá xuất nhập khẩu và (hoặc) kinh doanh kho bãi: 01 bản sao;
d) Luận chứng kinh tế, kỹ thuật xây dựng: 01 bản sao;
e) Quy chế hoạt động: 01 bản chính.
2. Hồ sơ thành lập địa điểm làm thủ tục hải quan ngoài cửa khẩu gồm:
a) Văn bản đề nghị thành lập: 01 bản chính;
b) Văn bản chấp thuận của Uỷ ban nhân dân tỉnh/thành phố nơi đặt địa điểm làm thủ tục hải quan: 01 bản chính;
c) Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh có ngành nghề giao nhận, vận tải hàng hoá xuất nhập khẩu và (hoặc) kinh doanh kho bãi: 01 bản sao;
d) Luận chứng kinh tế, kỹ thuật xây dựng: 01 bản sao;
e) Quy chế hoạt động: 01 bản chính.
3. Hồ sơ thành lập địa điểm kiểm tra tập trung:
a) Trường hợp địa điểm kiểm tra tập trung do cơ quan hải quan làm chủ đầu tư:
a.1) Văn bản đề nghị thành lập của Cục Hải quan tỉnh, thành phố: 01 bản chính;
a.2) Sơ đồ quy hoạch mạng lưới giao thông, các khu công nghiệp, kinh tế có liên quan trên địa bàn: 01 bản sao;
a.3) Luận chứng kinh tế, kỹ thuật xây dựng: nộp 01 bản sao;
a.4) Quy chế hoạt động: 01 bản chính;
a.5) Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hợp pháp.
b) Trường hợp địa điểm kiểm tra tập trung do doanh nghiệp kinh doanh làm làm chủ đầu tư:
b.1) Văn bản đề nghị thành lập của doanh nghiệp: 01 bản chính;
b.2) Luận chứng kinh tế, kỹ thuật xây dựng: nộp 01 bản sao;
b.3) Quy chế hoạt động: 01 bản chính;
b.4) Giấy tờ chứng minh quyền sử dụng đất hợp pháp: 01 bản sao;
b.5) Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh có ngành nghề giao nhận, vận tải hàng hoá xuất nhập khẩu và (hoặc) kinh doanh kho bãi: nộp 01 bản sao;
4. Hồ sơ thành lập địa điểm kiểm tra hàng hoá xuất khẩu ở biên giới thuộc khu kinh tế cửa khẩu:
a) Văn bản đề nghị thành lập của doanh nghiệp: 01 bản chính;
b) Luận chứng kinh tế, kỹ thuật xây dựng: nộp 01 bản sao;
c) Quy chế hoạt động: 01 bản chính;
d) Giấy tờ chứng minh quyền sử dụng đất hợp pháp: 01 bản sao;
e) Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh có ngành nghề giao nhận, vận tải hàng hoá xuất nhập khẩu và (hoặc) kinh doanh kho bãi: nộp 01 bản sao;
5. Hồ sơ thành lập địa điểm thu gom hàng lẻ (CFS):
a) Văn bản đề nghị thành lập của doanh nghiệp: 01 bản chính;
b) Luận chứng kinh tế, kỹ thuật xây dựng: nộp 01 bản sao;
c) Quy chế hoạt động: 01 bản chính;
d) Giấy tờ chứng minh quyền sử dụng đất hợp pháp: 01 bản sao;
e) Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh có ngành nghề giao nhận, vận tải hàng hoá xuất nhập khẩu và (hoặc) kinh doanh kho bãi: nộp 01 bản sao;
6. Hồ sơ thành lập kho ngoại quan:
a) Đơn xin thành lập kho ngoại quan (mẫu số 45/TL-KNQ ban hành kèm theo Thông tư này);
b) Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, trong đó có chức năng kinh doanh kho bãi: 01 bản sao;
c) Sơ đồ thiết kế khu vực kho, bãi thể hiện rõ đường ranh giới ngăn cách với bên ngoài, vị trí các kho hàng, hệ thống đường vận chuyển nội bộ, hệ thống phòng chống cháy, nổ, bảo vệ, văn phòng kho và nơi làm việc của hải quan (khi cơ quan hải quan có nhu cầu);
d) Chứng từ hợp pháp về quyền sử dụng kho, bãi, kỹ thuật, hạ tầng, phần mềm quản lý, camera giám sát,... kèm sơ đồ thiết kế khu vực kho, bãi ngoại quan nằm trong tổng thể khu vực cửa khẩu, khu công nghiệp.
7. Đối với địa điểm kiểm tra hàng hoá tại chân công trình hoặc kho của công trình, nơi sản xuất: Doanh nghiệp gửi Cục Hải quan tỉnh, thành phố văn bản đề nghị công nhận: 01 bản chính.
  • Trình tự thành lập
1. Đối với địa điểm làm thủ tục hải quan tại cảng nội địa, địa điểm làm thủ tục hải quan ngoài cửa khẩu (sau đây gọi chung là địa điểm làm thủ tục hải quan):
a. Doanh nghiệp gửi hồ sơ đề nghị thành lập đến Cục Hải quan tỉnh/thành phố nơi đặt địa điểm làm thủ tục hải quan.
b. Trong thời hạn mười ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Cục Hải quan thực hiện:
b.1) Kiểm tra hồ sơ;
b.2) Khảo sát thực tế kho, bãi;
b.3) Đánh giá việc đáp ứng các điều kiện quy định tại Nghị định 154/2005/NĐ-CP và hướng dẫn tại khoản 1, khoản 2 Điều 63 Thông tư này; đề xuất ý kiến, báo cáo kèm hồ sơ gửi Tổng cục Hải quan.
c. Trong thời hạn ba mươi ngày làm việc kể từ ngày nhận được báo cáo kèm hồ sơ, Tổng cục Hải quan hoàn thành việc thẩm định, báo cáo kết quả và trình Bộ trưởng Bộ Tài chính quyết định thành lập địa điểm làm thủ tục hải quan theo qui định tại khoản 2 Điều 4 Nghị định 154/2005/NĐ-CP. Trường hợp không đủ điều kiện thành lập thì Bộ Tài chính có văn bản trả lời doanh nghiệp.
2. Đối với địa điểm kiểm tra tập trung, địa điểm tập kết, kiểm tra hàng hoá xuất khẩu ở biên giới thuộc khu kinh tế cửa khẩu, địa điểm thu gom hàng lẻ (CFS), kho ngoại quan, (sau đây gọi chung là địa điểm)
a) Xin chủ trương thành lập địa điểm
a.1) Doanh nghiệp có nhu cầu thành lập địa điểm có văn bản đề nghị Tổng cục Hải quan (qua Cục Hải quan tỉnh, thành phố), trong đó xác định rõ những nội dung dự kiến gồm: sự cần thiết phải thành lập, vị trí địa điểm dự kiến thành lập, diện tích, các điều kiện về cơ sở vật chất, kỹ thuật, hạ tầng,...
a.2) Trong thời hạn năm ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị của doanh nghiệp, Cục Hải quan tỉnh, thành phố kiểm tra hồ sơ, căn cứ tình hình hoạt động của các địa điểm đã được thành lập trên địa bàn, đánh giá sự cần thiết và phù hợp với yêu cầu quản lý để báo cáo, đề xuất Tổng cục Hải quan.
a.3) Trong thời hạn năm ngày làm việc kể từ ngày nhận được báo cáo đề xuất của Cục Hải quan tỉnh, thành phố, Tổng cục Hải quan có văn bản trả lời và hướng dẫn cụ thể các nội dung cần thực hiện, nếu không đồng ý thì có văn bản trả lời rõ lý do.
b) Ra quyết định thành lập địa điểm
b.1) Sau khi thống nhất chủ trương với Tổng cục Hải quan, doanh nghiệp tiến hành đầu tư xây dựng kho, bãi đáp ứng đủ điều kiện thì lập hồ sơ theo quy định tại Thông tư này gửi Tổng cục Hải quan (qua Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi thành lập địa điểm).
b.2) Trong thời hạn mười ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ của doanh nghiệp, Cục Hải quan tỉnh, thành phố thực hiện: Kiểm tra hồ sơ; khảo sát, kiểm tra thực tế kho, bãi; đánh giá việc đáp ứng các điều kiện thành lập địa điểm, gửi báo cáo và đề nghị về Tổng cục Hải quan (nếu đáp ứng điều kiện thành lập).
b.3) Trong thời hạn bảy ngày làm việc kể từ ngày nhận được báo cáo của Cục Hải quan tỉnh, thành phố kèm hồ sơ thành lập địa điểm kiểm tra, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ra quyết định thành lập địa điểm hoặc có văn bản trả lời nếu doanh nghiệp chưa đáp ứng đủ các điều kiện theo quy định.
3. Đối với địa điểm kiểm tra là chân công trình hoặc kho của công trình, nơi sản xuất
Doanh nghiệp gửi văn bản đề nghị công nhận đến Cục Hải quan tỉnh, thành phố. Trong thời hạn năm ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ của doanh nghiệp, Cục Hải quan tỉnh, thành phố thực hiện: kiểm tra hồ sơ, khảo sát thực tế kho, bãi và ra quyết định công nhận, nếu không phù hợp thì có văn bản trả lời doanh nghiệp và nêu rõ lý do.
  • Chấm dứt, tạm dừng hoạt động          
1. Các trường hợp chấm dứt hoạt động:
a) Cục Hải quan tỉnh, thành phố có văn bản đề nghị chấm dứt hoạt động của địa điểm làm thủ tục hải quan tại cảng nội địa, địa điểm làm thủ tục hải quan ngoài cửa khẩu, địa điểm kiểm tra tập trung, địa điểm tập kết, kiểm tra hàng hoá xuất khẩu ở biên giới thuộc khu kinh tế cửa khẩu, địa điểm thu gom hàng lẻ, kho ngoại quan do không đáp ứng các điều kiện về kiểm tra, giám sát hải quan và các điều kiện khác theo quy định tại Điều 63 Thông tư này.
b) Doanh nghiệp có văn bản đề nghị chấm dứt hoạt động;
c) Quá thời hạn sáu tháng kể từ khi có quyết định thành lập nhưng doanh nghiệp không đưa vào hoạt động mà không có lý do chính đáng;
d) Trong một năm doanh nghiệp ba lần vi phạm hành chính về hải quan, bị xử lý vi phạm hành chính bằng hình thức phạt tiền với mức phạt cho mỗi lần vượt thẩm quyền xử phạt của Chi cục trưởng hải quan theo quy định của Pháp lệnh Xử lý vi phạm hành chính.
2. Thẩm quyền ra quyết định chấm dứt
a) Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố:
a.1. Ra quyết định chấm dứt hoạt động của địa điểm kiểm tra là chân công trình hoặc kho của công trình, nơi sản xuất.
a.2. Kiểm tra, báo cáo, đề xuất Tổng cục Hải quan xem xét chấm dứt hoạt động đối với địa điểm làm thủ tục hải quan cảng nội địa, kho ngoại quan, địa điểm kiểm tra tập trung, địa điểm thu gom hàng lẻ (CFS), địa điểm tập kết, kiểm tra hàng hoá xuất khẩu ở biên giới thuộc khu kinh tế cửa khẩu.
b) Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan:
b.1. Ra quyết định chấm dứt hoạt động của kho ngoại quan, địa điểm kiểm tra tập trung, địa điểm thu gom hàng lẻ (CFS), địa điểm tập kết, kiểm tra hàng hoá xuất khẩu ở biên giới thuộc khu kinh tế cửa khẩu.
b.2. Kiểm tra, báo cáo, đề xuất Bộ Tài chính chấm dứt hoạt động đối với địa điểm làm thủ tục hải quan cảng nội địa.
c) Bộ trưởng Bộ Tài chính ra quyết định chấm dứt hoạt động của địa điểm làm thủ tục hải quan cảng nội địa.
3. Tạm dừng hoạt động của các địa điểm:
a) Trường hợp địa điểm không còn hoạt động do không có hàng hóa và doanh nghiệp có văn bản đề nghị thì Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố ra thông báo tạm dừng hoạt động của địa điểm kiểm tra tập trung, địa điểm tập kết, kiểm tra hàng hoá xuất khẩu ở biên giới thuộc khu kinh tế cửa khẩu, địa điểm thu gom hàng lẻ, kho ngoại quan; báo cáo, đề xuất Tổng cục Hải quan ra thông báo tạm dừng hoạt động của địa điểm làm thủ tục hải quan cảng nội địa.
b) Thời gian tạm dừng hoạt động không quá 06 tháng kể từ ngày doanh nghiệp có văn bản đề nghị.
c) Trong thời gian tạm dừng hoạt động, các địa điểm trên không chịu sự giám sát của cơ quan hải quan.
d) Sau thời hạn trên, nếu doanh nghiệp có văn bản đề nghị cho phép tiếp tục hoạt động thì Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố kiểm tra điều kiện thành lập và hoạt động của các địa điểm, nếu đáp ứng điều kiện thì có văn bản chấp nhận cho phép hoạt động hoặc báo cáo Tổng cục Hải quan cho phép hoạt động đối với địa điểm làm thủ tục hải quan cảng nội địa. Trường hợp không đáp ứng điều kiện hoặc doanh nghiệp không có văn bản đề nghị thì  báo cáo cấp có thẩm quyền xem xét việc chấm dứt hoạt động theo quy định tại khoản 1 Điều này.
  • Thủ tục di chuyển, mở rộng, thu hẹp địa điểm
1. Doanh nghiệp có nhu cầu mở rộng diện tích địa điểm đã được Tổng cục Hải quan quyết định thành lập, hoặc có nhu cầu di chuyển từ địa điểm đã được Tổng cục Hải quan quyết định thành lập đến địa điểm mới nhưng vẫn nằm trong cùng một khu vực đã được thành lập thì lập hồ sơ gửi Cục Hải quan tỉnh, thành phố, hồ sơ gồm:
a) Đơn xin di chuyển, mở rộng, thu hẹp;
b) Sơ đồ kho, bãi khu vực di chuyển, mở rộng, thu hẹp;
c) Chứng từ hợp pháp về quyền sử dụng kho, bãi di chuyển, mở rộng.
2. Cục Hải quan tỉnh, thành phố sau khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ của doanh nghiệp, tiến hành:
a) Kiểm tra hồ sơ;
b) Khảo sát thực tế kho bãi;
c) Trong thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố quyết định di chuyển, mở rộng, thu hẹp hoặc có văn bản trả lời doanh nghiệp đối với trường hợp không đủ điều kiện để di chuyển, mở rộng, thu hẹp.
3. Trường hợp di chuyển địa điểm đã được thành lập đến địa điểm mới nằm ngoài khu vực đã thành lập thì doanh nghiệp có văn bản đề nghị dừng hoạt động tại địa điểm cũ và làm thủ tục thành lập địa điểm mới gửi Cục Hải quan tỉnh, thành phố xem xét, báo cáo Tổng cục Hải quan để quyết định chấm dứt hoạt động của địa điểm cũ và quyết định thành lập địa điểm mới.
4. Riêng các địa điểm theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 63 Thông tư này phải nằm trong quy hoạch của Bộ Giao thông vận tải hoặc Bộ Tài chính thì việc di chuyển địa điểm phải được Bộ Giao thông vận tải hoặc Bộ Tài chính có văn bản chấp nhận.
  • Chuyển đổi quyền sở hữu hoặc đổi tên chủ sở hữu
1. Thủ tục chuyển đổi quyền sở hữu địa điểm thực hiện như sau:
a. Chủ địa điểm có công văn đề nghị chuyển đổi chủ sở hữu địa điểm;
b. Chủ mới làm thủ tục chuyển đổi chủ sở hữu địa điểm. Hồ sơ chuyển đổi theo quy định tại Điều 64 Thông tư này;
c. Cục Hải quan tỉnh, thành phố tiếp nhận hồ sơ xin chuyển đổi chủ sở hữu, báo cáo, đề xuất Tổng cục Hải quan quyết định, không phải khảo sát lại thực tế kho, bãi nếu không có sự thay đổi so với thực trạng kho, bãi hiện hành. Trường hợp địa điểm thuộc thẩm quyền thành lập của Bộ trưởng Bộ Tài chính thì Tổng cục Hải quan báo cáo, đề xuất Bộ trưởng Bộ Tài chính xem xét quyết định.
2. Thủ tục đổi tên chủ sở hữu:
a. Chủ sở hữu có công văn đề nghị đổi tên, gửi kèm chứng từ chứng nhận việc thay đổi tên doanh nghiệp đã được cơ quan cấp phép thành lập doanh nghiệp xác nhận.
b. Trong thời hạn 5 ngày kể từ ngày nhận đủ bộ hồ sơ hợp lệ, Tổng cục Hải quan có văn bản công nhận việc thay đổi tên chủ sở hữu trên Quyết định thành lập địa điểm. Trường hợp địa điểm thuộc thẩm quyền thành lập của Bộ trưởng Bộ Tài chính thì Tổng cục Hải quan báo cáo, đề xuất Bộ trưởng Bộ Tài chính xem xét quyết định.
Phần III
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI HÀNG HOÁ XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU KHÔNG NHẰM MỤC ĐÍCH THƯƠNG MẠI
 
  • Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu không nhằm mục đích thương mại
Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu không nhằm mục đích thương mại (dưới đây gọi tắt là hàng phi mậu dịch) gồm:
1. Quà biếu, tặng của tổ chức, cá nhân ở nước ngoài gửi cho tổ chức, cá nhân Việt Nam; của tổ chức, cá nhân ở Việt Nam gửi cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài;
2. Hàng hoá của cơ quan đại diện ngoại giao, tổ chức quốc tế tại Việt Nam và những người làm việc tại các cơ quan, tổ chức này;
3. Hàng hoá viện trợ nhân đạo;
4. Hàng hoá tạm nhập khẩu, tạm xuất khẩu của những cá nhân được Nhà nước Việt Nam cho miễn thuế;
5. Hàng mẫu không thanh toán;
6. Dụng cụ nghề nghiệp, phương tiện làm việc tạm xuất, tạm nhập có thời hạn của cơ quan, tổ chức, của người xuất cảnh, nhập cảnh;
7. Tài sản di chuyển của tổ chức, cá nhân;
8. Hành lý cá nhân của người nhập cảnh gửi theo vận đơn, hàng hoá mang theo người của người nhập cảnh vượt tiêu chuẩn miễn thuế;
9. Hàng hoá phi mậu dịch khác.
  • Người khai hải quan
Người khai hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phi mậu dịch là một trong các đối tượng sau đây:
1. Chủ hàng;
2. Đại lý làm thủ tục hải quan nếu chủ hàng ký hợp đồng với đại lý;
3. Người được chủ hàng uỷ quyền bằng văn bản.
Trong trường hợp ủy quyền, người nhận uỷ quyền được nhân danh mình khai, ký tên, đóng dấu vào tờ khai hải quan.
  • Hồ sơ hải quan đối với hàng nhập khẩu
1. Giấy tờ phải nộp gồm:
a) Tờ khai hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phi mậu dịch: 02 bản chính;
b) Vận đơn (trừ trường hợp hàng hoá mang theo người vượt tiêu chuẩn miễn thuế theo quy định tại điểm 8 Điều 69 Thông tư này): 01 bản sao;
c) Văn bản uỷ quyền quy định tại khoản 3 Điều 70 Thông tư này: 01 bản chính;
d) Tờ khai xác nhận viện trợ nhân đạo của cơ quan có thẩm quyền đối với trường hợp nhập khẩu hàng viện trợ nhân đạo: 01 bản chính;
e) Quyết định hoặc giấy báo tin của cơ quan công an cho phép cá nhân là người Việt Nam định cư ở nước ngoài được phép trở về định cư ở Việt Nam; hoặc hộ chiếu Việt Nam hoặc giấy tờ thay hộ chiếu Việt Nam còn có giá trị về nước thường trú, có đóng dấu kiểm chứng nhập cảnh của cơ quan quản lý xuất nhập cảnh tại cửa khẩu: 01 bản sao có chứng thực kèm bản chính để đối chiếu (theo Thông tư số 16/2008/TT- BTC ngày 13 tháng 02 năm 2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc nhập khẩu, tạm nhập khẩu xe gắn máy hai bánh không nhằm mục đích thương mại);
g) Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển tài sản của tổ chức từ nước ngoài vào Việt Nam: 01 bản sao;
h) Giấy phép nhập khẩu hàng hoá (đối với trường hợp nhập khẩu hàng cấm, hàng nhập khẩu có điều kiện): 01 bản chính;
i) Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hoá đối với các trường hợp quy định tại điểm e.6 khoản 2 Điều 12 Thông tư này: 01 bản chính;
k) Thông báo hoặc quyết định hoặc thoả thuận biếu, tặng hàng hoá: 01 bản sao;
l) Giấy tờ khác, tuỳ theo từng trường hợp cụ thể theo quy định của pháp luật phải có.
2. Giấy tờ phải xuất trình gồm:
a) Giấy báo nhận hàng của tổ chức vận tải (trừ trường hợp hàng hoá mang theo người vượt tiêu chuẩn miễn thuế theo quy định tại khoản 8 Điều 69 Thông tư này);
b) Sổ tiêu chuẩn hàng miễn thuế của cơ quan ngoại giao, tổ chức quốc tế, những người nước ngoài làm việc tại các cơ quan, tổ chức trên.
3. Hồ sơ để xác định hàng hóa nhập khẩu không nhằm mục đích thương mại thuộc đối tượng không chịu thuế là hồ sơ hải quan quy định tại Điều này.
  • Hồ sơ hải quan đối với hàng xuất khẩu
1 Giấy tờ phải nộp gồm:
a) Tờ khai hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phi mậu dịch: 02 bản chính;
b) Văn bản uỷ quyền quy định tại khoản 3 Điều 70 Thông tư này: 01 bản chính;
c) Văn bản cho phép xuất khẩu viện trợ nhân đạo và tờ khai xác nhận viện trợ nhân đạo của cơ quan có thẩm quyền đối với trường hợp xuất khẩu hàng viện trợ nhân đạo: 01 bản chính;
d) Văn bản cho phép định cư ở nước ngoài của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (đối với trường hợp xuất khẩu tài sản di chuyển của cá nhân, gia đình): 01 bản sao có chứng thực;
e) Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển tài sản của tổ chức ra nước ngoài: 01 bản sao có chứng thực;
g) Giấy phép xuất khẩu hàng hoá (đối với trường hợp xuất khẩu hàng cấm, hàng xuất khẩu có điều kiện): 01 bản chính;
h) Giấy tờ khác, tuỳ theo từng trường hợp cụ thể theo quy định của pháp luật phải có.
2. Giấy tờ phải xuất trình: Hợp đồng ký với đại lý hải quan (đối với trường hợp tại khoản 2 Điều 70 Thông tư này).
3. Hồ sơ để xác định hàng hoá xuất khẩu không nhằm mục đích thương mại thuộc đối tượng không chịu thuế là hồ sơ hải quan quy định tại Điều này.
  • Thủ tục hải quan
1. Người khai hải quan khai và nộp hồ sơ hải quan. Cơ quan hải quan tiếp nhận, đăng ký và kiểm tra chi tiết hồ sơ.
2. Hình thức, mức độ kiểm tra thực tế hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phi mậu dịch thực hiện theo nguyên tắc kiểm tra quy định tại Luật Hải quan và Nghị định 154/2005/NĐ-CP, do Lãnh đạo Chi cục hải quan quyết định.  
Riêng hàng hoá hưởng theo chế độ ưu đãi miễn trừ thực hiện theo quy định tại Điều 38 Nghị định 154/2005/NĐ-CP.
3. Thuế, lệ phí và các khoản phải nộp khác thực hiện theo quy định của pháp luật hiện hành.
4. Thông quan hàng hoá phi mậu dịch
Việc ký, đóng dấu “đã làm thủ tục hải quan” trên tờ khai hải quan do công chức hải quan tại khâu cuối cùng thực hiện.
5. Theo dõi và thanh khoản đối với dụng cụ nghề nghiệp, phương tiện làm việc tạm nhập, tạm xuất có thời hạn của cơ quan, tổ chức, người nhập cảnh, xuất cảnh không nhằm mục đích thương mại
a) Đến thời hạn tái xuất người khai hải quan phải thực hiện thủ tục tái xuất dụng cụ nghề nghiệp, phương tiện làm việc và thực hiện thanh khoản hồ sơ tại Chi cục hải quan nơi tạm nhập. Trường hợp tái xuất tại Chi cục hải quan khác Chi cục hải quan nơi tạm nhập thì sau khi đã làm thủ tục tái xuất Chi cục hải quan nơi làm thủ tục tái xuất có văn bản thông báo cho Chi cục  hải quan nơi tạm nhập, gửi kèm bản sao tờ khai hải quan (bản lưu hải quan) để thanh khoản hồ sơ theo quy định.
b) Đến thời hạn tái nhập người khai hải quan phải thực hiện thủ tục tái nhập dụng cụ nghề nghiệp, phương tiện làm việc và thực hiện thanh khoản hồ sơ tại Chi cục hải quan nơi tạm xuất. Trường hợp tái nhập tại Chi cục hải quan khác Chi cục hải quan nơi tạm xuất thì trong thời hạn mười lăm (15) ngày kể từ ngày hoàn thàn thủ tục tái nhập, người khai hải quan có trách nhiệm liên hệ trực tiếp với Chi cục hải quan nơi tạm xuất để thanh khoản hồ sơ theo quy định.
c) Quá thời hạn chưa tái xuất, chưa tái nhập thì người khai hải quan bị xử lý theo quy định của pháp luật hiện hành.
 
Phần IV
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI PHƯƠNG TIỆN VẬN TẢI XUẤT CẢNH, NHẬP CẢNH, QUÁ CẢNH, CHUYỂN CẢNG
 
Mục 1
ĐỐI VỚI Ô TÔ XUẤT CẢNH, NHẬP CẢNH, QUÁ CẢNH QUA CỬA KHẨU BIÊN GIỚI VỚI MỤC ĐÍCH THƯƠNG MẠI
 
  • Thủ tục hải quan đối với ô tô nước ngoài khi nhập cảnh (tạm nhập)
1. Người khai hải quan nộp và/hoặc xuất trình các giấy tờ sau:
a) Đối với ô tô nước ngoài nhập cảnh theo Hiệp định song phương giữa Việt Nam với các nước có chung biên giới:
a.1) Giấy phép của cơ quan có thẩm quyền cấp: xuất trình bản chính;
a.2) Giấy đăng ký phương tiện: xuất trình bản chính;
a.3) Tờ khai hàng hoá nhập khẩu, quá cảnh: xuất trình bản chính;
a.4) Danh sách hành khách (đối với ô tô vận chuyển hành khách): nộp 01 bản chính;
a.5) Tờ khai nhập cảnh-xuất cảnh (nếu có) của người điều khiển phương tiện và người cùng làm việc trên phương tiện vận tải: xuất trình bản chính;
a.6) Giấy tờ khác theo qui định tại Điều ước quốc tế về vận tải đường bộ giữa Việt Nam và nước có chung đường biên giới: xuất trình bản chính;
a.7) Tờ khai phương tiện vận tải đường bộ tạm nhập – tái xuất (mẫu số 4465/PTVTĐB/TN-TX kèm theo Thông tư này): do cơ quan hải quan in từ hệ thống.
b) Đối với phương tiện tạm nhập theo Hiệp định tạo thuận lợi vận tải người và hàng hóa qua lại biên giới giữa các nước tiểu vùng Mê Công mở rộng (Hiệp định GMS) thì thực hiện theo qui định tại Thông tư số 29/2009/TT-BGTVT ngày 17/11/2009 của Bộ Giao thông vận tải. Hồ sơ cụ thể như sau:
b.1) Giấy phép vận tải đường bộ quốc tế (GMS Road Transport Permit): xuất trình bản chính;
b.2) Tờ khai tạm nhập phương tiện vận tải (Motor Vehicle Temporary Admission Document): xuất trình bản chính;
b.3) Tờ khai tạm nhập container (Container Temporary Admision Document): xuất trình bản chính;
b.4) Tờ khai hàng hoá quá cảnh và thông quan nội địa (Transit and Inland Customs Clearance Document): xuất trình bản chính.
c) Đối với ô tô nước ngoài có tay lái ở bên phải phải xuất trình giấy tờ theo qui định tại Nghị định số 80/2009/NĐ-CP ngày 01/10/2009 của Chính phủ. Cụ thể như sau:
c.1) Văn bản chấp thuận của Bộ Giao thông vận tải: xuất trình bản chính;
c.2) Giấy chứng nhận kiểm định an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường đối với xe cơ giới của quốc gia đăng ký xe cấp và còn hiệu lực: xuất trình bản chính;
c.3) Giấy đăng ký phương tiện: xuất trình bản chính;
c.4) Tờ khai nhập cảnh-xuất cảnh (nếu có) của người điều khiển phương tiện: xuất trình bản chính;
c.5) Tờ khai phương tiện vận tải đường bộ tạm nhập – tái xuất (mẫu  số 46/PTVTĐB/TN-TX kèm theo Thông tư này): do cơ quan hải quan in từ hệ thống.
2. Cơ quan hải quan tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và làm thủ tục hải quan theo quy trình do Tổng cục Hải quan ban hành.
  • Thủ tục hải quan đối vối ôtô nước ngoài khi xuất cảnh (tái xuất)
1. Người khai hải quan nộp và/hoặc xuất trình các giấy tờ sau:
a) Đối với ô tô nước ngoài nhập cảnh theo hiệp định song phương giữa Việt Nam với các nước có chung biên giới:
a.1) Văn bản gia hạn thời gian lưu hành phương tiện vận tải (nếu có): nộp bản chính;
a.2) Giấy phép của cơ quan có thẩm quyền cấp: xuất trình bản chính;
a.3) Giấy tờ khác theo quy định tại điều ước quốc tế về vận tải đường bộ giữa Việt Nam và nước có chung đường biên giới: xuất trình bản chính;
a.4) Danh sách hành khách (nếu là xe khách tuyến): nộp bản chính;
a.5) Tờ khai hàng hoá xuất khẩu, quá cảnh (trường hợp làm thủ tục đồng thời cho cả phương tiện vận tải và hàng hoá xuất khẩu, quá cảnh): xuất trình bản chính;
a.6) Tờ khai nhập cảnh-xuất cảnh (nếu có) của người điều khiển phương tiện và người cùng làm việc trên phương tiện vận tải: xuất trình bản chính.
b) Đối với phương tiện tái xuất theo Hiệp định tạo thuận lợi vận tải người và hàng hóa qua lại biên giới giữa các nước tiểu vùng Mê Công mở rộng (Hiệp định GMS) thì thực hiện theo qui định tại Thông tư số 29/2009/TT-BGTVT ngày 17/11/2009 của Bộ Giao thông vận tải. Hồ sơ cụ thể như sau:
b.1) Giấy phép vận tải đường bộ quốc tế (GMS Road Transport Permit): xuất trình bản chính;
b.2) Tờ khai tạm nhập phương tiện vận tải (Motor Vehicle Temporary Admission Document): xuất trình bản chính;
b.3) Tờ khai tạm nhập container (Container Temporary Admision Document): xuất trình bản chính;
b.4) Tờ khai hàng hoá quá cảnh và thông quan nội địa (Transit and Inland Customs Clearance Document): xuất trình bản chính.
c) Đối với ô tô nước ngoài có tay lái ở bên phải xuất trình bản chính các giấy tờ theo qui định tại Nghị định số 80/2009/NĐ-CP ngày 01/10/2009 của Chính phủ. Cụ thể:
c.1) Giấy đăng ký phương tiện;
c.2) Tờ khai nhập cảnh-xuất cảnh (nếu có) của người điều khiển phương tiện;
c.3) Tờ khai phương tiện vận tải đường bộ tạm nhập – tái xuất (mẫu số 46/PTVTĐB/TN-TX kèm theo Thông tư này).
2. Cơ quan hải quan tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và làm thủ tục hải quan theo quy trình do Tổng cục Hải quan ban hành.
  • Thủ tục hải quan đối với ô tô Việt Nam khi xuất cảnh (tạm xuất), nhập cảnh (tái nhập)
Thủ tục hải quan đối với ô tô Việt Nam khi xuất cảnh (tạm xuất), nhập cảnh (tái nhập) thực hiện theo qui định tại Điều 74, Điều 75 Thông tư này. Riêng tờ khai phương tiện sử dụng mẫu số 47/PTVTĐB/TX-TN kèm theo Thông tư này. Trường hợp ô tô được cấp Giấy phép liên vận thì quản lý bằng hệ thống máy tính, không phải in tờ khai phương tiện vận tải.
 
Mục 2
ĐỐI VỚI PHƯƠNG TIỆN VẬN TẢI
QUY ĐỊNH TẠI ĐIỀU 46 NGHỊ ĐỊNH 154/2005/NĐ-CP
 
  • Cơ chế quản lý phương tiện vận tải thô sơ
1. Phương tiện vận tải thô sơ là phương tiện di chuyển bằng sức người hoặc động vật kéo (ví dụ: xe kéo, xe lôi, xe ngựa, xe bò kéo,...).
2. Khi xuất cảnh, nhập cảnh phương tiện vận tải thô sơ, chủ phương tiện hoặc người điều khiển phương tiện không phải xin giấy phép, không phải khai tờ khai phương tiện tận tải.
  • Thủ tục hải quan
Đối với các phương tiện vận tải thô sơ khi xuất cảnh, nhập cảnh, chủ phương tiện hoặc người điều khiển phương tiện phải khai báo và nộp cho cơ quan hải quan những giấy tờ sau:
1. Tờ khai hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu (nếu có hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu);
2. Tờ khai hành lý của người điều khiển phương tiện vận tải và của hành khách (nếu có).
 
Mục 3
ĐỐI VỚI PHƯƠNG TIỆN VẬN TẢI CỦA CÁ NHÂN, CƠ QUAN, TỔ CHỨC TẠM NHẬP TÁI XUẤT, TẠM XUẤT TÁI NHẬP KHÔNG NHẰM MỤC ĐÍCH THƯƠNG MẠI QUY ĐỊNH TẠI ĐIỀU 47 NGHỊ ĐỊNH 154/2005/NĐ-CP
 
  • Thủ tục hải quan đối với ô tô không nhằm mục đích thương mại khi xuất cảnh, nhập cảnh
1. Đối với ô tô nước ngoài khi nhập cảnh (tạm nhập), người khai hải quan nộp và xuất trình các giấy tờ sau:
a) Đối với ô tô nước ngoài nhập cảnh theo hiệp định song phương giữa Việt Nam với các nước có chung biên giới:
a.1) Văn bản cho phép của cơ quan có thẩm quyền (trừ trường hợp tạm nhập lưu hành tại khu vực cửa khẩu): xuất trình bản chính;
a.2) Giấy đăng ký phương tiện: xuất trình bản chính;
a.3) Giấy tờ khác theo quy định tại Điều ước quốc tế về vận tải đường bộ giữa Việt Nam và nước có chung đường biên giới: xuất trình bản chính;
a.4) Tờ khai phương tiện vận tải đường bộ tạm nhập – tái xuất (mẫu số 46/PTVTĐB/TN-TX kèm theo Thông tư này): do cơ quan hải quan in từ hệ thống;
a.5) Tờ khai nhập cảnh-xuất cảnh (nếu có) của người điều khiển phương tiện và người cùng làm việc trên phương tiện vận tải: xuất trình bản chính.
b) Đối với ô tô nước ngoài có tay lái ở bên phải phải xuất trình bản chính các giấy tờ theo qui định tái Nghị định số 80/2009/NĐ-CP ngày 01/10/2009 của Chính phủ. Cụ thể:
b.1) Văn bản chấp thuận của Bộ Giao thông vận tải;
b.2) Giấy kiểm định an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường đối với xe cơ giới;
b.3) Giấy đăng ký phương tiện;
b.4) Tờ khai nhập cảnh-xuất cảnh (nếu có) của người điều khiển phương tiện;
b.5) Tờ khai phương tiện vận tải đường bộ tạm nhập – tái xuất (mẫu số 46/PTVTĐB/TN-TX kèm theo Thông tư này).
2. Đối với ô tô nước ngoài khi xuất cảnh (tái xuất), người khai hải quan nộp hoặc xuất trình các giấy tờ sau:
a) Tờ khai phương tiện vận tải đường bộ tạm nhập-tái xuất có xác nhận tạm nhập của Chi cục hải quan cửa khẩu làm thủ tục tạm nhập: nộp bản chính;
b) Văn bản cho phép của cơ quan có thẩm quyền: xuất trình bản chính;
c) Văn bản gia hạn tạm nhập (nếu có): nộp bản chính.
3. Đối với ô tô Việt Nam khi xuất cảnh (tạm xuất), nhập cảnh (tái nhập), hồ sơ hải quan tương tự như quy định tại khoản 1 và khoản 2 nêu trên, riêng tờ khai phương tiện in theo mẫu số 47/PTVTĐB/TX-TN kèm theo Thông tư này, trường hợp ô tô được cấp Giấy phép liên vận thì quản lý bằng hệ thống máy tính, không phải in tờ khai phương tiện vận tải.
4. Cơ quan hải quan tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và làm thủ tục hải quan theo quy trình do Tổng cục Hải quan ban hành.
  • Thủ tục hải quan đối với thuyền xuồng, ca nô,… xuất cảnh, nhập cảnh
1. Thủ tục hải quan đối với (tàu, thuyền, xà lan, xuồng, ca nô,...thuộc loại phải đăng ký lưu hành theo qui định đối với phương tiện vận tải thuỷ,… xuất cảnh, nhập cảnh.
a) Chủ phương tiện hoặc người điều khiển phương tiện phải nộp hoặc xuất trình cho cơ quan hải quan những giấy tờ sau:
a.1) Văn bản cho phép của cơ quan có thẩm quyền (trừ trường hợp tạm nhập lưu hành tại khu vực cửa khẩu): xuất trình bản chính;
a.2) Giấy đăng ký phương tiện (nếu có): xuất trình bản chính;
a.3) Tờ khai hàng hoá xuất khẩu hoặc nhập khẩu (nếu có hàng hoá xuất khẩu hoặc nhập khẩu): xuất trình bản chính;
a.4) Tờ khai xuất cảnh hoặc nhập cảnh (nếu có) của người điều khiển phương tiện vận tải và của những người làm việc trên phương tiện vận tải: xuất trình bản chính;
a.5) Tờ khai phương tiện vận tải đường sông tạm nhập – tái xuất (mẫu 48/PTVTĐS/TN-TX kèm theo Thông tư này) hoặc Tờ khai phương tiện vận tải đường sông tạm xuất – tái nhập (mẫu 49/PTVTĐS/TX-TN kèm theo Thông tư này): nộp bản chính.
b) Cơ quan hải quan tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và làm thủ tục hải quan theo quy trình do Tổng cục Hải quan ban hành.
2. Thủ tục hải quan đối với mô tô, xe gắn máy không nhằm mục đích thương mại khi xuất cảnh, nhập cảnh.
a) Đối với mô tô, xe gắn máy nước ngoài khi nhập cảnh (tạm nhập), người khai hải quan nộp hoặc xuất trình các giấy tờ sau:
a.1) Văn bản cho phép của cơ quan có thẩm quyền (trừ trường hợp tạm nhập lưu hành tại khu vực cửa khẩu): nộp bản sao;
a.2) Giấy đăng ký phương tiện: xuất trình bản chính;
a.3) Tờ khai phương tiện vận tải đường bộ tạm nhập – tái xuất (mẫu số 46/PTVTĐB/TN-TX kèm theo Thông tư này): do cơ quan hải quan in từ hệ thống.
b) Đối với mô tô, xe gắn máy nước ngoài khi xuất cảnh (tái xuất), người khai hải quan nộp và xuất trình các giấy tờ sau:
b.1) Tờ khai phương tiện vận tải đường bộ tạm nhập-tái xuất có xác nhận tạm nhập của Chi cục hải quan cửa khẩu làm thủ tục tạm nhập: nộp bản chính;
b.2) Văn bản gia hạn tạm nhập (nếu có): nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính.
c) Đối với mô tô, xe gắn máy hai bánh Việt Nam khi xuất cảnh (tạm xuất), nhập cảnh (tái nhập), hồ sơ hải quan tương tự như quy định tại điểm a và điểm b khoản 2 này, riêng tờ khai phương tiện in theo mẫu số 47/PTVTĐB/TX-TN kèm theo Thông tư này.
d) Cơ quan hải quan tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ, và làm thủ tục hải quan theo quy trình do Tổng cục Hải quan ban hành.
  • Quy định riêng cho các phương tiện vận tải của cá nhân, tổ chức ở khu vực biên giới thường xuyên qua lại khu vực biên giới
1. Các phương tiện này bao gồm:
a) Xe ô tô tải của nước ngoài vào khu vực cửa khẩu Việt Nam trong ngày (01 ngày) để giao hàng nhập khẩu hoặc nhận hàng xuất khẩu;
b) Xe ô tô tải của Việt Nam đi qua biên giới trong ngày (01 ngày) để giao hàng xuất khẩu hoặc nhận hàng nhập khẩu sau đó quay trở lại Việt Nam;
c) Phương tiện vận tải của cá nhân, cơ quan, tổ chức ở khu vực biên giới thường xuyên qua lại khu vực biên giới do nhu cầu sinh hoạt hàng ngày.
2. Đối với trường hợp nêu tại điểm a và điểm b khoản 1 Điều này, nếu có lý do chính đáng cần kéo dài thời gian lưu lại tại khu vực cửa khẩu thì người điều khiển phương tiện hoặc chủ hàng hoá có văn bản đề nghị, lãnh đạo Chi cục hải quan xem xét gia hạn, thời gian gia hạn thêm không quá hai ngày.
3. Các loại phương tiện này chỉ được tạm nhập-tái xuất, tạm xuất-tái nhập qua cùng một cửa khẩu.
4. Các loại phương tiện này không phải có giấy phép, không phải khai bằng tờ khai phương tiện vận tải, cơ quan hải quan cửa khẩu quản lý, theo dõi bằng sổ hoặc bằng hệ thống máy tính.
 
Mục 4
ĐỐI VỚI TÀU BIỂN VIỆT NAM VÀ TÀU BIỂN NƯỚC NGOÀI XUẤT CẢNH, NHẬP CẢNH, QUÁ CẢNH, CHUYỂN CẢNG
 
  • Người khai hải quan
Thuyền trưởng hoặc người đại diện hợp pháp của người vận tải (dưới đây gọi chung là thuyền trưởng) chịu trách nhiệm khai và làm thủ tục hải quan cho tàu biển xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh, chuyển cảng.
  • Địa điểm làm thủ tục hải quan
Thủ tục hải quan đối với tàu biển Việt Nam và tàu biển nước ngoài xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh thực hiện tại trụ sở chính hoặc văn phòng đại diện của Cảng vụ hàng hải, trừ các trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 Điều 54 Nghị định số 21/2012/NĐ-CP ngày 21 tháng 03 năm 2012 của Chính phủ về quản lý cảng biển và luồng hàng hải.
  • Thời hạn làm thủ tục hải quan
Người khai hải quan phải khai và nộp hồ sơ hải quan trong thời hạn sau:
1. Chậm nhất hai giờ đối với tàu biển nhập cảnh, kể từ khi tàu đã vào neo đậu an toàn tại vị trí theo chỉ định của Giám đốc Cảng vụ hàng hải;
2. Chậm nhất hai giờ trước khi tàu rời cảng đối với tàu biển xuất cảnh. Riêng tàu khách và tàu chuyên tuyến, thời gian chậm nhất là ngay trước thời điểm tàu chuẩn bị rời cảng;
3. Trường hợp có lý do chính đáng thì thời hạn trên có thể thay đổi, nhưng thuyền trưởng phải thông báo bằng văn bản cho Chi cục hải quan cảng biết trước ít nhất ba mươi phút.
  • Khai hải quan
Người khai hải quan thực hiện nội dung khai hải quan theo qui định tại Điều 86 Thông tư này và lưu ý các nội dung sau:
1. Bản khai hàng hoá nhập khẩu (cargo declaration) phải được khai đầy đủ, cụ thể, rõ ràng về mô tả hàng hóa (description of goods); không được ghi chung chung như: hàng bách hóa, hàng thiết bị văn phòng, hàng điện tử, điện gia dụng, đồ chơi trẻ em... Mặt hàng nào ghi chung chung thì phải khai và nộp bổ sung bản kê chi tiết (attached list) của mặt hàng đó.
2. Đối với hành lý của thuyền viên:
a) Khai hành lý của cả đoàn vào bản khai hành lý thuyền viên;
b) Đối với hàng hoá của thuyền viên thì mỗi thuyền viên khai vào tờ khai hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phi mậu dịch.
3. Đối với hành lý vượt định mức, hàng hóa của hành khách xuất cảnh, nhập cảnh thực hiện theo quy định tại Nghị định số 66/2002/NĐ-CP ngày 01 tháng 07 năm 2002 của Chính phủ quy định về định mức hành lý của người xuất cảnh, nhập cảnh và quà biếu, tặng nhập khẩu được miễn thuế.         
  • Hồ sơ hải quan
1. Đối với tàu biển nhập cảnh, thuyền trưởng nộp hồ sơ cho Chi cục hải quan cảng, gồm:
a) Bản khai chung: 01 bản chính;
b) Bản khai hàng hoá: 01 bản chính;
c) Bản khai hàng hóa nguy hiểm (nếu có): 01 bản chính;
d) Bản khai dự trữ của tàu: 01 bản chính;
e) Danh sách thuyền viên: 01 bản chính;
g) Danh sách hành khách (nếu có): 01 bản sao;
h) Bản khai hàng hóa, hành lý của thuyền viên: 01 bản chính;
i) Bản khai hàng hóa chuyển cảng, quá cảnh, trung chuyển (nếu có): 01 bản chính.
2. Đối với tàu biển nước ngoài xuất cảnh, nếu không có nội dung thay đổi so với nội dung đã khai báo khi tàu nhập cảnh thì thuyền trưởng không phải nộp các giấy tờ nêu tại khoản 1 Điều này, trừ bản khai chung, bản khai hàng hóa, danh sách hành khách (nếu có vận chuyển hành khách); nếu có nội dung thay đổi so với nội dung đã khai báo khi tàu nhập cảnh thì nộp các giấy tờ nêu tại khoản 1 Điều này, trừ bản khai hàng hóa chuyển cảng, quá cảnh, trung chuyển; ngoài ra xuất trình các giấy tờ sau:
a) Hoá đơn mua hàng cung ứng tàu biển;
b) Hoá đơn mua hàng miễn thuế (theo đơn đặt hàng).
3. Đối với tàu biển Việt Nam xuất cảnh, thuyền trưởng nộp hồ sơ cho Chi cục hải quan cảng, gồm:
a) Bản khai chung: 01 bản chính;
b) Bản lược khai hàng hoá: 01 bản chính;
c) Bản khai dự trữ của tàu: 01 bản chính;
d) Danh sách thuyền viên: 01 bản chính;
e) Bản khai hàng hóa, hành lý của thuyền viên: 01 bản chính;
g) Danh sách hành khách (nếu có): 01 bản sao.
4. Đối với tàu biển quá cảnh:
a) Khi làm thủ tục nhập cảnh, thuyền trưởng nộp hồ sơ cho Chi cục hải quan cảng nơi tàu nhập cảnh như quy định nêu tại khoản 1 Điều này.
Chi cục hải quan cảng nơi tàu nhập cảnh niêm phong hồ sơ (gồm 01 bản khai hàng hoá và 01 phiếu chuyển hồ sơ tàu), giao thuyền trưởng để chuyển cho Chi cục hải quan cảng nơi tàu xuất cảnh.
b) Khi làm thủ tục xuất cảnh, thuyền trưởng nộp cho Chi cục hải quan cảng nơi tàu xuất cảnh: Bản khai chung (01 bản chính) và hồ sơ do Chi cục hải quan cảng nơi tàu nhập cảnh chuyển đến.
5. Đối với tàu biển chuyển cảng
a) Tại cảng nơi tàu đi:
 a.1) Thuyền trưởng nộp cho Chi cục hải quan cảng bản khai chung, bản khai hàng hoá nhập khẩu chuyển cảng, bản khai hàng hoá xuất khẩu đã được xếp lên tàu, bản khai hàng hoá quá cảnh, chuyển tải (nếu có): mỗi loại 01 bản.
a.2) Chi cục hải quan cảng niêm phong hồ sơ chuyển cảng, giao cho thuyền trưởng để nộp cho Chi cục hải quan cảng nơi tàu đến.
b) Tại cảng nơi tàu đến, thuyền trưởng nộp bản khai chung (01 bản chính) và hồ sơ chuyển cảng đã niêm phong hải quan do Chi cục hải quan cảng đi chuyển đến.
 
Mục 5
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI TÀU BAY XUẤT CẢNH, NHẬP CẢNH, QUÁ CẢNH, CHUYỂN CẢNG
 
  • Trách nhiệm của Cảng vụ hàng không, tổ chức vận tải hàng không, người điều khiển tàu bay
1. Chậm nhất hai mươi bốn giờ (đối với chuyến bay không thường lệ thì chậm nhất một giờ) trước khi tàu bay nhập cảnh và trước khi cơ quan hàng không hoàn thành thủ tục hàng không cho hành khách xuất cảnh và hàng hóa xuất khẩu, Cảng vụ hàng không có trách nhiệm cung cấp cho cơ quan hải quan các thông tin sau đây:
a) Số hiệu chuyến bay;
b) Quốc tịch tàu bay;
c) Loại tàu bay;
d) Hành trình bay;
e) Thời gian đến - đi của tàu bay;
g) Vị trí đỗ của tàu bay;
h) Cửa vào của hành khách;
i) Thời gian xếp, dỡ hàng hóa lên, xuống tàu bay.
Cảng vụ hàng không có trách nhiệm thông báo trước một giờ (khi tàu bay xuất cảnh, nhập cảnh) cho cơ quan hải quan khi có thay đổi về các thông tin, số liệu nêu trên.
2. Chậm nhất 02 giờ (đối với hành trình bay tuyến dài trên 06 giờ bay) và 01 giờ (đối với hành trình bay tuyến ngắn từ 06 giờ bay trở xuống) trước khi tàu bay nhập cảnh và trước khi cơ quan hàng không hoàn thành thủ tục hàng không cho hành khách xuất cảnh và hàng hóa xuất khẩu, tổ chức vận tải hàng không có trách nhiệm cung cấp cho cơ quan hải quan các thông tin sau đây:
a) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh, chuyển cảng;
b) Hành lý ký gửi;
c) Danh sách hành khách;
d) Danh sách tổ lái và nhân viên làm việc trên tàu bay.
3. Ngay sau khi cơ quan hàng không hoàn thành thủ tục hàng không cho hàng hóa, hành lý xuất khẩu, hành khách xuất cảnh và ngay sau khi tàu bay nhập cảnh đỗ tại vị trí chỉ định, người điều khiển tàu bay hoặc người đại diện hợp pháp nộp hồ sơ hải quan cho cơ quan hải quan, gồm:
a) Tờ khai tổng hợp tàu bay: 01 bản chính;
b) Bản lược khai hàng hóa: 02 bản chính;
c) Bản lược khai hành lý ký gửi: 02 bản chính;
d) Danh sách hành khách: 01 bản chính;
e) Danh sách tổ lái và nhân viên làm việc trên tàu bay: 01 bản chính.
  • Trách nhiệm của cơ quan hải quan
Cơ quan hải quan có trách nhiệm tiếp nhận, xử lý các thông tin, số liệu nêu tại khoản 1 và khoản 2 Điều 87 Thông tư này từ Cảng vụ hàng không và tổ chức vận tải hàng không cung cấp; tiếp nhận hồ sơ hải quan nêu tại khoản 3 Điều 87 Thông tư này từ người điều khiển máy bay hoặc người đại diện hợp pháp nộp để làm thủ tục hải quan cho tàu bay theo quy định của pháp luật.
  • Thủ tục hải quan đối với tàu bay xuất cảnh, nhập cảnh quốc tế kết hợp vận chuyển nội địa, tàu bay vận chuyển nội địa kết hợp vận chuyển hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu
1. Thủ tục hải quan đối với tàu bay xuất cảnh, nhập cảnh quốc tế có kết hợp vận chuyển nội địa thực hiện như đối với tàu bay chuyển cảng. Trên chuyến bay có hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu thuộc loại hình nào thì phải thực hiện thủ tục hải quan theo quy định đối với loại hình đó.
2. Trường hợp tàu bay vận chuyển nội địa kết hợp vận chuyển hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu; hãng vận chuyển phải sắp xếp hàng hóa, hành lý xuất khẩu, nhập khẩu tại vị trí riêng biệt trong khoang hầm hàng để đảm bảo việc niêm phong hải quan.
 
Mục 6
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI TÀU LIÊN VẬN QUỐC TẾ NHẬP CẢNH, XUẤT CẢNH BẰNG ĐƯỜNG SẮT
 
  • Thủ tục hải quan đối với tàu nhập cảnh
1. Tại ga liên vận biên giới
a) Ngay sau khi tàu đến ga liên vận biên giới, trưởng tàu hoặc người đại diện (sau đây gọi chung là trưởng tàu) nộp cho Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận biên giới những giấy tờ sau:
a.1) Giấy giao tiếp hàng hoá (đối với tàu chở hàng hóa): 01 bản chính;
a.2) Vận đơn: 01 bản photocopy liên 2;
a.3) Giấy giao tiếp toa xe: 01 bản chính;
a.4) Bản trích lược khai hàng hóa dỡ xuống từng ga liên vận nội địa: nộp 02 bản chính (theo mẫu số 50/BLK/ĐS ban hành kèm theo Thông tư này);
a.5) Danh sách hành khách và phiếu gửi hành lý không mang theo người của hành khách (đối với tàu khách liên vận và hành khách làm thủ tục tại ga liên vận biên giới): 01 bản chính;
a.6) Danh sách, tờ khai hành lý của tổ lái và những người làm việc trên tàu (đối với đoàn tàu khách liên vận và hành khách làm thủ tục hải quan tại ga liên vận biên giới): 01 bản chính.
b) Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận biên giới có trách nhiệm:
b.1) Tiếp nhận, kiểm tra giấy tờ do trưởng tàu nộp;
b.2) Đối chiếu kiểm tra thực tế về đầu máy, số lượng, số hiệu từng toa xe chứa hàng hoá, hành lý ký gửi;
b.3) Kiểm tra niêm phong của tổ chức vận tải đối với từng toa xe chứa hàng hoá, hành lý ký gửi;
b.4) Niêm phong hải quan từng toa xe chứa hàng hoá hoặc từng lô hàng sẽ dỡ xuống ga liên vận nội địa; trường hợp hàng hóa không thể niêm phong được như hàng siêu trường, siêu trọng, hàng rời… thì trưởng tàu chịu trách nhiệm đảm bảo nguyên trạng hàng hóa;  
b.5) Giám sát trong quá trình tàu đỗ tại ga: dỡ hàng hoá, hành lý ký gửi xuống kho, bãi để làm thủ tục nhập khẩu tại ga;
b.6) Lập biên bản bàn giao hàng hoá nhập khẩu chuyển cảng cho Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận nội địa: 02 bản;
b.7) Đóng dấu nghiệp vụ lên những giấy tờ do trưởng tàu nộp; niêm phong hồ sơ hải quan gồm: bản trích lược khai hàng hóa dỡ xuống ga liên vận nội địa: 01 bản chính; vận đơn dỡ hàng tại ga liên vận nội địa: 01 bản photocopy liên 2; biên bản bàn giao 01 bản.
2. Tại ga liên vận nội địa
a) Ngay sau khi tàu đến ga liên vận nội địa, trưởng tàu hoặc người đại diện hợp pháp nộp cho Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận nội địa:
a.1) Các giấy tờ còn nguyên niêm phong của Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận biên giới;
a.2) Danh sách hành khách và phiếu gửi hành lý không theo người của hành khách (đối với tàu khách liên vận và hành khách làm thủ tục hải quan tại ga liên vận nội địa): 01 bản chính;
a.3) Danh sách, tờ khai hành lý của tổ lái và những người làm việc trên tàu (đối với đoàn tàu khách liên vận và hành khách làm thủ tục hải quan tại ga liên vận nội địa): 01 bản chính.
b) Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận nội địa có trách nhiệm:
b.1) Tiếp nhận, kiểm tra giấy tờ do trưởng tàu nộp;
b.2) Đối chiếu kiểm tra thực tế về số lượng và số hiệu từng toa xe chứa hàng hoá, hành lý ký gửi;
b.3) Kiểm tra niêm phong của tổ chức vận tải, niêm phong của Hải quan cửa khẩu ga liên vận biên giới (nếu có) đối với từng toa xe chứa hàng hoá, hành lý ký gửi;
b.4) Giám sát trong quá trình tàu đỗ tại ga;
b.5) Đóng dấu nghiệp vụ và trả lại các giấy tờ do Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận biên giới gửi đến.
  • Thủ tục hải quan đối với tàu xuất cảnh
1. Tại ga liên vận nội địa:
a) Trước khi tàu rời ga liên vận nội địa, trưởng tàu hoặc người đại diện hợp pháp nộp cho Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận nội địa những giấy tờ sau:
a.1) Bản xác báo thứ tự lập tàu (đối với đoàn tàu khách liên vận làm thủ tục hải quan tại ga liên vận nội địa): 01 bản chính;
a.2)  Vận đơn: 01 bản photocopy liên 2 (đối với tàu có toa xe chở hàng xuất khẩu);
a.3) Danh sách, tờ khai hành lý của tổ lái và những người làm việc trên tàu (đối với đoàn tàu khách liên vận và hành khách làm thủ tục hải quan tại ga nội địa): 01 bản chính;
a.4) Danh sách hành khách và phiếu gửi hành lý không theo người của hành khách (đối với tàu khách liên vận và hành khách làm thủ tục hải quan tại ga nội địa): 01 bản chính.
b) Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận nội địa có trách nhiệm:
b.1) Tiếp nhận, kiểm tra các giấy tờ do trưởng tàu hoặc người đại diện hợp pháp nộp;
b.2) Niêm phong hải quan từng toa xe chứa hàng hoá xuất khẩu hoặc từng lô hàng xuất khẩu; trường hợp hàng hóa không thể niêm phong được như hàng siêu trường, siêu trọng, hàng rời… thì trưởng tàu chịu trách nhiệm đảm bảo nguyên trạng hàng hóa;
b.3) Lập biên bản bàn giao hàng hoá xuất khẩu cho Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận biên giới: 02 bản;
b.4) Đóng dấu nghiệp vụ lên những giấy tờ do trưởng tàu nộp;
b.5) Niêm phong hồ sơ hải quan gồm: biên bản bàn giao 01 bản; lược khai hàng hóa xuất khẩu: 01 bản sao; vận đơn 01 bản photocopy liên 2, giao cho trưởng tàu hoặc người đại diện hợp pháp để nộp cho Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận biên giới.
2. Tại ga liên vận biên giới:
a) Khi tàu tới ga liên vận biên giới, trưởng tàu hoặc người đại diện hợp pháp nộp cho Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận biên giới:
a.1) Các giấy tờ đã được Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận nội địa niêm phong;
a.2) Bản xác báo thứ tự lập tàu 01 bản chính có đóng dấu của ga biên giới (nếu là tàu chuyên chở hàng hoá);
a.3) Giấy giao tiếp toa xe, Giấy giao tiếp hàng hóa (đối với tàu chở hàng hóa): 01 bản chính;
a.4) Danh sách hành khách và phiếu gửi hành lý không theo người của hành khách (đối với tàu khách liên vận và hành khách làm thủ tục hải quan tại ga liên vận biên giới): 01 bản chính.
a.5) Danh sách, tờ khai hành lý của tổ lái và những người làm việc trên tàu (đối với tàu khách liên vận và hành khách làm thủ tục tại ga liên vận biên giới): 01 bản chính;
b) Nhiệm vụ của Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận biên giới:
b.1) Tiếp nhận, kiểm tra những giấy tờ do trưởng tàu hoặc người đại diện hợp pháp nộp;
b.2) Đối chiếu, kiểm tra thực tế về đầu máy, số lượng và số hiệu từng toa xe chứa hàng hoá, hành lý ký gửi;
b.3) Tổ chức giám sát việc xếp hàng hoá, hành lý đã làm thủ tục hải quan lên từng toa tàu;
b.4) Niêm phong hải quan từng toa tàu chứa hàng hoá, hành lý ký gửi hoặc từng lô hàng; trường hợp hàng hóa không thể niêm phong được như hàng siêu trường, siêu trọng, hàng rời… thì trưởng tàu chịu trách nhiệm đảm bảo nguyên trạng hàng hóa cho đến khi tàu xuất cảnh;
b.5) Tổ chức giám sát trong quá trình tàu đỗ tại ga;
b.6) Đóng dấu nghiệp vụ lên các giấy tờ do trưởng tàu hoặc người đại diện hợp pháp nộp;
b.7) Đóng dấu và trả lại các giấy tờ do Chi cục hải quan cửa khẩu ga liên vận nội địa gửi đến.
 
Phần V
THUẾ XUẤT KHẨU, THUẾ NHẬP KHẨU
VÀ CÁC QUY ĐỊNH KHÁC VỀ QUẢN LÝ THUẾ
ĐỐI VỚI HÀNG HOÁ XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU
 
Mục 1
CĂN CỨ TÍNH THUẾ, PHƯƠNG PHÁP TÍNH
THUẾ XUẤT KHẨU, THUẾ NHẬP KHẨU
 
  • Căn cứ tính thuế đối với hàng hoá áp dụng thuế suất theo tỷ lệ phần trăm
Đối với hàng hoá áp dụng thuế suất theo tỷ lệ phần trăm, căn cứ tính thuế xác định như sau:
1. Số lượng đơn vị từng mặt hàng thực tế xuất khẩu, nhập khẩu ghi trong tờ khai hải quan.
2. Trị giá tính thuế thực hiện theo quy định tại Luật Hải quan, Luật Quản lý thuế, Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 45/2005/QH11 ngày 14 tháng 06 năm 2005, Nghị định số 40/2007/NĐ-CP ngày 16 tháng 3 năm 2007 của Chính phủ quy định về việc xác định trị giá hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu; Thông tư số 205/2010/TT-BTC ngày 15/12/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn Nghị định số 40/2007/NĐ-CP.
 3. Thuế suất
a) Thuế suất thuế xuất khẩu đối với hàng hoá xuất khẩu được quy định cụ thể cho một số mặt hàng tại Biểu thuế xuất khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành.
b) Thuế suất thuế nhập khẩu đối với hàng hoá nhập khẩu được quy định cụ thể cho từng mặt hàng, bao gồm thuế suất ưu đãi, thuế suất ưu đãi đặc biệt và thuế suất thông thường:
b.1) Thuế suất ưu đãi áp dụng đối với hàng hóa nhập khẩu có xuất xứ từ nước, nhóm nước hoặc vùng lãnh thổ thực hiện đối xử tối huệ quốc trong quan hệ thương mại với Việt Nam. Danh sách nước, nhóm nước hoặc vùng lãnh thổ thực hiện đối xử tối huệ quốc với Việt Nam do Bộ Công thương công bố.
Thuế suất ưu đãi được quy định cụ thể cho từng mặt hàng tại Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành.
Người nộp thuế tự khai và tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về xuất xứ hàng hóa để làm cơ sở xác định mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi. 
b.2) Thuế suất ưu đãi đặc biệt được quy định cụ thể cho từng mặt hàng tại các Quyết định của Bộ trưởng Bộ Tài chính, được hướng dẫn thực hiện tại Thông tư số 45/2007/TT-BTC ngày 07 tháng 5 năm 2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt.
b.3) Thuế suất thông thường áp dụng đối với hàng hóa nhập khẩu có xuất xứ từ nước, nhóm nước hoặc vùng lãnh thổ không thực hiện đối xử tối huệ quốc hoặc không thực hiện ưu đãi đặc biệt về thuế nhập khẩu với Việt Nam. Thuế suất thông thường được áp dụng thống nhất bằng 150% mức thuế suất ưu đãi của từng mặt hàng tương ứng quy định tại Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi:
Thuế suất thông thường = Thuế suất ưu đãi x 150%
Việc phân loại hàng hoá để xác định các mức thuế suất nêu tại khoản 3 Điều này phải tuân thủ theo đúng các nguyên tắc phân loại hàng hoá quy định tại Nghị định số 06/2003/NĐ-CP ngày 22 tháng 01 năm 2003 của Chính phủ quy định về việc phân loại hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu và Thông tư số 49/2010/TT-BTC ngày 12/4/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc phân loại, áp dụng mức thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. Trường hợp nhập khẩu máy móc, thiết bị thuộc các chương 84 hoặc chương 85 của Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi là tổ hợp, dây chuyền, đáp ứng chú giải 3, 4, 5 Phần XVI của Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu Việt Nam thì ngoài quy định nêu trên còn phải thực hiện thủ tục kê khai theo hướng dẫn tại Điều 97 Thông tư này.
c) Ngoài việc chịu thuế theo hướng dẫn tại điểm b.1, b.2 hoặc b.3 khoản này, nếu hàng hóa nhập khẩu quá mức vào Việt Nam, có sự trợ cấp, được bán phá giá hoặc có sự phân biệt đối xử đối với hàng hóa xuất khẩu của Việt Nam thì bị áp dụng thuế chống trợ cấp, thuế chống bán phá giá, thuế chống phân biệt đối xử, thuế để tự vệ và được thực hiện theo các văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn riêng.
  • Phương pháp tính thuế đối với hàng hoá áp dụng thuế suất theo tỷ lệ phần trăm
1. Việc xác định số tiền thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu phải nộp đối với hàng hoá áp dụng thuế suất theo tỷ lệ phần trăm được căn cứ vào số lượng đơn vị từng mặt hàng thực tế xuất khẩu, nhập khẩu ghi trong tờ khai hải quan, trị giá tính thuế, thuế suất từng mặt hàng và được thực hiện theo công thức sau:
 
Số tiền thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu phải nộp  
=
Số lượng đơn vị từng mặt hàng thực tế xuất khẩu, nhập khẩu ghi trong tờ khai hải quan  
x
Trị giá tính thuế tính trên một đơn vị hàng hóa  
x
Thuế suất của từng mặt hàng
Trường hợp hàng hoá là dầu thô, dầu khí thiên nhiên, việc xác định thuế xuất khẩu phải nộp được thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 32/2009/TT-BTC ngày 19 tháng 02 năm 2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện quy định về thuế đối với tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí theo quy định của Luật Dầu khí.
2. Trường hợp số lượng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực tế có chênh lệch so với hoá đơn thương mại do tính chất của hàng hoá, phù hợp với điều kiện giao hàng và điều kiện thanh toán trong hợp đồng mua bán hàng hoá thì số tiền thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu phải nộp được xác định trên cơ sở trị giá thực thanh toán cho hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và thuế suất từng mặt hàng.
Ví dụ: Doanh nghiệp nhập khẩu sợi thuốc lá theo hợp đồng, số lượng 1000 tấn, đơn giá 100USD/tấn, thuỷ phần ± 2%. Hoá đơn thương mại ghi = 1000 tấn x 100 USD, trị giá thanh toán là 100.000 USD. Khi nhập khẩu cơ quan hải quan kiểm tra qua cân lượng là 1020 tấn hoặc 980 tấn thì trị giá thanh toán để tính thuế là 100.000 USD.
  • Căn cứ tính thuế đối với hàng hoá áp dụng thuế tuyệt đối
Căn cứ tính thuế đối với hàng hoá áp dụng thuế tuyệt đối xác định như sau:
1. Số lượng đơn vị từng mặt hàng thực tế xuất khẩu, nhập khẩu ghi trong tờ khai hải quan được quy định tại Danh mục hàng hóa áp dụng thuế tuyệt đối.
2. Mức thuế tuyệt đối quy định trên một đơn vị hàng hoá. 
  • Phương pháp tính thuế đối với hàng hoá áp dụng thuế tuyệt đối
Việc xác định số tiền thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu phải nộp đối với hàng hóa áp dụng thuế tuyệt đối thực hiện theo công thức sau:
 
Số tiền thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu phải nộp  
=
Số lượng đơn vị từng mặt hàng thực tế xuất khẩu, nhập khẩu ghi trong tờ khai hải quan  
x
Mức thuế tuyệt đối quy định trên một đơn vị hàng hoá
 
  • Áp dụng căn cứ tính thuế đối với một số trường hợp đặc biệt
1. Đối với hàng hoá có thay đổi mục đích sử dụng so với mục đích đã được xác định thuộc đối tượng không chịu thuế, miễn thuế, xét miễn thuế thì căn cứ để tính thuế là trị giá tính thuế, thuế suất và tỷ giá tại thời điểm có sự thay đổi mục đích sử dụng. Trong đó:
a) Trị giá tính thuế nhập khẩu thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư 205/2010/TT-BTC.
b) Thuế suất để tính thuế nhập khẩu không phân biệt hàng hoá khi nhập khẩu ban đầu là hàng hoá mới hay đã qua sử dụng áp dụng theo mức thuế suất của hàng hoá mới tại thời điểm có sự thay đổi mục đích sử dụng.
c) Căn cứ để xác định thời điểm có sự thay đổi mục đích sử dụng
c.1) Trường hợp phải có văn bản của cơ quan có thẩm quyền cho phép chuyển đổi mục đích sử dụng: là ngày cơ quan nhà nước có thẩm quyền có văn bản cho phép chuyển đổi mục đích sử dụng.
c.2) Trường hợp không phải có văn bản của cơ quan có thẩm quyền cho phép chuyển đổi mục đích sử dụng: Người khai hải quan xuất trình bản kê khai thuế với cơ quan hải quan trong thời hạn mười ngày kể từ ngày chuyển đổi mục đích sử dụng như đã hướng dẫn tại khoản 8 Điều 11 Thông tư này, các chứng từ/tài liệu khác thể hiện thời gian thay đổi mục đích sử dụng để làm căn cứ xác định thời điểm có sự thay đổi mục đích sử dụng.
c.3) Trường hợp không phải có văn bản của cơ quan có thẩm quyền cho phép chuyển đổi mục đích sử dụng nhưng người khai hải quan không có đủ chứng từ để xác định thời điểm này thì thời điểm có sự thay đổi mục đích sử dụng làm căn cứ tính thuế là ngày đăng ký tờ khai hải quan trước đây. Trường hợp hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu chuyển đổi mục đích sử dụng là hàng hóa cùng loại, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau nhưng người khai hải quan không có đủ chứng từ chứng minh thời điểm thay đổi mục đích sử dụng và cơ quan hải quan không có đủ cơ sở để xác định thời điểm này thì thực hiện hướng dẫn tại c.2.2 khoản 6 Điều 25 Thông tư này.
2. Đối với hàng hoá sản xuất, gia công, tái chế, lắp ráp tại khu phi thuế quan có sử dụng nguyên liệu, linh kiện nhập khẩu từ nước ngoài nêu tại khoản 16 Điều 100 Thông tư này thì căn cứ tính thuế được xác định như sau:
a) Trường hợp tổ chức, cá nhân nhập khẩu vào nội địa đã đăng ký với cơ quan hải quan về danh mục hàng hoá nhập khẩu sử dụng làm nguyên liệu, linh kiện, bán thành phẩm sản xuất hàng nhập khẩu vào nội địa và định mức nguyên liệu, linh kiện, bán thành phẩm dùng để sản xuất hàng nhập khẩu trước khi nhập vào nội địa Việt Nam thì việc xác định thuế nhập khẩu phải nộp căn cứ vào số lượng, mức thuế suất và giá tính thuế của phần nguyên liệu, linh kiện, bán thành phẩm nhập khẩu từ nước ngoài cấu thành trong hàng hoá. Cụ thể:
a.1) Lượng hàng hoá nhập khẩu làm căn cứ tính thuế là số lượng nguyên liệu, linh kiện thực tế nhập khẩu từ nước ngoài cấu thành trong hàng hoá sản xuất tại khu phi thuế quan nay nhập khẩu vào thị trường nội địa.
a.2) Thuế suất thuế nhập khẩu được tính theo mức thuế suất thuế nhập khẩu của từng loại nguyên liệu, linh kiện theo quy định tại Biểu thuế thuế nhập khẩu ưu đãi hiện hành tại thời điểm đăng ký tờ khai nhập khẩu lần đầu vào khu phi thuế quan. Trường hợp đáp ứng đủ các điều kiện tại các Thông tư hướng dẫn áp dụng thuế suất thuế ưu đãi đặc biệt do Bộ Tài chính ban hành thì được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo quy định của Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt có hiệu lực tại thời điểm đăng ký tờ khai nhập khẩu vào thị trường khu phi thuế quan.
a.3) Trị giá tính thuế được xác định theo trị giá phần nguyên liệu, linh kiện nhập khẩu từ nước ngoài cấu thành trong hàng hóa theo hướng dẫn tại Thông tư 205/2010/TT-BTC.
b) Trường hợp không xác định được số thuế nhập khẩu theo quy định tại điểm a khoản này thì thuế nhập khẩu được tính theo mức thuế suất và giá tính thuế của mặt hàng sản xuất, gia công, tái chế, lắp ráp nhập khẩu vào nội địa Việt Nam tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan.
3. Đối với hàng hoá nhập khẩu phải chịu thêm một trong các biện pháp về thuế nhập khẩu (thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế chống phân biệt đối xử) thì giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt, giá tính thuế giá trị gia tăng phải cộng thêm thuế tự vệ/chống bán phá giá/chống trợ cấp/chống phân biệt đối xử
  • Thủ tục kê khai, phân loại, tính thuế đối với máy móc, thiết bị thuộc các Chương 84, Chương 85 và Chương 90 của Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi là tổ hợp, dây chuyền, đáp ứng chú giải 3, 4, 5 Phần XVI của Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu Việt Nam
1. Hàng hóa hoàn chỉnh hoặc hoàn thiện nhưng ở dạng chưa lắp ráp hoặc tháo rời được phân loại chung một nhóm với hàng hóa đã lắp ráp.
Máy móc, thiết bị thuộc các Chương 84, Chương 85 của Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi bao gồm cả nhập khẩu máy móc, thiết bị dạng nguyên chiếc hay dạng tháo rời nếu thỏa mãn các nội dung nêu tại chú giải 3, 4 và 5 Phần XVI Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu Việt Nam thì thực hiện phân loại theo máy chính. không phân biệt những máy móc, thiết bị đó được nhập khẩu từ một hay nhiều nguồn, về cùng chuyến hay nhiều chuyến, làm thủ tục tại một hay nhiều cửa khẩu khác nhau.
2. Để có cơ sở theo dõi và thực hiện phân loại những máy móc, thiết bị  là tổ hợp hoặc dây chuyền được nhập khẩu từ một hay nhiều nguồn, về cùng chuyến hay nhiều chuyến, làm thủ tục tại một hay nhiều cửa khẩu khác nhau, nhập khẩu dưới dạng nguyên chiếc hay tháo rời, thủ tục thực hiện như sau:
a)  Trách nhiệm của người khai hải quan:
a.1) Ngoài thủ tục hải quan theo quy định, người khai hải quan có trách nhiệm đăng ký Danh mục máy móc, thiết bị thuộc Chương 84 hoặc Chương 85 là tổ hợp, dây chuyền tính thuế theo máy chính (theo mẫu số 51/ĐKDM-MC ban hành kèm theo Thông tư này)  với Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp đóng trụ sở. Trường hợp nơi đóng trụ sở không có Chi cục hải quan thì đăng ký với Chi cục hải quan nơi thuận tiện nhất.
Nếu người khai hải quan/người nộp thuế đăng ký danh mục và nhập khẩu máy móc, thiết bị (một lần hay nhiều lần) tại cùng một Chi cục thì thông báo cho Chi cục đó khi làm thủ tục đăng ký danh mục để Chi cục thực hiện thủ tục tiếp nhận đăng ký danh mục theo quy định tại điểm b.1 dưới đây.
a.2) Hồ sơ, tài liệu nộp khi đăng ký Danh mục máy móc, thiết bị thuộc Chương 84, Chương 85  là tổ hợp, dây chuyền:
a.2.1) Danh mục máy móc, thiết bị thuộc Chương 84, Chương 85 là tổ hợp, dây chuyền dự kiến nhập khẩu (theo mẫu số 51/ĐKDM-MC ban hành kèm theo Thông tư này)  trong đó nêu rõ tên, số lượng, đơn giá, mã số theo Biểu thuế của máy móc, thiết bị, loại và mã số của máy móc, thiết bị chính: nộp 02 bản chính kèm theo 01 phiếu theo dõi trừ lùi (theo mẫu số 52/ĐKDM-PTL ban hành kèm theo Thông tư này);
a.2.2) Bản thuyết minh và sơ đồ lắp đặt thể hiện rõ vị trí của từng loại máy móc, thiết bị trong Danh mục máy móc, thiết bị thuộc Chương 84 hoặc Chương 85 là tổ hợp, dây chuyền: nộp bản sao xuất trình bản chính để đối chiếu;
a.2.3) Bản cam kết và chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc kê khai chính xác, trung thực của 2 loại tài liệu trên.
a.3) Nộp đủ thuế theo từng máy móc, thiết bị trong Danh mục và bị xử phạt vi phạm nếu việc kê khai không đúng.
b) Trách nhiệm của cơ quan hải quan:
b.1) Khi tiếp nhận Danh mục máy móc, thiết bị thuộc Chương 84, Chương 85 là tổ hợp, dây chuyền: Chi cục hải quan nơi người khai hải quan/người nộp thuế đăng ký Danh mục có trách nhiệm, kiểm tra, nếu thoả mãn các nội dung nêu tại các chú giải 3, 4 và 5 Phần XVI thì lập sổ theo dõi, đóng dấu xác nhận vào 02 bản Danh mục hàng hoá nhập khẩu và 01 bản phiếu theo dõi trừ lùi (lưu 01 bản chính Danh mục, giao cho người khai hải quan/người nộp thuế 01 bản chính Danh mục kèm 01 bản chính phiếu theo dõi trừ lùi để xuất trình cho cơ quan hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu hàng hóa để thực hiện tính thuế theo máy chính và thực hiện trừ lùi khi làm thủ tục hải quan cho hàng hoá thực tế nhập khẩu) theo qui định.
Nếu người khai hải quan/người nộp thuế đăng ký Danh mục và làm thủ tục nhập khẩu (một lần hay nhiều lần) toàn bộ máy móc, thiết bị thuộc Chương 84, Chương 85 là tổ hợp, dây chuyền tại cùng một Chi cục hải quan thì Chi cục hải quan tiếp nhận đăng ký danh mục (đồng thời là Chi cục hải quan làm thủ tục nhập khẩu), sau khi lập sổ theo dõi, đóng dấu xác nhận vào 02 bản Danh mục hàng hoá nhập khẩu (lưu 01 bản chính Danh mục, giao cho người nộp thuế 01 bản chính Danh mục), sẽ giữ lại 01 bản chính phiếu theo dõi trừ lùi và thực hiện thủ tục quy định tại điểm b.2 dưới đây.
b.2) Khi làm thủ tục nhập khẩu: Ngoài thủ tục hải quan theo quy định, cơ quan hải quan căn cứ hồ sơ hải quan, đối chiếu với phiếu theo dõi trừ lùi để trừ lùi những máy móc, thiết bị người khai hải quan/người nộp thuế đã thực tế nhập khẩu và ký xác nhận theo quy định. Lưu 01 bản sao Danh mục máy móc, thiết bị và phiếu theo dõi trừ lùi đã thực hiện trừ lùi vào hồ sơ hải quan.
Hết lượng hàng hoá nhập khẩu ghi trong phiếu theo dõi trừ lùi, Lãnh đạo Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục cuối cùng xác nhận lên bản chính phiếu theo dõi trừ lùi của người khai hải quan/người nộp thuế lưu 01 bản sao, cấp cho người khai hải quan/người nộp thuế 01 bản sao và gửi bản chính đến Chi cục Hải quan nơi cấp phiếu theo dõi trừ lùi.
Trường hợp Chi cục Hải quan tiếp nhận đăng ký danh mục đồng thời là Chi cục Hải quan làm thủ tục nhập khẩu máy móc, thiết bị như đã nêu tại điểm b.1 trên, sau khi Lãnh đạo Chi cục đã xác nhận hết lượng hàng hóa nhập khẩu trong phiếu theo dõi trừ lùi, Chi cục lưu bản chính,  cấp cho người khai  Hải quan/người nộp thuế 01 bản sao, gửi 01 bản sao phiếu theo dõi trừ lùi kèm hồ sơ đăng ký danh mục cho Chi cục Kiểm tra sau thông quan theo quy định tại điểm b.3 dưới đây.
b.3) Sau khi nhận được bản chính phiếu theo dõi trừ lùi do Chi cục hải quan nơi làm thủ tục cuối cùng gửi đến, Chi cục hải quan nơi đăng ký Danh mục và cấp phiếu theo dõi trừ lùi tập hợp toàn bộ hồ sơ đăng ký danh mục chuyển cho Chi cục kiểm tra sau thông quan để làm cơ sở kiểm tra sau thông quan việc sử dụng tổ hợp máy móc, thiết bị đã tính thuế theo máy chính
c) Các trường hợp thực tế nhập khẩu nhưng không đúng như Danh mục nhập khẩu máy móc, thiết bị thuộc các chương 84, chương 85 là tổ hợp, dây chuyền đã thông báo thì người khai hải quan/người nộp thuế có trách nhiệm tự kê khai, nộp thuế theo từng máy. Trường hợp cơ quan hải quan hoặc cơ quan khác kiểm tra phát hiện, xác định thực tế hàng hóa không được lắp đặt, sử dụng như một tổ hợp, dây chuyền thì ngoài việc phải nộp đủ số tiền thuế theo từng máy móc, thiết bị còn bị xử phạt theo quy định
d) Các trường hợp nhập khẩu máy móc, thiết bị đồng bộ, toàn bộ trước đây đã được cơ quan có thẩm quyền xác nhận máy chính, hàng hóa thực nhập đã được phân loại theo máy chính, phần còn lại nhập khẩu được tiếp tục thực hiện phân loại theo máy chính.
3. Các trường hợp nhập khẩu máy móc, thiết bị thỏa mãn các chú giải 3, 4, 5 phần XVI Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu Việt Nam nhưng người khai hải quan/người nộp thuế không muốn phân loại theo hướng dẫn tại điểm 1 Điều này thì sẽ phân loại, tính thuế theo từng máy móc, thiết bị.
4. Các trường hợp nhập khẩu máy móc, thiết bị thuộc chương 90 của Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi, nếu thỏa mãn các chú giải 3, 4 phần VI  Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu Việt Nam, không phân biệt những máy móc, thiết bị được nhập khẩu từ một hay nhiều nguồn, về cùng chuyến hay nhiều chuyến, làm thủ tục tại một hay nhiều cửa khẩu khác nhau, được áp dụng thủ tục tương tự như hướng dẫn tại khoản 2 và 3 Điều này.
 
Mục 2
THỜI ĐIỂM TÍNH THUẾ, TỶ GIÁ TÍNH THUẾ
 
  • Thời điểm tính thuế, tỷ giá tính thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu
1. Thời điểm tính thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu là ngày đăng ký tờ khai hải quan. Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu được tính theo thuế suất, trị giá tính thuế và tỷ giá tính thuế tại thời điểm tính thuế.
Trường hợp người nộp thuế kê khai, tính thuế trước ngày đăng ký tờ khai hải quan nhưng có tỷ giá khác với tỷ giá tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan thì cơ quan hải quan thực hiện tính lại số thuế phải nộp theo tỷ giá tại thời điểm đăng ký tờ khai.
2. Trường hợp người nộp thuế khai báo điện tử thì thời điểm tính thuế thực hiện theo quy định về thủ tục hải quan điện tử.
3. Tỷ giá tính thuế thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 7 Nghị định 87/2010/NĐ-CP ngày 13/8/2010 của Chính phủ. Trường hợp tỷ giá được đăng trên Báo Nhân dân khác với tỷ giá trên trang điện tử hàng ngày của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam thì tỷ giá tính thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu là là tỷ giá do Ngân hàng Nhà nước công bố tại thời điểm tính thuế được đưa trên trang điện tử của Ngân hàng Nhà nước.
  • Thời điểm tính thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đăng ký tờ khai hải quan một lần
Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đăng ký tờ khai hải quan một lần để xuất khẩu, nhập khẩu nhiều lần thì thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu được tính theo thuế suất, trị giá tính thuế và tỷ giá tính thuế theo ngày làm thủ tục hải quan có hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trên cơ sở số lượng từng mặt hàng thực tế xuất khẩu, nhập khẩu.
 
Mục 3
CÁC TRƯỜNG HỢP MIỄN THUẾ, THỦ TỤC MIỄN THUẾ
 
  • Các trường hợp miễn thuế
1. Hàng hoá tạm nhập, tái xuất hoặc tạm xuất, tái nhập để tham dự hội chợ, triển lãm, giới thiệu sản phẩm; máy móc, thiết bị, dụng cụ nghề nghiệp tạm nhập, tái xuất hoặc tạm xuất, tái nhập để phục vụ công việc như: hội nghị, hội thảo, nghiên cứu khoa học, thi đấu thể thao, biểu diễn văn hóa, biểu diễn nghệ thuật, khám chữa bệnh, linh kiện, phụ tùng tạm nhập để phục vụ thay thế, sửa chữa tàu biển, tàu bay nước ngoài...(trừ máy móc, thiết bị tạm nhập, tái xuất thuộc đối tượng được miễn thuế theo quy định tại khoản 17 Điều này hoặc xét hoàn thuế hướng dẫn tại khoản 9 Điều 112 Thông tư này), thuộc đối tượng được miễn thuế nhập khẩu khi tạm nhập khẩu và thuế xuất khẩu khi tái xuất khẩu đối với hàng tạm nhập, tái xuất hoặc miễn thuế xuất khẩu khi tạm xuất khẩu và thuế nhập khẩu khi tái nhập khẩu đối với hàng tạm xuất tái nhập:
 Hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế tại khoản này nếu quá thời hạn tạm nhập - tái xuất hoặc tạm xuất - tái nhập quy định tại ….Điều …Thông tư này thì phải nộp thuế.
 2. Hàng hóa là tài sản di chuyển của tổ chức, cá nhân Việt Nam hoặc nước ngoài mang vào Việt Nam hoặc mang ra nước ngoài trong mức quy định, bao gồm:
a) Hàng hóa là tài sản di chuyển của tổ chức, cá nhân người nước ngoài khi được phép vào cư trú, làm việc tại Việt Nam theo giấy mời của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc chuyển ra nước ngoài khi hết thời hạn cư trú, làm việc tại Việt Nam.
b) Hàng hóa là tài sản di chuyển của tổ chức, cá nhân Việt Nam được phép đưa ra nước ngoài để kinh doanh và làm việc, khi hết thời hạn nhập khẩu lại Việt Nam được miễn thuế đối với những tài sản đã đưa ra nước ngoài.
c) Hàng hóa là tài sản di chuyển của gia đình, cá nhân người Việt Nam đang định cư ở nước ngoài được phép về Việt Nam định cư hoặc mang ra nước ngoài khi được phép định cư ở nước ngoài; hàng hóa là tài sản di chuyển của người nước ngoài mang vào Việt Nam khi được phép định cư tại Việt Nam hoặc mang ra nước ngoài khi được phép định cư ở nước ngoài;
Riêng xe ô tô, xe mô tô đang sử dụng của gia đình, cá nhân mang vào Việt Nam khi được phép định cư tại Việt Nam chỉ được miễn thuế nhập khẩu mỗi thứ một chiếc cho mỗi hộ gia đình.
Việc xác định hàng hoá là tài sản di chuyển thực hiện theo quy định tại khoản 5 Điều 5 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và các văn bản hướng dẫn thực hiện. 
3. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu của tổ chức, cá nhân nước ngoài được hưởng quyền ưu đãi, miễn trừ ngoại giao tại Việt Nam thực hiện theo quy định tại Pháp lệnh về Quyền ưu đãi, miễn trừ dành cho cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự và cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế và các văn bản quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Pháp lệnh này.
4. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để gia công được miễn thuế theo quy định tại khoản 4 Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP (theo hợp đồng gia công đã thông báo)
a)  Hàng hoá được miễn thuế theo hợp đồng gia công bao gồm:
a.1) Nguyên liệu nhập khẩu, xuất khẩu để gia công;
a.2) Vật tư nhập khẩu, xuất khẩu tham gia vào quá trình sản xuất, gia công (giấy, phấn, bút vẽ, bút vạch dấu, đinh ghim quần áo, mực sơn in, bàn chải quét keo, khung in lưới, kết tẩy, dầu đánh bóng…) trong trường hợp doanh nghiệp xây dựng được định mức tiêu hao và tỷ lệ hao hụt;
a.3) Hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu làm mẫu phục vụ cho gia công;                                  a.4) Máy móc, thiết bị nhập khẩu hoặc xuất khẩu để trực tiếp phục vụ gia công được thoả thuận trong hợp đồng gia công. Hết thời hạn thực hiện hợp đồng gia công phải tái xuất hoặc tái nhập. Nếu không tái xuất hoặc tái nhập phải kê khai nộp thuế theo quy định. Trường hợp để lại làm quà biếu, quà tặng thì xử lý miễn thuế nhập khẩu theo hướng dẫn tại khoản 4 Điều 104 Thông tư này;
a.5) Sản phẩm gia công xuất trả (nếu có thuế xuất khẩu);
a.6) Sản phẩm hoàn chỉnh nhập khẩu để gắn vào sản phẩm gia công hoặc đóng chung với sản phẩm gia công thành mặt hàng đồng bộ và xuất khẩu ra nước ngoài; linh kiện, phụ tùng nhập khẩu để bảo hành cho sản phẩm gia công xuất khẩu được miễn thuế như nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện:
a.6.1) Được thể hiện trong hợp đồng gia công hoặc phụ kiện hợp đồng gia công;
a.6.2) Được quản lý như nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công.
a.7) Hàng hoá nhập khẩu để gia công được phép tiêu hủy tại Việt Nam theo quy định của pháp luật sau khi thanh lý, thanh khoản hợp đồng gia công và thực hiện đầy đủ thủ tục hải quan theo hướng dẫn của Bộ Tài chính. 
b) Hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài để gia công cho phía Việt Nam được miễn thuế xuất khẩu, khi nhập khẩu trở lại Việt Nam thì phải nộp thuế nhập khẩu đối với sản phẩm sau gia công (không tính thuế đối với phần trị giá của vật tư, nguyên liệu đã đưa đi gia công theo hợp đồng gia công đã ký; thuế suất thuế nhập khẩu tính theo sản phẩm sau gia công nhập khẩu; xuất xứ của sản phẩm xác định theo quy định về xuất xứ của Bộ Công Thương).
c) Thiết bị, máy móc, nguyên liệu, vật tư, sản phẩm gia công do phía nước ngoài thanh toán thay tiền công gia công khi nhập khẩu phải nộp thuế nhập khẩu theo quy định.
d) Định mức gia công
Giám đốc doanh nghiệp nhận gia công chịu trách nhiệm về định mức sử dụng, định mức tiêu hao và tỷ lệ hao hụt (dưới đây được gọi là định mức tiêu hao) đối với hàng hóa nhập khẩu theo hợp đồng gia công sử dụng vào đúng mục đích gia công. Trường hợp vi phạm sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật.
Việc xây dựng, thông báo định mức thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
Phế liệu, phế phẩm nằm trong định mức sử dụng, định mức tiêu hao và tỷ lệ hao hụt của loại hình gia công đáp ứng các qui định tại Điều 31 Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/01/2006 của Chính phủ, được thoả thuận trong hợp đồng gia công và thông báo với cơ quan hải quan theo hướng dẫn của Bộ Tài chính được xử lý về thuế nhập khẩu tương tự như phế liệu, phế phẩm của loại hình nhập nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng xuất khẩu hướng dẫn tại điểm d.3 khoản 5 Điều 112 Thông tư này.
5. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong tiêu chuẩn hành lý miễn thuế của người xuất cảnh, nhập cảnh; hàng hóa gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh trong định mức miễn thuế theo quy định của Thủ tướng Chính phủ.
a) Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trong tiêu chuẩn hành lý miễn thuế của người xuất nhập cảnh:
a.1) Đối với người xuất cảnh: Trừ các vật phẩm trong Danh mục hàng hoá cấm xuất khẩu hoặc xuất khẩu có điều kiện, các mặt hàng khác là hành lý của người xuất cảnh thì không hạn chế định mức.
a.2) Đối với người nhập cảnh:
a.2.1) Định mức miễn thuế được thực hiện theo quy định tại Nghị định số 66/2002/NĐ-CP ngày 01 tháng 7 năm 2002 của Chính phủ quy định về định mức hành lý của người xuất cảnh, nhập cảnh và quà biếu, tặng nhập khẩu được miễn thuế.
a.2.2) Trường hợp hàng hoá nhập khẩu vượt tiêu chuẩn được miễn thuế thì phần vượt định mức phải nộp thuế nhập khẩu. Nếu tổng số tiền thuế phải nộp đối với phần vượt dưới năm mươi nghìn đồng thì được miễn thuế đối với cả phần vượt. Người nhập cảnh được chọn vật phẩm để nộp thuế trong trường hợp hành lý mang theo gồm nhiều vật phẩm.
b) Hàng hóa gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh
  Hàng hoá gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh có trị giá khai báo nằm trong định mức miễn thuế theo quy định tại Quyết định số 78/2010/QĐ-TTg ngày 30/11/2010 của Thủ tướng Chính phủ về mức giá trị hàng hoá nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh được miễn thuế. Trường hợp hàng hoá nhập khẩu vượt tiêu chuẩn được miễn thuế thì phải nộp thuế cho toàn bộ lô hàng; nếu tổng số tiền thuế phải nộp của cả lô hàng dưới năm mươi nghìn đồng thì được miễn thuế đối với cả lô hàng.
6. Hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới được miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu trong định mức, nếu vượt quá định mức thì phải nộp thuế đối với phần vượt định mức.
Quy định về cư dân biên giới và định mức được miễn thuế đối với hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới thực hiện theo quy định tại Quyết định số 254/2006/QĐ-TTg ngày 07/11/2006 của Thủ tướng Chính phủ về quản lý hoạt động thương mại biên giới với các nước có chung đường biên giới và Quyết định số 139/2009/QĐ-TTg ngày 23/12/2009 của Thủ tướng Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Quyết định 254/2006/QĐ-TTg ngày 07/11/2006 của Thủ tướng Chính phủ.
7. Hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư vào lĩnh vực được ưu đãi về thuế nhập khẩu quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định số 87/2010/NĐ-CP hoặc địa bàn thuộc ưu đãi thuế nhập khẩu quy định tại Phụ lục Danh mục địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp ban hành kèm theo Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11 tháng 12 năm 2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn một số điều của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và Nghị định số 53/2010/NĐ-CP ngày 19 tháng 5 năm 2010 của Chính phủ quy định về địa bàn ưu đãi đầu tư, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với đơn vị hành chính mới thành lập do Chính phủ điều chỉnh địa giới hành chính, dự án đầu tư bằng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) được miễn thuế nhập khẩu, bao gồm:
a) Thiết bị, máy móc nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau đây:
a.1) Phù hợp với lĩnh vực đầu tư, mục tiêu, qui mô của dự án đầu tư;
a.2) Đáp ứng các qui định về tài sản cố định tại Thông tư số 203/2009/TT-BTC ngày 20 tháng 10 năm 2009 của Bộ Tài chính.
b) Phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ trong nước chưa sản xuất được; phương tiện vận chuyển đưa đón công nhân, gồm: xe ô tô từ 24 chỗ ngồi trở lên và phương tiện thủy:
b.1) Danh mục phương tiện vận tải trong nước đã sản xuất được để làm căn cứ thực hiện việc miễn thuế nêu tại điểm này thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
b.2) Danh mục hoặc tiêu chuẩn xác định phương tiện vận tải chuyên dùng nằm trong dây chuyền công nghệ để làm căn cứ thực hiện việc miễn thuế nêu tại điểm này  thực hiện theo quy định của Bộ Khoa học và Công nghệ. 
c) Linh kiện, chi tiết, bộ phận rời, phụ tùng, gá lắp, khuôn mẫu, phụ kiện đi kèm để lắp ráp đồng bộ với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải được miễn thuế nêu tại điểm a và điểm b khoản này nếu thuộc một trong hai điều kiện sau: 
c.1) Là linh kiện, chi tiết, bộ phận của thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải được nhập khẩu ở dạng rời;
c.2) Là linh kiện, chi tiết, bộ phận rời  phụ tùng, gá lắp, khuôn mẫu, phụ kiện nhập khẩu để lắp ráp, kết nối các máy móc, thiết bị lại với nhau để đảm bảo hệ thống máy móc, thiết bị được vận hành bình thường.
d) Nguyên liệu, vật tư trong nước chưa sản xuất được dùng để chế tạo thiết bị, máy móc nằm trong dây chuyền công nghệ hoặc để chế tạo linh kiện, chi tiết, bộ phận rời, phụ tùng, gá lắp, khuôn mẫu, phụ kiện đi kèm nêu tại điểm c khoản này để lắp ráp đồng bộ với thiết bị, máy móc nêu tại điểm a khoản này.
Danh mục nguyên liệu, vật tư trong nước đã sản xuất được để làm căn cứ thực hiện việc miễn thuế nêu tại điểm này thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
e) Vật tư xây dựng trong nước chưa sản xuất được.
Danh mục vật tư xây dựng trong nước đã sản xuất được để làm căn cứ thực hiện việc miễn thuế nêu tại điểm này thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
8. Giống cây trồng, vật nuôi được phép nhập khẩu để thực hiện dự án đầu tư trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp.
Danh mục giống cây trồng, vật nuôi được phép nhập khẩu để làm cơ sở thực hiện việc miễn thuế nêu tại khoản này thực hiện theo quy định của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
9. Việc miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hoá nhập khẩu nêu tại khoản 7, 8 Điều này được áp dụng cho cả trường hợp mở rộng quy mô dự án, thay thế công nghệ, đổi mới công nghệ.
10. Miễn thuế lần đầu đối với hàng hóa là trang thiết bị nhập khẩu theo danh mục quy định tại Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định số 87/2010/NĐ-CP để tạo tài sản cố định của dự án được ưu đãi về thuế nhập khẩu, dự án đầu tư bằng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) đầu tư về khách sạn, văn phòng, căn hộ cho thuê, nhà ở, trung tâm thương mại, dịch vụ kỹ thuật, siêu thị, sân golf, khu du lịch, khu thể thao, khu vui chơi giải trí, cơ sở khám, chữa bệnh, đào tạo, văn hoá, tài chính, ngân hàng, bảo hiểm, kiểm toán, dịch vụ tư vấn. 
Các dự án thuộc đối tượng ưu đãi tại khoản này không được miễn thuế theo quy định tại các khoản khác Điều này.  
11. Hàng hoá nhập khẩu để phục vụ hoạt động dầu khí, bao gồm:
a) Thiết bị, máy móc đáp ứng điều kiện nêu tại điểm a khoản 7 Điều này; phương tiện vận tải chuyên dùng cần thiết cho hoạt động dầu khí; phương tiện vận chuyển để đưa đón công nhân gồm xe ôtô từ 24 chỗ ngồi trở lên và phương tiện thuỷ; kể cả linh kiện, chi tiết, bộ phận rời, phụ tùng gá lắp, thay thế, khuôn mẫu, phụ kiện đi kèm để lắp ráp đồng bộ hoặc sử dụng đồng bộ với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng, phương tiện vận chuyển để đưa đón công nhân nêu trên đáp ứng điều kiện nêu tại điểm c khoản 7 Điều này.
Danh mục hoặc tiêu chuẩn xác định phương tiện vận tải chuyên dùng cần thiết cho hoạt động dầu khí để làm căn cứ thực hiện việc miễn thuế nêu tại điểm này thực hiện theo quy định của Bộ Khoa học và Công nghệ.
b) Vật tư cần thiết cho hoạt động dầu khí mà trong nước chưa sản xuất được
Danh mục vật tư cần thiết cho hoạt động dầu khí mà trong nước đã sản xuất được để làm căn cứ thực hiện việc miễn thuế nêu tại điểm này thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư;
c) Trang thiết bị y tế và thuốc cấp cứu sử dụng trên các dàn khoan và công trình nổi được Bộ Y tế xác nhận;
d) Trang thiết bị văn phòng phục vụ cho hoạt động dầu khí;
e) Hàng hoá tạm nhập, tái xuất khác phục vụ cho hoạt động dầu khí.
Trường hợp hàng hoá nêu tại khoản này do nhà thầu phụ và tổ chức, cá nhân khác nhập khẩu bao gồm việc nhập khẩu trực tiếp, uỷ thác, đấu thầu, đi thuê và cho thuê lại... để cung cấp cho tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí thông qua hợp đồng dịch vụ dầu khí hoặc hợp đồng cung cấp hàng hóa thì cũng được miễn thuế nhập khẩu.
12. Hàng hoá của cơ sở đóng tàu được miễn thuế xuất khẩu đối với các sản phẩm tàu biển xuất khẩu và được miễn thuế nhập khẩu đối với:
a) Các loại máy móc, trang thiết bị để tạo tài sản cố định đáp ứng điều kiện nêu tại điểm a khoản 7 Điều này.
b) Phương tiện vận tải nằm trong dây chuyền công nghệ để tạo tài sản cố định. 
Danh mục hoặc tiêu chuẩn xác định phương tiện vận tải nằm trong dây chuyền công nghệ để làm căn cứ thực hiện việc miễn thuế nêu tại điểm này thực hiện theo quy định của Bộ Khoa học và Công nghệ.
c) Nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm phục vụ cho việc đóng tàu mà trong nước chưa sản xuất được.
Danh mục nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm phục vụ cho việc đóng tàu mà trong nước đã sản xuất được để làm căn cứ thực hiện việc miễn thuế nêu tại Điểm này thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
13. Miễn thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm mà trong nước chưa sản xuất được.
Danh mục nguyên liệu, vật tư phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm mà trong nước đã sản xuất được để làm căn cứ thực hiện việc miễn thuế nêu tại khoản này thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
14. Miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hoá nhập khẩu để sử dụng trực tiếp vào hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, bao gồm: máy móc, thiết bị, phụ tùng, vật tư, phương tiện vận tải trong nước chưa sản xuất được, công nghệ trong nước chưa tạo ra được; tài liệu, sách, báo, tạp chí khoa học và các nguồn tin điện tử về khoa học và công nghệ.
Danh mục máy móc, thiết bị, phụ tùng, vật tư, phương tiện vận tải, công nghệ sử dụng trực tiếp vào hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ mà trong nước đã sản xuất được để làm căn cứ thực hiện việc miễn thuế nêu tại khoản này thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
15. Miễn thuế nhập khẩu trong thời hạn năm năm, kể từ ngày bắt đầu sản xuất đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được nhập khẩu để sản xuất của các dự án đầu tư vào:
a) Lĩnh vực đặc biệt khuyến khích đầu tư quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định  số 87/2010/NĐ-CP ngày 13 tháng 8 năm 2010 của Chính phủ (trừ các dự án sản xuất lắp ráp ô tô, xe máy, điều hòa, máy sưởi, tủ lạnh, máy giặt, quạt điện, máy rửa bát đĩa, đầu đĩa, dàn âm thanh, bàn là điện, ấm đun nước, máy sấy khô tóc, làm khô tay, rượu, bia, thuốc lá và những mặt hàng theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ thì không được miễn thuế nhập khẩu).
b) Địa bàn có điều kiện kinh tế-xã hội đặc biệt khó khăn theo quy định tại Phụ lục Danh mục địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp ban hành kèm theo Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và Nghị định số 53/2010/NĐ-CP ngày 19/5/2010 quy định về địa bàn ưu đãi đầu tư, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với đơn vị hành chính mới thành lập do Chính phủ điều chỉnh địa giới hành chính (trừ các dự án sản xuất lắp ráp ô tô, xe máy, điều hòa, máy sưởi, tủ lạnh, máy giặt, quạt điện, máy rửa bát đĩa, đầu đĩa, dàn âm thanh, bàn là điện, ấm đun nước, máy sấy khô tóc, làm khô tay, rượu, bia, thuốc lá và những mặt hàng theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ thì không được miễn thuế nhập khẩu).
 Việc xác định ngày bắt đầu sản xuất để làm cơ sở miễn thuế nhập khẩu trong thời hạn năm năm theo hướng dẫn tại khoản này là ngày doanh nghiệp thực tiến hành hoạt động sản xuất và được xác nhận bởi Ban quản lý các khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế... nơi doanh nghiệp đang hoạt động hoặc được xác nhận bởi Sở Công thương địa phương nơi có dự án trong trường hợp doanh nghiệp không hoạt động trong các khu nêu trên.
   Danh mục nguyên liệu, vật tư, linh kiện mà trong nước đã sản xuất được để làm căn cứ thực hiện việc miễn thuế nêu tại khoản này thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
16. Hàng hoá sản xuất, gia công, tái chế, lắp ráp tại khu phi thuế quan không sử dụng nguyên liệu, linh kiện nhập khẩu từ nước ngoài khi nhập khẩu vào thị trường trong nước được miễn thuế nhập khẩu. Trường hợp có sử dụng nguyên liệu, linh kiện nhập khẩu từ nước ngoài thì khi nhập khẩu vào thị trường trong nước phải nộp thuế nhập khẩu, căn cứ và cách tính thuế nhập khẩu thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều 96 Thông tư này.
17. Máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải do các nhà thầu nước ngoài nhập khẩu vào Việt Nam theo phương thức tạm nhập, tái xuất để thực hiện dự án ODA tại Việt Nam, được miễn thuế nhập khẩu khi tạm nhập và thuế xuất khẩu khi tái xuất. Khi kết thúc thời hạn thi công công trình, dự án; nhà thầu nước ngoài phải tái xuất hàng hoá nêu trên. Nếu không tái xuất mà thanh lý, chuyển nhượng tại Việt Nam phải được sự cho phép của cơ quan nhà nước có thẩm quyền và phải kê khai nộp thuế nhập khẩu theo quy định.
Riêng đối với xe ô tô dưới 24 chỗ ngồi và xe ô tô có thiết kế vừa chở người, vừa chở hàng tương đương xe ô tô dưới 24 chỗ ngồi không áp dụng hình thức tạm nhập, tái xuất. Các nhà thầu nước ngoài có nhu cầu nhập khẩu vào Việt Nam để sử dụng phải nộp thuế nhập khẩu theo quy định. Khi hoàn thành việc thi công công trình các nhà thầu nước ngoài phải tái xuất ra nước ngoài số xe đã nhập và được hoàn lại thuế nhập khẩu đã nộp. Mức hoàn thuế được thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 9 Điều 112 Thông tư này.
18. Hàng hoá là nguyên liệu, vật tư và bán thành phẩm trong nước chưa sản xuất được, nhập khẩu để phục vụ sản xuất của các dự án đầu tư trong khu kinh tế cửa khẩu được miễn thuế theo quy định tại Quyết định số 33/2009/QĐ-TTg ngày 02 tháng 3 năm 2009 của Thủ tướng Chính phủ ban hành cơ chế, chính sách tài chính đối với khu kinh tế cửa khẩu và các văn bản hướng dẫn thực hiện.
19. Hàng hoá nhập khẩu để bán tại cửa hàng miễn thuế theo quy định tại Quyết định của Thủ tướng Chính phủ thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 120/2009/TT-BTC ngày 16/06/2009 của Bộ Tài chính.  
Trường hợp nếu có hàng hoá khuyến mãi, hàng hoá dùng thử được phía nước ngoài cung cấp miễn phí cho cửa hàng miễn thuế để bán kèm cùng với hàng hoá bán tại cửa hàng miễn thuế thì số hàng hoá khuyến mãi, hàng hoá dùng thử nêu trên không phải tính thuế nhập khẩu. Hàng hoá khuyến mãi và hàng hoá dùng thử đều chịu sự giám sát và quản lý của cơ quan hải quan như hàng hoá nhập khẩu để bán tại cửa hàng kinh doanh hàng miễn thuế.
20. Miễn thuế trong trường hợp đặc biệt theo quy định tại khoản 20 Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP ngày 13 tháng 8 năm 2010 của Chính phủ.
21. Linh kiện, bộ phận máy móc thiết bị trong nước chưa sản xuất được do các tổ chức, cá nhân nhập khẩu để phục vụ dự án sản xuất máy móc nông nghiệp, giảm tổn thất sau thu hoạch được hưởng chính sách ưu đãi theo Quyết định số 63/2010/QĐ-TTg ngày 15/10/2010 của Thủ tướng Chính phủ được miễn thuế nhập khẩu nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện:
a. Các tổ chức, cá nhân nhập khẩu thuộc Danh sách các tổ chức, cá nhân sản xuất máy móc, thiết bị giảm tổn thất sau thu hoạch được hưởng chính sách ưu đãi theo Quyết định số 63/2010/QĐ-TTg do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn công bố;
b. Linh kiện, bộ phận máy móc thiết bị nhập khẩu được miễn thuế nhập khẩu phải đáp ứng các điều kiện sau:
b.1. Có tờ khai nhập khẩu đăng ký với cơ quan hải quan từ ngày 10/1/2013 trở đi;
b.2. Không thuộc danh mục thiết bị, máy móc, phụ tùng thay thế phương tiện vận tải chuyên dùng trong nước đã sản xuất được do Bộ Kế hoạch và Đầu tư bán hành
 b.3. Phù hợp với lĩnh vực đầu tư chế tạo máy móc nông nghiệp, giảm tổn thất sau thu hoạch đã được ghi trong giấy phép đầu tư;
b.4. Phù hợp với tài liệu thiết kế kỹ thuật, sơ đồ lắp đặt của máy móc, thiết bị;
b.5. Số lượng linh kiện, bộ phận máy móc thiết bị nhập khẩu phải phù hợp với công suất sản xuất của tổ chức, cá nhân;
c. Các tổ chức, cá nhân thuộc đối tượng miễn thuế tại khoản này phải có văn bản cam kết về tính chính xác, tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về số linh kiện, bộ phận máy móc thiết bị nhập khẩu và được lựa chọn một Chi cục Hải quan thuận tiện nhất để làm thủ tục nhập khẩu
22. Một số hướng dẫn khác 
a) Các trường hợp thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu để tạo tài sản cố định nêu tại Điều này nhưng không nhập khẩu hàng hoá từ nước ngoài mà được phép tiếp nhận hàng hoá đã được miễn thuế nhập khẩu của doanh nghiệp khác chuyển nhượng tại Việt Nam thì doanh nghiệp tiếp nhận được miễn thuế nhập khẩu, đồng thời không truy thu thuế nhập khẩu đối với doanh nghiệp được phép chuyển nhượng hàng hoá, với điều kiện giá chuyển nhượng không bao gồm thuế nhập khẩu.
b) Trường hợp tổ chức, cá nhân nhập khẩu uỷ thác hoặc trúng thầu nhập khẩu hàng hoá (giá cung cấp hàng hoá theo hợp đồng uỷ thác hoặc giá trúng thầu theo quyết định trúng thầu không bao gồm thuế nhập khẩu) để cung cấp cho các đối tượng được hưởng ưu đãi miễn thuế nhập khẩu theo quy định tại từ khoản 7 đến khoản 18 Điều này thì cũng được miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hoá nhập khẩu uỷ thác, trúng thầu.
c) Hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu để tạo tài sản cố định cho các dự án ưu đãi đầu tư nêu tại Điều này nhưng chủ dự án chuyển nhượng cho tổ chức, cá nhân khác (chuyển đổi chủ sở hữu dự án) thì tiếp tục được miễn thuế nhập khẩu nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau: 
c.1. Tại thời điểm chuyển nhượng, Luật thuế xuất khẩu, nhập khẩu và các văn bản quy định chi tiết hướng dẫn thi hành vẫn quy định dự án thuộc lĩnh vực, địa bàn ưu đãi đầu tư
c.2.  Giá chuyển nhượng máy móc thiết bị tạo tài sản cố định của dự án không bao gồm thuế nhập khẩu.
c.3. Doanh nghiệp tiếp nhận là chủ sở hữu mới ghi tại Giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh.
   d)  Đối với dự án khuyến khích đầu tư đã được cấp giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư trước ngày Nghị định số 87/2010/NĐ-CP có hiệu lực có mức ưu đãi về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu cao hơn mức ưu đãi hướng dẫn tại Nghị định số 87/2010/NĐ-CP thì được tiếp tục thực hiện theo mức ưu đãi đó nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:
d.1. Giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư còn hiệu lực và không có thay đổi các điều khoản ưu đãi đầu tư.
 Mức ưu đãi ghi trên giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư phù hợp với qui định của pháp luật tại thời điểm cấp giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư.
d.2. Thực hiện đăng ký Danh mục hàng hoá miễn thuế theo quy định.
Trường hợp trong giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư quy định mức ưu đãi về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu thấp hơn mức ưu đãi tại Nghị định số 87/2010/NĐ-CP thì được hưởng mức ưu đãi tại Nghị định số 87/2010/NĐ-CP cho thời gian ưu đãi còn lại của dự án.
  • Đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu được miễn thuế
1. Trường hợp phải đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế:
Hàng hoá nêu tại Điều 13 Quyết định số 33/2009/QĐ-TTg và các khoản 7, khoản 8, khoản 9, khoản 10, khoản 11, khoản 12, khoản 13, khoản 14, khoản 15 và khoản 18 Điều 100 Thông tư này phải đăng ký Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế.  
2. Người đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế: tổ chức, cá nhân sử dụng hàng hóa (chủ dự án, chủ cơ sở đóng tàu,…) là người đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế (theo mẫu số 53/ĐKDM-MT ban hành kèm Thông tư này). Việc đăng ký Danh mục được thực hiện trước khi làm thủ tục nhập khẩu hàng hoá. Trường hợp chủ dự án không trực tiếp nhập khẩu hàng hoá miễn thuế mà nhà thầu chính hoặc nhà thầu phụ nhập khẩu hàng hóa thì nhà thầu sử dụng danh mục miễn thuế do chủ dự án đã đăng ký với cơ quan hải quan.
3. Nơi đăng ký Danh mục:
Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi thực hiện dự án đầu tư đối với dự án xác định được Cục Hải quan nơi thực hiện dự án đầu tư hoặc Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính đối với dự án không xác định được Cục Hải quan nơi thực hiện dự án đầu tư hoặc Cục Hải quan tỉnh, thành phố gần nhất đối với tỉnh, thành phố không có cơ quan hải quan. Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố lựa chọn và giao cho một đơn vị có đủ khả năng thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế.
Trường hợp Cục Hải quan tỉnh, thành phố quản lý Hải quan đối với một số tỉnh thì ngoài đơn vị đăng ký Danh mục nêu trên, Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố xem xét quyết định giao Chi cục hải quan quản lý hải quan trên địa bàn tỉnh nơi có dự án đầu tư thực hiện đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế đối với các dự án thuộc địa bàn tỉnh đó. 
4. Hồ sơ đăng ký
Khi thực hiện đăng ký danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế với cơ quan hải quan, người đăng ký Danh mục hàng hóa nộp, xuất trình cho cơ quan hải quan hồ sơ gồm :
a) Công văn đề nghị đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế, nêu rõ số hàng hoá, lý do đề nghị miễn thuế theo mẫu ban hành theo Thông tư này (mẫu số 54/CVĐK-TSCD áp dụng cho tài sản cố định và mẫu số 55/CVĐK-TSK áp dụng cho các trường hợp khác): nộp 01 bản chính; 
 b) Danh mục hàng hoá nhập khẩu được miễn thuế: nộp 02 bản chính kèm theo 01 phiếu theo dõi trừ lùi (theo mẫu số 56/PTL-DMMT ban hành kèm theo Thông tư này); trong đó:
b.1. Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế  phù hợp với ngành nghề, lĩnh vực đầu tư, mục tiêu, quy mô của dự án và phiếu theo dõi trừ lùi được xây dựng một lần cho cả dự án, hoặc xây dựng từng giai đoạn thực hiện dự án, từng hạng mục công trình của dự án (nếu tại giấy phép đầu tư của cơ quan có thẩm quyền cấp hoặc luận chứng kinh tế kỹ thuật, các tài liệu khoa học kỹ thuật của dự án… thể hiện dự án thực hiện theo từng giai đoạn hoặc theo từng hạng mục công trình), hoặc xây dựng theo từng tổ hợp, dây chuyền nếu hàng hoá là hệ thống tổ hợp dây chuyền thiết bị, máy móc.
b.2. Trường hợp Danh mục đã đăng ký cho cả dự án hoặc cho từng hạng mục, công trình, tổ hợp, dây chuyền có sai sót hoặc cần thay đổi thì người khai hải quan được sửa đổi với điều kiện phải có giấy tờ, tài liệu nộp cho cơ quan hải quan trước thời điểm nhập khẩu hàng hoá để chứng minh việc bổ sung, điều chỉnh là phù hợp với nhu cầu của dự án.
c) Luận chứng kinh tế kỹ thuật, các tài liệu thiết kế kỹ thuật chi tiết của dự án và dự án mở rộng (trường hợp cơ quan hải quan yêu cầu) hoặc Nghị quyết của Ủy ban Quản lý phê duyệt chương trình công tác năm và ngân sách hàng năm hoặc Nghị quyết hàng năm của Hội đồng liên doanh:  xuất trình bản chính, nộp 01 bản sao;
d) Tài liệu kỹ thuật và/hoặc Bản thuyết minh và/hoặc sơ đồ lắp đặt, sử dụng hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế ghi trong Danh mục gửi đăng ký đối với trường hợp thuộc đối tượng miễn thuế nêu tại điểm c, d khoản 7 và điểm a khoản 11 Điều 100 Thông tư này: nộp 01 bản chính;
Trường hợp tại thời điểm đăng ký Danh mục, người khai hải quan chưa nộp được hai loại giấy tờ nêu tại điểm d khoản này thì cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục ghi chú vào Danh mục đã đăng ký để Chi cục hải quan nơi làm thủ tục kiểm tra hai loại giấy tờ này.
e) Tuỳ trường hợp cụ thể dưới đây, người nộp thuế phải nộp thêm, xuất trình các hồ sơ sau:
e.1Giấy chứng nhận đầu tư (bao gồm cả các dự án đầu tư trong nước có quy mô dưới mười lăm tỷ đồng Việt Nam) đối với các dự án đầu tư theo Luật Đầu tư: xuất trình bản chính, nộp 01 bản sao; 
e.2) Giấy chứng nhận đầu tư mở rộng đối với trường hợp mở rộng dự án, thay thế, đổi mới công nghệ của trường hợp nêu tại khoản 9 Điều 100 Thông tư này đối với các dự án đầu tư mở rộng theo Luật Đầu tư: nộp 01 bản sao; 
e.3) Quyết định của Thủ tướng Chính phủ hoặc quyết định phê duyệt của thủ trưởng cơ quan chủ quản theo đúng thẩm quyền phê duyệt chương trình dự án ODA;  văn bản xác nhận của cơ quan có thẩm quyền về việc hàng hoá thuộc dự án ODA không được cấp kinh phí từ nguồn vốn đối ứng để nộp thuế đối với dự án ODA: xuất trình bản chính, nộp 01 bản sao.  
e.4) Hợp đồng đóng tàu đối với nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm nhập khẩu phục vụ cho việc đóng tàu: xuất trình bản chính, nộp 01 bản sao; 
e.5) Bản thuyết minh Ddự án sản xuất phần mềm đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất phần mềm: xuất trình bản chính, nộp 01 bản sao;
       e.6) Đề tài, đề án nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ được cấp có thẩm quyền phê duyệt hoặc Giấy chứng nhận đầu tư đối với trường hợp thuộc dự án ưu đãi đầu tư về nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ đối với hàng hóa nhập khẩu để sử dụng trực tiếp vào hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ: xuất trình bản chính, nộp 01 bản sao;  
 g) Xác nhận của cơ quan có thẩm quyền cấp Danh mục hàng hoá miễn thuế cho các dự án cấp trước ngày 01/01/2006 đối với dự án cấp trước ngày 01/01/2006 nhưng chưa được cơ quan có thẩm quyền cấp Danh mục hàng hoá miễn thuế: xuất trình bản chính, nộp 01 bản sao;
h) Bảng kê danh mục tài liệu hồ sơ đăng ký Danh mục miễn thuế: nộp 01 bản chính.
5. Căn cứ để người khai hải quan kê khai, đăng ký và cơ quan hải quan kiểm tra việc kê khai, đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế gồm:
a) Các loại giấy tờ, tài liệu hướng dẫn từ điểm c, d, đ, e, g, h, điểm l khoản 4 Điều này;
b) Lĩnh vực được ưu đãi về thuế nhập khẩu quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định số 87/2010/NĐ-CP hoặc địa bàn được ưu đãi thuế nhập khẩu quy định tại Phụ lục Danh mục địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp ban hành kèm theo Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và Nghị định số 53/2010/NĐ-CP ngày 19/5/2010 quy định về địa bàn ưu đãi đầu tư, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với đơn vị hành chính mới thành lập do Chính phủ điều chỉnh địa giới hành chính; trang thiết bị nhập khẩu lần đầu để tạo tài sản cố định qui định tại Phụ lục II và Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP hướng dẫn tại Điều 100 Thông tư này;
c) Các danh mục hàng hóa do cơ quan có thẩm quyền ban hành, tùy theo từng trường hợp cụ thể sau đây:
c.1) Danh mục vật tư xây dựng trong nước đã sản xuất được và các Danh mục khác thuộc Thông tư số 04/2012/TT-BKHDT ngày 13/8/2012 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư được làm cơ sở xác định đối với hàng hoá là vật tư xây dựng trong nước chưa sản xuất được; Danh mục hoặc tiêu chuẩn xác định  của Bộ Khoa học và Công nghệ đối với hàng hoá là phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ của hàng hoá nhập khẩu để tạo tài sản cố định nêu tại khoản 7 Điều 100 Thông tư này 
c.2) Danh mục giống cây trồng, vật nuôi được phép nhập khẩu do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành đối với hàng hoá nêu tại khoản 8 Điều  100 Thông tư này;
c.3) Danh mục các nhóm trang thiết bị chỉ được miễn thuế nhập khẩu lần đầu quy định tại Phụ lục II và Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP đối với trường hợp nêu tại  khoản 10 Điều 101 100 Thông tư này;
c.4 ) Danh mục vật tư cần thiết cho hoạt động dầu khí mà trong nước đã sản xuất được và các Danh mục khác thuộc Thông tư số 04/2012/TT-BKHDT làm cơ sở xác định đối với hàng hóa là vật tư cần thiết cho hoạt động dầu khí; Danh mục hoặc tiêu chuẩn xác định của Bộ Khoa học và Công nghệ đối với phương tiện vận tải chuyên dùng cần thiết cho hoạt động dầu khí; xác nhận của Bộ Y tế đối với trang thiết bị y tế và thuốc cấp cứu sử dụng trên các giàn khoan và công trình nổi của trường hợp nêu tại khoản 11 Điều 100  Thông tư này;
c.5) Danh mục nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm phục vụ cho việc đóng tàu trong nước đã sản xuất được và các Danh mục khác thuộc Thông tư số 04/2012/TT-BKHDT làm cơ sở xác định đối với hàng hóa phục vụ cho việc đóng tàu; Danh mục hoặc tiêu chuẩn xác định của Bộ Khoa học và Công nghệ đối với hàng hoá là phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ để tạo tài sản cố định của cơ sở đóng tàu nêu tại khoản 12 Điều  100 Thông tư này;
c.6) Danh mục nguyên liệu, vật tư phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm trong nước đã sản xuất được và các Danh mục khác thuộc Thông tư số 04/2012/TT-BKHDT đối với hàng hoá nhập khẩu nêu tại khoản 13 Điều 100 Thông tư này;
c.7) Danh mục máy móc, thiết bị, phụ tùng, vật tư, phương tiện vận tải, công nghệ sử dụng trực tiếp vào hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ trong nước đã sản xuất được để làm cơ sở xác định hàng hóa phục vụ nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ nêu tại khoản 14 Điều 100  Thông tư này;
c.8) Danh mục nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước đã sản xuất được và các Danh mục khác thuộc Thông tư số 04/2012/TT-BKHDT làm cơ sở xác định hàng hóa miễn thuế nêu tại khoản 15 Điều 100  Thông tư này.
6. Thời điểm đăng ký Danh mục: Trước khi đăng ký tờ khai nhập khẩu đầu tiên của dự án, hạng mục, giai đoạn dự án hoặc dự án mở rộng.
7. Trường hợp sau khi cơ quan hải quan đã xác nhận vào Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi nhưng phát hiện việc kê khai trên Danh mục có sai sót (số lượng hàng hóa vượt quá quy mô thực tế của dự án; chủng loại hàng hóa không phù hợp với mục tiêu, mục đích sử dụng của hàng hóa…) thì cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục có trách nhiệm:
- Thực hiện điều chỉnh Danh mục theo quy mô, mục tiêu thực tế của dự án;
- Thực hiện thu thuế đối với lượng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế vượt số lượng, chủng loại so với Danh mục mới sau điều chỉnh.
8. Trường hợp các dự án đầu tư bị cơ quan có thẩm quyền thu hồi Giấy chứng nhận đầu tư:
a) Cơ quan hải quan nơi cấp Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế có trách nhiệm:
- Thu hồi Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế đã cấp;
- Thông báo với các cơ quan hải quan trên toàn quốc dừng làm thủ tục miễn thuế theo Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế đã được cấp;
b) Các cơ quan hải quan nơi đã thực hiện miễn thuế cho dự án theo Danh mục đã bị thu hồi thực hiện thu thuế đối với hàng hóa đã miễn thuế theo quy định.
 9. Trách nhiệm của người nộp thuế
a) Tự xác định nhu cầu sử dụng và xây dựng Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế theo đúng quy định về đối tượng miễn thuế của Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, Nghị định số 87/2010/NĐ-CP, Điều 13 Quyết định số 33/2009/QĐ-TTg, hướng dẫn tại Thông tư này và các văn bản quy định khác có liên quan;
b) Chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc kê khai chính xác, trung thực các mặt hàng nhập khẩu tại Danh mục miễn thuế và việc sử dụng đúng mục đích miễn thuế đối với số hàng hoá này.
10. Trách nhiệm của cơ quan hải quan       
a) Cơ quan hải quan có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và xử lý như sau:
a.1) Trường hợp hồ sơ không đầy đủ thì trong ba ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, có văn bản trả lời (nêu rõ lý do);
a.2) Trường hợp hồ sơ đầy đủ thì trong mười ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, thực hiện kiểm tra đối chiếu các tài liệu, chứng từ trong hồ sơ với nội dung quy định tại Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP, Điều 13 Quyết định số 33/2009/QĐ-TTg, hướng dẫn tại Điều 100, Điều 101 Thông tư này để xác định đối tượng được miễn thuế, tính thống nhất và chính xác của hồ sơ đăng ký Danh mục hàng hoá miễn thuế và xử lý như sau:
 a.2.1) Trường hợp hàng hoá không thuộc đối tượng miễn thuế theo quy định thì không đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế, có văn bản trả lời cho doanh nghiệp.
Trường hợp dự án thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư nhưng hàng hoá tại Danh mục đăng ký nhập khẩu miễn thuế không phù hợp mục tiêu, qui mô của dự án thì hướng dẫn, thông báo cho doanh nghiệp biết để điều chỉnh lại Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế.  
a.2.2) Trường hợp thuộc đối tượng miễn thuế, mọi nội dung trên hồ sơ phù hợp thì thực hiện vào sổ theo dõi, đóng dấu xác nhận vào 02 bản Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế và 01 bản phiếu theo dõi trừ lùi (giao cho người nộp thuế để xuất trình cho cơ quan hải quan thực hiện trừ lùi khi làm thủ tục hải quan cho hàng hoá thực tế, nhập khẩu) theo qui định.
a.2.3) Trường hợp tại thời điểm đăng ký Danh mục hàng hoá miễn thuế chưa có đủ cơ sở xác định hàng hoá đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a và điểm c khoản 7 Điều 100 thì cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục ghi chú vào Danh mục và phiếu theo dõi trừ lùi để thực hiện kiểm tra, đối chiếu khi nhập khẩu hoặc thực hiện kiểm tra sau thông quan.
b) Chế độ báo cáo
 Định kỳ 3 tháng một lần chậm nhất vào ngày 10 của tháng đầu quý tiếp theo Cục Hải quan nơi đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế, lập bảng kê các trường hợp đã đăng ký Danh mục hàng hoá miễn thuế tại đơn vị mình báo cáo Tổng cục Hải quan theo mẫu số 03 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này.
  • Hồ sơ, thủ tục miễn thuế
1. Hồ sơ miễn thuế là hồ sơ hải quan theo hướng dẫn tại Thông tư này. Ngoài ra người nộp thuế phải nộp bổ sung cho cơ quan hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu các giấy tờ còn thiếu đối với các trường hợp phải đăng ký Danh mục nhưng khi đăng ký Danh mục hàng hoá miễn thuế chưa xuất trình được cho cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục.
   Đối với trường hợp người nộp thuế gặp khó khăn do nguyên nhân khách quan và các trường hợp khác, thuộc đối tượng miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu theo quy định tại khoản 20 Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP  phải có thêm văn bản xác nhận của Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố hoặc của Bộ, cơ quan ngang Bộ về lý do khách quan đề nghị được miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
2. Thủ tục miễn thuế 
a) Đối với trường hợp không phải đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế:
a.1) Người nộp thuế phải tự tính, khai số tiền thuế được miễn cho từng mặt hàng (trừ hàng hóa nhập khẩu theo loại hình gia công), tờ khai hải quan như đối với trường hợp phải nộp thuế. Cơ quan hải quan căn cứ hồ sơ miễn thuế, số tiền thuế đề nghị miễn, đối chiếu với các quy định hiện hành để làm thủ tục miễn thuế cho từng tờ khai hải quan theo qui định.
Trường hợp cơ quan hải quan kiểm tra, xác định hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu không thuộc đối tượng miễn thuế như khai báo thì thực hiện ấn định thuế và xử phạt vi phạm (nếu có) theo quy định.
a.2) Trường hợp người nộp thuế gặp khó khăn do nguyên nhân khách quan và các trường hợp khác, thuộc đối tượng miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu theo quy định tại khoản 20 Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP:
a.2.1) Người nộp thuế tự xác định số tiền thuế đề nghị miễn và có văn bản (kèm hồ sơ liên quan) gửi Tổng cục Hải quan đề nghị báo cáo Bộ Tài chính trình Thủ tướng Chính phủ xem xét miễn thuế.
a.2.2) Tổng cục Hải quan kiểm tra lại toàn bộ hồ sơ. Nếu hồ sơ chưa đầy đủ hoặc cần làm rõ thêm lý do đề nghị miễn thuế, thì có văn bản yêu cầu bổ sung. Sau khi có đủ căn cứ khách quan, Tổng cục Hải quan dự thảo công văn báo cáo Bộ Tài chính để trình Thủ tướng Chính phủ. 
a.2.3) Căn cứ ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài chính có văn bản thông báo gửi người nộp thuế và cơ quan hải quan có liên quan để thực hiện.
a.2.4) Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá thực hiện miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu cho số hàng hoá đã được Thủ tướng Chính phủ cho phép miễn thuế hoặc thu đủ thuế theo đúng ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.
b) Thủ tục miễn thuế đối với trường hợp phải đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế
b.1) Ngoài thủ tục hải quan theo hướng dẫn như điểm a.1 khoản 2 Điều này; cơ quan hải quan căn cứ hồ sơ miễn thuế, đối chiếu với các quy định hiện hành để cập nhật số lượng, theo dõi trừ lùi hàng hoá đã nhập khẩu miễn thuế vào bản chính phiếu theo dõi trừ lùi của người nộp thuế và ký xác nhận theo quy định, lưu 01 bản sao Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế và phiếu trừ lùi đã ghi rõ tên hàng số lượng, hàng hoá đã miễn thuế, thuế nhập khẩu cùng hồ sơ nhập khẩu (bao gồm cả trường hợp hàng hoá của đối tượng miễn thuế chuyển nhượng cho đối tượng miễn thuế khác).
b.2) Hết lượng hàng hoá nhập khẩu ghi trên Danh mục, Lãnh đạo Chi cục hải quan nơi làm thủ tục cuối cùng xác nhận lên bản chính phiếu theo dõi trừ lùi của người nộp thuế; trong thời hạn không quá 03 ngày, sao 01 bản  (đóng dấu sao y bản chính) gửi Cục Hải quan nơi đăng ký Danh mục để làm cơ sở kiểm tra theo dõi quyết toán và kiểm tra sau thông quan việc sử dụng hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế.
b.3) Cơ quan hải quan chỉ thực hiện miễn thuế đối với các trường hợp đăng ký tờ khai hải quan sau khi đăng ký Danh mục. Các trường hợp đăng ký tờ khai hải quan phát sinh trước ngày đăng ký Danh mục, cơ quan hải quan lập hồ sơ báo cáo về Bộ Tài chính để xem xét giải quyết từng trường hợp cụ thể.
3. Việc miễn thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh thực hiện theo Thông tư của Bộ Tài chính quy định thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh.
  • Quyết toán việc nhập khẩu, sử dụng hàng hoá miễn thuế
1. Các trường hợp phải đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế, ngoài việc phải sử dụng hàng hoá đã được miễn thuế theo đúng quy định, người nộp thuế có trách nhiệm quyết toán việc thực hiện nhập khẩu, sử dụng hàng hoá miễn thuế theo Danh mục đã đăng ký với cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục theo mẫu số 57/QTMT-TSCD hoặc mẫu số 58/QTMT-MLVT để quản lý, theo dõi, kiểm tra việc thực hiện nhập khẩu, sử dụng toàn bộ hàng hoá miễn thuế.
2. Thời hạn quyết toán và nội dung quyết toán
a) Đối với các trường hợp thuộc điểm d khoản 7, điểm c khoản 12, khoản 13, khoản 15, khoản 18 Điều 100 Thông tư này:    
a.1) Thời hạn quyết toán: Chậm nhất bốn mươi lăm ngày kể từ ngày kết thúc hợp đồng đóng tàu đối với trường hợp nêu tại khoản 12, kết thúc hoạt động sản xuất phần mềm đối với khoản 13, kết thúc hoạt động sản xuất, chế tạo đối với điểm d khoản 7, kết thúc năm tài chính đối với các trường hợp thuộc khoản 15 và khoản 18 Điều 100 Thông tư này; người nộp thuế phải quyết toán với cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục việc nhập khẩu và sử dụng hàng hóa nhập khẩu đã được miễn thuế của hợp đồng đóng tàu hoặc của hoạt động sản xuất phần mềm hoặc của năm tài chính.
a.2) Nội dung quyết toán:
a.2.1) Số lượng nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm nhập khẩu miễn thuế;
a.2.2) Định mức tiêu hao nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm nhập khẩu miễn thuế thực tế;
a.2.3) Số lượng nguyên nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm nhập khẩu miễn thuế đã sử dụng vào sản xuất;
a.2.4) Số lượng sản phẩm đã sản xuất;
a.2.5) Số lượng nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm nhập khẩu miễn thuế đã sử dụng vào mục đích khác;
a.2.6) Số lượng nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm nhập khẩu miễn thuế còn tồn chuyển sang năm sau.
a.3) Hết thời hạn thực hiện hợp đồng cung cấp hàng hóa hoặc hợp đồng cung cấp dịch vụ đối với trường hợp nêu tại khoản 11 Điều 100 Thông tư này, tổ chức, cá nhân sử dụng hàng hoá có trách nhiệm quyết toán với cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục và thông báo cho tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí về số lượng, trị giá hàng hóa được miễn thuế nhập khẩu. Số hàng hóa được miễn thuế nhập khẩu nhưng không dùng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí phải nộp đủ số tiền thuế nhập khẩu đã được miễn theo quy định.
b) Đối với các trường hợp khác:
b.1) Thời hạn quyết toán: Chậm nhất là 45 ngày kể từ ngày kết thúc việc nhập khẩu hàng hoá thuộc danh mục hàng hoá miễn thuế đã đăng ký với cơ quan hải quan.
b.2) Nội dung quyết toán:
b.2.1) Số lượng hàng hoá theo danh mục miễn thuế đã đăng ký;
b.2.2) Số lượng hàng hoá thực tế đã nhập khẩu, và đã sử dụng để tạo tài sản cố định tại doanh nghiệp;
b.2.3) Số lượng hàng hoá đã nhập khẩu nhưng chuyển đổi mục đích sử dụng và tình hình nộp thuế của số hàng hoá này;
b.2.4) Việc hạch toán tài sản cố định theo quy định tại Thông tư 203/2009/TT-BTC (đối với hàng hoá nhập khẩu tạo tài sản cố định);
3. Trách nhiệm của người nộp thuế:
a) Nộp quyết toán việc nhập khẩu sử dụng hàng hóa miễn thuế theo đúng hướng dẫn tại khoản 1 và khoản 2 Điều này và chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung quyết toán đã nộp cho cơ quan hải quan.
b) Nộp đủ tiền thuế và tiền chậm nộp (nếu có) đối với trường hợp:
b.1) Hàng hoá đã được miễn thuế theo kê khai nhưng sử dụng sai mục đích;
b.2) Hàng hoá không đúng đối tượng miễn thuế nhưng kê khai thuộc đối tượng miễn thuế và đã được thông quan theo kê khai của người nộp thuế;
 b.3) Toàn bộ số nguyên liệu, vật tư nhập khẩu vượt quá nhu cầu sản xuất còn tồn đối với số hàng hoá nhập khẩu miễn thuế trong thời gian năm năm quy định tại khoản 15 Điều 100 Thông tư này.
c) Trường hợp không nộp đầy đủ hồ sơ quyết toán đúng thời hạn thì bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật. Sau ba mươi ngày kể từ ngày hết thời hạn phải nộp quyết toán người nộp thuế vẫn chưa nộp đầy đủ hồ sơ quyết toán cơ quan hải quan sẽ cập nhật thông tin về việc tuân thủ pháp luật của người nộp thuế vào hệ thống quản lý rủi ro, kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp đối với trường hợp có nghi ngờ.
4. Trách nhiệm của cơ quan hải quan
a) Trên cơ sở hồ sơ doanh nghiệp gửi theo qui định tại khoản 1 và khoản 2 Điều này, thực hiện thu đủ thuế, xử phạt (nếu có) đối với các trường hợp nêu tại điểm b, c khoản 3 Điều này.        
b) Trên cơ sở hồ sơ quyết toán của chủ dự án, thông tin trên hệ thống quản lý rủi ro, các nguồn thông tin thu thập được, kiểm tra trình Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố quyết định thực hiện kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp đối với các trường hợp cần thiết.
c) Thực hiện ấn định thuế, thu đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp (nếu có) đối với các trường hợp sau khi kiểm tra phát hiện doanh nghiệp không tự khai báo theo qui định đối với các trường hợp như: thay đổi mục đích sử dụng đối với hàng hóa được miễn thuế, hàng hóa không thuộc đối tượng miễn thuế nhưng kê khai thuộc đối tượng miễn thuế và đã được thông quan.
d) Ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với trường hợp xác định có hành vi vi phạm hành chính.
5. Các Dự án thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế từ ngày 01/01/2006 đến trước thời điểm Thông tư này có hiệu lực nhưng chưa thực hiện quyết toán với cơ quan hải quan thì trong thời hạn 45 ngày kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực chủ dự án phải thực hiện nộp quyết toán việc nhập khẩu và sử dụng hàng hóa miễn thuế theo quy định tại Điều này.
 
Mục 4
CÁC TRƯỜNG HỢP XÉT MIỄN THUẾ,
THỦ TỤC XÉT MIỄN THUẾ
 
  • Các trường hợp xét miễn thuế
 Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong các trường hợp sau đây được xét miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu:
1. Hàng hoá nhập khẩu là hàng chuyên dùng trực tiếp phục vụ cho an ninh, quốc phòng theo kế hoạch cụ thể do Bộ chủ quản phê duyệt đã được đăng ký và thống nhất với Bộ Tài chính từ đầu năm (chậm nhất đến hết 31/03 hàng năm Bộ chủ quản phải đăng ký kế hoạch hàng hóa nhập khẩu và phân loại theo hai danh mục riêng: danh mục thuộc nguồn vốn ngân sách trung ương và danh mục nguồn vốn ngân sách địa phương).
Riêng hàng hóa là hàng chuyên dùng trực tiếp phục vụ cho an ninh, quốc phòng thuộc nguồn vốn ngân sách địa phương chỉ được xét miễn thuế nếu thuộc loại trong nước chưa sản xuất được. Cơ sở để xác định hàng hóa thuộc loại trong nước chưa sản xuất được làm căn cứ xét miễn thuế là Danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư. 
2. Hàng hoá nhập khẩu là hàng chuyên dùng trực tiếp phục vụ cho nghiên cứu khoa học (trừ trường hợp quy định tại khoản 13 Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP) theo danh mục cụ thể do Bộ quản lý chuyên ngành duyệt.
3. Hàng hoá nhập khẩu là hàng chuyên dùng trực tiếp phục vụ cho giáo dục, đào tạo theo danh mục cụ thể do Bộ quản lý chuyên ngành duyệt.
4. Hàng hoá được phép xuất khẩu, nhập khẩu làm quà biếu, quà tặng, hàng mẫu, bao gồm các trường hợp và định mức xét miễn thuế cụ thể sau đây:
a) Đối với hàng hoá xuất khẩu:
a.1) Hàng hoá được phép xuất khẩu của các tổ chức, cá nhân từ Việt Nam để biếu tặng cho các tổ chức, cá nhân ở nước ngoài;
a.2) Hàng hoá được phép xuất khẩu ra nước ngoài của các tổ chức, cá nhân ở nước ngoài được các tổ chức, cá nhân ở Việt Nam biếu, tặng khi vào làm việc, du lịch, thăm thân nhân tại Việt Nam;
a.3) Hàng hoá của các tổ chức, cá nhân ở Việt Nam được phép xuất khẩu ra nước ngoài để tham gia hội chợ, triển lãm, quảng cáo; sau đó sử dụng để biếu, tặng cho các tổ chức, cá nhân ở nước ngoài;
a.4) Đối với các tổ chức, cá nhân được Nhà nước cử đi công tác, học tập ở nước ngoài hoặc người Việt Nam đi du lịch ở nước ngoài thì ngoài tiêu chuẩn hành lý cá nhân xuất cảnh nếu có mang theo hàng hoá làm quà biếu, tặng cho các tổ chức, cá nhân ở nước ngoài cũng được hưởng theo tiêu chuẩn định mức xét miễn thuế xuất khẩu hàng hoá quà biếu, quà tặng;
a.5) Hàng mẫu của tổ chức, cá nhân ở Việt Nam gửi cho các tổ chức, cá nhân ở nước ngoài;
Hàng hoá là quà biếu, quà tặng, hàng mẫu có trị giá không vượt quá ba mươi triệu đồng đối với tổ chức được xét miễn thuế xuất khẩu.
Hàng hoá là quà biếu, quà tặng, hàng mẫu có trị giá không vượt quá một triệu đồng đối với cá nhân hoặc trị giá hàng hoá vượt quá một triệu đồng nhưng tổng số tiền thuế phải nộp dưới năm mươi nghìn đồng được miễn thuế xuất khẩu (không phải làm thủ tục xét miễn thuế xuất khẩu).
b) Đối với hàng hoá nhập khẩu:
b.1) Hàng hoá của các tổ chức, cá nhân từ nước ngoài biếu, tặng cho các tổ chức Việt Nam có trị giá hàng hoá không vượt quá ba mươi triệu đồng thì được xét miễn thuế;
Tổ chức Việt Nam là các cơ quan Nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân.
b.2) Hàng hoá của các tổ chức, cá nhân từ nước ngoài biếu, tặng cho các cá nhân Việt Nam với trị giá hàng hoá không vượt quá một triệu đồng, hoặc trị giá hàng hoá vượt quá một triệu đồng nhưng tổng số tiền thuế phải nộp dưới năm mươi nghìn đồng thì được miễn thuế (không phải làm thủ tục xét miễn thuế nhập khẩu).
Trường hợp hàng hoá ghi gửi tặng cho cá nhân nhưng thực tế là gửi tặng cho một tổ chức (có văn bản xác nhận của tổ chức đó) và được tổ chức đó quản lý, sử dụng thì mức xét miễn thuế được áp dụng như đối với hàng hoá là quà biếu, quà tặng của các tổ chức, cá nhân từ nước ngoài tặng cho các tổ chức Việt Nam.
b.3) Hàng hoá của các tổ chức, cá nhân từ nước ngoài được phép tạm nhập khẩu vào Việt Nam để dự hội chợ, triển lãm hoặc được nhập vào Việt Nam để làm hàng mẫu, quảng cáo nhưng sau đó không tái xuất mà làm quà biếu, quà tặng, quà lưu niệm cho các tổ chức, cá nhân Việt Nam: được xét miễn thuế đối với hàng hoá dùng làm tặng phẩm, quà lưu niệm cho khách đến thăm hội chợ, triển lãm có trị giá dưới năm mươi nghìn đồng/một vật phẩm và tổng trị giá lô hàng nhập khẩu dùng để biếu, tặng không quá mười triệu đồng.
b.4) Hàng hoá của các tổ chức, cá nhân từ nước ngoài được phép nhập khẩu vào Việt Nam với mục đích làm giải thưởng trong các cuộc thi về thể thao, văn hoá, nghệ thuật...: được xét miễn thuế đối với hàng hoá có trị giá không quá hai triệu đồng/một giải (đối với cá nhân) và ba mươi triệu đồng/một giải (đối với tổ chức) và tổng trị giá lô hàng nhập khẩu dùng làm giải thưởng không quá tổng trị giá của các giải thưởng bằng hiện vật.
b.5) Đối với cá nhân nhập cảnh vào Việt Nam, ngoài tiêu chuẩn hành lý cá nhân còn được miễn thuế số hàng hoá mang theo có trị giá không quá một triệu đồng hoặc trị giá hàng hoá vượt quá một triệu đồng nhưng tổng số tiền thuế phải nộp dưới năm mươi nghìn đồng để làm quà biếu, tặng, vật lưu niệm (không phải làm thủ tục xét miễn thuế nhập khẩu).
b.6) Hàng hoá thuộc các trường hợp khác nêu tại khoản 1, 3, 4 và 17 Điều 100 Thông tư này phải tái xuất nhưng không tái xuất mà được tổ chức, cá nhân nước ngoài sử dụng làm quà tặng, quà biếu (nếu là hàng hóa nhập khẩu có điều kiện thì phải được phép của cơ quan nhà nước có thẩm quyền) cho các tổ chức, cá nhân Việt Nam có trị giá không vượt quá ba mươi triệu đồng đối với tổ chức, không vượt quá một triệu đồng đối với cá nhân thì được xét miễn thuế. Trường hợp hàng hoá biếu tặng cho cá nhân có trị giá không vượt quá một triệu đồng hoặc trị giá hàng hoá vượt quá một triệu đồng nhưng tổng số tiền thuế phải nộp dưới năm mươi nghìn đồng thì không phải làm thủ tục xét miễn thuế nhập khẩu.
b.7) Hàng mẫu của các tổ chức, cá nhân từ nước ngoài gửi cho các tổ chức, cá nhân Việt Nam được thực hiện theo định mức xét miễn thuế là không vượt quá ba mươi triệu đồng đối với tổ chức; và định mức miễn thuế không vượt quá một triệu đồng đối với cá nhân hoặc trị giá hàng hoá vượt quá một triệu đồng nhưng tổng số thuế phải nộp dưới năm mươi nghìn đồng.
c) Hàng hoá là quà biếu, quà tặng có trị giá vượt quá định mức xét miễn thuế, miễn thuế nêu trên thì phải nộp thuế đối với phần vượt. Trừ các trường hợp sau thì được xét miễn thuế đối với toàn bộ trị giá lô hàng:
c.1) Các đơn vị nhận hàng quà biếu, quà tặng là cơ quan hành chính sự nghiệp, các cơ quan đoàn thể xã hội hoạt động bằng kinh phí ngân sách cấp phát, nếu được cơ quan chủ quản cấp trên cho phép tiếp nhận để sử dụng thì được xét miễn thuế trong từng trường hợp cụ thể. Trong trường hợp này đơn vị phải ghi tăng tài sản phần ngân sách cấp bao gồm cả thuế, trị giá lô hàng quà biếu, quà tặng và phải quản lý, sử dụng theo đúng chế độ hiện hành về quản lý tài sản cơ quan từ kinh phí ngân sách cấp phát;
c.2) Hàng hoá là quà biếu, quà tặng mang mục đích nhân đạo, từ thiện, nghiên cứu khoa học;
c.3) Người Việt Nam định cư ở nước ngoài gửi thuốc chữa bệnh về cho thân nhân tại Việt Nam là gia đình có công với cách mạng, thương binh, liệt sỹ, người già yếu không nơi nương tựa có xác nhận của chính quyền địa phương.
5. Hàng hoá miễn thuế theo điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
  •  Hồ sơ xét miễn thuế
Hồ sơ xét miễn thuế gồm:
1. Hồ sơ hải quan theo hướng dẫn tại Thông tư này: nộp 01 bản sao;
2. Các giấy tờ khác, tùy theo từng trường hợp cụ thể sau đây:
a) Công văn yêu cầu xét miễn thuế của tổ chức, cá nhân sử dụng hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu (trừ trường hợp tại điểm b khoản này); trong đó nêu rõ loại hàng hoá, trị giá, số tiền thuế, lý do xét miễn thuế, tờ khai hải quan; trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các loại hàng hoá, các tờ khai hải quan xét miễn thuế; cam kết kê khai chính xác, cung cấp đúng hồ sơ và sử dụng đúng mục đích miễn thuế: nộp 01 bản chính;
b) Công văn yêu cầu xét miễn thuế của Bộ Quốc phòng, Bộ Công an hoặc đơn vị được Bộ Quốc phòng, Bộ Công an ủy quyền, phân cấp (nêu rõ hàng hóa nhâp khẩu phục vụ an ninh, quốc phòng thuộc nguồn vốn ngân sách trung ương, địa phương, kể cả các trường hợp mặt hàng nhập khẩu có thuế suất thuế nhập khẩu 0% ) và danh mục cụ thể về số lượng, chủng loại hàng hoá nhập khẩu do Bộ Quốc phòng, Bộ Công an phê duyệt, đã được thống nhất với Bộ Tài chính từ đầu năm (chậm nhất đến hết 31/03 hàng năm Bộ Quốc phòng, Bộ Công an phải đăng ký kế hoạch nhập khẩu trong năm với Bộ Tài chính) kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi đối với hàng hoá nhập khẩu chuyên dùng trực tiếp phục vụ cho an ninh, quốc phòng: công văn nộp 01 bản chính, phiếu theo dõi trừ lùi nộp 02 bản chính;
c) Hợp đồng uỷ thác nhập khẩu (đối với trường hợp uỷ thác nhập khẩu) hoặc giấy báo trúng thầu kèm theo hợp đồng cung cấp hàng hoá (đối với trường hợp nhập khẩu thông qua đấu thầu), trong đó nêu rõ giá thanh toán không bao gồm thuế nhập khẩu: nộp 01 bản sao;
d) Quyết định phê duyệt đề tài nghiên cứu khoa học và Danh mục hàng hóa cần nhập khẩu để thực hiện đề tài do Bộ quản lý chuyên ngành cấp đối với hàng hoá nhập khẩu chuyên dùng trực tiếp phục vụ cho nghiên cứu khoa học: nộp 01 bản chính quyết định phê duyệt, 01 bản sao Danh mục hàng hoá cần nhập khẩu để thực hiện đề tài kèm theo bản chính để đối chiếu (trường hợp nhập khẩu nhiều lần thì phải kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi);
e) Quyết định phê duyệt dự án đầu tư trang thiết bị và Danh mục trang thiết bị thuộc dự án cần nhập khẩu do Bộ quản lý chuyên ngành cấp đối với hàng hoá nhập khẩu chuyên dùng trực tiếp phục vụ cho giáo dục, đào tạo: nộp 01 bản chính (trường hợp nhập khẩu nhiều lần thì phải kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi);
g) Điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên đối với trường hợp đề nghị xét miễn thuế theo Điều ước quốc tế: nộp 01 bản sao;
h) Đối với hàng hoá là quà biếu, quà tặng, hàng mẫu:
h.1) Thông báo hoặc quyết định hoặc thoả thuận biếu, tặng hàng hoá; thông báo hoặc thoả thuận gửi hàng mẫu: nộp 01 bản sao;
h.2) Giấy xác nhận của Ủy ban nhân dân cấp xã, phường đối với trường hợp thân nhân là gia đình có công với cách mạng, thương binh, liệt sỹ, người già yếu không nơi nương tựa nhận quà biếu là thuốc chữa bệnh từ người Việt Nam định cư ở nước ngoài: nộp 01 bản chính;
h.3) Giấy uỷ quyền làm thủ tục hải quan của tổ chức, cá nhân được biếu, tặng hoặc nhận hàng mẫu đối với trường hợp hàng hoá là quà biếu, quà tặng hoặc hàng mẫu do người được uỷ quyền làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản sao;
h.4) Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc cho phép không tái xuất hàng hoá tạm nhập tái xuất để làm quà tặng, quà biếu cho các tổ chức, cá nhân Việt Nam (đối với những trường hợp phải có giấy phép); hoá đơn hoặc phiếu xuất kho của số hàng hoá biếu, tặng; bản giao nhận số hàng hoá giữa đối tượng biếu, tặng và đối tượng nhận biếu, tặng đối với trường hợp hàng hoá là quà biếu, quà tặng từ các đối tượng nhập khẩu miễn thuế theo hình thức tạm nhập - tái xuất: nộp 01 bản sao;
h.5) Xác nhận của cơ quan chủ quản cấp trên về việc cho phép tiếp nhận để sử dụng hàng hoá miễn thuế đối với trường hợp hàng hoá quà biếu, quà tặng cho cơ quan hành chính sự nghiệp, cơ quan đoàn thể hoạt động bằng kinh phí Nhà nước cấp phát có trị giá vượt quá định mức xét miễn thuế.
i) Tài liệu khác liên quan đến việc xác định số tiền thuế được xét miễn: nộp 01 bản sao;
k) Bảng kê danh mục tài liệu hồ sơ đề nghị xét miễn thuế.
  • Thủ tục, trình tự xét miễn thuế
1. Nộp và tiếp nhận hồ sơ xét miễn thuế
a) Người nộp thuế tự xác định số tiền thuế được xét miễn đối với các trường hợp thuộc đối tượng xét miễn thuế; nộp hồ sơ cho cơ quan hải quan nơi có thẩm quyền xét miễn thuế. Trường hợp thẩm quyền xét miễn thuế là Bộ Tài chính, người nộp thuế xác định số tiền thuế được xét miễn và nộp hồ sơ đề nghị xét miễn thuế cho Tổng cục Hải quan  
Đối với hàng hóa nhập khẩu là hàng chuyên dùng trực tiếp phục vụ cho an ninh, quốc phòng thời hạn nộp hồ sơ xét miễn thuế chậm nhất trong vòng 5 ngày kể từ ngày thông quan có điều kiện, hoặc được thông quan, hoặc được giải phóng hàng.
b) Trường hợp hồ sơ xét miễn thuế được nộp trực tiếp tại cơ quan hải quan, công chức hải quan tiếp nhận và đóng dấu tiếp nhận hồ sơ, ghi thời gian nhận hồ sơ, ghi nhận số lượng tài liệu trong hồ sơ.
c) Trường hợp hồ sơ xét miễn thuế được nộp bằng đường bưu chính, công chức hải quan đóng dấu ghi ngày nhận hồ sơ và ghi vào sổ văn thư của cơ quan hải quan.
d) Trường hợp hồ sơ xét miễn thuế được nộp bằng giao dịch điện tử thì việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận hồ sơ xét miễn thuế do cơ quan hải quan thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.
2. Cơ quan hải quan có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ xét miễn thuế do người nộp thuế khai và xử lý như sau:
a) Nếu hồ sơ chưa đầy đủ thì thông báo cho người nộp thuế trong thời hạn ba ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ để hoàn chỉnh hồ sơ;
b) Ban hành quyết định miễn thuế theo quy định hoặc thông báo cho người nộp thuế biết lý do không thuộc đối tượng xét miễn thuế, số tiền thuế phải nộp trong thời hạn mười lăm ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận đầy đủ hồ sơ và xử phạt theo quy định hiện hành (nếu có); trường hợp cần kiểm tra thực tế để có đủ căn cứ giải quyết hồ sơ thì thời hạn này có thể kéo dài tối đa là năm mươi ngày, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.
3. Trên cơ sở quyết định miễn thuế, cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan thanh khoản số tiền thuế được xét miễn, đóng dấu trên tờ khai hải quan gốc lưu tại đơn vị và tờ khai hải quan gốc do người nộp thuế lưu: "Hàng hoá được xét miễn thuế theo Quyết định số... ngày... tháng... năm... của.." (mẫu dấu theo Phụ lục số II ban hành theo Thông tư này).
Trường hợp không đủ điều kiện xét miễn thuế thì không được xét không thu thuế giá trị gia tăng.
  • Thẩm quyền xét miễn thuế
1. Bộ Tài chính thực hiện xét miễn thuế đối với các trường hợp:
a) Hàng hoá là quà biếu, quà tặng cho cơ quan hành chính sự nghiệp, cơ quan đoàn thể xã hội có trị giá vượt quá định mức miễn thuế;
b) Hàng hoá là quà biếu, quà tặng mang mục đích nhân đạo từ thiện, nghiên cứu khoa học.
2. Tổng cục Hải quan thực hiện xét miễn thuế đối với hàng hoá nhập khẩu phục vụ mục đích an ninh, quốc phòng, nghiên cứu khoa học, giáo dục đào tạo.
3. Chi cục hải quan xử lý miễn thuế đối với hàng hoá có giá trị không vượt quá một triệu đồng đối với cá nhân hoặc trị giá hàng hoá vượt quá một triệu đồng nhưng tổng số tiền thuế phải nộp dưới năm mười nghìn đồng qui định tại các điểm b.2, b.5, b.6 khoản 4 Điều 104 Thông tư này.
4. Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực tiếp thực hiện xét miễn thuế đối với các trường hợp còn lại.
 
 
Mục 5
CÁC TRƯỜNG HỢP XÉT GIẢM THUẾ, THỦ TỤC XÉT GIẢM THUẾ
 
  • Các trường hợp xét giảm thuế
Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đang trong quá trình giám sát của cơ quan hải quan, nếu bị hư hỏng, mất mát được cơ quan, tổ chức có thẩm quyền giám định chứng nhận thì được xét giảm thuế tương ứng với tỷ lệ tổn thất thực tế của hàng hoá.
  • Hồ sơ xét giảm thuế
1. Hồ sơ hải quan theo hướng dẫn tại Thông tư này: nộp 01 bản sao.
2. Công văn yêu cầu xét giảm thuế của người nộp thuế trong đó nêu rõ loại hàng hoá, số lượng, trị giá, số tiền thuế, lý do xin giảm thuế, tờ khai hải quan; trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các loại hàng hoá, các tờ khai hải quan xét giảm thuế; cam kết kê khai chính xác, cung cấp đúng hồ sơ đề nghị giảm thuế: nộp 01 bản chính.
3. Giấy chứng nhận giám định của thương nhân kinh doanh dịch vụ giám định về số lượng hàng hóa bị mất mát hoặc tỷ lệ tổn thất thực tế của hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu: nộp 01 bản chính.
4. Hợp đồng bảo hiểm: nộp 01 bản sao.
5. Hợp đồng/biên bản thỏa thuận đền bù của tổ chức nhận bảo hiểm hoặc hãng vận tải (đối với trường hợp tổn thất do hãng vận tải gây ra): nộp 01 bản sao.
Trường hợp hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng được giảm thuế theo quy định tại Điều này nhưng không mua bảo hiểm thì hồ sơ xét giảm thuế không bao gồm chứng từ được nêu tại khoản 4, 5 nêu trên. 
6. Bảng kê danh mục tài liệu hồ sơ đề nghị xét giảm thuế.
  • Trình tự, thủ tục xét giảm thuế
Trình tự, thủ tục xét giảm thuế thực hiện như trình tự, thủ tục xét miễn thuế.
  • Thẩm quyền xét giảm thuế
Chi cục trưởng hải quan nơi đăng ký tờ khai có thẩm quyền xét giảm thuế.
 
Mục 6
CÁC TRƯỜNG HỢP HOÀN THUẾ, THỦ TỤC HOÀN THUẾ
 
  • Các trường hợp được xét hoàn thuế
Các trường hợp sau đây được xét hoàn thuế:
1. Hàng hoá nhập khẩu đã nộp thuế nhập khẩu nhưng còn lưu kho, lưu bãi tại cửa khẩu và đang chịu sự giám sát của cơ quan hải quan, được tái xuất ra nước ngoài;
2. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đã nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nhưng thực tế không xuất khẩu, nhập khẩu;
3. Hàng hoá đã nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nhưng thực tế xuất khẩu hoặc nhập khẩu ít hơn;
4. Hàng hoá nhập khẩu để giao, bán hàng cho nước ngoài thông qua các đại lý tại Việt Nam; hàng hóa nhập khẩu để bán cho các phương tiện của các hãng nước ngoài trên các tuyến đường quốc tế qua cảng Việt Nam và các phương tiện của Việt Nam trên các tuyến đường quốc tế theo quy định của Chính phủ;
5. Hàng hoá nhập khẩu đã nộp thuế nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu ra nước ngoài hoặc xuất vào khu phi thuế quan được hoàn thuế nhập khẩu tương ứng với tỷ lệ sản phẩm thực tế xuất khẩu và không phải nộp thuế xuất khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu có đủ điều kiện xác định là được chế biến từ toàn bộ nguyên liệu nhập khẩu và được xác định cụ thể như sau: 
a) Hàng hóa xuất khẩu được sản xuất từ toàn bộ nguyên liệu nhập khẩu thì không phải nộp thuế xuất khẩu. Trường hợp hàng hóa xuất khẩu được sản xuất từ hai nguồn: nguyên liệu nhập khẩu và nguyên liệu có nguồn gốc trong nước thì thực hiện thu thuế xuất khẩu đối với phần nguyên liệu tương ứng được sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu có nguồn gốc trong nước.
b) Các loại vật tư, nguyên liệu được hoàn thuế nhập khẩu, bao gồm:
b.1) Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu (kể cả linh kiện lắp ráp, bán thành phẩm, bao bì đóng gói) trực tiếp cấu thành thực thể sản phẩm xuất khẩu;
b.2) Nguyên liệu, vật tư trực tiếp tham gia vào quá trình sản xuất hàng hoá xuất khẩu nhưng không trực tiếp chuyển hoá thành hàng hoá hoặc không cấu thành thực thể sản phẩm, như: giấy, phấn, bút vẽ, bút vạch dấu, đinh ghim quần áo, mực sơn in, bàn chải quét keo, chổi quét keo, khung in lưới, kếp tẩy, dầu đánh bóng...;
b.3) Sản phẩm hoàn chỉnh do doanh nghiệp nhập khẩu để gắn vào sản phẩm xuất khẩu (đóng chung với sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu hoặc đóng chung với sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư mua trong nước) thành mặt hàng đồng bộ và xuất khẩu ra nước ngoài;
b.4) Linh kiện, phụ tùng nhập khẩu để làm hàng hoá bảo hành cho sản phẩm xuất khẩu;
b.5) Hàng mẫu nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu sau khi hoàn thành hợp đồng đã tái xuất trả lại khách hàng nước ngoài.
c) Các trường hợp được xét hoàn thuế, bao gồm:
c.1) Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hoá xuất khẩu; hoặc tổ chức thuê gia công trong nước (kể cả thuê gia công tại khu phi thuế quan), gia công ở nước ngoài, hoặc trường hợp liên kết sản xuất hàng hoá xuất khẩu và nhận sản phẩm về để xuất khẩu;
c.2) Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hoá tiêu thụ trong nước sau đó tìm được thị trường xuất khẩu và đưa số nguyên liệu, vật tư này vào sản xuất hàng hoá xuất khẩu, đã thực xuất khẩu sản phẩm (thời hạn tối đa cho phép là hai năm kể từ ngày đăng ký tờ khai nhập khẩu nguyên liệu, vật tư đến ngày đăng ký tờ khai xuất khẩu sản phẩm cuối cùng có sử dụng nguyên liệu, vật tư của tờ khai nhập khẩu đề nghị hoàn thuế);
c.3) Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư (trừ sản phẩm hoàn chỉnh) để thực hiện hợp đồng gia công (không do bên nước ngoài đặt gia công cung cấp mà do doanh nghiệp nhận gia công tự nhập khẩu để thực hiện hợp đồng gia công đã ký với khách hàng nước ngoài), khi thực xuất khẩu sản phẩm sẽ được xét hoàn thuế nhập khẩu như đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu;
c.4) Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất sản phẩm, sau đó sử dụng sản phẩm này để gia công hàng hoá xuất khẩu theo hợp đồng gia công với nước ngoài;
c.5) Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư sản xuất sản phẩm sau đó bán sản phẩm (sản phẩm hoàn chỉnh hoặc sản phẩm chưa hoàn chỉnh) cho doanh nghiệp khác để trực tiếp sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu thì sau khi doanh nghiệp sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu đã xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài; doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư được hoàn thuế nhập khẩu tương ứng với phần doanh nghiệp khác dùng sản xuất sản phẩm và đã thực xuất khẩu nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:
c.5.1) Doanh nghiệp bán hàng, doanh nghiệp mua hàng thực hiện nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ; doanh nghiệp đã đăng ký và được cấp mã số thuế; có hoá đơn bán hàng đối với việc mua bán hàng hoá giữa hai đơn vị;
c.5.2) Thanh toán hàng hoá xuất khẩu qua ngân hàng theo quy định của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam;
c.5.3) Trong thời hạn tối đa một năm (tính tròn ba trăm sáu mươi lăm ngày) kể từ khi nhập khẩu nguyên liệu, vật tư (tính theo ngày đăng ký tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu) đến khi thực xuất khẩu sản phẩm (tính theo ngày đăng ký tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu).
c.6) Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất sản phẩm sau đó bán sản phẩm (sản phẩm hoàn chỉnh hoặc sản phẩm chưa hoàn chỉnh) cho các doanh nghiệp khác để trực tiếp xuất khẩu theo bộ linh kiện thì được xét hoàn thuế nhập khẩu tương ứng với tỷ lệ sản phẩm (bộ linh kiện) xuất khẩu, nếu đáp ứng đủ các điều kiện nêu tại điểm c.5 khoản này và các điều kiện sau:
c.6.1) Sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu của doanh nghiệp là một trong những chi tiết, linh kiện của bộ linh kiện xuất khẩu;
c.6.2) Doanh nghiệp mua sản phẩm để kết hợp với phần chi tiết, linh kiện do chính doanh nghiệp sản xuất ra để cấu thành nên bộ linh kiện xuất khẩu.
c.7) Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư sản xuất sản phẩm sau đó bán sản phẩm (sản phẩm hoàn chỉnh hoặc sản phẩm chưa hoàn chỉnh) cho doanh nghiệp khác để trực tiếp xuất khẩu ra nước ngoài. Sau khi doanh nghiệp mua sản phẩm của doanh nghiệp sản xuất đã xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài thì doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư được hoàn thuế nhập khẩu tương ứng với số lượng sản phẩm thực xuất khẩu nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện như nêu tại điểm c.5 khoản này.
c.8) Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hoá bán cho thương nhân nước ngoài nhưng giao hàng hoá cho doanh nghiệp khác tại Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài thì được hoàn thuế nhập khẩu nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:
c.8.1) Hàng hoá nhập khẩu tại chỗ phải được tiếp tục sản xuất xuất khẩu hoặc gia công theo hợp đồng gia công với nước ngoài;
c.8.2) Tờ khai xuất khẩu-nhập khẩu tại chỗ phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:
- Đối với doanh nghiệp xuất khẩu: tờ khai hải quan được khai đầy đủ, có xác nhận, ký tên, đóng dấu của 4 bên là: doanh nghiệp xuất khẩu, doanh nghiệp nhập khẩu, Hải quan làm thủ tục xuất khẩu, Hải quan làm thủ tục nhập khẩu;
- Đối với doanh nghiệp nhập khẩu: tờ khai hải quan được khai đầy đủ, có xác nhận, ký tên, đóng dấu của 3 bên là: doanh nghiệp xuất khẩu, doanh nghiệp nhập khẩu, Hải quan làm thủ tục nhập khẩu; loại hình tờ khai khi đăng ký nhập khẩu tại chỗ là loại hình sản xuất xuất khẩu (SXXK) hoặc gia công (GC).
Trường hợp cơ quan hải quan đã thu thuế nhập khẩu khi doanh nghiệp nhập khẩu hàng hoá từ nước ngoài vào Việt Nam và thu tiếp thuế nhập khẩu khi xuất nhập khẩu tại chỗ thì doanh nghiệp được xét hoàn lại thuế nhập khẩu đã nộp khi làm thủ tục nhập khẩu từ nước ngoài vào Việt Nam.
c.9) Hàng hoá là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu nêu từ điểm c.1 đến điểm c.7 khoản này đã xuất khẩu ra nước ngoài nhưng chưa thực bán cho khách hàng nước ngoài, còn để ở kho của chính doanh nghiệp tại nước ngoài hoặc gửi kho ngoại quan ở nước ngoài hoặc cảng trung chuyển ở nước ngoài.
c.10) Hàng hoá là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu nêu từ điểm c.1 đến điểm c.7 khoản này nhưng không xuất khẩu ra nước ngoài mà xuất khẩu vào khu phi thuế quan (trừ doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất, kho ngoại quan) được cơ quan hải quan nơi làm thủ tục kiểm tra, giám sát xác định thực tế hàng hóa đã thực xuất khẩu tiếp ra nước ngoài hoặc đã thực tế sử dụng trong khu phi thuế quan được hoàn thuế nhập khẩu đã nộp tương ứng với lượng hàng hoá thực tế đã sử dụng trong khu phi thuế quan hoặc thực tế đã xuất khẩu tiếp ra nước ngoài.
d) Định mức nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để xem xét hoàn thuế, không thu thuế nhập khẩu là định mức thực tế sử dụng để sản xuất sản phẩm thực tế xuất khẩu bao gồm cả phần tỷ lệ phế liệu, phế phẩm nằm trong định mức tiêu hao thu được trong quá trình sản xuất hàng hóa xuất khẩu từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu.
d.1) Thủ tục thông báo định mức nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu và đăng ký sản phẩm xuất khẩu thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 37 Thông tư này.
d.2) Đối với trường hợp một loại nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất nhưng thu được hai hoặc nhiều loại sản phẩm khác nhau (Ví dụ: nhập khẩu lạc vỏ sau khi đưa vào gia công thu được hai sản phẩm là lạc nhân loại 1 và lạc nhân loại 2) nhưng chỉ xuất khẩu một loại sản phẩm sản xuất ra thì doanh nghiệp phải có trách nhiệm khai báo nộp thuế (nếu có) với cơ quan hải quan đối với phần nguyên liệu, vật tư nhập khẩu tương ứng không xuất khẩu.
Số tiền thuế nhập khẩu được hoàn được xác định bằng phương pháp phân bổ theo công thức sau đây:
Số tiền thuế nhập khẩu được hoàn (tương ứng với sản phẩm thực tế xuất khẩu)  
=
Trị giá sản phẩm xuất khẩu  
X
Tổng số tiền thuế nhập khẩu của nguyên liệu, vật tư nhập khẩu
 
Tổng trị giá các sản phẩm thu được
Trong đó:
- Trị giá sản phẩm xuất khẩu được xác định là số lượng sản phẩm thực xuất khẩu nhân (x) với trị giá tính thuế đối với hàng hóa xuất khẩu;
- Tổng trị giá của các sản phẩm thu được, được xác định là tổng trị giá sản phẩm xuất khẩu và doanh số bán của các sản phẩm (kể cả phế liệu, phế phẩm thu hồi nằm ngoài định mức và không bao gồm thuế giá trị gia tăng đầu ra) để tiêu thụ nội địa.
 Trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu một loại nguyên liệu, vật tư để sản xuất nhưng thu được hai hoặc nhiều loại sản phẩm khác nhau (ví dụ như: nhập khẩu lúa mì để sản xuất ra bột mì, cám mì và vỏ lúa mì); trong số các sản phẩm thu được có loại dùng để tiếp tục sản xuất hàng hoá xuất khẩu, có loại được tiêu dùng nội địa (ví dụ như: phần cám mì và vỏ lúa mì còn lại từ quá trình này sau đó được đem tiêu thụ nội địa; phần bột mì tiếp tục được sử dụng để sản xuất ra mặt hàng mì gói xuất khẩu), thì:
+ Khi tính “Trị giá sản phẩm xuất khẩu” và “Tổng trị giá của các sản phẩm thu được” phải loại trừ phần nguyên vật liệu phụ mua tại nội địa (ví dụ như: sản phẩm mì gói xuất khẩu ngoài thành phần là bột mì còn các thành phần khác là nguyên vật liệu phụ mua tại thị trường nội địa như hương liệu, gia vị, bao bì..);
+ Để loại trừ phần nguyên vật liệu phụ cấu thành trong sản phẩm xuất khẩu, doanh nghiệp tự xây dựng định mức phần nguyên vật liệu phụ cấu thành trong một sản phẩm xuất khẩu và thông báo với cơ quan hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu, chịu trách nhiệm về tính chính xác của định mức đã thông báo. Trường hợp nếu thấy có nghi vấn về định mức này, cơ quan xét hoàn thuế có thể trưng cầu giám định của cơ quan quản lý chuyên ngành về mặt hàng đó hoặc chủ trì phối hợp với cơ quan thuế địa phương (nơi cấp mã số thuế cho doanh nghiệp) tổ chức kiểm tra tại doanh nghiệp để xác định lại định mức làm cơ sở xem xét giải quyết hoàn thuế cho doanh nghiệp.
d.3) Đối với phần phế liệu, phế phẩm tiêu thụ nội địa, thì xử lý như sau:
- Phần tỷ lệ phế liệu, phế phẩm nằm trong định mức tiêu hao thu được trong quá trình sản xuất hàng hóa xuất khẩu từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu (ví dụ: vỏ lạc trong quá trình gia công lạc vỏ thành lạc nhân) không phải chịu thuế nhập khẩu. Trường hợp còn giá trị thương mại, người nộp thuế bán, tiêu thụ phần phế liệu, phế phẩm này trên thị trường thì cũng không phải chịu thuế nhập khẩu nhưng phải kê khai, nộp các loại thuế khác như thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp theo đúng quy định;
 - Phần nguyên liệu, vật tư không nằm trong định mức theo hướng dẫn tại điểm d.1, d.2 khoản này phải nộp thuế nhập khẩu. Việc kê khai nộp thuế thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 9 Điều 11 Thông tư này.
e) Trường hợp nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu, nếu sản phẩm thực xuất khẩu trong thời hạn nộp thuế thì không phải nộp thuế nhập khẩu nguyên liệu, vật tư tương ứng với số hàng hoá thực tế xuất khẩu.
6. Hàng hoá tạm nhập khẩu để tái xuất khẩu hoặc hàng hoá tạm xuất khẩu để tái nhập khẩu và hàng hoá nhập khẩu uỷ thác cho phía nước ngoài sau đó tái xuất đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu, bao gồm cả trường hợp hàng hóa nhập khẩu tái xuất vào khu phi thuế quan (để sử dụng trong khu phi thuế quan hoặc xuất khẩu ra nước ngoài; trừ trường hợp tái xuất vào Khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại – công nghiệp và các khu vực kinh tế khác thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính) được xét hoàn thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu và không phải nộp thuế nhập khẩu khi tái nhập, thuế xuất khẩu khi tái xuất (trừ trường hợp đã được miễn thuế quy định tại khoản 1 Điều 100 Thông tư này).   
Trường hợp hàng hoá tạm nhập khẩu để tái xuất khẩu hoặc hàng hoá tạm xuất khẩu để tái nhập khẩu, nếu đã thực tái xuất khẩu hoặc tái nhập khẩu trong thời hạn nộp thuế thì không phải nộp thuế nhập khẩu hoặc thuế xuất khẩu tương ứng với số hàng hoá thực tế đã tái xuất hoặc tái nhập khẩu.
7. Hàng hoá đã xuất khẩu nhưng phải nhập khẩu trở lại Việt Nam được xét hoàn thuế xuất khẩu đã nộp và không phải nộp thuế nhập khẩu.
a) Điều kiện để được xét hoàn thuế xuất khẩu đã nộp và không phải nộp thuế nhập khẩu:
a.1) Hàng hóa được thực nhập trở lại Việt Nam trong thời hạn tối đa ba trăm sáu mươi lăm ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai xuất khẩu;
Trường hợp quá ba trăm sáu mươi lăm (365) ngày cơ quan hải quan nơi làm thủ tục thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế, kiểm tra cụ thể báo cáo Tổng cục Hải quan để báo cáo Bộ Tài chính xem xét, xử lý từng trường hợp cụ thể.
 a.2) Hàng hóa chưa qua quá trình sản xuất, gia công, sửa chữa hoặc sử dụng ở nước ngoài;
b) Trường hợp hàng hoá xuất khẩu là hàng hoá của các doanh nghiệp Việt Nam gia công cho phía nước ngoài thuộc diện đã được miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu, vật tư; phải nhập khẩu trở lại Việt Nam để sửa chữa, tái chế sau đó xuất khẩu trở lại cho phía nước ngoài thì cơ quan hải quan quản lý, quyết toán hợp đồng gia công ban đầu phải tiếp tục việc theo dõi, quản lý cho đến khi hàng hoá tái chế được xuất khẩu hết, thanh khoản tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu tái chế. Nếu hàng hoá tái chế không xuất khẩu thì xử lý thuế như sau:
b.1) Nếu tiêu thụ nội địa thì phải kê khai nộp thuế như sản phẩm gia công xuất nhập khẩu tại chỗ;
b.2) Nếu hàng hoá bắt buộc phải tiêu huỷ, được phép tiêu huỷ tại Việt Nam và đã thực hiện tiêu huỷ dưới sự giám sát của cơ quan hải quan thì được miễn thuế như phế liệu, phế phẩm gia công tiêu huỷ.
c) Trường hợp hàng hoá xuất khẩu là hàng hoá sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu; hàng hoá kinh doanh tạm nhập, tái xuất (thuộc đối tượng được hoàn thuế khi xuất khẩu) phải nhập khẩu trở lại Việt Nam nhưng không tái chế, tái xuất thì xử lý như sau:
c.1) Doanh nghiệp không được xét hoàn lại thuế (hoặc không được xét không thu thuế nếu chưa nộp thuế) đối với phần nguyên liệu nhập khẩu sản xuất ra số hàng hóa xuất khẩu phải nhập khẩu trở lại hoặc đối với số hàng hóa đã tái xuất nhưng nay phải nhập khẩu trở lại đó;
c.2) Trường hợp cơ quan hải quan đã hoàn lại hoặc đã ban hành quyết định không thu thuế đối với phần nguyên liệu nhập khẩu sản xuất ra số hàng hóa xuất khẩu phải nhập khẩu trở lại hoặc đối với số hàng hóa đã tái xuất nhưng nay phải nhập khẩu trở lại thì người nộp thuế phải nộp lại số tiền thuế đã được hoàn hoặc không thu đó.
d) Trường hợp hàng hoá xuất khẩu phải nhập khẩu trở lại Việt Nam còn trong thời hạn nộp thuế xuất khẩu thì không phải nộp thuế xuất khẩu tương ứng với số hàng hoá thực tế nhập khẩu trở lại. 
8. Hàng hoá nhập khẩu nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan (để sử dụng trong khu phi thuế quan hoặc xuất khẩu ra nước ngoài; trừ trường hợp xuất vào Khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại – công nghiệp và các khu vực kinh tế khác thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính) được xét hoàn lại thuế nhập khẩu đã nộp tương ứng với số lượng hàng thực tế tái xuất và không phải nộp thuế xuất khẩu.
a) Điều kiện để được xét hoàn lại thuế nhập khẩu đã nộp và không phải nộp thuế xuất khẩu:
a.1) Hàng hoá được tái xuất ra nước ngoài hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan trong thời hạn tối đa ba trăm sáu mươi lăm ngày kể từ ngày thực tế nhập khẩu; trường hợp quá ba trăm sáu mươi lăm (365) ngày, cơ quan hải quan nơi làm thủ tục thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế, kiểm tra cụ thể và báo cáo Tổng cục Hải quan để báo cáo Bộ Tài chính xem xét, xử lý từng trường hợp cụ thể.
a.2) Hàng hoá chưa qua quá trình sản xuất, gia công, sửa chữa hoặc sử dụng tại Việt Nam.
a.3) Trường hợp hàng hoá nhập khẩu không phù hợp với hợp đồng thì phải có giấy thông báo kết quả giám định hàng hoá của cơ quan, tổ chức có chức năng, thẩm quyền giám định hàng hoá xuất nhập khẩu. Đối với số hàng hóa do phía nước ngoài gửi thay thế số lượng hàng hoá đã xuất trả nước ngoài thì doanh nghiệp phải kê khai nộp thuế nhập khẩu theo quy định;
a.4) Hàng hoá xuất khẩu vào khu phi thuế quan (trừ trường hợp xuất vào khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, kho ngoại quan; khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại –công nghiệp và các khu vực kinh tế khác thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính) được cơ quan hải quan nơi làm thủ tục kiểm tra, giám sát hàng hoá xác định thực tế có sử dụng trong khu phi thuế quan hoặc đã xuất khẩu tiếp ra nước ngoài.
b) Trường hợp hàng hoá nhập khẩu phải tái xuất còn trong thời hạn nộp thuế nhập khẩu thì không phải nộp thuế nhập khẩu tương ứng với số hàng hoá thực tái xuất.   
9. Máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất (trừ trường hợp đi thuê) để thực hiện các dự án đầu tư, thi công xây dựng, lắp đặt công trình, phục vụ sản xuất hoặc mục đích khác đã nộp thuế nhập khẩu, khi tái xuất ra khỏi Việt Nam hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan (để sử dụng trong khu phi thuế quan hoặc tiếp tục xuất khẩu ra nước ngoài) sẽ được hoàn lại thuế nhập khẩu.
Số tiền thuế nhập khẩu hoàn lại được xác định trên cơ sở giá trị sử dụng còn lại của máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển khi tái xuất khẩu tính theo thời gian sử dụng và lưu lại tại Việt Nam (tính từ ngày đăng ký tờ khai tạm nhập đến ngày đăng ký tờ khai tái xuất), trường hợp thực tế đã hết giá trị sử dụng thì không được hoàn lại thuế. Cụ thể như sau:
a) Trường hợp khi nhập khẩu là hàng hoá mới (chưa qua sử dụng):
Thời gian sử dụng và lưu lại tại Việt Nam Số thuế nhập khẩu được hoàn lại
Từ 6 tháng trở xuống 90% số thuế nhập khẩu đã nộp
Từ trên 6 tháng đến 1 năm 80% số thuế nhập khẩu đã nộp
Từ trên 1 năm đến 2 năm 70% số thuế nhập khẩu đã nộp
Từ trên 2 năm đến 3 năm 60% số thuế nhập khẩu đã nộp
Từ trên 3 năm đến 5 năm 50% số thuế nhập khẩu đã nộp
Từ trên 5 năm đến 7 năm 40% số thuế nhập khẩu đã nộp
Từ trên 7 năm đến 9 năm 30% số thuế nhập khẩu đã nộp
Từ trên 9 năm đến 10 năm 15% số thuế nhập khẩu đã nộp
Từ trên 10 năm Không được hoàn
b) Trường hợp khi nhập khẩu là loại hàng hoá đã qua sử dụng:
Thời gian sử dụng và lưu lại tại Việt Nam Số thuế nhập khẩu được hoàn lại
Từ 6 tháng trở xuống 60% số thuế nhập khẩu đã nộp
Từ trên 6 tháng đến 1 năm 50% số thuế nhập khẩu đã nộp
Từ trên 1 năm đến 2 năm 40% số thuế nhập khẩu đã nộp
Từ trên 2 năm đến 3 năm 35% số thuế nhập khẩu đã nộp
Từ trên 3 năm đến 5 năm 30% số thuế nhập khẩu đã nộp
Từ trên 5 năm Không được hoàn
Trường hợp các tổ chức, cá nhân nhập khẩu máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển hết thời hạn tạm nhập, phải tái xuất nhưng chưa tái xuất mà được Bộ Công Thương (hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền) cho phép chuyển giao cho đối tượng khác tại Việt Nam tiếp tục quản lý sử dụng thì khi chuyển giao không được coi là xuất khẩu và không được hoàn lại thuế nhập khẩu, đối tượng tiếp nhận hoặc mua lại không phải nộp thuế nhập khẩu. Đến khi thực tái xuất ra khỏi Việt Nam, đối tượng nhập khẩu ban đầu sẽ được hoàn lại thuế nhập khẩu theo hướng dẫn tại khoản này.
10. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu do tổ chức, cá nhân ở nước ngoài gửi cho tổ chức, cá nhân ở Việt Nam thông qua dịch vụ bưu chính và dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế và ngược lại; doanh nghiệp cung cấp dịch vụ đã nộp thuế nhưng không giao được cho người nhận hàng hóa, phải tái xuất, tái nhập hoặc bị tịch thu, tiêu hủy theo quy định của pháp luật thì được hoàn lại số tiền thuế đã nộp theo quy định tại Thông tư liên tịch số 01/2004/TTLT-BBCVT-BTC ngày 25 tháng 5 năm 2004 của Bộ Bưu chính, Viễn thông và Bộ Tài chính hướng dẫn về trách nhiệm, quan hệ phối hợp trong công tác kiểm tra, giám sát hải quan đối với thư, bưu phẩm, bưu kiện xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ bưu chính và dịch vụ chuyển phát thư.
11. Các tổ chức, cá nhân vi phạm các quy định trong lĩnh vực hải quan, hàng hoá đang trong sự giám sát, quản lý của cơ quan hải quan là tang vật vi phạm, bị cơ quan nhà nước có thẩm quyền ra quyết định tịch thu hàng hoá thì được hoàn lại số tiền thuế xuất khẩu hoặc thuế nhập khẩu đã nộp.
12. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đã nộp thuế nhưng sau đó được miễn thuế, hoàn thuế theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì được hoàn thuế.
13. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu còn nằm trong sự giám sát, quản lý của cơ quan hải quan, nếu đã đăng ký tờ khai hải quan nhưng khi cơ quan hải quan kiểm tra cho thông quan phát hiện có vi phạm buộc phải tiêu huỷ và đã tiêu huỷ thì ra quyết định không phải nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (nếu có). Việc xử phạt vi phạm đối với hành vi xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá không đúng quy định, buộc phải tiêu huỷ thực hiện theo các quy định của pháp luật hiện hành. Cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phải lưu giữ hồ sơ hàng hoá tiêu huỷ, phối hợp với các cơ quan chức năng có liên quan giám sát việc tiêu huỷ theo đúng quy định của pháp luật hiện hành.
14. Các trường hợp thuộc đối tượng được hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu hướng dẫn tại Điều này mà có số tiền thuế được hoàn dưới năm mươi nghìn đồng theo lần làm thủ tục hoàn thuế cho một hồ sơ hoàn thuế thì cơ quan hải quan không hoàn trả số tiền thuế đó.
  • Hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hoá nhập khẩu đã nộp thuế nhập khẩu nhưng còn lưu kho, lưu bãi tại cửa khẩu và đang chịu sự giám sát của cơ quan hải quan, được tái xuất ra nước ngoài
1. Công văn yêu cầu xét hoàn thuế đã nộp, trong đó nêu rõ loại hàng hoá, số tiền thuế, lý do yêu cầu hoàn thuế, tờ khai hải quan; số...ngày...tháng...năm ...của chứng từ nộp thuế; trường hợp có nhiều loại hàng hoá thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các tờ khai hải quan yêu cầu hoàn thuế: nộp 01 bản chính;
2. Tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu đã tính thuế: nộp 01 bản chính;
3. Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu đã làm thủ tục hải quan có xác nhận về việc hàng hoá xuất khẩu thuộc tờ khai hải quan nhập khẩu nào còn lưu kho, lưu bãi tại cửa khẩu đang chịu sự giám sát của cơ quan hải quan, đã thực xuất khẩu: nộp 01 bản chính; các giấy tờ khác chứng minh hàng thực xuất theo hướng dẫn tại Điều 30 Thông tư này: nộp 01 bản sao;
4. Bảng kê danh mục tài liệu hồ sơ đề nghị hoàn thuế5. Bảng kê danh mục tài liệu hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
  • Hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đã nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nhưng không xuất khẩu, nhập khẩu
1. Các loại giấy tờ hướng dẫn tại các khoản 1, 4  Điều 113 Thông tư này;
2. Tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu có xác nhận của cơ quan hải quan về việc hàng hoá thực tế không xuất khẩu đối với trường hợp không xuất khẩu nữa: nộp 01 bản chính;
3. Tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu có xác nhận của cơ quan hải quan về việc hàng hoá thực tế không nhập khẩu đối với trường hợp không nhập khẩu nữa: nộp 01 bản chính.
  • Hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hoá đã nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nhưng thực tế xuất khẩu hoặc nhập khẩu ít hơn
1. Các loại giấy tờ hướng dẫn tại các khoản 1, 4 và 5 Điều 113 Thông tư này;
2. Tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu đã làm thủ tục hải quan, có kết quả kiểm hoá của cơ quan hải quan ghi rõ số lượng thực tế xuất khẩu: nộp 01 bản chính; các giấy tờ khác chứng minh hàng thực xuất theo hướng dẫn tại Điều 30 Thông tư này: nộp 01 bản sao;
3. Tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu đã làm thủ tục hải quan có kết quả kiểm hoá của cơ quan hải quan ghi rõ số lượng thực tế nhập khẩu và có xác nhận thực nhập của cơ quan hải quan: nộp 01 bản chính;
4. Hóa đơn thương mại theo hợp đồng mua bán hàng hoá: nộp 01 bản sao;
5. Giấy tờ khác chứng minh hàng hoá thực tế nhập khẩu hoặc xuất khẩu ít hơn.
  • Hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hoá nhập khẩu để giao, bán hàng cho nước ngoài thông qua các đại lý tại Việt Nam; hàng hóa nhập khẩu để bán cho các phương tiện của các hãng nước ngoài trên các tuyến đường quốc tế qua cảng Việt Nam và các phương tiện của Việt Nam trên các tuyến đường quốc tế theo quy định của Chính phủ
1. Đối với các trường hợp chung:
1. Các loại giấy tờ hướng dẫn tại các khoản 1, 4  Điều 113 Thông tư này;
b) Công văn của Bộ Công Thương cho phép nhập khẩu (đối với mặt hàng thuộc diện phải có giấy phép nhập khẩu của Bộ Công Thương): xuất trình 01 bản chính để đối chiếu;
c) Tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu đã làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản chính;
d) Hóa đơn bán hàng: nộp 01 bản sao;
e) Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu đã làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản chính; các giấy tờ khác chứng minh hàng thực xuất theo hướng dẫn tại Điều 30 Thông tư này: nộp 01 bản sao;
g) Hợp đồng làm đại lý giao, bán hàng hoá và hợp đồng, hoặc thỏa thuận cung cấp hàng hoá: nộp 01 bản sao;
h) Chứng từ thanh toán cho hàng hoá xuất khẩu: nộp 01 bản sao và xuất trình bản chính để đối chiếu; trường hợp lô hàng thanh toán nhiều lần thì phải nộp thêm 01 bản chính bảng kê các chứng từ thanh toán.
2. Đối với hàng hoá nhập khẩu là đồ uống phục vụ trên các chuyến bay quốc tế:
a) Các loại giấy tờ hướng dẫn tại điểm a, b, c khoản 1 Điều này;
b) Phiếu giao nhận đồ uống lên chuyến bay quốc tế có xác nhận của Hải quan cửa khẩu sân bay: nộp 01 bản sao.
3. Đối với hàng hoá nhập khẩu qua doanh nghiệp đầu mối (ví dụ: xăng, dầu...), được phép bán cho doanh nghiệp cung ứng tàu biển để bán cho các tàu biển nước ngoài đã nộp thuế nhập khẩu thì sau khi bán hàng cho tàu biển nước ngoài, được hoàn thuế nhập khẩu:
a) Các loại giấy tờ hướng dẫn tại khoản 1 Điều này;
b) Hợp đồng, hoá đơn bán hàng cho doanh nghiệp cung ứng tàu biển: nộp 01 bản sao;
c) Xác nhận của doanh nghiệp cung ứng tàu biển về số lượng, trị giá hàng hoá mua của doanh nghiệp đầu mối nhập khẩu đã thực cung ứng cho tàu biển nước ngoài kèm bảng kê chứng từ thanh toán của các hãng tàu biển nước ngoài: nộp 01 bản chính. Doanh nghiệp cung ứng chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc xác nhận của mình.
  • Hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế đối với hàng hoá nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan thực tế đã sử dụng trong khu phi thuế quan hoặc đã xuất khẩu ra nước ngoài, đã nộp thuế nhập khẩu
1. Trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hoá xuất khẩu hoặc tổ chức thuê gia công trong nước (kể cả thuê gia công tại khu phi thuế quan), gia công ở nước ngoài; hoặc trường hợp liên kết sản xuất hàng hoá xuất khẩu và nhận sản phẩm về để xuất khẩu.
a) Hồ sơ chung:
a.1) Công văn yêu cầu thanh khoản, hoàn lại thuế, không thu thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu, trong đó có giải trình cụ thể số lượng, trị giá nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đã sử dụng để sản xuất hàng hoá xuất khẩu; số tiền thuế nhập khẩu đã nộp; số...ngày...tháng...năm ...của chứng từ nộp thuế; số lượng hàng hoá xuất khẩu; số tiền thuế nhập khẩu yêu cầu hoàn, không thu; trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các tờ khai hải quan yêu cầu hoàn thuế: nộp 01 bản chính;
a.2) Tờ khai hải quan nhập khẩu nguyên liệu, vật tư đã làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản chính;
a.3) Tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu đã làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản chính; các giấy tờ khác chứng minh hàng thực xuất theo hướng dẫn tại Điều 30 Thông tư này: nộp 01 bản sao; hợp đồng xuất khẩu: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu;
a.4) Hợp đồng nhập khẩu; hợp đồng uỷ thác xuất khẩu, nhập khẩu nếu là hình thức xuất khẩu, nhập khẩu uỷ thác (sử dụng bản lưu của cơ quan hải quan, người nộp thuế không phải nộp): 01 bản sao;
a.5) Chứng từ thanh toán cho hàng hoá xuất khẩu: nộp 01 bản sao và xuất trình bản chính để đối chiếu; trường hợp lô hàng thanh toán nhiều lần thì nộp thêm 01 bản chính bảng kê chứng từ thanh toán qua ngân hàng;
a.6) Hợp đồng liên kết sản xuất hàng hoá xuất khẩu nếu là trường hợp liên kết sản xuất hàng hoá xuất khẩu: nộp 01 bản sao;
a.7) Bảng thông báo định mức (sử dụng bản lưu của cơ quan hải quan, người nộp thuế không phải nộp);  
a.8) Bảng kê các tờ khai xuất khẩu sản phẩm đưa vào thanh khoản (theo mẫu số 59/HSTK-SXXK ban hành kèm theo Thông tư này): nộp 01 bản chính;
a.9) Bảng báo cáo nhập-xuất-tồn nguyên liệu, vật tư nhập khẩu (theo mẫu số 60/HSTK-SXXK ban hành kèm theo Thông tư này): nộp 01 bản chính;
a.10) Báo cáo tính thuế trên nguyên liệu, vật tư nhập khẩu (theo mẫu số 61/HSTK-SXXK ban hành kèm theo Thông tư này);
a.11) Bảng kê danh mục tài liệu hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
b) Hồ sơ đối với trường hợp hàng hoá nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu, nhưng không trực tiếp sản xuất mà xuất khẩu vào khu phi thuế quan hoặc xuất khẩu ra nước ngoài để gia công sau đó nhận sản phẩm về để sản xuất tiếp và/hoặc xuất khẩu thì ngoài các giấy tờ nêu tại điểm a khoản này phải có thêm các giấy tờ sau:
b.1) Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu nguyên liệu, vật tư cho gia công đã làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản chính; các giấy tờ khác chứng minh hàng thực xuất theo hướng dẫn tại Điều 30 Thông tư này: nộp 01 bản sao;
b.2) Tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu sản phẩm từ khu phi thuế quan hoặc nước ngoài đã làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản chính;
b.3) Hợp đồng gia công với doanh nghiệp trong khu phi thuế quan hoặc với nước ngoài: nộp 01 bản sao.
2. Trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hoá tiêu thụ trong nước sau đó tìm được thị trường xuất khẩu và đưa số nguyên liệu, vật tư này vào sản xuất hàng hoá xuất khẩu, đã thực xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài trong thời gian tối đa hai năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan nguyên liệu, vật tư nhập khẩu:
Hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế tương tự như hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.
3. Đối với nguyên liệu, vật tư (trừ sản phẩm hoàn chỉnh) nhập khẩu để thực hiện hợp đồng gia công không do bên nước ngoài đặt gia công cung cấp mà do doanh nghiệp nhận gia công tự nhập khẩu để thực hiện hợp đồng gia công đã ký với bên nước ngoài; hồ sơ gồm:
a) Công văn yêu cầu thanh khoản, hoàn lại thuế, không thu thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công hàng hoá xuất khẩu; trong đó có giải trình cụ thể về mặt hàng, số lượng, trị giá nguyên liệu, vật tư nhập khẩu; số tiền thuế nhập khẩu đã nộp; số lượng sản phẩm đã xuất khẩu; số tiền thuế nhập khẩu yêu cầu hoàn, số tiền thuế nhập khẩu đề nghị không thu; trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các tờ khai hải quan yêu cầu hoàn thuế: nộp 01 bản chính;
b) Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu theo loại hình gia công đã làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản chính; các giấy tờ khác chứng minh hàng thực xuất theo hướng dẫn tại Điều 30 Thông tư này: nộp 01 bản sao;
c) Hợp đồng gia công ký với khách hàng nước ngoài trong đó quy định rõ danh mục, số lượng nguyên liệu, vật tư do doanh nghiệp nhận gia công cung ứng: nộp 01 bản sao;
d) Các loại giấy tờ hướng dẫn tại các điểm a.2, a.4, a.5, a.7, a.8, a.9, a.10, a.11 khoản 1 Điều này.
4. Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất sản phẩm, sau đó sử dụng sản phẩm này để gia công hàng hoá xuất khẩu theo hợp đồng gia công với nước ngoài:
Hồ sơ như trường hợp nêu tại khoản 1 Điều này. Riêng:
a) Hợp đồng xuất khẩu sản phẩm được thay bằng hợp đồng gia công ký với khách hàng nước ngoài. Hợp đồng mua sản phẩm sử dụng cho hợp đồng gia công và hợp đồng gia công với khách hàng nước ngoài có thể được thể hiện trong cùng một bản hợp đồng (01 bản sao);
b) Bảng định mức tiêu hao nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất sản phẩm đưa vào sản xuất sản phẩm gia công và định mức tiêu hao nguyên liệu sản xuất sản phẩm xuất khẩu theo hợp đồng gia công đã ký kết (sử dụng bản lưu của cơ quan hải quan, người nộp thuế không phải nộp);
c) Bảng kê khai số lượng thực tế sản phẩm do doanh nghiệp sản xuất, được sử dụng để sản xuất sản phẩm gia công: nộp 01 bản chính.
5. Trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư sản xuất sản phẩm bán cho doanh nghiệp khác để trực tiếp sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu và đã xuất khẩu sản phẩm; hồ sơ gồm:
a) Công văn yêu cầu thanh khoản, hoàn lại thuế, không thu thuế nhập khẩu, trong đó có giải trình cụ thể về số lượng, trị giá nguyên liệu, vật tư nhập khẩu sử dụng sản xuất ra hàng hoá bán cho doanh nghiệp khác để trực tiếp sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu; số lượng hàng hoá sản xuất đã bán; số lượng sản phẩm đã xuất khẩu; số tiền thuế nhập khẩu đã nộp; số tiền thuế nhập khẩu yêu cầu hoàn, không thu; trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các tờ khai hải quan yêu cầu hoàn thuế: nộp 01 bản chính;
b) Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu đã làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản chính; các giấy tờ khác chứng minh hàng thực xuất theo hướng dẫn tại Điều 30 Thông tư này: nộp 01 bản sao; hợp đồng xuất khẩu: nộp 01 bản sao xuất trình bản chính để đối chiếu;
c) Hoá đơn bán hàng giữa hai doanh nghiệp: nộp 01 bản sao; Bảng kê hoá đơn bán hàng: nộp 01 bản chính;
d) Hợp đồng kinh tế mua, bán hàng hoá giữa doanh nghiệp nhập khẩu với doanh nghiệp sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu; trong đó ghi rõ hàng hoá được sử dụng để sản xuất hoặc gia công hàng hoá xuất khẩu; chứng từ thanh toán tiền mua hàng: nộp 01 bản sao;
e) Hợp đồng gia công hoặc hợp đồng xuất khẩu giữa doanh nghiệp sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu với khách hàng nước ngoài: nộp 01 bản sao;
g) Bảng kê khai của doanh nghiệp xuất khẩu sản phẩm về số lượng và định mức thực tế sản phẩm mua về để trực tiếp sản xuất một đơn vị sản phẩm xuất khẩu;
h) Hợp đồng nhập khẩu ký với thương nhân nước ngoài của doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ;
i) Các loại giấy tờ hướng dẫn tại các điểm a.2, a.4, a.5, a.7, a.8, a.9, a.10, a.11 khoản 1 Điều này.
6. Trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư sản xuất sản phẩm bán cho doanh nghiệp khác để trực tiếp xuất khẩu và doanh nghiệp mua sản phẩm của doanh nghiệp sản xuất đã xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài; hồ sơ gồm:
a) Công văn yêu cầu thanh khoản, hoàn lại thuế, không thu thuế nhập khẩu, trong đó có giải trình cụ thể về số lượng, trị giá nguyên liệu, vật tư nhập khẩu; số tiền thuế nhập khẩu đã nộp; số lượng sản phẩm sản xuất đã bán cho doanh nghiệp xuất khẩu; số lượng sản phẩm đã xuất khẩu; số tiền thuế nhập khẩu yêu cầu hoàn, không thu; trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các tờ khai hải quan yêu cầu hoàn thuế: nộp 01 bản chính;
b) Hợp đồng mua bán; hoá đơn bán hàng của doanh nghiệp bán sản phẩm cho doanh nghiệp xuất khẩu sản phẩm: nộp 01 bản sao;
c) Các loại giấy tờ hướng dẫn tại các điểm điểm a.2, a.3, a.4, a.5, a.7, a.8, a.9, a.10, a.11 khoản 1 Điều này.
7. Trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hoá bán cho thương nhân nước ngoài nhưng giao hàng hoá cho doanh nghiệp khác tại Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài để làm nguyên liệu tiếp tục sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu; hồ sơ gồm:
a) Công văn yêu cầu thanh khoản, hoàn lại thuế, không thu thuế nhập khẩu, trong giải trình cụ thể về số lượng, trị giá nguyên liệu, vật tư nhập khẩu sử dụng để sản xuất hàng bán cho khách hàng nước ngoài phù hợp với chủng loại, số lượng mặt hàng xuất khẩu theo tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu tại chỗ, bao gồm các nội dung sau: số tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu; mặt hàng, số lượng, trị giá nguyên liệu, vật tư nhập khẩu; số lượng sản phẩm sản xuất đã xuất khẩu; số tiền thuế nhập khẩu đã nộp; số tiền thuế nhập khẩu đề nghị hoàn, không thu. Trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các tờ khai hải quan yêu cầu hoàn thuế: nộp 01 bản chính;
b) Hoá đơn giá trị gia tăng hoặc hoá đơn xuất khẩu (liên giao khách hàng) do doanh nghiệp xuất khẩu lập : nộp 01 bản sao
c) Tờ khai xuất khẩu - nhập khẩu tại chỗ đã làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản chính;
Tờ khai xuất khẩu-nhập khẩu tại chỗ chỉ có giá trị để thanh khoản, xét hoàn thuế, không thu thuế nếu doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ đăng ký tờ khai theo loại hình sản xuất xuất khẩu (SXXK) hoặc gia công (GC) để tiếp tục sản xuất, gia công xuất khẩu ra nước ngoài.
d) Hợp đồng mua bán hàng hoá có chỉ định giao hàng tại Việt Nam (đối với người xuất khẩu), hợp đồng mua bán hàng hoá hoặc hợp đồng gia công có chỉ định nhận hàng tại Việt Nam (đối với người nhập khẩu): nộp 01 bản sao;
e) Các loại giấy tờ hướng dẫn tại các điểm điểm a.2, a.3, a.4, a.5, a.7, a.8, a.9, a.10, a.11 khoản 1 Điều này.
8. Các trường hợp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư sản xuất hàng hoá xuất khẩu đã xuất khẩu ra nước ngoài nhưng còn để ở kho của doanh nghiệp ở nước ngoài hoặc gửi kho ngoại quan ở nước ngoài, hoặc cảng trung chuyển ở nước ngoài, hồ sơ gồm:
a) Các loại giấy tờ nêu tại khoản 1 Điều này;
b) Tờ khai xuất khẩu hàng hoá ra nước ngoài và tờ khai hải quan hàng nhập khẩu do hải quan nước nhập khẩu cấp thể hiện tên người nhập khẩu là kho của doanh nghiệp ở nước ngoài hoặc gửi kho ngoại quan ở nước ngoài hoặc cảng trung chuyển ở nước ngoài: 01 bản sao kèm bản chính để đối chiếu;
c) Ngoài các giấy tờ trên, hồ sơ phải có thêm:
c.1) Hợp đồng gửi kho ngoại quan ở nước ngoài đối với trường hợp gửi kho ngoại quan ở nước ngoài: 01 bản sao kèm bản chính để đối chiếu;
c.2) Phiếu xuất kho hàng hoá hoặc chứng từ thể hiện nội dung vận tải theo phương thức trung chuyển: 01 bản sao kèm bản chính để đối chiếu;
9. Hàng hoá là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu vào khu phi thuế quan (trừ doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất, kho ngoại quan nộp hồ sơ như hướng dẫn tại các khoản 1, 2, 3, 4, 5, 6 Điều này), ngoài giấy tờ như hướng dẫn tại các khoản 1, 2, 3, 4, 5, 6 Điều này người khai hải quan, người nộp thuế phải nộp thêm các giấy tờ sau đây:
a) Tờ khai xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan có sử dụng sản phẩm làm từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu của doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế: 01 bản sao có xác nhận sao y bản chính của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan;
b) Bảng tổng hợp số lượng sản phẩm thực tế sử dụng trong khu phi thuế quan và số lượng hàng hóa thực tế xuất khẩu tiếp ra nước ngoài của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan đã được cơ quan hải quan quản lý xác nhận hoặc kết quả thanh khoản hướng dẫn tại khoản 10 Điều 48, khoản 3 Điều 49 Thông tư này: 01 bản sao;
c) Định mức sản xuất sản phẩm xuất khẩu và sử dụng trong khu phi thuế quan của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan có xác nhận của cơ quan hải quan quản lý doanh nghiệp.
  •  Hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế đối với hàng hoá tạm nhập khẩu để tái xuất khẩu hoặc hàng hoá tạm xuất khẩu để tái nhập khẩu và hàng hoá nhập khẩu uỷ thác cho phía nước ngoài sau đó tái xuất (trừ trường hợp hàng hoá tạm nhập, tái xuất hoặc tạm xuất, tái nhập để tham dự hội chợ, triển lãm, giới thiệu sản phẩm; máy móc, thiết bị, dụng cụ nghề nghiệp tạm nhập, tái xuất hoặc tạm xuất, tái nhập để phục vụ công việc như hội nghị, hội thảo, nghiên cứu khoa học, thi đấu thể thao, biểu diễn văn hóa, biểu diễn nghệ thuật, khám chữa bệnh... thuộc đối tượng miễn thuế)
1. Công văn yêu cầu xét hoàn thuế và không thu thuế, trong đó nêu rõ số tiền thuế, lý do yêu cầu, tờ khai hải quan, cam kết về việc hàng hoá chưa qua quá trình sản xuất, gia công, sửa chữa hoặc sử dụng ở nước ngoài; trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các tờ khai hải quan yêu cầu hoàn thuế: nộp 01 bản chính.
2. Thông báo của khách hàng nước ngoài hoặc thỏa thuận với khách hàng nước ngoài về việc nhận lại hàng hoá, có nêu rõ lý do, số lượng, chủng loại… hàng hóa trả lại theo quy định tại khoản 4 Điều 55 Thông tư này  : nộp 01 bản sao;
3. Tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu đã làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản chính;
4. Tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu đã làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản chính; các giấy tờ khác chứng minh hàng thực xuất theo hướng dẫn tại Điều 30 Thông tư này: nộp 01 bản sao;
5. Trường hợp hàng hoá tạm nhập khẩu để tái xuất khẩu và hàng hoá nhập khẩu uỷ thác cho phía nước ngoài sau đó tái xuất vào khu phi thuế quan (trừ doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất, kho ngoại quan thực hiện nộp hồ sơ như các khoản 1, 2, 3, 4 Điều này), ngoài các giấy tờ như nêu trên phải có thêm:
a) Kết quả thanh khoản hướng dẫn tại khoản 10 Điều 48 Thông tư này: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu;
b) Tờ khai xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan: 01 bản sao có xác nhận sao y bản chính của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan;
c) Bảng tổng hợp số lượng sản phẩm thực tế sử dụng trong khu phi thuế quan và số lượng hàng hóa thực tế xuất khẩu tiếp ra nước ngoài của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan đã được cơ quan hải quan quản lý xác nhận;
d) Định mức sản xuất sản phẩm xuất khẩu và sử dụng trong khu phi thuế quan của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan có xác nhận của cơ quan hải quan quản lý doanh nghiệp (đối với trường hợp doanh nghiệp khu phi thuế quan tiếp tục đưa sản phẩm mua từ doanh nghiệp nội địa vào sản xuất, xuất khẩu hoặc sử dụng trong khu phi thuế quan).
6. Các loại giấy tờ khác như hướng dẫn tại các điểm a.4, a.5, a.11 khoản 1 Điều 117 Thông tư này.
  • Hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hoá đã xuất khẩu nhưng phải nhập khẩu trở lại Việt Nam
1. Công văn yêu cầu xét hoàn thuế và không thu thuế, trong đó nêu rõ số tiền thuế, lý do yêu cầu, tờ khai hải quan, cam kết về việc hàng hoá chưa qua quá trình sản xuất, gia công, sửa chữa hoặc sử dụng ở nước ngoài; trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các tờ khai hải quan yêu cầu hoàn thuế: nộp 01 bản chính.
2. Thông báo của khách hàng nước ngoài hoặc thỏa thuận với khách hàng nước ngoài về việc nhận lại hàng hoá, có nêu rõ lý do, số lượng, chủng loại… hàng hoá trả lại đối với trường hợp hàng hoá do khách hàng trả lại: nộp 01 bản sao.
Trường hợp người nộp thuế tự phát hiện hàng hoá có sai sót, nhập khẩu trở lại thì không phải có văn bản này nhưng phải nêu rõ lý do nhập khẩu hàng hoá trả lại.
3. Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu đã làm thủ tục hải quan: nộp 01 bản chính; các giấy tờ khác chứng minh hàng thực xuất theo hướng dẫn tại Điều 30 Thông tư này: nộp 01 bản sao; hồ sơ hải quan của hàng hoá đã xuất khẩu: xuất trình bản chính để đối chiếu;
4. Tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu trở lại có ghi rõ số hàng hoá này trước đây đã được xuất khẩu theo bộ hồ sơ xuất khẩu nào và kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa của cơ quan hải quan, xác nhận hàng hoá nhập khẩu trở lại Việt Nam là hàng hoá đã xuất khẩu trước đây của doanh nghiệp: nộp 01 bản chính;
Trường hợp hàng hoá xuất khẩu trước đây đã được áp dụng hình thức miễn kiểm tra thực tế hàng hoá thì cơ quan hải quan đối chiếu kết quả kiểm hoá hàng hoá thực nhập khẩu trở lại với hồ sơ lô hàng xuất khẩu để xác nhận hàng hoá nhập khẩu trở lại có đúng là hàng đã xuất khẩu;
5. Các loại giấy tờ hướng dẫn tại các điểm a.4, a.5, a.11 khoản 1 Điều 117 Thông tư này (trừ trường hợp chưa thanh toán thì không phải cung cấp chứng từ thanh toán cho hàng hoá xuất khẩu).
6. Hợp đồng mua bán và chứng từ khác chứng minh hàng hóa nhập khẩu là hàng hóa có nguồn gốc xuất khẩu (được áp dụng đối với trường hợp người nhập khẩu không phải là người xuất khẩu) và giấy tờ khác chứng minh lý do yêu cầu hoàn thuế, không thu thuế.
  • Hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hoá nhập khẩu nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào vào khu phi thuế quan
1. Công văn yêu cầu xét hoàn thuế, không thu thuế, trong đó nêu rõ số tiền thuế, lý do, tờ khai hải quan (ghi rõ số lượng, chủng loại, trị giá... của hàng hoá tái xuất); trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các tờ khai hải quan: nộp 01 bản chính;
2. Văn bản thỏa thuận trả lại hàng hoá cho phía nước ngoài (đối với trường hợp trả lại hàng hóa cho phía nước ngoài) hoặc hợp đồng xuất khẩu (đối với trường hợp xuất khẩu hàng hóa sang nước thứ ba, hoặc tái xuất vào vào khu phi thuế quan); ghi rõ lý do, số lượng, chất lượng, chủng loại và xuất xứ của hàng hoá: nộp 01 bản sao;
3. Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu có ghi rõ kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa trong đó có ghi rõ số lượng, chất lượng, chủng loại hàng hoá xuất khẩu và hàng hoá xuất khẩu là theo bộ hồ sơ hàng hoá nhập khẩu nào: nộp 01 bản chính; các giấy tờ khác chứng minh hàng thực xuất theo hướng dẫn tại Điều 30 Thông tư này: nộp 01 bản sao; hồ sơ hải quan của lô hàng xuất khẩu: xuất trình bản chính để đối chiếu.
Trường hợp hàng hoá nhập khẩu trước đây đã được áp dụng hình thức miễn kiểm tra thực tế hàng hoá thì cơ quan hải quan đối chiếu kết quả kiểm hoá hàng hoá thực xuất với hồ sơ lô hàng nhập khẩu để xác nhận hàng hoá tái xuất khẩu có đúng là lô hàng đã nhập khẩu trước đó hay không.
4. Tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu và hồ sơ hải quan của lô hàng nhập khẩu: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu. 
5. Hóa đơn giá trị gia tăng: nộp 01 bản sao;
6. Các loại giấy tờ hướng dẫn tại các điểm a.4, a.5, a.11 khoản 1 Điều 117 Thông tư này. Trường hợp chưa thanh toán thì không phải cung cấp chứng từ thanh toán cho hàng hoá xuất khẩu.
7. Trường hợp hàng hoá đã nhập khẩu vào Việt Nam nhưng phải tái xuất khẩu vào khu phi thuế quan (trừ doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất, kho ngoại quan thực hiện nộp hồ sơ như khoản 1, 2, 3, 4, 5 Điều này) ngoài các giấy tờ như nêu trên phải có thêm:
a) Kết quả thanh khoản hướng dẫn tại khoản 10 Điều 48 Thông tư này: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu;
b) Tờ khai xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan: 01 bản sao có xác nhận sao y bản chính của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan;
c) Bảng tổng hợp số lượng sản phẩm thực tế sử dụng trong khu phi thuế quan và số lượng hàng hóa thực tế xuất khẩu tiếp ra nước ngoài của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan đã được cơ quan hải quan quản lý xác nhận;
d) Định mức sản xuất sản phẩm xuất khẩu và sử dụng trong khu phi thuế quan của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan có xác nhận của cơ quan hải quan quản lý doanh nghiệp (đối với trường hợp doanh nghiệp khu phi thuế quan tiếp tục đưa sản phẩm mua từ doanh nghiệp nội địa vào sản xuất, xuất khẩu hoặc sử dụng trong khu phi thuế quan).
8. Hợp đồng mua bán và chứng từ khác chứng minh hàng hóa xuất khẩu là hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu (áp dụng đối với trường hợp người nhập khẩu không phải là người xuất khẩu) và giấy tờ khác chứng minh lý do yêu cầu hoàn thuế, không thu thuế.
  • Hồ sơ hoàn thuế đối với máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất để thực hiện các dự án đầu tư, thi công xây dựng, lắp đặt công trình, phục vụ sản xuất.
1. Công văn yêu cầu xét hoàn thuế hoặc không thu thuế trong đó nêu rõ loại hàng hoá, số tiền thuế, lý do yêu cầu hoàn thuế, tờ khai hải quan; trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các tờ khai hải quan yêu cầu hoàn thuế: nộp 01 bản chính;
2. Hợp đồng (hoặc văn bản thỏa thuận) nhập khẩu, mượn máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển: nộp 01 bản sao;
3. Giấy phép nhập khẩu đối với hàng hoá nhập khẩu phải có giấy phép: nộp 01 bản sao;
4.  Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu có kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa của cơ quan hải quan về số lượng, chủng loại hàng hoá thực nhập khẩu, thực tái xuất khẩu: nộp 01 bản chính; các giấy tờ khác chứng minh hàng thực xuất theo hướng dẫn tại Điều 30 Thông tư này: nộp 01 bản sao; hồ sơ hải quan của hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu: xuất trình bản chính để đối chiếu;
5. Các loại giấy tờ hướng dẫn tại các điểm a.4, a.11 Điều 117 Thông tư này;
6. Trường hợp máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất  để thực hiện các dự án đầu tư, thi công xây dựng, lắp đặt công trình, phục vụ sản xuất đã nộp thuế nhập khẩu, khi tái xuất vào khu phi thuế quan (trừ doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất, kho ngoại quan thực hiện nộp hồ sơ như khoản 1, 2, 3, 4, 5 Điều này), ngoài các giấy tờ như nêu trên phải có thêm:
a) Kết quả thanh khoản hướng dẫn tại khoản 10 Điều 48 Thông tư này: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu;
b) Tờ khai xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan: 01 bản sao có xác nhận sao y bản chính của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan;
c) Bảng tổng hợp số lượng sản phẩm thực tế sử dụng trong khu phi thuế quan và số lượng hàng hóa thực tế xuất khẩu tiếp ra nước ngoài của doanh nghiệp trong khu phi thuế quan đã được cơ quan hải quan quản lý xác nhận.
  • Hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp tạm nhập máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển hết thời hạn tạm nhập, phải tái xuất nhưng chưa tái xuất mà được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển giao cho đối tượng khác tại Việt Nam tiếp tục quản lý sử dụng, sau đó đối tượng tiếp nhận hoặc mua lại thực tái xuất ra khỏi Việt Nam
Ngoài giấy tờ như hướng dẫn tại Điều 121 Thông tư này, phải có thêm:
1. Công văn của Bộ Công Thương (hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền) cho phép chuyển giao, tiếp nhận số máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển đã tạm nhập (trong trường hợp phải có giấy phép theo quy định): nộp 01 bản chính;
2. Hợp đồng mua bán hoặc biên bản bàn giao máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển giữa hai bên: nộp 01 bản sao;
3. Hóa đơn kiêm phiếu xuất kho hoặc hóa đơn bán hàng của tổ chức, cá nhân nhập khẩu giao cho bên mua hoặc tiếp nhận: nộp 01 bản sao.
  • Hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu gửi từ tổ chức, cá nhân ở nước ngoài cho tổ chức, cá nhân ở Việt Nam thông qua dịch vụ bưu chính và dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế và ngược lại; doanh nghiệp cung cấp dịch vụ đã nộp thuế nhưng không giao được cho người nhận hàng hóa, phải tái xuất, tái nhập hoặc bị tịch thu, tiêu hủy theo quy định của pháp luật
1. Công văn yêu cầu xét hoàn thuế đã nộp, trong đó nêu rõ loại hàng hoá, số tiền thuế, lý do yêu cầu hoàn thuế, tờ khai hải quan; trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các tờ khai hải quan yêu cầu hoàn thuế: nộp 01 bản chính;
2. Hồ sơ, chứng từ liên quan đến hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu: nộp 01 bản sao;
3. Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu và xác nhận của cơ quan hải quan về số lượng, chủng loại, trị giá hàng hoá bị tịch thu, tiêu hủy: nộp 01 bản chính; 
4. Bảng kê danh mục tài liệu hồ sơ đề nghị hoàn thuế
  • Hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đang trong sự giám sát, quản lý của cơ quan hải quan, đã nộp thuế xuất khẩu hoặc thuế nhập khẩu và thuế khác (nếu có), bị cơ quan nhà nước có thẩm quyền ra quyết định tịch thu sung công quỹ do vi phạm các quy định trong lĩnh vực hải quan
1. Công văn yêu cầu xét hoàn thuế đã nộp trong đó nêu rõ loại hàng hoá, số tiền thuế, lý do yêu cầu hoàn thuế, tờ khai hải quan; trường hợp có nhiều loại hàng hoá, thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các tờ khai hải quan yêu cầu hoàn thuế: nộp 01 bản chính;
2. Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu hoặc nhập khẩu: nộp 01 bản chính;
3. Hoá đơn mua bán hàng hoá: nộp 01 bản sao;
4. Biên bản vi phạm: nộp 01 bản sao;
5. Quyết định tịch thu sung công quỹ của cơ quan nhà nước có thẩm quyền: nộp 01 bản sao;
6. Bảng kê danh mục tài liệu hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
  • Hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đã nộp thuế nhưng sau đó được miễn thuế theo quyết định của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền
1. Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép miễn thuế: nộp 01 bản sao;
2. Các loại giấy tờ hướng dẫn tại khoản 1, 2, 3,  6 Điều 124 Thông tư này.
  • Hồ sơ không thu thuế
1) Trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng hoàn thuế nhưng còn trong thời hạn 1) Trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng hoàn thuế nhưng còn trong thời hạn nộp thuế và chưa nộp thuế nhưng thực tế đã xuất khẩu hoặc nhập khẩu thì hồ sơ không thu thuế của từng trường hợp thực hiện như hồ sơ hoàn thuế
2) Trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng không phải nộp thuế xuất khẩu thì hồ sơ hoàn thuế nhập khẩu được sử dụng để xem xét không thu thuế xuất khẩu .
  • Thủ tục nộp, tiếp nhận và xử lý hồ sơ thanh khoản, xét hoàn thuế, không thu thuế
1. Việc nộp, tiếp nhận hồ sơ thanh khoản, xét hoàn thuế, không thu thuế thực hiện theo quy định tại Điều 59 Luật Quản lý thuế.
2. Hồ sơ thanh khoản, xét hoàn thuế, không thu thuế được phân loại thành hai loại: hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau và hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau.
3. Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau là hồ sơ của người nộp thuế quy định tại điểm b khoản 1 Điều 60 Luật quản lý thuế được sửa đổi, bổ sung tại khoản 18 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế và khoản 2 Điều ….Nghị định …./2013/NĐ-CP và thuộc một trong các trường hợp:
a) Hàng hóa nhập khẩu là ô tô, linh kiện và phụ tùng ôtô; xe mô tô (xe máy), linh kiện và phụ tùng xe môtô (xe máy); xăng dầu, sắt thép;
b) Hồ sơ đề nghị hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu đối với hàng hoá xuất khẩu nhưng phải nhập khẩu trở lại Việt Nam hoặc hàng hoá nhập khẩu nhưng phải tái xuất khẩu trả lại hoặc xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được làm thủ tục hải quan tại các địa điểm khác địa điểm làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu ban đầu; Người nhập khẩu không trực tiếp sản xuất hàng hóa xuất khẩu hoặc người xuất khẩu hàng hóa;
c) Hồ sơ đề nghị hoàn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu vào khu phi thuế quan; hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu, tạm nhập khẩu nhưng phải tái xuất vào khu phi thuế quan.
d) Hàng hóa kinh doanh tạm nhập, tái xuất;
đ) Hàng hoá nhập khẩu để giao, bán hàng cho nước ngoài thông qua các đại lý tại Việt Nam; hàng hóa nhập khẩu để bán cho các phương tiện của các hãng nước ngoài trên các tuyến đường quốc tế qua cảng Việt Nam và các phương tiện của Việt Nam trên các tuyến đường quốc tế theo quy định của Chính phủ.
e) Người nộp thuế sử dụng tờ khai sao y bản chính tờ khai hải quan trong hồ sơ hoàn thuế.
4. Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau là hồ sơ của người nộp thuế không thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau được nêu tại khoản 3 Điều này.
5. Đối với hồ sơ thuộc diện thanh khoản, kiểm tra trước; hoàn thuế, không thu thuế sau, cơ quan hải quan thực hiện tuần tự các bước công việc sau và dừng lại ở bước xác định được kết quả kiểm tra cho thấy hàng đã thực xuất thì hoàn thuế, không thu thuế:
a) Kiểm tra sơ bộ hồ sơ, đối chiếu tính thống nhất, hợp lệ của hồ sơ, số tiền thuế đề nghị hoàn và số thuế của tờ khai tương ứng trên hệ thống KT559; kiểm tra chứng từ, sổ sách kế toán, phiếu nhập xuất kho, chứng từ thanh toán tiền hàng,… có thể được thực hiện kiểm tra tại trụ sở của cơ quan hải quan hoặc trụ sở doanh nghiệp;  
b) Kiểm tra về việc hạch toán kế toán; định mức tiêu hao nguyên liệu, vật tư; thực tế hoạt động sản xuất, kinh doanh của đơn vị.
Tuỳ từng trường hợp Chi cục trưởng hải quan quyết định việc kiểm tra hồ sơ chứng từ kế toán tại trụ sở doanh nghiệp.
c) Kiểm tra xác minh đối chiếu các giao dịch kinh doanh với các tổ chức, cá nhân khác có liên quan trong trường hợp qua kiểm tra phát hiện vụ việc có tính chất phức tạp, cần tiến hành kiểm tra thêm;
d) Trường hợp qua kiểm tra, xác định không thuộc đối tượng được hoàn thuế, không thu thuế thì cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết lý do không thanh khoản hoàn thuế, không thu thuế;
e) Trường hợp qua kiểm tra xác định thuộc đối tượng hoàn thuế, không thu thuế, kê khai của người nộp thuế là chính xác thì cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế theo kê khai của người nộp thuế chậm nhất trong thời hạn bốn mươi (40) ngày , kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế.
6. Đối với hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế trước; thanh khoản, kiểm tra sau, cơ quan hải quan kiểm tra sơ bộ hồ sơ, đối chiếu tính thống nhất, hợp pháp của hồ sơ, số tiền thuế đề nghị hoàn và số thuế của tờ khai tương ứng trên hệ thống KT559 và xử lý như sau:
a) Nếu thuộc đối tượng hoàn thuế, không thu thuế, kê khai của người nộp thuế là chính xác thì thực hiện thanh khoản và ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế theo kê khai của người nộp thuế theo mẫu số 15/QĐHT/2013 kèm theo Thông tư này trong thời hạn sáu (06) ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hoàn thuế;
b) Trường hợp xác định không thuộc đối tượng được hoàn thuế, không thu thuế; căn cứ văn bản pháp luật quy định, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết lý do không hoàn thuế, không thu thuế trong thời hạn sáu (06) ngày làm việc kể từ ngày nhận  đủ hồ sơ hoàn thuế;
c) Trường hợp có cơ sở xác định kê khai của người nộp thuế chưa chính xác hoặc chưa đủ căn cứ để hoàn thuế thì thông báo cho người nộp thuế biết về việc chuyển hồ sơ sang kiểm tra trước; thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế sau trong thời hạn sáu (06) ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế;
d) Trường hợp phải nộp chứng từ thanh toán qua ngân hàng, nhưng khi nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế người nộp thuế chưa xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì xử lý như sau:
d.1) Trường hợp chưa đến hạn thanh toán trên hợp đồng xuất khẩu thì thực hiện theo qui định tại điểm c khoản 2 Điều 131
d.2) Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán do chưa đến hạn thanh toán nhưng doanh nghiệp đề nghị được xét hoàn thuế trước khi cung cấp được chứng từ thanh toán hoặc quá hạn thanh toán trên hợp đồng nhưng doanh nghiệp không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì chuyển hồ sơ hoàn thuế sang kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo đúng qui định tại Điều này. Nếu qua kết quả kiểm tra xác định hàng đã thực xuất thì hoàn thuế, không thu thuế theo quy định.
d.3) Việc áp dụng thời hạn nộp thuế và các biện pháp cưỡng chế thuế đối với các trường hợp đã nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế cho cơ quan hải quan nhưng còn thiếu chứng từ thanh toán qua ngân hàng được thực hiện theo quy định tại Điều 42, Điều 93 Luật Quản lý thuế được sửa đổi, bổ sung tại khoản 11, khoản 26 Điều 1 Luật sửa đổi,bổ sung một số điều của Luât quản lý thuế, Nghị  định số  …./2013/NĐ –CP và hướng dẫn tại Điều 20 Thông tư này.  
e) Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế, cơ quan hải quan thực hiện xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo Điều 130 Thông tư này. Khi kiểm tra chi tiết hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế, nếu xác định không đủ điều kiện thì cơ quan hải quan thu hồi lại quyết định hoàn thuế, không thu thuế và thực hiện ấn định thuế, xử phạt theo quy định.
  Trường hợp qua kiểm tra hồ sơ xác định hàng hóa tạm nhập nhưng không tái xuất hoặc nguyên liệu, vật tư nhập khẩu không đưa vào sản xuất đã được áp dụng thời hạn nộp thuế thì tính lại thời hạn nộp thuế và tiền chậm nộp thuế theo qui định tại điểm c khoản 2 Điều 20 Thông tư này.  
7. Quá thời hạn nêu trên, nếu việc chậm ra quyết định hoàn thuế, không thu thuế do lỗi của cơ quan hải quan thì ngoài số tiền thuế phải hoàn, cơ quan hải quan còn phải trả tiền lãi tính từ ngày cơ quan hải quan phải ra quyết định hoàn thuế đến ngày cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế.
  • Thẩm quyền quyết định thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế
Chi cục trưởng hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan quyết định việc thanh khoản hoàn thuế, không thu thuế, khấu trừ thuế cho người nộp thuế theo quy định tại Điều 127 Thông tư này.
  • Ghi việc hoàn thuế, không thu thuế trên tờ khai hải quan
1. Trên cơ sở quyết định hoàn thuế, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn phải thanh khoản số tiền thuế được hoàn và đóng dấu trên tờ khai hải quan do người nộp thuế nộp: "Hoàn thuế (không thu thuế)... đồng, theo Quyết định số... ngày... tháng... năm... của...", trả lại tờ khai hải quan gốc cho người nộp thuế.
2. Trường hợp tờ khai phải thanh khoản nhiều lần cơ quan hải quan xử lý như sau:
a) Lập bảng kê theo dõi mỗi lần hoàn thuế (không thu thuế) và ghi rõ trên bảng kê số tiền của từng lần đã hoàn thuế hoặc không thu thuế;
b) Ghi rõ trên tờ khai về việc đã lập bảng kê theo dõi hoàn thuế;
c) Đóng dấu hoàn thuế (không thu thuế) trên tờ khai hải quan lưu tại doanh nghiệp tại lần làm thủ tục hoàn thuế (không thu thuế) cuối cùng;
d) Sao 01 bản tờ khai đã thanh khoản để lưu vào hồ sơ hoàn thuế và trả lại tờ khai hải quan cho người nộp thuế như trường hợp thanh khoản một lần nêu trên.
  • Xử lý số tiền thuế nộp thừa, tiền chậm nộp, tiền phạt sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa do có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền phạt phải nộp
1. Trường hợp nguồn tiền hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa từ tài khoản tiền gửi, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phải đối chiếu trên mạng theo dõi nợ thuế và xử lý theo trình tự như sau:
a) Nếu người nộp thuế không còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt thì thực hiện hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt cho người nộp thuế theo đúng quy định.
Khi bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan đóng dấu trên tờ khai hải quan (bản gốc người khai hải quan lưu và bản gốc lưu tại đơn vị hải quan) được trừ thuế với nội dung "Số tiền thuế được trừ ... đồng, theo Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa số... ngày... tháng... năm ... của... và Quyết định khấu trừ số... ngày... tháng... năm... của..."; đồng thời đóng dấu ghi rõ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã trừ và số, ngày, tháng, năm của tờ khai hải quan được bù trừ lên bản chính quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải quan được hoàn thuế/có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, chứng từ nộp thuế của tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi. (Mẫu dấu thực hiện theo Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này).
b) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp,  tiền phạt của các lô hàng cùng loại hình nhập khẩu, cơ quan hải quan thực hiện bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, được hoàn với số tiền thuế nợ hoặc tiền chậm nộp hoặc tiền phạt người nộp thuế còn nợ.
c) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng không cùng loại hình nhập khẩu phải nộp ngân sách, cơ quan hải quan viết giấy nộp tiền vào ngân sách Nhà nước hoặc giấy nộp tiền vào tài khoản để nộp thay người nộp thuế theo đúng số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt người nộp thuế còn nợ.
d) Nếu sau khi đã thực hiện bù trừ như nêu trên mà còn thừa, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được hoàn, nộp thừa làm thủ tục hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn lại cho người nộp thuế.
Trường hợp người nộp thuế đề nghị không hoàn trả lại tiền thuế được hoàn hoặc tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa sau khi đã thực hiện thanh toán hết các khoản nợ theo thứ tự thanh toán tiền thuế mà có văn bản đề nghị cho bù trừ vào số tiền thuế phát sinh của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần sau, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện bù trừ theo đề nghị của người nộp thuế như hướng dẫn tại điểm a khoản này.
2. Trường hợp nguồn tiền hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa từ ngân sách:
a) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt và không yêu cầu bù trừ vào số tiền thuế phải nộp của lần tiếp theo, cơ quan hải quan gửi giấy đề nghị hoàn thuế kèm theo quyết định hoàn thuế cho kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế. Trường hợp cơ quan hải quan đã bù trừ một phần tiền thuế có cùng sắc thuế hoặc giữa các sắc thuế với nhau tại cùng địa bàn thu ngân sách, thì trong giấy đề nghị hoàn thuế gửi kho bạc Nhà nước ghi rõ số tiền còn lại của quyết định hoàn thuế đề nghị được hoàn. Căn cứ quyết định hoàn thuế do cơ quan hải quan ban hành, kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế.
Việc hạch toán hoàn trả thực hiện như sau:
- Trường hợp khoản thu chưa quyết toán, kho bạc Nhà nước thực hiện thoái thu theo đúng mục lục ngân sách Nhà nước.
- Trường hợp khoản thu đã quyết toán, kho bạc Nhà nước hạch toán chi ngân sách theo số tiền tương ứng và gửi 01 bản chứng từ hoàn trả thuế (chứng từ giấy hoặc chứng từ điện tử) cho cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt để theo dõi, quản lý.
b) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế quá hạn tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng khác nếu có đề nghị bù trừ các khoản được hoàn trả với khoản phải nộp thì phải lập Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (mẫu số 05/ĐNHT kèm theo Thông tư 128/2008/TT-BTC), trong đó ghi rõ nội dung phần đề nghị bù trừ cho khoản phải nộp, gửi cơ quan hải quan nơi hoàn trả để xem xét giải quyết. Sau khi cơ quan hải quan đã bù trừ một phần tiền thuế có cùng sắc thuế hoặc giữa các sắc thuế với nhau tại cùng địa bàn thu ngân sách thì gửi giấy đề nghị hoàn thuế kèm theo quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và lệnh thu ngân sách cho kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế để kho bạc Nhà nước hạch toán theo quy định.
Khi bù trừ tiền thuế, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phải đối chiếu trên mạng theo dõi nợ thuế và xử lý theo trình tự như sau:
Nếu người nộp thuế không còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt thì thực hiện hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt cho người nộp thuế theo đúng quy định.
Khi bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan đóng dấu trên tờ khai hải quan được trừ thuế (bản gốc người khai hải quan lưu và bản gốc lưu tại đơn vị hải quan)  với nội dung "Số tiền thuế được trừ ... đồng, theo Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa số... ngày... tháng... năm ... của... và Quyết định khấu trừ số... ngày... tháng... năm... của..."; đồng thời đóng dấu ghi rõ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã trừ và số, ngày, tháng, năm của tờ khai hải quan được bù trừ lên bản chính quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải quan được hoàn thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, chứng từ nộp thuế của tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi (Mẫu dấu thực hiện theo Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này).
Việc hạch toán hoàn trả thực hiện như sau:
b.1) Trường hợp kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế đồng thời là kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì việc hạch toán hoàn trả thực hiện theo hướng dẫn tại điểm a khoản này. Việc hạch toán thu ngân sách thực hiện theo lệnh thu của cơ quan hải quan, thanh toán số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.
b.2) Trường hợp kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế khác với kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả hạch toán hoàn trả thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này chuyển số tiền được hoàn trả cùng với lệnh thu ngân sách của cơ quan hải quan cho kho bạc Nhà nước nơi thu thuế để hạch toán thu ngân sách Nhà nước theo đúng nội dung ghi trên lệnh thu, thanh toán số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.
c) Kho bạc Nhà nước sau khi thực hiện hoàn trả thuế gửi một (01) bản chứng từ hoàn trả thuế cho cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định hoàn thuế/hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa để theo dõi, quản lý.
3) Trường hợp cơ quan hải quan phát hiện người được hoàn thuế vẫn còn nghĩa vụ nộp các khoản thuế khác, nhưng không đề nghị bù trừ số còn phải nộp thì cơ quan hải quan tạm dừng việc hoàn trả và yêu cầu người nộp phải thực hiện nghĩa vụ nộp với ngân sách nhà nước hoặc phải có đề nghị bù trừ tiền thuế được hoàn cho số thuế còn phải nộp. Hết thời hạn quy định theo thông báo của cơ quan hải quan, nếu người nộp thuế chưa thực hiện nghĩa vụ nộp ngân sách nhà nước (hoặc chưa lập giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước và ghi rõ nội dung đề nghị bù trừ khoản phải nộp gửi cơ quan hải quan), thì cơ quan hải quan lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước (mẫu số C1-05/NS kèm theo Thông tư 128/2008/TT-BTC) gửi Kho bạc Nhà nước nơi trực tiếp hoàn trả để thực hiện bù trừ; đồng thời, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết.
4) Việc xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa hướng dẫn tại Điều này không áp dụng đối với số tiền thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu do người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa cho cơ quan hải quan (cơ quan hải quan không hoàn thuế giá trị gia tăng).
Trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu cho cơ quan hải quan trong kỳ kế toán (bao gồm trong tháng, quý, năm ngân sách) mà người nộp thuế hoặc cơ quan hải quan phát hiện thì thực hiện điều chỉnh theo mẫu số C1-07 ban hành kèm theo Thông tư số 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lý các khoản thu ngân sách Nhà nước qua kho bạc Nhà nước, đồng thời người nộp thuế nộp bản chính giấy nộp tiền, cơ quan hải quan xác nhận, ký tên, đóng dấu đơn vị lên mặt trước bản chính của giấy nộp tiền vào ngân sách Nhà nước số tiền thuế giá trị gia tăng đã điều chỉnh sang khoản thuế khác chuyển kho bạc Nhà nước điều chỉnh. Các trường hợp thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa khác cơ quan hải quan xác nhận số tiền thuế nộp nhầm, nộp thừa để cơ quan thuế thực hiện hoàn trả người nộp thuế theo quy định.
  • Thời hạn nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế
1. Trường hợp người nộp thuế đã nộp đủ thuế thì thời hạn nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế do người nộp thuế tự quyết định.
2. Trường hợp người nộp thuế đã nộp đủ thuế thì thời hạn nộp hồ sơ thanh khoản, không thu thuế thuộc Điều 117, Điều 118  Thông tư này (áp dụng đối với cả các trường hợp có mức thuế suất thuế nhập khẩu, xuất khẩu là 0%) thực hiện như sau nhưng người nộp thuế chưa nộp thuế:
a) Trường hợp người nộp thuế được áp dụng thời hạn nộp thuế theo quy định tại khoản 11 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế đã thực xuất khẩu hàng hóa trong thời hạn nộp thuế kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan thì thời hạn nộp hồ sơ, không thu thuế chậm nhất là bốn mươi lăm ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế của tờ khai nhập khẩu đề nghị, không thu thuế.
b) Trường hợp người nộp thuế được áp dụng thời hạn nộp thuế theo quy định tại khoản 11 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế không xuất khẩu hàng hóa trong thời hạn nộp thuế:
b.1) Người nộp thuế phải kê khai nộp thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng (nếu có) kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế. Cơ quan hải quan kiểm tra, thu thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng theo quy định.
Người nộp thuế được hoàn lại số tiền thuế đã nộp theo quy định khi thực tái xuất hàng hóa hoặc xuất khẩu sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu nhập khẩu  đã nộp thuế.
b.2) Thời hạn nộp hồ sơ thanh khoản, không thu thuế chậm nhất là bốn mươi lăm ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai xuất khẩu cuối cùng.
 
Mục 7
NỘP DẦN TIỀN THUẾ, GIA HẠN NỘP TIỀN THUẾ; XOÁ NỢ TIỀN THUẾ, TIỀN PHẠT
 
  • Nộp dần tiền thuế
1. Các trường hợp đáp ứng đủ điều kiện quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều 40 28A Nghị định ..../2013/NĐ-CP thì được nộp dần tiền thuế nợ tối đa trong vòng không quá 12 tháng kể từ ngày bắt đầu của thời hạn cưỡng chế thuế. Người nộp thuế đăng ký và cam kết nộp dần tiền thuế nợ theo mức sau:
            a). Tiền thuế nợ từ trên 200 triệu đồng đến 500 triệu đồng, thời gian nộp dần tiền thuế tối đa không quá 3 tháng;
b) Tiền thuế nợ trên 500 triệu đồng đến 1 tỷ đồng, thời gian nộp dần tiền thuế tối đa không quá 6 tháng;
c) Tiền thuế nợ trên 1 tỷ đồng, thời gian nộp dần tiền thuế tối đa không quá 12 tháng.
Trường hợp người nộp thuế không nộp đúng số tiền thuế và thời hạn nộp (tháng hoặc quý) đã cam kết thì không được tiếp tục nộp dần tiền thuế nợ, tổ chức bảo lãnh có trách nhiệm nộp thay người nộp thuế theo quy định tại Điều 40 Nghị định … /2013/NĐ-CP.
2. Hồ sơ:
a) Văn bản đề nghị nộp dần tiền thuế của người nộp thuế gửi cơ quan quản Hải quan nơi có thẩm quy định tại Điều 40 Nghị định số.../2013/NĐ-CP, trong đó nêu rõ lý do không có khả năng nộp đủ thuế một lần, kèm theo bảng đăng ký nộp dần tiền thuế nợ: nộp 01 bản chính;
b) Tờ khai hải quan của số tiền thuế còn nợ đề nghị nộp dần tiền thuế; thông báo của cơ quan hải quan về số tiền thuế nợ: nộp 01 bản sao;
c) Thư bảo lãnh của tổ chức tín dụng về số tiền thuế nộp dần thực hiện theo quy định tại Điều 21 Thông tư này: nộp 01 bản chính;
3. Thẩm quyền và thời hạn giải quyết:
Thẩm quyền và thời hạn giải quyết nộp dần tiền thuế nợ thực hiện theo Điều 40 Nghị định…/2013/NĐ-CP.
a) Người nộp thuế thuộc diện được nộp dần tiền thuế lập và gửi hồ sơ đến cơ quan Hải quan nơi có thẩm quyền giải quyết nộp dần tiền thuế nợ
b) Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, trong thời hạn năm (05)  ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo bổ sung hồ sơ của  cơ quan hải quan; nếu người nộp thuế không hoàn chỉnh hồ sơ theo yêu cầu của cơ quan hải quan thì không được xem xét việc nộp dần tiền thuế nợ theo quy định tại Điều này. 
  • Gia hạn nộp tiền thuế, nộp tiền phạt
1. Người nộp thuế được xem xét gia hạn thời hạn nộp tiền thuế, tiền phạt đối với trường hợp quy định tại khoản 1 Điều 32 Nghị định số ... /2013/NĐ-CP.
 2. Hồ sơ gia hạn nộp thuế, tiền phạt thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 51 Luật Quản lý thuế, gồm:
a) Văn bản đề nghị gia hạn nộp thuế,  tiền phạt, trong đó nêu rõ lý do, số tiền thuế, tiền phạt, thời hạn xin gia hạn; trường hợp số tiền thuế, tiền phạt đề nghị gia hạn thuộc nhiều tờ khai hải quan khác nhau thì phải liệt kê các tờ khai hải quan đề nghị gia hạn, cam kết kê khai chính xác và cung cấp đúng hồ sơ đề nghị gia hạn; kế hoạch và cam kết nộp số tiền thuế, tiền phạt đề nghị gia hạn: nộp 01 bản chính;
b) Tờ khai hải quan của số tiền thuế, tiền phạt đề nghị gia hạn; hợp đồng mua bán hàng hoá: nộp 01 bản sao (đối với trường hợp thuộc thẩm quyền gia hạn của Chi cục trưởng Hải quan); hồ sơ khai thuế của số tiền thuế, tiền phạt đề nghị gia hạn: nộp 01 bản sao (đối với trường hợp không thuộc thẩm quyền gia hạn của Chi cục trưởng Hải quan); Báo cáo số tiền thuế, tiền phạt phải nộp phát sinh tại thời điểm phát sinh các nguyên nhân: 01 bản chính;
c) Đối với trường hợp quy định tại điểm a khoản 1 Điều 32 Nghị định số…../2013/NĐ-CP thì cần có thêm văn bản sau:
  Biên bản xác định mức độ thiệt hại, giá trị thiệt hại của cơ quan nhà nước có thẩm quyền; biên bản xác nhận vụ việc được lập ngay sau khi xảy ra thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ của Uỷ ban nhân dân cấp xã, phường, thị trấn và xác nhận của Công an tỉnh, thành phố hoặc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh nơi phát sinh nguyên nhân đề nghị gia hạn đối với trường hợp bị thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ: nộp 01 bản chính;
d) Đối với trường hợp quy định tại điểm b khoản 1 Điều 32 Nghị định số…../2013/NĐ-CP thì cần có thêm văn bản sau:
d.1) Văn bản xác nhận của cơ quan thuế địa phương quản lý trực tiếp người nôp thuế về mức độ thiệt hại trực tiếp do phải di chuyển địa điểm kinh doanh, giá trị thiệt hại phải được xác định căn cứ vào hồ sơ, chứng từ và các chế độ quy định của pháp luật có liên quan trực tiếp, gồm: chi phí tháo dỡ trang thiết bị, nhà xưởng ở cơ sở cũ, chi phí vận chuyển lắp đặt ở cơ sở mới (sau khi trừ đi chi phí thu hồi), chi phí trả lương cho nguời lao động do ngừng làm việc (nếu có), trường hợp phức tạp, liêu quan đến chuyên ngành kinh tế kỹ thuật khác phải có văn bản xin ý kiến cơ quan chuyên môn: 01 bản chính;
d.2) Quyết định thu hồi địa điểm sản xuất, kinh doanh của cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với địa điểm sản xuất cũ của doanh nghiệp theo quy định của pháp luật, không phải di dời địa điểm sản xuất kinh doanh theo mục đích yêu cầu của doanh nghiệp: nộp 01 bản sao;
d.3) Văn bản xác nhận của chính quyền địa phương về việc doanh nghiệp phải ngừng sản xuất kinh doanh do di chuyển địa điểm: nộp 01 bản chính;
đ) Đối với trường hợp quy định tại điểm c khoản 1 Điều 32 Nghị định số…../2013/NĐ-CP thì cần có thêm văn bản sau:
đ.1) Văn bản xác nhận của cơ quan có thẩm quyền đối với người nộp thuế hoạt động trong lĩnh vực xây dựng chưa được thanh toán vốn đầu tư đã được ghi trong dự toán ngân sách nhà nước về tiền thuế phải nộp bằng nguồn vốn từ ngân sách nhà nước nhưng chưa được ngân sách nhà nước thanh toán; 01 bản chính;
đ.2) Văn bản xác nhận của Kho bạc Nhà nước xác nhận về số vốn đã được ngân sách nhà nước cấp và số vốn còn thiếu: 01 bản chính;
  e) Đối với trường hợp quy định tại điểm d khoản 1 Điều 32 Nghị định số…../2013/NĐ-CP thì cần có thêm chứng từ, tài liệu liên quan đến nguyên nhân không có khả năng nộp thuế đúng hạn do gặp khó khăn khách quan đặc biệt:
 Văn bản xác nhận của cơ quan thuế địa phương quản lý trực tiếp người nộp thuế và của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về mức độ thiệt hại phát sinh trực tiếp do các nguyên nhân khó khăn khách quan do chính sách thay đổi, ngân sách cấp chậm và đặc biệt khác: nộp 01 bản chính;
3. Số tiền thuế, tiền phạt được gia hạn thực hiện theo quy định tại khoản  2 Điều 32 Nghị định số … /2013/NĐ-CP.
4. Thời gian gia hạn nộp thuế, nộp phạt thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 32  Nghị định số  ….  /2013/NĐ-CP.
5. Thủ tục gia hạn
a) Người nộp thuế thuộc diện được gia hạn nộp thuế, nộp phạt theo quy định điểm a, điểm b, điểm c khoản 1 Điều 32 Nghị  định  …/2013/NĐ –CP phải lập và gửi hồ sơ gia hạn nộp thuế cho cơ quan hải quan nơi có khoản nợ tiền thuế, tiền phạt đề nghị gia hạn.
b) Người nộp thuế gặp khó khăn khách quan đặc biệt thuộc diện do Thủ tướng Chính phủ quyết định gia hạn nộp thuế, nộp phạt theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Tài chính phải lập và gửi hồ sơ gia hạn nộp thuế cho Tổng cục Hải quan.
c) Cơ quan hải quan nơi có người nộp thuế có khoản nợ tiền thuế, tiền phạt tiếp nhận, kiểm tra, xác nhận thông tin và xử lý hồ sơ gia hạn nộp thuế theo quy định tại Điều 52 Luật quản lý thuế.
d) Tổng cục Hải quan tiếp nhận hồ sơ đề nghị gia hạn nộp thuế đối với trường hợp quy định tại điểm d khoản 1 Điều 32 Nghị  định  số …../2013/NĐ -CP, báo cáo Bộ trưởng Bộ Tài chính để trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định từng trường hợp cụ thể.
6. Thẩm quyền gia hạn
a) Chi cục trưởng Hải quan nơi có thẩm quyền gia hạn nộp thuế, nộp phạt đối với các trường hợp người nộp thuế không có khả năng nộp thuế, nộp phạt đúng hạn theo quy định tại các điểm a, điểm b, điểm c  khoản 1 Điều 32 Nghị  định  số …../2013/NĐ -CP nhưng số tiền thuế, tiền phạt đề nghị gia hạn chỉ phát sinh tại một Chi cục Hải quan.
b) Cục trưởng Cục Hải quan có thẩm quyền gia hạn nộp thuế, nộp phạt đối với các trường hợp người nộp thuế không có khả năng nộp thuế, nộp phạt đúng hạn theo quy định tại các điểm a, điểm b, điểm c, khoản 1 Điều 32 Nghị  định  số …../2013/NĐ -CP nhưng số tiền thuế, tiền phạt đề nghị gia hạn phát sinh tại nhiều Chi cục Hải quan trong cùng một Cục Hải quan.
c) Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan có thẩm quyền gia hạn nộp thuế, nộp phạt đối với các trường hợp người nộp thuế không có khả năng nộp thuế, nộp phạt đúng hạn theo quy định tại điểm a, điểm b, điểm c 1 Điều 32 Nghị  định  số …../2013/NĐ -CP nhưng số tiền thuế, tiền phạt đề nghị gia hạn phát sinh tại nhiều Cục Hải quan.
d) Các trường hợp gặp khó khăn khách quan đặc biệt khác quy định tại điểm d khoản 1 Điều 32 Nghị  định  số …../2013/NĐ -CP Thủ tướng Chính phủ quyết định theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
đ) Đối với trường hợp quy định tại điểm b khoản 1 Điều 32 Nghị định số…../2013/NĐ-CP thì cần có thêm văn bản sau:
đ.1) Quyết định thu hồi địa điểm sản xuất, kinh doanh của cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với địa điểm sản xuất cũ của doanh nghiệp theo quy định của pháp luật, không phải di dời địa điểm sản xuất kinh doanh theo mục đích yêu cầu của doanh nghiệp: nộp 01 bản sao;
đ.2) Văn bản xác nhận của chính quyền địa phương về việc doanh nghiệp phải ngừng sản xuất kinh doanh do di chuyển địa điểm: nộp 01 bản chính;
đ.3) Văn bản xác nhận của cơ quan thuế địa phương quản lý trực tiếp người nôp thuế về mức độ thiệt hại trực tiếp do phải di chuyển địa điểm kinh doanh, giá trị thiệt hại phải được xác định căn cứ vào hồ sơ, chứng từ và các chế độ quy định của pháp luật có liên quan trực tiếp, gồm: chi phí tháo dỡ trang thiết bị, nhà xưởng ở cơ sở cũ, chi phí vận chuyển lắp đặt ở cơ sở mới (sau khi trừ đi chi phí thu hồi), chi phí trả lương cho nguời lao động do ngừng làm việc (nếu có), trường hợp phức tạp, liêu quan đến chuyên ngành kinh tế kỹ thuật khác phải có văn bản xin ý kiến cơ quan chuyên môn: 01 bản chính;
e) Đối với trường hợp quy định tại điểm c khoản 1 Điều 32 Nghị định số…../2013/NĐ-CP thì cần có thêm văn bản sau:
e.1) Văn bản xác nhận của cơ quan có thẩm quyền đối với người nộp thuế hoạt động trong lĩnh vực xây dựng chưa được thanh toán vốn đầu tư đã được ghi trong dự toán ngân sách nhà nước về tiền thuế phải nộp bằng nguồn vốn từ ngân sách nhà nước nhưng chưa được ngân sách nhà nước thanh toán; 01 bản chính;
e.2) Văn bản xác nhận của Kho bạc Nhà nước xác nhận về số vốn đã được ngân sách nhà nước cấp và số vốn còn thiếu: 01 bản chính;
  g) Đối với trường hợp quy định tại điểm d khoản 1 Điều 32 Nghị định số…../2013/NĐ-CP thì cần có thêm chứng từ, tài liệu liên quan đến nguyên nhân không có khả năng nộp thuế đúng hạn do gặp khó khăn khách quan đặc biệt: nộp 01 bản chính.
  • Xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt
1. Các trường hợp quy định tại khoản 1, 2, 3 Điều 65 Luật Quản lý thuế, được sửa đổi, bổ sung tại khoản 20 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế thuộc đối tượng được xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
2. Điều kiện xóa  nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 65 thực hiện theo quy định tại điểm c khoản 1 Điều 33 Nghị định       /2013/NĐ-CP
3. Hồ sơ đề nghị xoá nợ gồm:
a) Văn bản đề nghị xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của Cục Hải quan nơi người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thuộc đối tượng được xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, trong đó nêu rõ lý do, số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đề nghị xoá nợ: nộp 01 bản chính;
b) Hồ sơ hải quan của số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đề nghị xoá nợ: nộp 01 bản sao;
c) Tùy từng trường hợp, người nộp thuế nộp thêm tài liệu, chứng từ  liên quan đến việc đề nghị xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt  theo quy định tại điểm c khoản 3 Điều 33 Nghị định…/2013/NĐ-CP, cụ thể như sau:
c.1) Đối với trường hợp quy định tại khoản 1 Điều 65 Luật quản lý thuế:
Quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về tuyên bố phá sản doanh nghiệp: nộp 01 bản chính;
c.2) Đối với trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 65 Luật quản lý thuế:
Giấy chứng tử, giấy báo tử hoặc Quyết định tuyên bố mất tích của Tòa án; Quyết định tuyên bố mất năng lực hành vi dân sự của Tòa án hoặc các văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền chứng minh một người là đã chết, mất tích, mất năng lực hành vi dân sự : nộp 01 bản chính;
c.3) Đối với trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 65 Luật quản lý thuế được bổ sung tại  khoản 20 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế:
Văn bản, tài liệu kèm theo của hồ sơ cưỡng chế nợ thuế đã thực hiện đầy đủ các biện pháp cưỡng chế (đến biện pháp cuối cùng: thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh): nộp 01 bộ bản sao;
4. Thẩm quyền và trình tự, thời gian giải quyết xoá nợ:
a) Thẩm quyền xóa nợ thực hiện theo quy định tại Điều 67 Luật quản lý thuế được sửa đổi, bổ sung tại khoản 22 Điều 1 Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế.
b) Trình tự giải quyết:
b.1) Cục Hải quan nơi có khoản nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của người nộp thuế có trách nhiệm lập hồ sơ, kiểm tra, thẩm định tính chính xác đầy đủ của hồ sơ và đề nghị  xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt gửi cấp có thẩm quyền xóa nợ theo quy định.
b.2) Tổng cục Hải quan có trách nhiệm xem xét và quyết định xóa nợ đối với trường hợp thuộc thẩm quyền hoặc tiếp nhận, kiểm tra, thẩm định tính chính xác đầy đủ của hồ sơ và đề nghị  xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, trình Bộ Tài chính xóa nợ đối với trường hợp thuộc thẩm quyền xóa nợ của Bộ Tài chính hoặc báo cáo Bộ Tài chính xem xét trình Chính phủ xóa nợ đối với trường hợp thuộc thẩm quyền của Chính phủ.
b.3) Ủy Ban Nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm xem xét và quyết định xóa nợ đối với trường hợp thuộc thẩm quyền.
c) Thời gian giải quyết hồ sơ xóa nợ thực hiện theo Điều 68 Luật Quản lý thuế.
 
Mục 8
HOÀN THÀNH NGHĨA VỤ THUẾ
 
  • Hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trong trường hợp xuất cảnh
1. Người Việt Nam xuất cảnh để định cư ở nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài, người nước ngoài nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trước khi xuất cảnh từ Việt Nam phải hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.
2. Người nộp thuế quy định tại khoản 1 Điều này phải có xác nhận của cơ quan quản lý thuế về việc hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi xuất cảnh. Cơ quan hải quan có trách nhiệm thông báo bằng văn bản hoặc thông tin điện tử cho cơ quan quản lý xuất nhập cảnh biết về việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của các cá nhân còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. Nội dung thông báo gồm họ và tên người chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế, ngày sinh, quốc tịch, số chứng minh nhân dân/hộ chiếu, cơ quan hải quan nơi quản lý số thuế nợ phát sinh.
3. Cơ quan quản lý xuất nhập cảnh dừng việc xuất cảnh của người xuất cảnh chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế nêu tại khoản 1 Điều này theo đúng quy định tại Điều 53 Luật Quản lý thuế.
  • Hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trong trường hợp giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động
1. Việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trong trường hợp giải thể, phá sản thực hiện theo quy định tại Điều 54 Luật Quản lý thuế, pháp luật về doanh nghiệp, pháp luật về hợp tác xã và pháp luật về phá sản. Trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trong trường hợp giải thể, phá sản như sau:
a) Chủ doanh nghiệp tư nhân,  chủ sở hữu công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên; chủ tịch hội đồng thành viên, hội đồng thành viên, người đại diện theo pháp luật của công ty trách nhiệm hữu hạn hai thành viên trở lên; hội đồng quản trị công ty cổ phần hoặc tổ chức thanh lý doanh nghiệp chịu trách nhiệm về việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của doanh nghiệp trong trường hợp giải thể.
b) Hội đồng giải thể hợp tác xã chịu trách nhiệm về việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của hợp tác xã trong trường hợp giải thể.
c) Tổ quản lý, thanh lý tài sản chịu trách nhiệm về việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của doanh nghiệp trong trường hợp phá sản.
2. Trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ thuế trong trường hợp người nộp thuế chấm dứt hoạt động không thực hiện thủ tục giải thể, phá sản theo quy định của pháp luật:
a) Doanh nghiệp chấm dứt hoạt động không theo thủ tục giải thể, phá sản doanh nghiệp chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì chủ doanh nghiệp tư nhân, chủ tịch hội đồng thành viên hoặc chủ sở hữu công ty trách nhiệm hữu hạn, chủ tịch hội đồng quản trị của công ty cổ phần, trưởng ban quản trị của hợp tác xã chịu trách nhiệm nộp phần thuế nợ còn lại.
b) Hộ gia đình, cá nhân chấm dứt hoạt động kinh doanh chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì chủ hộ gia đình, cá nhân chịu trách nhiệm nộp phần thuế nợ còn lại. 
c) Tổ hợp tác chấm dứt hoạt động chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì tổ trưởng tổ hợp tác chịu trách nhiệm nộp phần thuế nợ còn lại.
  • Hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trong trường hợp tổ chức lại doanh nghiệp
1. Trước khi được tổ chức lại, doanh nghiệp có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
2. Trường hợp doanh nghiệp bị tổ chức lại chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trước khi tổ chức lại thì phải có văn bản xác định nghĩa vụ nộp thuế của từng doanh nghiệp hình thành sau khi tổ chức lại và các doanh nghiệp hình thành sau khi tổ chức lại phải có cam kết bằng văn bản với cơ quan hải quan về việc sẽ thực hiện nghĩa vụ nộp thuế do doanh nghiệp bị tổ chức lại chuyển giao.
3. Cơ quan thuế không được cấp mã số thuế cho các doanh nghiệp hình thành sau khi tổ chức lại nếu không có xác nhận bằng văn bản của cơ quan hải quan về việc doanh nghiệp đã thực hiện các quy định tại khoản 2 Điều này.
  • Xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế
1. Khi có nhu cầu xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế của mình, người nộp thuế, cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền phải có văn bản đề nghị xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế gửi Tổng cục Hải quan, trong đó nêu rõ các nội dung:
a) Tên người nộp thuế, mã số thuế;
b) Nội dung yêu cầu xác nhận;
c) Tài liệu chứng minh nội dung yêu cầu xác nhận.
2. Cơ quan hải quan có trách nhiệm kiểm tra, xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế khi người nộp thuế có văn bản yêu cầu theo đúng quy định của pháp luật.
Trường hợp không xác nhận phải có văn bản thông báo cụ thể lý do không xác nhận.
Trường hợp cần kiểm tra, đối chiếu lại các thông tin về tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế của người nộp thuế trước khi xác nhận, cơ quan hải quan gửi thông báo cho người nộp thuế biết lý do chưa xác nhận.
Thời hạn phải trả kết quả cho người nộp thuế là trong thời hạn năm ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ yêu cầu xác nhận của người nộp thuế.
3. Trong thời gian mười lăm ngày (kể từ ngày Tổng cục Hải quan phát hành văn bản xác nhận nợ thuế), Cục Hải quan tỉnh, thành phố trên cơ sở chứng từ, sổ sách kế toán thuế xuất nhập khẩu kiểm tra việc nợ thuế của doanh nghiệp. Trường hợp xác định doanh nghiệp còn nợ thuế bao gồm cả số liệu trên hệ thống kế toán thuế (KT559) và các trường hợp không phản ánh trên hệ thống này liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu thì kịp thời báo cáo ngay về Tổng cục Hải quan để xác nhận lại tình trạng nợ thuế của doanh nghiệp. Quá thời hạn nêu trên nếu Cục Hải quan tỉnh, thành phố không thông báo về Tổng cục thì phải chịu trách nhiệm về các khoản nợ của doanh nghiệp tại đơn vị mình.
4. Kể từ ngày Tổng cục Hải quan phát hành văn bản xác nhận nợ thuế, nếu doanh nghiệp đăng ký làm thủ tục xuất nhập khẩu tại Cục Hải quan tỉnh, thành phố thì phải nộp đủ thuế và các khoản nộp ngân sách Nhà nước liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu trước khi nhận hàng.
5. Xác nhận nợ thuế của Tổng cục Hải quan có giá trị sau ba mươi ngày kể từ ngày ký văn bản. Doanh nghiệp phải cam kết không có các khoản nợ thuế và các khoản phải nộp ngân sách Nhà nước liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu tính đến ngày ký văn bản và chịu trách nhiệm trước pháp luật về các cam kết đó.
 
Phần VI
KIỂM TRA SAU THÔNG QUAN, THANH TRA THUẾ
Chương I
KIỂM TRA SAU THÔNG QUAN
 
  • Nguyên tắc kiểm tra sau thông quan
1. Cơ quan hải qua áp dụng phương pháp quản lý rủi ro trong kiểm tra sau thông quan để quyết định việc kiểm tra hoặc không kiểm tra, kiểm tra trước hoặc kiểm tra sau, kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan hay kiểm tra tại trụ sở Doanh nghiệp, kiểm tra theo kế hoạch, kiểm tra chuyên đề hoặc kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm pháp luật đối với đối tượng kiểm tra.
  • Mục đích của kiểm tra sau thông quan
Kiểm tra sau thông quan, nhằm xác định mức độ chính xác, trung thực của việc kê khai về hàng hóa, tự tính và nộp thuế, mức độ chấp hành pháp luật của doanh nghiệp, làm cơ sở cho việc ấn định tăng, giảm tiền thuế, xác định mức độ ưu tiên trong quản lý của hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp và xử lý vi phạm pháp luật về thuế, về hải quan.
  • Phạm vi kiểm tra sau thông quan
Tuỳ theo yêu cầu đặt ra cho mỗi cuộc kiểm tra sau thông quan mà xác định phạm vi kiểm tra sau thông quan toàn diện hoặc chuyên sâu, gồm:
1. Kiểm tra tất cả hoạt động xuất nhập khẩu, của một doanh nghiệp, trong một giai đoạn;
2. Kiểm tra việc xuất nhập khẩu một mặt hàng, của một hoặc nhiều doanh nghiệp, trong một giai đoạn;
3. Kiểm tra một hoặc nhiều nội dung (ví dụ kiểm tra trị giá) của một hoặc nhiều mặt hàng xuất khẩu, nhập khẩu, của một doanh nghiệp, trong một giai đoạn;
4. Kiểm tra một hoặc nhiều loại hình xuất khẩu, nhập khẩu, của một doanh nghiệp, trong một giai đoạn.
  • Đối tượng chịu kiểm tra sau thông quan
Người xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá; người được ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá; đại lý làm thủ tục hải quan, doanh nghiệp cung cấp dịch vụ bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh; người được chủ hàng ủy quyền làm thủ tục hải quan là đối tượng chịu sự kiểm tra sau thông quan.
  • Đối tượng kiểm tra của kiểm tra sau thông quan
Đối tượng kiểm tra của kiểm tra sau thông quan gồm:
1. Hồ sơ hải quan đang lưu giữ tại doanh nghiệp và đơn vị hải quan làm thủ tục hải quan cho hàng hóa liên quan.
2. Chứng từ, tài liệu liên quan hàng hóa xuất nhập khẩu đã được thông quan như sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, các tài liệu, dữ liệu liên quan, do doanh nghiệp lưu giữ ở dạng giấy tờ hoặc dữ liệu điện tử.
3. Hàng hóa, nơi sản xuất, cửa hàng, nơi lưu giữ hàng hóa nếu cần thiết và còn điều kiện.   
  • Nội dung kiểm tra sau thông quan.
1. Kiểm tra tính đủ, hợp pháp, hợp lệ của hồ sơ hải quan;
2. Kiểm tra tính chính xác của các căn cứ tính thuế, tính chính xác của việc khai các khoản thuế phải nộp, được miễn, không thu, được hoàn;
3. Kiểm tra việc thực hiện các quy định khác của pháp luật về thuế;
4. Kiểm tra việc thực hiện pháp luật về hải quan.
5. Kiểm tra thực tế hàng hóa trong trường hợp cần thiết.
  • Giải trình trong kiểm tra sau thông quan
1. Giải trình là việc doanh nghiệp liên quan làm rõ các vấn đề nghi vấn, bất hợp lý hoặc có dấu hiệu vi phạm pháp luật theo yêu cầu kiểm tra sau thông quan.
2. Người yêu cầu giải trình: Chi cục trưởng Chi cục Kiểm tra sau thông quan, Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan, trưởng đoàn kiểm tra sau thông quan.
3. Hình thức yêu cầu giải trình: bằng văn bản, nêu rõ nội dung, thời gian phải giải trình, tài liệu phải cung cấp.
4. Hình thức giải trình: khi giải trình, cơ quan hải quan có thể yêu cầu một trong các hình thức giải trình bằng văn bản hoặc đối thoại trực tiếp với doanh nghiệp.
a. Trường hợp nghi vấn chưa cụ thể, cơ quan hải quan yêu cầu hình thức giải trình bằng văn bản; doanh nghiệp gửi văn bản giải trình tới người yêu cầu giải trình kèm các tài liệu, chứng từ chứng minh đúng thời hạn ghi trong Thông báo.(cán bộ hải quan không tiếp xúc trực tiếp với doanh nghiệp).
b. Trường hợp nghi vấn cụ thể, cơ quan hải quan yêu cầu hình thức đối thoại, nội dung đối thoại được cơ quan hải quan ghi nhận bằng biên bản làm việc, kèm tài liệu và kết thúc người yêu cầu giải trình phải ban hành kết luận kiểm tra tại cơ quan hải quan.
  • Xác minh trong kiểm tra sau thông quan
1. Xác minh là việc cơ quan hải quan yêu cầu các tổ chức, cá nhân có liên quan hoặc có khả năng giúp làm rõ làm rõ các vấn đề nghi vấn, bất hợp lý hoặc các dấu hiệu vi phạm pháp luật.
2. Người quyết định xác minh là Chi cục trưởng Chi cục Kiểm tra sau thông quan; Cục trưởng Hải quan tỉnh, thành phố; Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan; trưởng đoàn kiểm tra sau thông quan.
3. Đối tượng xác minh là các cơ quan quản lý nhà nước, tổ chức, cá nhân liên quan.
4. Việc xác minh có thể thực hiện bằng hình thức gửi văn bản yêu cầu và đề nghị trả lời bằng văn bản; hoặc người xác minh làm việc trực tiếp với người được xác minh theo giấy giới thiệu của lãnh đạo đơn vị xác minh. Kết quả xác minh được ghi nhận bằng biên bản làm việc. Biên bản này có giá trị là căn cứ xem xét vụ việc.
5. Trường hợp xác minh trực tiếp, đơn vị có nhu cầu tự thực hiện việc xác minh hoặc đề nghị đơn vị hải quan có điều kiện thuận lợi thực hiện.
  • Phân công thực hiện kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp
1. Tổng cục Hải quan thực hiện kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp, trong phạm vi toàn quốc trong trường hợp:
a) Các vấn đề liên quan thực hiện chính sách lớn, các vấn đề nhạy cảm, các loại hình, mặt hàng xuất nhập khẩu có độ rủi ro cao;
b) Các trường hợp điển hình cần làm điểm làm cơ sở chỉ đạo cho toàn ngành;
c) Các doanh nghiệp đã từng được kiểm tra sau thông quan, nhưng có dấu hiệu vi phạm cần tiếp tục thực hiện kiểm tra sau thông quan,.
2. Cục Kiểm tra sau thông quan thực hiện kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp, trong phạm vi toàn quốc trong trường hợp:
a) Vấn đề phát sinh tại nhiều địa phương;
b) Vấn đề mà địa phương thực hiện không thống nhất;
c) Các trường hợp có dấu hiệu vi phạm mà Hải quan địa phương không phát hiện hoặc không tiến hành kiểm tra;
d) Các đối tượng kiểm tra là Tập đoàn, Tổng công ty lớn có hoạt động xuất nhập khẩu tại nhiều địa bàn.
e) Các trường hợp khác do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan phê duyệt.
3. Cục Hải quan tỉnh, thành phố thực hiện kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp, trong phạm vi địa bàn quản lý.
a) Trường hợp doanh nghiệp không thuộc địa bàn quản lý, nhưng hàng hóa được làm thủ tục hải quan tại đơn vị mình, nếu phát hiện dấu hiệu vi phạm thì thực hiện theo trình tự như sau:
a.1)  Tiến hành kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan hải quan. Nếu phạm vi kiểm tra liên quan đến các lô hàng mà doanh nghiệp làm thủ tục ở địa phương khác thì có thể đề nghị đơn vị liên quan phối hợp cung cấp thông tin, dữ liệu, kể cả việc trực tiếp đến đơn vị hải quan đó nghiên cứu, sao chụp hồ sơ.
a.2) Nếu cần thiết phải kiểm tra sau thông quan, tại trụ sở của doanh nghiệp thì báo cáo Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan để phân công đơn vị thực hiện.
b) Trường hợp doanh nghiệp thuộc địa bàn quản lý, nhưng hàng hoá được làm thủ tục hải quan tại đơn vị khác.
Khi đơn vị hải quan địa bàn tiến hành kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp, thì các đơn vị liên quan có trách nhiệm cung cấp thông tin dữ liệu, sao gửi hồ sơ khi được đơn vị kiểm tra yêu cầu.
c) Trường hợp doanh nghiệp thuộc địa bàn quản lý hàng hóa được làm thủ tục hải quan tại đơn vị mình, nếu phát hiện dấu hiệu vi phạm thì Chi cục Kiểm tra sau thông quan trực tiếp thực hiện kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp.
4. Đối với các trường hợp nêu tại khoản 1, 2 của điều này, trước khi tiến hành kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp Tổng cục Hải quan, Cục Kiểm tra sau thông quan  gửi 01 bản quyết định kiểm tra cho Cục trưởng Cục Hải quan địa phương biết.
5. Tổng cục trưởng Tổng cục hải quan phân công kiểm tra sau thông quan đối với các trường hợp kiểm tra sau thông quan ngoài địa bàn quản lý.
6. Cục trưởng hải quan tỉnh thành phố tùy theo đặc điểm  tình hình trên địa bàn để quy định trường hợp kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp do Chi cục Kiểm tra sau thông quan trực tiếp thực hiện.
  • Quản lý hoạt động kiểm tra sau thông quan toàn quốc
1. Tổng cục Hải quan tổ chức, quản lý, chỉ đạo, kiểm tra hoạt động kiểm tra sau thông quan trên toàn quốc.
a) Tổng cục Hải quan chỉ đạo, quản lý, kiểm tra công tác kiểm tra sau thông quan  của Cục Hải quan tỉnh, thành phố;
b) Tổng cục Hải quan xây dựng định hướng, phê duyệt kế hoạch kiểm tra sau thông quan của lực lượng kiểm tra sau thông quan toàn quốc.
c) Tổng cục hải quan phân công kiểm tra sau thông quan đối với các trường hợp kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp ngoài địa bàn quản lý.
2. Cục hải quan tỉnh thành phố chịu trách nhiệm tổ chức, quản lý, chỉ đạo kiểm tra hoạt động kiểm tra sau thông quan trong địa bàn quản lý của Cục.
  • Nhiệm vụ, quyền hạn của trưởng đoàn sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp.
Nhiệm vụ, quyền hạn của trưởng đoàn kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp.
Trưởng đoàn kiểm tra được quyền thực hiện một số công việc thuộc nhiệm vụ của đoàn kiểm tra,  cụ thể:
1. Tổ chức, chỉ đạo phân công công việc cho các thành viên trong đoàn kiểm tra thực hiện kiểm tra đúng phạm vi, nội dung, đối tượng, thời hạn đã ghi trong quyết định kiểm tra sau thông quan;
2. Yêu cầu đối tượng chịu kiểm tra cung cấp thông tin, tài liệu, báo cáo bằng văn bản, giải trình về những vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra thuế; Kiểm tra thực tế hàng hóa, nguyên liệu doanh nghiệp đã nhập khẩu, mẫu sản phẩm xuất khẩu (nếu còn điều kiện);
3. Yêu cầu cơ quan quản lý nhà nước, tổ chức, cá nhân có liên quan cung cấp thông tin, chứng từ, tài liệu về các nội dung liên quan đến vụ việc, đối tượng, hàng hóa đang được kiểm tra, trong thời gian thực hiện quyết định kiểm tra;
4. Thông tin về các vấn đề trong quá trình kiểm tra với người ban hành quyết định kiểm tra.
5. Trực tiếp lập hoặc phân công thành viên trong đoàn kiểm tra lập các biên bản kiểm tra chịu trách nhiệm về các nội dung biên bản;
6. Báo cáo kết quả kiểm tra, dự thảo kết luận kiểm tra và đề xuất xử lý kết quả kiểm tra với người ra quyết định kiểm tra để người ban hành quyết định kiểm tra ký bản kết luận và các quyết định hành chính theo thẩm quyền.
7. Các quyền hạn khác theo quy định của pháp luật.
  • Kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan hải quan
1. Kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan hải quan là hoạt động thường xuyên của cơ quan hải quan nhằm đánh giá việc chấp hành pháp luật về thuế và pháp luật về hải quan của doanh nghiệp. Khi kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan hải quan, cơ quan hải quan không ban hành quyết định kiểm tra mà thông báo yêu cầu doanh nghiệp giải trình, hoặc kiểm tra.
2. Kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan hải quan được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro; thông tin đã thu thập xác định dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan, pháp luật về thuế liên quan đến hàng hoá xuất nhập khẩu đã được thông quan.
3. Kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan hải quan được thực hiện bằng việc thu thập, phân tích, thông tin từ các cơ sở dữ liệu của ngành về doanh nghiệp, mặt hàng, loại hình xuất nhập khẩu được kiểm tra. Nếu chưa đủ cơ sở để đánh giá, kết luận thì thực hiện các bước sau:
a) Kiểm tra hồ sơ hải quan và các chứng từ, tài liệu liên quan đang lưu giữ tại các đơn vị hải quan làm thủ tục cho hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đã thông quan.
b) Yêu cầu doanh nghiệp giải trình để làm rõ các vấn đề chưa rõ hoặc nghi vấn.
c) Xác minh tại các tổ chức, cá nhân liên quan để làm rõ các vấn đề chưa rõ hoặc nghi vấn.
d) Giám định các chứng từ nghi vấn, giám định hàng hóa nếu cần thiết và còn điều kiện.
Đối với những trường hợp có yêu cầu chuyên môn, kỹ thuật chuyên ngành, tự mình không đủ khả năng, điều kiện kết luận thì đơn vị thực hiện việc kiểm tra sau thông quan quyết định trưng cầu giám định tại các cơ quan, tổ chức giám định chuyên ngành. Kết luận của cơ quan, tổ chức giám định là căn cứ để kiểm tra sau thông quan kết luận vụ việc;
4. Kết thúc quá trình kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan, công chức, nhóm công chức thực hiện kiểm tra sau thông quan có trách nhiệm báo cáo về phạm vi, nội dung, quá trình kiểm tra, kết quả kiểm tra và đề xuất  dự thảo nội dung kết luận, biện pháp xử lý kết quả kiểm tra để người ban hành thông báo kiểm tra, giải trình  xem xét, quyết định ký bản kết luận và các quyết định hành chính có liên quan. Cụ thể như sau:
a) Trường hợp cơ quan hải quan thấy có nghi ngờ doanh nghiệp nộp thiếu thuế, gian lận thuế, trốn thuế... thì thông báo nghi ngờ đó cho doanh nghiệp:
a.1) Trường hợp doanh nghiệp giải trình và bổ sung thông tin, tài liệu chứng minh việc xuất nhập khẩu và số tiền thuế đã nộp là đúng thì hồ sơ hải quan được chấp nhận. Cơ quan hải quan kết luận kiểm tra, cập nhập thông tin chấp hành tốt pháp luật vào hệ thống cơ sở dữ liệu của ngành và  đưa hồ sơ vào lưu trữ theo quy định
a.2) Trường hợp người nộp thuế không chứng minh được số thuế đã khai là đúng và đồng ý với các nội dung kết luận sau khi cơ quan hải quan kiểm tra thuế thì người nộp thuế thực hiện khai bổ sung, nộp tiền thuế thiếu theo quy định. Trường hợp phải xử lý vi phạm hành chính, cơ quan hải quan ban hành quyết định xử phạt và theo dõi, đôn đốc doanh nghiệp nộp số tiền thuế, tiền phạt  theo quy định.
a.3) Trường hợp người nộp thuế không chứng minh được số thuế đã khai là đúng nhưng không đồng ý với các nội dung kết luận sau khi cơ quan hải quan kiểm tra thuế thì cơ quan hải quan ban hành quyết định ấn định thuế, xử phạt vi phạm hành chính (nếu có) hoặc ban hành quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp.
a.4) Trường hợp doanh nghiệp không giải trình hoặc giải trình không được thì cơ quan hải quan quyết định ấn định số tiền thuế phải nộp và xử lý vi phạm hành chính (nếu có) hoặc quyết định kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp.
b) Trường hợp không phát hiện vi phạm thì kết luận kiểm tra,  cập nhập thông tin chấp hành tốt pháp luật vào hệ thống cơ sở dữ liệu của ngành và  đưa hồ sơ vào lưu trữ theo quy định
5. Việc xử lý kết quả kiểm tra thực hiện theo hướng dẫn tại Chương III phần này.
  • Kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp
1. Các trường hợp kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp gồm:
a) Kiểm tra theo kế hoạch;
"Kiểm tra theo kế hoạch" là việc cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp theo kế hoạch xác định cho từng năm. Mỗi năm có một số lượng nhất định doanh nghiệp được kiểm tra. Việc xác định doanh nghiệp được kiểm tra thực hiện theo các tiêu chí do Tổng cục Hải quan phê duyệt.
b) Kiểm tra chuyên đề do cấp trên chỉ đạo;
"Kiểm tra chuyên đề" là việc cơ quan hải quan căn cứ vào diễn biến của tình hình trốn thuế, gian lận thương mại nổi lên trong từng giai đoạn để lựa chọn những doanh nghiệp, loại hình, loại mặt hàng xuất nhập khẩu điển hình, những chuyên để riêng để giao thực hiện kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp.
c) Kiểm tra thẩm định doanh nghiệp ưu tiên;
Kiểm tra thẩm định doanh nghiệp ưu tiên là việc cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan để thẩm định doanh nghiệp có đáp ứng các điều kiện ưu tiên trước khi công nhận doanh  nghiệp ưu tiên.
d) Kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp khi có dấu hiệu doanh nghiệp vi phạm pháp luật hoặc có khả năng vi phạm pháp luật về thuế, pháp luật về hải quan.
2. Ra quyết định, thông báo quyết định kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của doanh nghiệp thực hiện như sau:
a) Quyết định kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của doanh nghiệp do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan, Cục trưởng cục Kiểm tra sau thông quan, Cục trưởng cục hải quan tỉnh, thành phố, Chi cục trưởng kiểm tra sau thông quan quyết định;
b) Thời hạn thông báo quyết định kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp theo kế hoạch, kiểm tra theo chuyên đề, chậm nhất là ba (03) ngày làm việc, kể từ ngày ký. Quyết định kiểm tra được gửi trực tiếp hoặc bằng thư bảo đảm, fax cho doanh nghiệp;
Kiểm tra sau thông quan theo dấu hiệu vi phạm được thực hiện ngay sau khi công bố quyết định, không phải thông báo trước. Trong trường hợp này, quyết định kiểm tra được trao trực tiếp cho doanh nghiệp, trong giờ làm việc.
c) Quyết định kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của doanh nghiệp phải có những nội dung cơ bản sau đây:
c.1) Căn cứ pháp lý để kiểm tra;
c.2) Đối tượng chịu sự kiểm tra (trường hợp doanh nghiệp có các đơn vị thành viên thì nội dung quyết định kiểm tra phải ghi cụ thể danh sách đơn vị thành viên thuộc đối tượng kiểm tra theo quyết định);
c.3) Nội dung, phạm vi, nhiệm vụ kiểm tra;
c.4) Thời hạn tiến hành kiểm tra;
c.5) Trưởng đoàn kiểm tra và các thành viên khác của đoàn kiểm tra.
d) Trường hợp doanh nghiệp không chấp hành quyết định kiểm tra thì lập biên bản vi phạm làm cơ sở cho việc xử phạt vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật.
3. Thời hạn kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp như sau:
a) Trường hợp kiểm tra sau thông quan theo kế hoạch, kiểm tra chuyên đề, kiểm tra để thẩm định doanh nghiệp ưu tiên thì thời hạn là mười lăm ngày làm việc.
b) Trường hợp kiểm tra sau thông quan khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc có khả năng vi phạm pháp luật về thuế và pháp luật về hải quan thì thời hạn kiểm tra là năm ngày làm việc.
c) Trong trường hợp phức tạp thì người quyết định kiểm tra có thể quyết định gia hạn thời gian kiểm tra, nhưng không dài hơn thời hạn kiểm tra trên. Lý do gia hạn, thời gian gia hạn được thông báo cho doanh nghiệp được kiểm tra biết.
Thời điểm bắt đầu, thời điểm kết thúc kiểm tra của thời hạn kiểm tra nêu tại điểm a, điểm b, điểm c khoản này được ghi cụ thể trong Quyết định kiểm tra.
d) “Ngày làm việc” trên đây được hiểu là các ngày làm việc kế tiếp nhau, trừ ngày nghỉ theo quy định của pháp luật (ngày nghỉ cuối tuần, ngày lễ, ngày Tết).
4. Khi kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp, đoàn kiểm tra thực hiện như sau:
a) Khi bắt đầu tiến hành kiểm tra, trưởng đoàn kiểm tra có trách nhiệm công bố quyết định kiểm tra sau thông quan và giải thích nội dung quyết định kiểm tra để doanh nghiệp hiểu và có trách nhiệm thực hiện.
b) Trình tự, thủ tục thực hiện theo quy định tại điểm 3, khoản 24 Điều 1 Luật sửa đổi bổ sung Luật Quản lý thuế
 c) Nội dung, cách thức kiểm tra:
c.1) Nội dung kiểm tra như hướng dẫn tại Điều 144 Thông tư này;
c.2) Kiểm tra chứng từ, tài liệu liên quan hàng hóa xuất nhập khẩu đã được thông quan, sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, các tài liệu, dữ liệu liên quan do doanh nghiệp lưu giữ ở dạng giấy tờ, dữ liệu điện tử hoặc dạng khác.
d) Nếu phát hiện doanh nghiệp có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế thì áp dụng các biện pháp quy định tại Mục 4, Chương X Luật Quản lý thuế, các Điều .... Nghị định số .../NĐ-CP. 
5. Lập bản kết luận kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của doanh nghiệp cụ thể như sau:
a) Chậm nhất năm (05) ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc kiểm tra tại doanh nghiệp, trưởng đoàn kiểm tra phải gửi bản dự thảo kết luận kiểm tra cho doanh nghiệp.
b) Nhận được bản kết luận kiểm tra, nếu đồng ý nội dung kết luận thì ký biên bản kiểm tra.
Nếu người nộp thuế còn có nội dung muốn giải trình thêm thì ghi ý kiến vào dự thảo kết luận và trong thời hạn năm (05) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được bản dự thảo kết luận kiểm tra của trưởng đoàn kiểm tra, doanh nghiệp phải hoàn thành việc giải trình. Hết hạn mà doanh nghiệp không nộp bản giải trình thì coi như doanh nghiệp không có ý kiến khác với bản dự thảo kết luận của trưởng đoàn kiểm tra.
c) Trong thời hạn năm (05) ngày làm việc, kể từ ngày hết hạn giải trình của doanh nghiệp, người ban hành quyết định kiểm tra thực hiện ban hành bản kết luận kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của doanh nghiệp.
d) Bản kết luận kiểm tra gồm các nội dung chính sau:
d.1) Phần đầu: Nêu các căn cứ pháp lý để lập;
d.2) Phần nội dung: Ghi những nội dung đã kiểm tra và kết quả kiểm tra;
d.3) Phần kết luận: Nêu kết luận về từng nội dung đã tiến hành kiểm tra, về từng vi phạm của doanh nghiệp (nếu có), mức độ vi phạm, các biện pháp xử lý theo thẩm quyền đã được áp dụng, kiến nghị của đoàn kiểm tra về biện pháp xử lý.
e) Bản kết luận kiểm tra phải được trưởng đoàn kiểm tra ký, gửi người quyết định kiểm tra và doanh nghiệp được kiểm tra.
6. Việc xử lý kết quả kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của doanh nghiệp thực hiện theo hướng dẫn tại Chương III phần này.
 
Chương II
THANH TRA THUẾ
 
  • Nguyên tắc thanh tra thuế
Thanh tra thuế thực hiện theo quy định tại Luật Quản lý thuế và pháp luật về thanh tra.
  • Mục đích của thanh tra thuế
Mục đích hoạt động thanh tra thuế nhằm phát hiện sơ hở trong cơ chế quản lý, chính sách, pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để kiến nghị với cơ quan nhà nước có thẩm quyền biện pháp khắc phục; phòng ngừa, phát hiện và xử lý hành vi vi phạm pháp luật về thuế, về hải quan.
  • Đối tượng thanh tra thuế 
Đối tượng thanh tra thuế là các cơ quan, tổ chức, cá nhân trong việc chấp hành pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế và các khoản thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu..
  • Nội dung thanh tra thuế
1. Nội dung thanh tra thuế thực hiện theo quy định tại Điều 13 Nghị định số 82/2012/NĐ-CP ngày 9/10/2012 của Chính phủ quy định về tổ chức và hoạt động thanh tra ngành Tài chính.
2. Khi tiến hành thanh tra, Đoàn thanh tra phải thực hiện đúng yêu cầu, nội dung, thời hạn đã ghi trong quyết định thanh tra. Trong trường hợp cần thiết phải thay đổi nội dung ghi trong quyết định thanh tra thì thực hiện theo quy định pháp luật về thanh tra.
  • Nhiệm vụ, quyền hạn của trưởng đoàn thanh tra, thành viên đoàn thanh tra
Khi tiến hành thanh tra thuế, trưởng đoàn thanh tra, thành viên đoàn thanh tra có nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Điều 53, Điều 54 Luật thanh tra số 56/2010/QH12 ngày 15/11/2010 và các Nghị định hướng dẫn thi hành Luật thanh tra.
  • Các trường hợp thanh tra thuế
Cơ quan hải quan thực hiện thanh tra thuế trong các trường hợp quy định tại Điều 81 Luật Quản lý thuế. Trường hợp thanh tra thuế quy định tại khoản 2 Điều 81 Luật Quản lý thuế, cụ thể là khi người nộp thuế có một trong những dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế sau đây:
1. Có hành vi vi phạm pháp luật về thuế nhưng đã vi phạm nhiều lần;
2. Vi phạm ở nhiều địa bàn;
3. Vi phạm liên quan đến nhiều tổ chức, cá nhân (cơ quan hải quan có căn cứ để nhận định rằng người nộp thuế cấu kết, thông đồng với nhiều tổ chức, cá nhân để thực hiện hành vi gian lận thuế, trốn thuế);
4. Có dấu hiệu trốn thuế;
5. Có dấu hiệu tẩu tán tài liệu, tang vật nhằm trốn thuế, gian lận thuế trong khi cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp;
6. Có dấu hiệu vi phạm mới liên quan đến thuế sau khi cơ quan hải quan đã kết thúc việc kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp;
7. Vụ việc có tính chất phức tạp, nghiêm trọng, như: số tiền thuế bị chiếm đoạt lớn; người nộp thuế sử dụng các chứng từ, tài liệu không hợp pháp hoặc có dấu hiệu giả mạo để kê khai thuế.
  • Thẩm quyền quyết định thanh tra thuế
Thanh tra thuế do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan, Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố quyết định.
  • Thu thập thông tin liên quan đến đối tượng thanh tra
1. Thông tin để làm căn cứ quyết định thanh tra phải cụ thể, có liên quan trực tiếp đến đối tượng, vụ việc cần thanh tra.
2. Nguồn thông tin cần khai thác, thu thập
a) Khai thác từ các nguồn thông tin chính thức trong ngành hải quan (hệ thống thông tin cơ sở dữ liệu về người nộp thuế, hồ sơ, hàng hoá xuất nhập khẩu; kết quả phúc tập hồ sơ, kết quả kiểm tra sau thông quan và thanh tra; dấu hiệu vi phạm do các đơn vị hải quan báo cáo, phản ánh...).
b) Thu thập thông tin ngoài ngành hải quan (từ các cơ quan, đơn vị khác có liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu như: cơ quan quản lý thuế, ngân hàng, vận tải, bảo hiểm, giám định, hiệp hội doanh nghiệp, phản ánh của báo đài và từ đơn thư khiếu nại, tố cáo của các tổ chức, cá nhân).
 c) Các thông tin khác mà lực lượng kiểm tra sau thông quan, điều tra chống buôn lậu có được (từ người đưa tin, mua tin, từ các hoạt động hợp tác quốc tế và từ các thông tin khác).
  • Lập báo cáo, kế hoạch thanh tra
1. Nghiên cứu, phân tích thông tin đã lựa chọn, lập báo cáo đánh giá tình hình theo các nội dung chủ yếu sau đây:
a) Tình hình, số liệu tổng quát về doanh nghiệp và hoạt động xuất nhập khẩu của doanh nghiệp (mặt hàng xuất nhập khẩu chủ yếu, số lượng tờ khai hải quan, loại hình kinh doanh, kim ngạch xuất nhập khẩu, số tiền thuế phát sinh và việc thực hiện nghĩa vụ về thuế hàng năm, tình hình chấp hành pháp luật);
b) Nhận định, đánh giá những vấn đề nổi cộm, dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, tính chất, quy mô của rủi ro về số thu;
c) Đề xuất nội dung, kế hoạch thanh tra, trong đó cần làm rõ nội dung trọng tâm, trọng điểm; những tổ chức, cá nhân liên quan cần kiểm tra, xác minh.
2. Lập kế hoạch thanh tra, bao gồm các nội dung chủ yếu sau đây:
a) Mục đích, yêu cầu cuộc thanh tra;
b) Đối tượng thanh tra;
c) Quy mô, phạm vi thanh tra;
d) Nội dung thanh tra;
e) Thời gian dự kiến tiến hành thanh tra.
Kế hoạch thanh tra được lập chi tiết cho từng nội dung thanh tra, trong đó nêu rõ những công việc cần triển khai, phương pháp tiến hành, nơi cần đến làm việc, thời gian triển khai, kết thúc, nhân sự đoàn thanh tra, nhiệm vụ của các thành viên đoàn thanh tra.
Trong quá trình thanh tra, nếu xét thấy cần phải sửa đổi, bổ sung kế hoạch thanh tra thì Trưởng đoàn thanh tra phải có văn bản đề nghị người ra quyết định thanh tra xem xét, quyết định. Văn bản đề nghị sửa đổi, bổ sung kế hoạch thanh tra phải nêu rõ lý do, nội dung sửa đổi, bổ sung và những nội dung khác (nếu có). Trong trường hợp người ra quyết định thanh tra có văn bản đồng ý về việc sửa đổi, bổ sung thì Trưởng đoàn thanh tra căn cứ vào văn bản đó để tổ chức thực hiện.
3. Kế hoạch thanh tra của Cục Hải quan tỉnh, thành phố gửi Tổng cục Hải quan để điều phối chung trong trường hợp có trùng lặp giữa các đơn vị và để chỉ đạo, hướng dẫn về nghiệp vụ.
  • Đoàn thanh tra
Đoàn thanh tra gồm trưởng đoàn thanh tra và các thành viên đoàn thanh tra; trường hợp cần thiết, đoàn thanh tra có phó trưởng đoàn để giúp trưởng đoàn thực hiện một số nhiệm vụ được phân công và chịu trách nhiệm trước trưởng đoàn về việc thực hiện nhiệm vụ được giao.
  • Thời hạn thanh tra
1. Thời hạn một cuộc thanh tra do Tổng cục Hải quan tiến hành không quá bốn mươi lăm (40) ngày, kể từ ngày công bố quyết định thanh tra. Trường hợp phức tạp có thể kéo dài hơn, nhưng không quá bảy mươi (70) ngày.
2. Thời hạn một cuộc thanh tra do Cục Hải quan tỉnh, thành phố tiến hành không quá ba mươi (30) ngày, kể từ ngày công bố quyết định thanh tra. Trường hợp phức tạp có thể kéo dài hơn, nhưng không quá bốn mươi lăm (45) ngày.
  • Quyết định thanh tra
1. Quyết định thanh tra phải có các nội dung sau đây:
a) Căn cứ pháp lý để thanh tra;
b) Đối tượng, nội dung, phạm vi, nhiệm vụ thanh tra;
c) Thời hạn tiến hành thanh tra;  
d) Trưởng đoàn thanh tra và các thành viên khác của đoàn thanh tra.
2. Chậm nhất là  ba (03) ngày làm việc, kể từ ngày ký, quyết định thanh tra phải được gửi trực tiếp hoặc gửi bằng thư bảo đảm cho đối tượng thanh tra, trừ trường hợp thanh tra đột xuất.
3. Chậm nhất là mười lăm (15) ngày, kể từ ngày ký quyết định thanh tra, trưởng đoàn thanh tra có trách nhiệm công bố quyết định thanh tra đối với đối tượng thanh tra.
Đối với trường hợp doanh nghiệp không chấp hành quyết định thanh tra thì trưởng đoàn thanh tra hoặc thành viên đoàn thanh tra lập biên bản vi phạm hành chính, ra quyết định xử phạt hành chính hoặc chuyển người có thẩm quyền xử phạt theo quy định của pháp luật.
  • Thực hiện thanh tra
Khi thanh tra, đoàn thanh tra thực hiện các công việc như sau:
1. Công bố quyết định thanh tra:
a) Trưởng đoàn thanh tra giới thiệu thành viên của đoàn thanh tra, đọc toàn văn quyết định thanh tra; giải thích cụ thể về mục đích, yêu cầu và nội dung thanh tra để đại diện đối tượng thanh tra hiểu rõ và có trách nhiệm thực hiện quyết định thanh tra; thông báo chương trình làm việc giữa đoàn thanh tra với đối tượng thanh tra và những công việc khác có liên quan đến hoạt động thanh tra. Trường hợp phạm vi thanh tra thuế bao gồm cả các đơn vị thành viên, chi nhánh, đơn vị trực thuộc doanh nghiệp được thanh tra thì trưởng đoàn thanh tra phải thông báo cụ thể danh sách, thời gian, nội dung thanh tra, quyền và nghĩa vụ của các bên để đối tượng thanh tra chủ động được trong việc thực hiện;
b) Thông báo kế hoạch thanh tra và yêu cầu đối tượng thanh tra cung cấp hồ sơ, tài liệu liên quan đến nội dung thanh tra;
c) Yêu cầu đại diện của đối tượng thanh tra báo cáo khái quát tình hình của doanh nghiệp về một số nội dung: ngành nghề kinh doanh; cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ và hình thức hạch toán của các đơn vị trực thuộc thành viên, chi nhánh, đơn vị trực thuộc; phương thức tổ chức sản xuất kinh doanh; chuẩn mực kế toán và niên độ kế toán áp dụng; số cán bộ, công nhân viên và tiền lương; các đối tác liên doanh, liên kết (nếu có);
d) Việc công bố Quyết định thanh tra phải được lập thành biên bản.
2. Tiếp nhận hồ sơ, tài liệu, chứng từ kế toán, sổ kế toán, báo cáo tài chính (gọi chung là tài liệu) có liên quan đến hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đã được thông quan do doanh nghiệp cung cấp. Trường hợp các tài liệu trên được lưu giữ trong máy vi tính hoặc phương tiện lưu giữ khác thì doanh nghiệp phải giao cho đoàn thanh tra cả các phương tiện lưu giữ đó. Đoàn thanh tra có trách nhiệm kiểm đếm, bảo quản, khai thác, sử dụng hồ sơ, tài liệu đúng mục đích, không để thất lạc tài liệu. Trường hợp cần giữ nguyên hiện trạng hồ sơ, chứng từ, tài liệu, trưởng đoàn thanh tra quyết định niêm phong một phần hoặc toàn bộ tài liệu. Việc niêm phong, mở niêm phong khai thác tài liệu hoặc huỷ bỏ niêm phong thực hiện theo đúng quy định của pháp luật.
3. Kiểm tra chi tiết, lập hồ sơ chứng cứ
Các nội dung kiểm tra bao gồm:
a) Kiểm tra sự đầy đủ, tính hợp pháp, hợp lệ, đồng bộ, chính xác, trung thực của hồ sơ hải quan lưu tại doanh nghiệp; đối chiếu với hồ sơ hải quan lưu tại cơ quan hải quan;
b) Kiểm tra hồ sơ, tài liệu, chứng từ kế toán, sổ kế toán, báo cáo tài chính và các chứng từ khác có liên quan nội dung thanh tra;
c) Kiểm tra việc doanh nghiệp thực hiện các quy định của pháp luật về thuế, quản lý thuế và quy định khác có liên quan;
d) Trường hợp cần thiết và có điều kiện thì thực hiện kiểm tra: Dây chuyền sản xuất, máy móc thiết bị, nguyên liệu, vật tư có liên quan đến việc sản xuất, chế biến hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu; kiểm tra thực tế hàng hoá nhập khẩu hoặc hàng hoá là sản phẩm của quá trình gia công, sản xuất, chế biến từ hàng hoá nhập khẩu đang được doanh nghiệp lưu giữ;
e) Trong quá trình kiểm tra, nếu phát hiện đối tượng thanh tra có hành vi vi phạm pháp luật thì lập biên bản làm việc để xác nhận hành vi vi phạm đó, nếu phát hiện dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế thì áp dụng các biện pháp quy định tại các Điều từ 89 đến 91 Luật Quản lý thuế, các Điều 39, 40, 41 Nghị định …/2013/NĐ-CP.
4. Củng cố chứng cứ, cơ sở pháp lý, bao gồm các việc:
a) Yêu cầu đối tượng thanh tra giải trình:
Đối với những vấn đề chưa rõ, chưa đủ cơ sở kết luận, thì trưởng đoàn thanh tra hoặc thành viên đoàn thanh tra yêu cầu doanh nghiệp giải trình. Nếu doanh nghiệp giải trình bằng văn bản mà chưa rõ thì tổ chức đối thoại, chất vấn;
Kết thúc đối thoại, chất vấn phải lập biên bản, ghi đầy đủ, chính xác những nội dung hai bên đã trao đổi, trường hợp cần thiết thì có thể ghi âm, ghi hình cuộc đối thoại, chất vấn.
b) Thẩm tra, xác minh
b.1) Những chứng cứ và giải trình của doanh nghiệp chưa rõ thì phải xác minh tại các tổ chức, cá nhân có liên quan hoặc có khả năng, điều kiện làm rõ vấn đề. Kết quả việc thẩm tra, xác minh được lập biên bản kèm theo đầy đủ tài liệu chứng minh. Biên bản thẩm tra, xác minh là một căn cứ để tiến hành các bước tiếp theo.
b.2) Đối với nội dung thẩm tra, xác minh, tài liệu cần được cung cấp; trưởng đoàn thanh tra thuế phải thông báo cụ thể, đủ thời gian để đối tượng xác minh chuẩn bị đầy đủ, chính xác.
c) Trưng cầu giám định
Đối với những vấn đề có yêu cầu chuyên môn, kỹ thuật chuyên ngành, đoàn thanh tra không đủ khả năng, điều kiện kết luận thì trưởng đoàn thanh tra quyết định trưng cầu giám định. Việc trưng cầu giám định thực hiện theo quy định của pháp luật.
5. Sau khi đã xác định rõ các vấn đề thuộc nội dung thanh tra, đoàn thanh tra thực hiện việc hoàn thiện hồ sơ chứng cứ, bổ sung tài liệu, số liệu và ký với đối tượng thanh tra các biên bản làm việc hoặc bản xác nhận tài liệu, số liệu, lập hồ sơ thanh tra.
Hồ sơ thanh tra là tài liệu gốc để lập biên bản thanh tra, bao gồm:
a) Các biên bản ghi nhận kết quả kiểm tra, biên bản làm việc;
b) Các tài liệu, báo cáo của doanh nghiệp lập theo yêu cầu của đoàn thanh tra;
c) Các bảng kê tài liệu, số liệu mà đoàn thanh tra cùng lập với doanh nghiệp;
d) Các bản sao chụp các tài liệu có liên quan;
e) Các văn bản giải trình;
g) Các kết quả xác minh.
6. Xử phạt vi phạm hành chính
Trong quá trình thanh tra, nếu phát hiện sai phạm phải xử phạt hành chính theo quy định của pháp luật thì trưởng đoàn thanh tra hoặc thành viên đoàn thanh tra lập biên bản vi phạm hành chính, ra quyết định xử phạt hành chính hoặc chuyển người có thẩm quyền xử phạt theo quy định của pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính.
7. Bàn giao hồ sơ, tài liệu
Sau khi kết thúc việc thanh tra, từng thành viên đoàn thanh tra có trách nhiệm:
a) Bàn giao các biên bản làm việc, bản xác nhận số liệu và toàn bộ chứng cứ thu thập được cho trưởng đoàn thanh tra; tài liệu được lập thành danh mục, đánh số thứ tự; lập báo cáo tóm lược vụ việc, đề xuất kết luận và kiến nghị xử lý, nêu rõ căn cứ đề xuất;
b) Giao trả hồ sơ, tài liệu không cần giữ cho doanh nghiệp; thu giữ những hồ sơ, tài liệu phục vụ cho các bước tiếp theo. Việc giao trả hoặc thu giữ hồ sơ, tài liệu được lập thành biên bản.
  • Biên bản thanh tra
1. Kết thúc việc thanh tra, trưởng đoàn thanh tra dự thảo biên bản thanh tra. Trước khi biên bản thanh tra được ký chính thức với đối tượng thanh tra, trưởng đoàn thanh tra tổ chức họp đoàn thanh tra để thông qua biên bản thanh tra hoặc cho các thành viên trong đoàn thanh tra tham gia ý kiến bằng văn bản vào dự thảo biên bản thanh tra.
Biên bản thanh tra phải được lập và được ký trong thời hạn năm (05) ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc cuộc thanh tra.
2. Biên bản thanh tra phải nêu rõ kết quả từng nội dung thanh tra, những sai phạm và căn cứ để kết luận, theo các nội dung sau đây:
a) Phần đầu: Nêu các căn cứ pháp lý để lập biên bản;
b) Phần nội dung: Mô tả nội dung đã thanh tra, kết quả đối chiếu của đoàn thanh tra với số liệu kê khai, báo cáo của người nộp thuế; giải thích lý do, nguyên nhân; đưa ra các bằng chứng thanh tra;
c) Phần kết luận: Nêu cụ thể về từng nội dung đã thanh tra và khẳng định mức độ vi phạm của người nộp thuế, trên cơ sở viện dẫn các quy định pháp luật cụ thể; các biện pháp xử lý theo thẩm quyền đã được áp dụng, kiến nghị của đoàn thanh tra về biện pháp xử lý.
3. Biên bản thanh tra phải được trưởng đoàn thanh tra và người nộp thuế (hoặc đại diện hợp pháp của người nộp thuế) ký vào từng trang, đóng dấu của người nộp thuế (nếu có). Những nội dung đã thống nhất và những nội dung chưa thống nhất giữa đoàn thanh tra và người nộp thuế đều phải được ghi nhận trong biên bản thanh tra.
4. Đối tượng thanh tra có quyền nhận biên bản thanh tra thuế, yêu cầu giải thích nội dung biên bản thanh tra thuế và các quyền khác quy định tại khoản 2 điều 86 Luật Quản lý thuế.
5. Trường hợp cần thiết phải gia hạn thời hạn thanh tra, trưởng đoàn thanh tra báo cáo người ra quyết định thanh tra quyết định gia hạn và chỉ tiến hành khi quyết định được ban hành.
  • Báo cáo kết quả thanh tra và dự thảo kết luận thanh tra
1. Chậm nhất là mười lăm (15) ngày, kể từ ngày kết thúc cuộc thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra phải có văn bản báo cáo kết quả thanh tra và dự thảo kết luận thanh tra gửi người ra quyết định thanh tra, trừ trường hợp nội dung kết luận thanh tra phải chờ kết luận về chuyên môn của cơ quan, tổ chức có thẩm quyền. Báo cáo kết quả thanh tra phải có các nội dung sau đây:
a) Báo cáo cụ thể về từng nội dung đã tiến hành thanh tra;
b) Xác định rõ tính chất, mức độ vi phạm, nguyên nhân, trách nhiệm của cơ quan, tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm (nếu có);
c) Ý kiến khác nhau giữa thành viên đoàn thanh tra với trưởng đoàn thanh tra về nội dung báo cáo kết quả thanh tra (nếu có);
d) Các biện pháp xử lý theo thẩm quyền đã được áp dụng, kiến nghị biện pháp xử lý;
e) Các quy định của pháp luật làm căn cứ để xác định tính chất, mức độ vi phạm và kiến nghị biện pháp xử lý.
2. Trong quá trình lập báo cáo và dự thảo kết luận thanh tra, nếu có những vấn đề còn vướng mắc, trưởng đoàn thanh tra có thể trao đổi, tham khảo ý kiến của các cơ quan, tổ chức hữu quan để đảm bảo cho việc kết luận thanh tra được chính xác, khách quan.
3. Báo cáo kết quả thanh tra (do trưởng đoàn ký) phản ánh đầy đủ kết quả những nội dung công việc đã thanh tra, những nội dung chưa tiến hành hoặc tiến hành ngoài quyết định và kế hoạch thanh tra được duyệt, nguyên nhân; những ý kiến không thống nhất của doanh nghiệp; những đề xuất về chính sách, chế độ quản lý. Mỗi nội dung kết luận phải nêu rõ sự việc, căn cứ đúng, sai, nguyên nhân, trách nhiệm, hình thức xử lý.
4. Báo cáo kết quả thanh tra và dự thảo kết luận thanh tra trình người ra kết luận thanh tra phải có đầy đủ ý kiến tham gia bằng văn bản của các thành viên trong đoàn thanh tra. Ý kiến tham gia phải khẳng định có đồng ý hay không đồng ý với báo cáo, dự thảo kết luận của trưởng đoàn về nội dung công việc của bản thân mình trực tiếp làm và các nội dung do người khác thực hiện, trường hợp không đồng ý thì phải nêu rõ lý do. Nếu các thành viên của đoàn thanh tra có ý kiến khác nhau về nội dung báo cáo kết quả thanh tra và dự thảo kết luận thanh tra thì trưởng đoàn thanh tra quyết định và chịu trách nhiệm về quyết định của mình.
  • Kết luận thanh tra
1. Chậm nhất là mười lăm (15) ngày, kể từ ngày nhận được báo cáo kết quả thanh tra, người ra quyết định thanh tra thuế phải ra kết luận thanh tra, trừ trường hợp nội dung kết luận thanh tra phải chờ kết luận về chuyên môn của cơ quan, tổ chức có thẩm quyền. Kết luận thanh tra phải có các nội dung sau đây:
a) Đánh giá việc thực hiện pháp luật về thuế của đối tượng thanh tra thuộc nội dung thanh tra;
b) Kết luận về nội dung được thanh tra;
c) Xác định rõ tính chất, mức độ vi phạm, nguyên nhân, trách nhiệm của cơ quan, tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm (nếu có);
d) Xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị người có thẩm quyền xử lý vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật.
2. Trong quá trình ra văn bản kết luận thanh tra, người ban hành quyết định thanh tra có quyền yêu cầu trưởng đoàn thanh tra, thành viên đoàn thanh tra báo cáo, yêu cầu đối tượng thanh tra giải trình để làm rõ thêm những vấn đề cần thiết phục vụ cho việc ra kết luận thanh tra. Trường hợp cần thiết, người ra quyết định thanh tra yêu cầu đoàn thanh tra tiến hành thanh tra bổ sung để làm rõ thêm một số nội dung. Kết quả thanh tra bổ sung phải được báo cáo bằng văn bản, làm cơ sở cho việc ra văn bản kết luận thanh tra.
3. Kết luận thanh tra phải được gửi cho đối tượng thanh tra, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan (trong trường hợp Cục trưởng Hải quan tỉnh, thành phố ra quyết định thanh tra) hoặc Cục Hải quan tỉnh, thành phố (trong trường hợp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ra quyết định thanh tra).
4. Trường hợp qua thanh tra thuế mà phát hiện hành vi trốn thuế có dấu hiệu tội phạm thì trong thời hạn mười (10) ngày làm việc, kể từ ngày phát hiện, cơ quan hải quan chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để điều tra theo quy định của pháp luật tố tụng hình sự. Cơ quan hải quan có trách nhiệm phối hợp với cơ quan điều tra trong việc thực hiện điều tra tội phạm về thuế theo quy định của pháp luật.
  • Quyền và nghĩa vụ của đối tượng thanh tra thuế
Đối tượng thanh tra thuế có các nghĩa vụ, quyền quy định tại Điều 86 Luật Quản lý thuế.
 
Chương II
TỔ CHỨC THỰC HIỆN KẾT LUẬN KIỂM TRA SAU THÔNG QUAN, THANH TRA THUẾ
 
  • Những công việc phải thực hiện sau khi có kết luận kiểm tra sau thông quan
Sau khi có kết luận kiểm tra sau thông quan, thanh tra thuế, phải thực hiện các công việc sau:
1. Ban hành quyết định ấn định thuế (nếu có).
2. Ban hành quyết định xử lý hành vi vi phạm hành chính (nếu có) và theo dõi, đôn đốc, cưỡng chế thực hiện quyết định xử lý theo quy định của pháp luật.
3. Trường hợp phát hiện có hành vi trốn thuế có dấu hiệu tội phạm thì thực hiện theo quy định tại khoản 2, Điều 76 Luật Quản lý thuế và quy định của pháp luật về tố tụng hình sự.
4. Cập nhật các thông tin về kết quả kiểm tra, thanh tra thuế vào hệ thống cơ sở dữ liệu để phục vụ quá trình quản lý tiếp theo.
5. Kiến nghị với cấp có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung hoặc ban hành các văn bản quy phạm pháp luật để ngăn chặn và phòng ngừa hành vi vi phạm.
6. Thực hiện việc thu thuế, đôn đốc doanh nghiệp nộp thuế theo các quyết định ấn định thuế và tiền chậm nộp thuế (nếu có) theo quy định của pháp luật.
7. Theo dõi, nhập số liệu vào chương trình kế toán KT559 và ra quyết định, tổ chức thực hiện cưỡng chế doanh nghiệp nộp thuế theo quy định của pháp luật.
8. Báo cáo kết quả thu thuế cho người ban hành quyết định ấn định thuế.
  • Phân công thực hiện
1. Đối với hoạt động kiểm tra sau thông quan:
a. Trường hợp Tổng cục Hải quan ký quyết định kiểm tra sau thông quan:
a.1) Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan trực tiếp thực hiện hoặc giao Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan thực hiện khoản 1 Điều 168 Thông tư này.
a.2) Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan thực hiện các công việc từ khoản 2 đến khoản 8 Điều 168. Thông tư này.
b. Trường hợp Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan ký quyết định kiểm tra sau thông quan thì thực hiện tất cả các công việc quy định tại Điều 168 Thông tư này.
c. Trường hợp Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố quyết định, thực hiện kiểm tra sau thông quan, thì Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực tiếp thực hiện hoặc tổ chức phân công Chi cục trưởng hải quan kiểm tra sau thông quan thực hiện tất cả các công việc quy định tại Điều 168 Thông tư này.
d.  Trường hợp Chi cục trưởng hải quan kiểm tra sau thông quan  quyết định, thực hiện kiểm tra sau thông quan thì Chi cục trưởng hải quan kiểm tra sau thông quan trực tiếp thực hiện tất cả các công việc quy định tại Điều 168. Thông tư này.
2. Đối với hoạt động thanh tra thuế:
a. Trường hợp Tổng cục Hải quan thực hiện thanh tra thuế:
a.1) Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan thực hiện khoản 1 Điều 168 Thông tư này.
a.2) Đơn vị thực hiện nhiệm vụ thanh tra thuế thuộc cơ quan Tổng cục thực hiện các công việc sau:
a.2.1) Các công việc nêu tại các khoản 3 và khoản 5 Điều 168 Thông tư này;
a.2.2) Thực hiện hoặc chuyển người có thẩm quyền thực hiện công việc nêu tại khoản 2 Điều 168 Thông tư này.
Sau khi Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành quyết định ấn định thuế, Đơn vị thực hiện nhiệm vụ thanh tra thuế thuộc cơ quan Tổng cục có trách nhiệm:
a.2.3) Chuyển cho mỗi Cục Hải quan nơi làm thủ tục cho hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu 01 bản quyết định ấn định thuế, kèm bản kê chi tiết các tờ khai phải ấn định thuế và số tiền thuế ấn định đã tính sẵn để các Cục Hải quan tổ chức thực hiện việc thu thuế theo quy định tại khoản 6 và khoản 7 Điều 168 Thông tư này;
a.2.4) Theo dõi việc tổ chức thực hiện thu thuế của các Cục Hải quan theo các quyết định ấn định do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành;
a.2.5) Phối hợp với Cục Hải quan nơi làm thủ tục xử lý, giải quyết vướng mắc liên quan đến việc thực hiện quyết định ấn định thuế;
a.3. Cục Hải quan nơi làm thủ tục cho hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu tổ chức, chỉ đạo Chi cục hải quan nơi làm thủ tục cho hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện các công việc nêu tại các khoản 4, 6, 7 và 8 Điều 168 Thông tư này.
b. Trường hợp Cục Hải quan tỉnh, thành phố quyết định, thực hiện thanh tra thuế thì Cục Hải quan tỉnh, thành phố tổ chức thực hiện tất cả các công việc quy định tại Điều 168 Thông tư này.
 
PHẦN VII
TỔ CHỨC THỰC HIỆN
 
  • Trách nhiệm thực hiện
1. Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan căn cứ vào hướng dẫn tại Thông tư này ban hành quy trình thủ tục hải quan và hướng dẫn các đơn vị hải quan thực hiện thống nhất bảo đảm vừa tạo điều kiện thông thoáng cho hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, vừa thực hiện tốt công tác quản lý hải quan.
2. Cơ quan hải quan nơi có thẩm quyền thực hiện thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thực hiện việc miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, xét hoàn thuế, không thu thuế, gia hạn thời hạn nộp thuế, xóa nợ thuế, ấn định thuế, áp dụng thời hạn nộp thuế và các nội dung quản lý thuế khác theo đúng quy định hiện hành và hướng dẫn tại Thông tư này. Quá trình thực hiện có phát sinh vướng mắc, cơ quan hải quan, người khai hải quan, người nộp thuế báo cáo, phản ánh cụ thể về Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) để được xem xét, hướng dẫn giải quyết từng trường hợp cụ thể.
  • Hiệu lực thi hành
1. Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 07 năm 2013, thay thế Thông tư số 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/2010 của Bộ Tài chính và các công văn hướng dẫn trước đây của Bộ Tài chính trái với Thông tư này.
2. Quá trình thực hiện, nếu các văn bản liên quan đề cập tại Thông tư này được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo văn bản mới được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế./.
 
Nơi nhận:
- VP TW Đảng và các Ban của Đảng;
- VP Quốc Hội, VP Chủ tịch nước, VPCP;
- Viện kiểm sát NDTC, Toà án NDTC;
- Kiểm toán Nhà nước;
- Các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ;
- Văn phòng BCĐ TW về phòng chống tham nhũng;
- UBND tỉnh, thành phố trực thuộc TW;                                            
- Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam;   
- Công báo; 
- Cục kiểm tra văn bản - Bộ Tư pháp;
- Website Chính phủ;                   
- Các đơn vị thuộc Bộ Tài chính, Website Bộ Tài chính;
- Cục Hải quan các tỉnh, thành phố;
- Website Tổng cục Hải quan;
- Lưu VT; TCHQ (05).
KT. BỘ TRƯỞNG                                                              THỨ TRƯỞNG
 
 
 
 
Đỗ Hoàng Anh Tuấn
 

Nguồn tin: Cổng thông tin Bộ Tài Chính

Tổng số điểm của bài viết là: 2 trong 1 đánh giá
Click để đánh giá bài viết
Từ khóa: thông tư, thay thế

Những tin mới hơn

Những tin cũ hơn

 

DỊCH VỤ HẢI QUAN

TIỆN ÍCH

Danh bạ ĐT

Thư viện ảnh

Phóng sự

Tài liệu

HỔ TRỢ TRỰC TUYẾN

Đường dây nóng
Name: Tổng đài TCHQ
------------------------------------------
Người phát ngôn

THỐNG KÊ TRUY CẬP

Đang truy cậpĐang truy cập : 19

Tổng lượt truy cậpTổng lượt truy cập : 1733369

linh tây tower